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[期刊] 淡水渔业
[作者]
孙铭雪 郑晗 甘星 韦奇志 马徐发 谢鹏
为探究拉氏鱥(Phoxinus lagowskii)在不同饲养温度下脊椎骨中与骨发育和生长有关基因的表达差异，设置4个温度组(15、20、25、30℃),以15℃为对照，饲养28 d后，统计分析饲养前后各组体长和体质量的变化，并提取脊椎骨的总RNA。随后基于比较转录组筛选出的差异表达基因，利用实时荧光定量PCR技术检测bmp4、bmp2b、bmp7a、smad4、smad7、gdf8和sox9a基因的相对表达量。结果显示，各组内饲养前后的平均体长和体重均无显著性变化；各组饲养前后的平均体长无组间差异，平均体质量在20℃和15℃组间没有显著差异，但25℃和30℃组的显著升高，且体质量的增长随着温度的升高而增加。bmp4的相对表达量呈现出明显的先上升后降低的趋势；bmp2b在25℃和30℃的表达量与对照组相比显著降低；bmp7a的表达量随温度的升高有上升趋势，25℃和30℃组显著高于对照组和20℃组。smad4、smad7和sox9a的变化趋势相似，从15℃升到25℃时表达量增多，水温升高到30℃时，表达量下降。gdf8在15℃时被显著抑制，温度升高，表达量明显增多。综合本研究结果可初步推测，拉氏鱥在20～25℃时生长状况较为良好，脊椎骨中骨形态发育和生长相关基因的表达处于相对较优的模式，可能为其更好的生长发育提供基础。
[期刊] 海洋渔业
[作者]
黄伟卿 宋炜 刘铮 李婷婷 邵逸臻 陈思仪 张艺 杨俊帆
为探究大黄鱼（Larimichthys crocea）仔、稚鱼期的脊椎骨及附肢骨生长发育规律，采用软骨-硬骨双染色法对大黄鱼仔、稚鱼（1～30日龄）各发育时期的脊椎骨及附肢骨进行观察。结果表明：大黄鱼仔、稚鱼脊索呈管状，于2～5日龄仔鱼有明显分节现象，9日龄仔鱼髓弓开始分化发育，13日龄仔鱼鱼脉弓开始分化发育，脊索分节完全，17日龄仔鱼背肋和腹肋变得清晰，髓棘和脉棘也分别由髓弓和脉弓末梢延长完全形成，18日龄稚鱼脊椎骨开始发生骨化，直至27日龄稚鱼骨化完全。大黄鱼仔、稚鱼奇鳍以尾鳍、臀鳍、背鳍的先后顺序形成。尾鳍在7日龄仔鱼开始发育，第1尾下骨形成，直至13日龄仔鱼开始出现尾下骨愈合现象，尾鳍条出现，15日龄仔鱼尾上骨开始发育，直至19日龄稚鱼尾杆骨、尾上骨和尾下骨均已形成，尾鳍鳍条逐渐清晰，第3、4尾下骨之间间隙将尾鳍分为两个部分，尾鳍形态初步发育完全，27～30日龄稚鱼尾杆骨首先发生开始骨化，其次尾下骨及鳍条开始骨化；14日龄仔鱼时出现8个臀鳍支鳍骨，17日龄仔鱼鳍条长出8条，20日龄稚鱼出现硬棘分化，直至25日龄稚鱼臀鳍发育完全，鳍条和硬棘骨化完全；17日龄仔鱼时体背出现支鳍骨1行，背鳍开始发育，至20日龄稚鱼时，第1背鳍10根硬棘均出现，第二背鳍鳍条基本出现，21～25日龄稚鱼期间，硬棘从前向后逐渐骨化，鳍条发育完全。在大黄鱼仔、稚鱼骨骼发育过程中出现了脊骨前凸，椎体融合，脉棘分叉和脉棘冗余等骨骼发育畸形的现象。上述结果为丰富大黄鱼发育生物学理论，为鱼类骨骼异常发育治疗提供理论基础。
[期刊] 林业科学研究
[作者]
胡梦璇 宋学勤 刘颖丽 赵树堂
[目的]探究bHLH亚家族成员MYC基因在杨树生长发育及对环境响应中的表达模式,为解析茉莉酸信号通路关键基因MYC调控杨树生长发育及抗逆响应提供参考。[方法]利用生物信息学方法鉴定杨树基因组中的MYC基因家族成员并对各成员的基因结构、保守基序进行了系统分析;在此基础上,采用实时荧光定量PCR技术检测了MYC成员在不同组织、不同植物激素响应及逆境胁迫下的表达模式。[结果]毛果杨基因组中含有10个MYC成员,这些成员在进化上相对保守,均具有典型的bHLH结构域,根据进化关系将其分为3个分支。组织表达分析发现,大部分MYC家族成员在根中均具有较高表达量,分枝Ⅱ两对基因在茎中呈相反表达模式。不同激素处理及非生物胁迫条件下MYC基因存在显著表达差异,但基因对之间多存在类似的表达模式。[结论]杨树MYC基因家族成员可能参与不同的生物学过程,研究结果为深入解析杨树MYC基因的功能奠定了基础。
关键词：
毛果杨 MYC基因 表达分析
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
万淑媛 李琴 赵彩平
[目的]探究MYB基因家族成员在桃雄性不育中的表达模式,以筛选出与花粉发育相关的桃MYB家族成员。[方法]选择桃可育品种红芙蓉和不育品种沙红,以其红盛花前30,24,18,15 d(依次对应S1、S2、S3、S4时期)的花芽及盛花期花蕾为材料,对花药形态进行观察与比较;对2个桃品种S1～S3时期花芽中差异表达的MYB基因家族成员进行鉴定,并根据其FPKM值绘制热图;利用MEGA6软件,对桃花芽发育过程中差异表达的MYB转录因子和拟南芥、水稻等物种的28条MYB蛋白序列进行多重比对,构建系统进化树;从桃MYB基因家族成员中选择6个(Prupe.3G046900、Prupe.1G551400、Prupe.4G192000、Prupe.1 G323400、Prupe.1G273900和Prupe.2G192100)表达趋势可能与育性相关并且与其他物种同源性较高的成员,分析其在不同育性桃品种中的表达特性。[结果]在盛花前18 d(S3时期)时,红芙蓉与沙红花药形态出现差异,红芙蓉花药最终表现为橙红色且较为饱满,而沙红则表现为淡黄色且瘪小。39个MYB基因家族成员在沙红和红芙蓉之间差异表达,其中27个属于R2R3-MYB类转录因子;根据FPKM值聚类热图,39个MYB基因家族成员被分为3簇。由系统进化树可知,所有MYB蛋白被分成16簇,其中Prupe.3G046900与AtMYB26、Prupe.3G017100与AtMYB99、Prupe.3G0006300与AtMYB108同源性较高;而Prupe.1G276300与AtMYB25和AtMYB1,Prupe.1G551400、Prupe.1G323400与AtMYB4和AtMYB32分别单独成为1簇。Prupe.3G046900在可育品种各时期花芽中的表达量高于不育品种,Prupe.1 G551400、Prupe.1G323400、Prupe.4G192000于花粉败育发生前后在不育品种花芽中的表达量高于可育品种。[结论]推测桃MYB基因家族成员Prupe.3G046900、Prupe.1G551400、Prupe.1G323400、Prupe.4G192000参与桃花粉发育的调控。
关键词：
桃 MYB转录因子 花粉不育 基因表达
[期刊] 林业科学研究
[作者]
杨海昕 刘晓莹 詹亚光 范桂枝
[目的 ]鉴定白桦AMT基因家族成员，分析AMT基因的表达模式。[方法 ]本研究利用生物信息学方法鉴定了该家族成员并通过实时荧光定量技术分析其基因表达模式。[结果 ]从白桦基因组中鉴定了9个AMT家族成员，并将其分为AMT1和AMT2两个亚家族，分别命名为BpAMT1.1～1.4和BpAMT2.1～2.5;BpAMTs氨基酸残基数为384～522个，等电点为4.61～8.16，均定位于质膜与细胞器膜上；BpAMT基因不均匀的分布在5条染色体上，且成员间存在串联重复现象。BpAMT基因的表达具有组织部位特异性，呈现叶>根>茎趋势；同时发现，硝酸钾、氯化铵、茉莉酸甲酯、赤霉素、脱落酸、氯化镉、干旱、4℃和日变化等均可以影响BpAMT基因表达，且不同处理下家族成员的响应程度存在差异。[结论 ]从白桦中鉴定9个BpAMT基因，聚类为两个亚家族，在调节氮素吸收转运、响应激素信号及非生物胁迫中发挥不同的作用，该研究结果为深入解析BpAMT基因在白桦生长发育和抵抗逆境中的功能奠定基础。
关键词：
白桦 AMT 基因家族 基因表达模式
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
刘妍婧 王彩玲 陆海 杨海灵
14-3-3蛋白在植物细胞信号传导中发挥重要的作用,探索木本植物14-3-3蛋白家族的进化模式对深入理解该基因家族的功能有重要的指导意义。本文采用生物信息学的方法,在基因组水平上搜索和鉴定了12个杨树14-3-3蛋白基因,其中ε类有7个,非ε类有5个。通过对杨树14-3-3基因家族的系统进化、序列相似性、基因结构和染色体位置分析,发现杨树14-3-3基因的扩张主要是通过最近的一次全基因组加倍事件产生的。在全基因组加倍事件中共产生5对重复基因对,Ka/Ks分析显示这5对重复基因对处于较强的净化选择压力。RT-PCR分析显示在杨树12个14-3-3基因中有8个在不同组织中均表达,另外4个基因的表达...
[期刊] 林业科学研究
[作者]
孙化雨 娄永峰 李利超 赵韩生 高志民
［目的］通过研究毛竹ＴＩＰｓ的分子特征和表达模式，为揭示逆境胁迫条件下ＴＩＰｓ在竹子中的作用提供证据，为培育抗逆的植物新品种提供新的基因资源。［方法］以毛竹为对象，利用生物信息学方法对毛竹基因组中的ＴＩＰｓ基因进行了全面分析，采用实时荧光定量ＰＣＲ技术分析基因在不同组织及干旱、水淹和Ｎａ Ｃｌ胁迫下的表达模式。［结果］毛竹基因组中含有６个ＴＩＰｓ同源基因，分别隶属于３个亚类（ＴＩＰ１、ＴＩＰ２和ＴＩＰ４）。基因结构预测显示，Ｐｅ ＴＩＰ１；１、Ｐｅ ＴＩＰ１；２、Ｐｅ ＴＩＰ２；２和Ｐｅ ＴＩＰ４；２由２个外显子和１个内含子组成，而Ｐｅ ＴＩＰ２；１和Ｐｅ ＴＩＰ４；１由３个外显子和２个内含子．．．
关键词：
毛竹 液泡膜内在水通道蛋白 表达分析
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
周启苓 王刘永 杨云生 马骞 吴雨薇 陈刚
为揭示虹鳟(Oncorhynchus mykiss)脊椎骨的形态结构、元素组成等特征在生长发育过程中的变化情况，本研究分别采集4个发育期(分别为幼鱼Ⅰ期、幼鱼Ⅱ期、成鱼Ⅰ期和成鱼Ⅱ期，平均体质量分别为4、35、644和2 129 g)的虹鳟脊椎骨样品，利用电感耦合等离子体质谱(ICP-MS)检测其第1～6节脊椎骨中钙、磷元素含量，并运用显微CT (Micro-CT)技术对其第4～6节脊椎骨进行扫描与三维重建。结果显示，虹鳟第1～6节脊椎骨的钙、磷元素含量在不同发育期均呈先升高后降低的趋势，脊椎骨中钙、磷元素含量在幼鱼Ⅱ期最高；脊椎骨钙/磷摩尔质量比在生长发育过程中显著增加。第4～6节脊椎骨的显微结构扫描结果显示，脊椎骨的骨小梁数量(trabecular number， Tb.N)随虹鳟的生长呈显著降低趋势；骨小梁厚度(trabecular thickness， Tb.Th)和骨小梁分离度(trabecular separation/spacing， Tb.Sp)在生长发育过程中显著增加；脊椎骨的骨体积分数(bone volume fraction， BV/TV)、组织矿物质密度(tissue mineral density， TMD)和骨矿物质密度(bone mineral density， BMD)等指标均在成鱼Ⅰ期中最低，其次为幼鱼Ⅱ期；脊椎骨中BV/TV及TMD在成鱼Ⅱ期中最高，而BMD在幼鱼Ⅰ期中最大。上述结果不仅为虹鳟发育生物学研究提供了基础数据，还可为鱼类年龄鉴定和分类鉴定等研究提供理论依据。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
陈啸 陈淑颖 朱渊铭 倪林 邹双全
【目的】为进一步研究WRKY基因家族在调控栀子盐胁迫中的功能作用、培育栀子抗盐新品种。【方法】利用生物信息学方法对栀子WRKY基因家族成员（GjWRKY）进行全基因组鉴定和相关分析。【结果】共鉴定出47个WRKY基因，非均匀地分布在10条染色体上，通过系统发育树将其分为3大组：Group Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ。GjWRKY基因以串联重复为主要扩增方式，且多数基因成员含有3个外显子。GjWRKY基因家族启动子2000 bp区域含有大量激素类和胁迫类响应顺式作用元件。46个GjWRKY基因在中度（MS）和重度盐胁迫（SS）下具有不同程度的高表达，部分GjWRKY基因产生特异性表达，17个GjWRKY基因表现为上调表达，推测这部分GjWRKY基因可能起正调控作用。【结论】GjWRKY基因在栀子抗盐胁迫中发挥了重要作用。
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
吕义品 梁楠松 宋婷婷 崔靖弘 于磊 詹亚光
【目的】探究水曲柳光敏色素互作因子(FmPIFs)在激素调控与非生物胁迫应答过程中的重要作用,为揭示水曲柳抗逆分子机制和制定林木遗传育种策略提供理论依据。【方法】在水曲柳中克隆FmPIFs基因,并对其基因结构、蛋白质理化性质、保守基序、系统进化关系等进行生物信息学分析。采用qRT-PCR方法分析水曲柳中FmPIFs基因在不同组织及不同激素与胁迫条件下的表达模式。【结果】获得5个水曲柳FmPIFs基因家族成员,分别命名为FmPIF1、FmPIF3、FmPIF4、FmPIF7和FmPIF8,其对应的蛋白均为亲水性不稳定蛋白,全部定位在细胞核内。多序列比对结果表明FmPIFs均存在APB保守结构域,成员FmPIF1与FmPIF3存在特有的APA结构域。组织特异性分析显示FmPIFs均在叶中表达量最高,其中成员FmPIF8表达量最高,为对照的3.96倍;但在茎中少量表达,茎中表达量最高的是FmPIF3,仅是对照的0.21倍;而在根中表达量均极低。胁迫响应分析表明,FmPIFs正调控水曲柳植株盐、碱和干旱胁迫抗性,而对植株抗寒性起负调控作用,其中成员FmPIF3对寒冷及盐胁迫明显响应,FmPIF8在碱胁迫下表达量明显上调,FmPIF1在干旱胁迫下表达量明显上调。在激素响应结果中,FmPIFs对脱落酸(ABA)、水杨酸(SA)和赤霉素(GA_3)的响应较为一致,而对生长素(IAA)和茉莉酸甲酯(MeJA)的响应存在差异。FmPIF1在施加MeJA后剧烈应答且表达量显著上调,FmPIF7在SA处理后表达量明显上调,FmPIF3和FmPIF4在GA3处理后表达量明显上调。【结论】FmPIFs各成员在基因及蛋白结构上表现出较高的一致性。RT-qPCR结果表明,FmPIFs在水曲柳叶片中表达量最高。在盐、碱、干旱和寒冷胁迫下,FmPIFs被诱导表达,且大部分表达模式相似。FmPIFs也在水曲柳响应IAA、ABA、MeJA、SA、GA3激素调控过程中发挥重要作用。
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
王绍良 张雯宇 高志民 周明兵 杨克彬 宋新章
【目的】鉴定毛竹Phyllostachys edulis磷转运蛋白Ⅰ(phosphate transporter 1, PHTⅠ)家族基因，分析其表达模式。【方法】利用生物信息学方法，鉴定毛竹PHTⅠ家族成员，分析基因启动子调控元件、编码蛋白的理化性质、基因结构、氨基酸保守基序、基因在染色体的位置、组织表达特异性、基因适应性进化及系统进化等。【结果】毛竹中共鉴定出20个PHTⅠ家族基因(PePHTs)，分布在10条染色体上，均定位于细胞膜。每个基因都含有1～2个内含子，PePHTs启动子序列中包含干旱、低温等非生物胁迫以及赤霉素等激素类响应元件。毛竹PHTⅠ大部分为碱性蛋白质，分子量为48.61～71.89 kDa，理论等电点为6.84～9.30，疏水性值均大于0，都属于疏水蛋白。基因适应性进化分析显示：大多数PePHTs的选择压力值小于0，说明多数基因受到负选择压力。转录组表达图谱表明：PePHTs在不同组织中的表达存在差异性，说明该基因家族在毛竹生长发育过程中发挥着不同的作用。系统进化树表明：PePHTs都聚类在第Ⅰ亚家族，并且优先和水稻Oryza sativa聚类在同一支上。【结论】PHTⅠ家族在植物吸收和转运磷的过程中扮演了重要作用。本研究结果为深入研究毛竹PHTⅠ家族基因的功能奠定了理论基础。图5表1参45
[期刊] 草业科学
[作者]
马茜茜 张欢 朱杰 金献垚 陈雪松 陈涛 邬晓 王小珊 黄琳凯
冷季型牧草鸭茅(Dactylis glomerata)在生长过程中会受到各种逆境胁迫的影响。bZIP转录因子参与多种生物学过程，尤其在植物抵御生物和非生物胁迫过程中发挥关键作用。本研究利用生物信息学和实时荧光定量(qRTPCR)的方法，对鸭茅bZIP基因家族进行全基因组鉴定和分析并探究其表达模式。共鉴定出103个DgbZIP基因并将其划分为11个亚家族。对于同一亚族内成员而言，它们的保守序列和基因结构具有一定的相似性，并预测到许多与胁迫密切联系的顺式作用元件。研究结果表明，在热和干旱胁迫处理后A、C、S亚族成员较强烈地响应胁迫并参与表达调控。本研究为进一步揭示鸭茅bZIP基因响应逆境胁迫的分子机制提供了参考。
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
苏国芬 李大华 王潘 周料 胡浩 邓海群 陈鑫 冯名开 耿显宸 王翊 徐增富
【目的】深入挖掘巨桉脱水素基因EgrDHN家族成员并探讨其应对逆境胁迫的表达模式，从中筛选具有抗逆功能的EgrDHN基因对于培育桉树抗逆新品种具有重要意义。【方法】以巨桉全基因组数据为参考，利用生物信息学筛选鉴定得到巨桉EgrDHN基因家族成员，对其进行生物信息学分析，具体包括进化树分析、蛋白序列比对、启动子顺式作用元件预测等，并基于生信分析结果，对EgrDHN基因家族成员进行低温、高盐和ABA胁迫处理，采用RT-qPCR测定其表达模式，同时对其组织表达特异性进行了测定。【结果】从巨桉基因组中共鉴定出EgrDHN家族9个成员，将其命名为EgrDHN1～EgrDHN9，分布于5条染色体上，根据蛋白质保守序列的特点可分为K_nS、SK_n和Y_nSK_n 3种类型。系统进化树显示植物DHN家族成员可分为4个进化枝，其中第Ⅳ进化枝包含巨桉EgrDHN7、EgrDHN8、EgrDHN9，但不包含任何毛果杨Populus trichocarpa DHN同源基因（PtrDHNs），两者存在明显差异。启动子元件预测分析发现巨桉EgrDHN启动子中含有低温响应（low-temperature response,LTR）等胁迫响应类元件，MYB、MYC等与抗逆性相关以及植物激素响应类顺式作用元件。组织特异性表达分析发现EgrDHN家族成员在根、成熟叶片、子叶中表达量较高，其中EgrDHN2在成熟叶片中表达量最高。非生物逆境胁迫下经RT-qPCR检测发现EgrDHN家族成员中，EgrDHN1在高盐胁迫下表达量下调，在低温和ABA胁迫时上调，而其他成员在低温、高盐、ABA胁迫下均存在上调，其中低温条件下以EgrDHN2、EgrDHN3、EgrDHN4响应最为明显。【结论】大部分EgrDHNs基因参与逆境胁迫响应，且除EgrDHN1在盐胁迫下的表达量下降外其它成员在逆境胁迫下的表达量均上升。
关键词：
巨桉 脱水素 非生物胁迫 表达分析
[期刊] 草业科学
[作者]
韩晓文 韩硕 胡义锋 王梦如 陈中义 朱永兴 尹军良
过氧化氢酶(CAT)是可清除生物体内多余的过氧化氢(H_2O_2)并将其还原成水和氧气的氧化还原酶，在植物响应胁迫的过程中发挥多种功能，保护植物细胞免受活性氧毒害。目前，尚缺乏对空心莲子草(Alternanthera philoxeroides) CAT基因家族成员的系统研究。本研究通过生物信息学分析，从空心莲子草中鉴定到20个ApCAT基因，根据系统发育关系将其依次命名为ApCAT1至ApCAT20。特征分析表明，所有ApCATs均为亲水性蛋白。亚细胞定位预测发现，所有ApCATs均预测定位于过氧化物酶体，个别ApCATs也预测有定位线粒体、叶绿体和细胞核的可能。表达模式分析表明，ApCAT成员受纬度、海拔、温度、光照、水分条件等的影响较小，表达水平相对稳定。除草剂药效测试发现，20%氯氟吡氧乙酸和13%噁草酮的防治效果最好；结合定量PCR分析发现，ApCAT家族成员在空心莲子草响应除草剂处理过程中显著差异表达，参与对除草剂胁迫的应答过程。本研究系统分析了ApCATs家族成员的基本特征和表达模式，揭示了其除草剂诱导表达特征，为进一步研究ApCATs在空心莲子草响应除草剂胁迫中的生物学功能奠定了基础。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
贺华良 宾淑英 吴仲真 廖泓之 林进添
采用转录组测序和荧光定量PCR等方法,分析蔬菜害虫黄曲条跳甲Phyllotreta striolata(Fabrici-us)易化扩散载体超家族成员的cDNA序列及其基因表达。结果表明:黄曲条跳甲的一种易化扩散载体超家族成员PsMFS1,其开放阅读框为1 224bp,编码407个氨基酸,含有2个典型的功能域,即药物分子排出系统蛋白功能域和易化扩散载体超家族蛋白功能域;该基因在黄曲条跳甲雌雄成虫的不同部位中都有表达,其中头部、中肠和精巢或卵巢的相对表达量较高,触角和足部的相对表达量较低。
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