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[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
万有娣 万艳 陈雅飞 朱梦洁 雷治海 苏娟
[目的]研究流感感染小鼠使用抗生素后肠道微生物、代谢物及肠道紧密连接蛋白的变化。[方法]30只雄性BALB/c小鼠随机分为3组：对照组、感染组和抗生素组。感染组和抗生素组同时感染流感病毒，抗生素组感染1 d后饮水中添加组合抗生素，3组小鼠感染9 d后取样。16S rRNA基因测序进行微生物组学分析；气相色谱-飞行时间质谱(GC-TOF/MS)进行代谢组学分析；免疫组化法和免疫印迹法进行结肠紧密连接蛋白的分析。[结果]感染组微生物多样性指数、细菌丰度和代谢物主成分分析(PCA)与对照组无显著差异。与感染组相比，抗生素组微生物多样性指数(Chao1，Shannon，Simpson)均显著下降(P<0.01)。拟杆菌门和变形菌门显著增加(P<0.01)，厚壁菌门显著减少(P<0.001)。抗生素组与对照组在PCA中完全分离，有机酸代谢与筛选差异出的微生物具有较强相关性。感染组和抗生素组紧密连接蛋白(Claudin-1，Occludin)的表达均显著减少(P<0.01)，抗生素组Claudin-1的表达与感染组相比显著减少(P<0.001)。[结论]抗生素降低肠道微生物的多样性，增加致病菌的侵入，减少有益菌的繁殖，加剧流感诱导的肠道菌群失调，减少有机酸的产生，导致更严重的肠道屏障功能损伤。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
魏清甜 李平华 汪涵 石磊 牛清 林明新 吴望军 周波 黄瑞华
为研究粪肠球菌替代饲用抗生素的可行性,将150头25日龄断奶仔猪[(8.41±0.17)kg,杜×长×大],随机分为基础日粮、100 g·t-1粪肠球菌(处理Ⅰ组)、200 g·t-1粪肠球菌(处理Ⅱ组)、400 g·t-1粪肠球菌(处理Ⅲ组)和抗生素组共5组,每组4个重复,每个重复7或8头仔猪。试验1~14 d和15~28 d测定各组猪只生长性能和腹泻率;试验开始和结束时测定基础日粮组、抗生素组和处理Ⅱ组血清IgA、IgM、IgG含量,同时试验结束时测定上述3组肠道微生物数量。结果表明:1~14 d阶段,各处理组平均日增重、料肉比和腹泻率较基础日粮组均显著改善(P<0.05),且与抗生素组差...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
罗钧秋 杜建 王岚 毛湘冰 何军 余冰 陈代文
猪传染性胃肠炎病毒(transmissible gastroenteritis virus,TGEV)感染仔猪能够引起仔猪肠道损伤,导致仔猪腹泻脱水甚至死亡,其致病机制主要在于破坏猪小肠黏膜,引起肠道黏膜上皮屏障功能受损,具体主要表现为:TGEV破坏仔猪肠道上皮机械屏障完整和电解质平衡,扰乱生物菌群结构,降低局部免疫功能。TGEV诱导炎症及先天免疫反应的作用机制主要通过激活维甲酸诱导基因Ⅰ样受体(RLR)和Toll样受体(TLR),使核转录因子(NF-κB)活化,进一步诱导细胞因子和干扰素表达。通过饲粮中添加氨基酸、维生素和中草药等营养调控措施可以达到缓解TGEV损伤肠道屏障功能的目的,为预防及治疗TGEV感染对仔猪肠道屏障功能的影响提供参考。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
张子卉 贾琪 连朋敬 李静云 徐彤 白玉 李鸿儒 乔健
旨在分析环境低温对H9N2亚型禽流感病毒感染小鼠致病性的影响。选用120只6～8周龄,雄性SPF BALB/c小鼠,随机分为4组:无感染常温组(PBS处理,(20±2)℃)、无感染低温组(PBS处理,(10±2)℃)、H9N2病毒感染常温组(H9N2处理,(20±2)℃)、H9N2病毒感染低温组(H9N2处理,(10±2)℃)。在感染后观察感染小鼠发病14d内的临床症状、存活率,肺脏病变程度、肺部细胞因子含量的动态变化以及肺脏病毒载量。结果表明:1)与H9N2病毒感染常温组小鼠相比,环境低温处理的H9N2病毒感染小鼠临床症状明显加重,其中体重明显降低,但差异不显著(P>0.05),存活率由95%降为67%,肺水肿程度和肺组织病变程度更加严重;2)H9N2病毒感染低温组与H9N2病毒感染常温组相比,肺脏TNF-a和IL-1β含量无显著差异,但均显著高于2个无感染组(P<0.01);3)H9N2病毒感染低温组与H9N2病毒感染常温组相比,肺组织病毒载量显著增加(P<0.01)。综上,环境低温明显增加了H9N2亚型流感病毒对小鼠的致病性,为进一步揭示环境低温与流感病毒感染之间的关系,以及采取有效的预防措施提供数据基础。
[期刊] 水产学报
[作者]
洪斌 牛犇 陈萍 李薇 刘海泉 潘迎捷 赵勇
探究凡纳滨对虾和罗氏沼虾肠道微生物及抗生素抗性基因(antibiotic resistance genes, ARGs)种类的差异。通过高通量测序和变性梯度凝胶电泳(denaturing gradient gel electrophoresis, DGGE)技术分析2种虾肠道微生物群落结构差异和微生物多样性,并运用PCR方法检测了2种虾肠道细菌常见38种ARGs的携带情况。结果显示,获得凡纳滨对虾和罗氏沼虾肠道细菌有效序列分别为42 795和40 713条,物种注释单元(operational taxonomic unit, OTU)数目分别为124和82,分类地位明确的细菌种类分别隶属5个门、17个属和5个门、16个属。凡纳滨对虾肠道细菌的优势类群为变形菌门,所占比例为75.45%,优势菌属为副球菌属(25.83%)和不动杆菌属(25.24%);罗氏沼虾肠道细菌的优势类群是厚壁菌门(49.74%),优势菌属为乳球菌属(49.01%)和弧菌属(29.98%)。凡纳滨对虾肠道细菌(2.19)Shannon指数高于罗氏沼虾肠道细菌(1.78),表明前者肠道细菌多样性大于后者。DGGE图谱的分析结果与高通量测序一致,2种虾肠道细菌种类差异很大。PCR结果显示,凡纳滨对虾肠道细菌携带15种ARGs,罗氏沼虾肠道细菌携带14种ARGs。本实验表明凡纳滨对虾肠道细菌的群落种类多样性、OTU丰富度、物种总数和ARGs种类均高于罗氏沼虾肠道细菌,为后续肠道微生物资源的挖掘提供了理论依据。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
张璐瑶 孟琳 颛清芮 傅祥伟 侯云鹏
为探讨不同代次雄性ICR小鼠生长发育与其肠道微生物的关系，本研究通过对16SrRNA基因V3～V4区测序，分析F0到F3代雄性ICR小鼠肠道菌群多样性和菌种组成。结果显示：1）从F0到F3代，组间微生物的Alpha多样性中的Chao1指数，Observed-species指数和香侬指数（Shannon）指数随代次积累显著降低（P0.05）。2）从F0到F3代的优势菌门均为厚壁菌门（Firmicutes）(F0、F1、F2和F3丰度分别为83.3%、79.0%、81.8%和90.3%)和拟杆菌门（Bacteroides）(F0、F1、F2和F3丰度分别为6.0%、5.1%、4.0%和3.2%)。3)F0,F1和F2代三组的优势菌属均为乳酸菌属（Lactobacillus）(F0、F1和F2丰度分别为83.1%、62.8%和38.2%)，但F3代的一些未确认分类的菌属占比较高，丰度约为45.3%；从F0到F3代在属水平上微生物组成上存在显著差异（P<0.05），各组的乳酸菌属丰度随代次的积累显著降低（P<0.05）。4）对差异菌属进行了KEGG差异代谢通路预测，发现乙醛酸盐代谢、胰岛素信号通路、苯丙氨酸，色氨酸和酪氨酸生物合成途径，萜类化合物生物合成途径，肽聚糖生物合成和糖酵解糖异生作用在F3代中显著降低，表明F3代氨基酸合成、糖类代谢等多条基础代谢通路受损。综上，本研究基于微生物16SrRNA测序技术对ICR小鼠传代后肠道菌群变化进行了一系列分析和功能预测，发现微生物多样性发生改变，F0至F2代优势菌门未发生明显变化，但在F3代出现了较多的为确认分类菌属，并且在属水平上各组的乳酸菌属丰度随代次的积累显著降低，F3代氨基酸合成、糖类代谢等多条基础代谢通路受到影响。本研究有助于从肠道微生物与宿主间的相互作用角度解释ICR雄性小鼠传代后出现的体重偏低等现象产生的原因。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
陈一铭 顾泽茂 李莉娟 陈天圣 袁军法
为揭示白斑综合征病毒(white spot syndrome virus,WSSV)感染克氏原螯虾(Procambarus clarkii)后对其肠道菌群的影响,运用16SrDNA基因的高通量测序技术分析健康与人工感染WSSV的克氏原螯虾的肠道菌群的组成及多样性。结果显示,感染组与对照组在肠道丰度及多样性无显著差异,但其优势菌群组成发生变化。对照组优势菌门为变形菌门(Proteobacteria)和软壁菌门(Tenericute),分别占75.42%和19.17%;感染组肠道优势菌门为变形菌门和拟杆菌门(Bacteroidetes),分别占78.14%和17.38%。利用LEfSe分析差异菌属发现,感染组与对照组相比,Candidatus bacilloplasma丰度显著减少(P<0.05),拟杆菌科(Bacteroidaceae)和黄杆菌科(Flavobacteria)的丰度显著上升(P<0.05)。此外,部分潜在病原菌如黄杆菌属(Flavobacterium)、气单胞菌属(Aeromonas)的丰度在感染后显著升高(P<0.05)。以上结果说明WSSV感染导致克氏原螯虾肠道菌群发生变化,提示WSSV或可通过干扰肠道稳态致病。
[期刊] 水产学报
[作者]
许燕 王印庚 张正 姜燕 廖梅杰 李彬 王凯 李文生
为了研究不同健康程度和抗生素氟苯尼考干预下斑石鲷肠道菌群结构的差异及其与养殖环境中菌群结构的相关性,采用Illumina Hi Seq PE250高通量测序的方法对健康、亚健康、典型黑身病和口服氟苯尼考条件下的斑石鲷肠道、养殖水体和颗粒饵料中的细菌多样性及群落结构进行了分析比较。结果显示,养殖水体中细菌多样性高于肠道和颗粒饵料。不同健康程度及氟苯尼考干预下斑石鲷肠道中细菌均以变形菌门、厚壁菌门和软壁菌门为主,且对应的操作分类单元(OTU)占样品全部OTU的比例均达到85%以上。黑身病的发生可影响斑石鲷肠道
[期刊] 淡水渔业
[作者]
黄广华 胡重华 周秋白 张锦华 陈希环 周磊涛 张文平 陈恺文
为研究饲料维生素A(VA)水平对黄鳝生长性能、肠道微生物组成和肠道结构发育的影响，实验以VA醋酸酯(50万IU/kg)作为添加源，制作添加水平分别为0(3 201)、500(3 620)、1 000(4 010)、2 000(4 730)、4 000(6510)、8 000(9720)、16 000(16 890)IU/kg(括号内为VA在饲料中的实测值)7种不同水平饲料，编号为A～G组，用7种不同水平饲料分别投喂(7.32±0.02)g的黄鳝，每组4个重复，每重复45尾，养殖70 d。实验结束后比较七组黄鳝生长性能、肠道组织结构，并基于生长性能比较A组、D组、G组肠道微生物变化。结果显示：与A组相比，B～D组黄鳝增重率、特定生长率显著提高；B～G组绒毛高度和C组微绒毛高度显著升高，C～D组肌层厚度和C～E组粘液细胞数量显著升高。以黄鳝特定生长率为评价指标，得出黄鳝VA适宜需求量为3 849.96 IU/kg。A、D、G三组的优势菌门均为变形菌门、厚壁菌门、拟杆菌门。其中D组黄鳝肠道菌群的物种多样性和丰富度最高，提高了黄鳝肠道厚壁菌门、放线菌门等有益菌的丰度，降低了变形菌门、邻单胞菌属等有害菌的丰度。菌群功能预测发现D组显著提高与碳水化合物代谢、内分泌系统和其他氨基酸的代谢相关功能基因表达量以及糖酵解/糖异生代谢相关功能基因表达量；G组显著降低与甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢相关功能基因表达量。综上，饲料中添加适宜VA水平可改善黄鳝肠道结构和肠道微生物环境，提高黄鳝生长性能。综合考虑黄鳝生长性能和肠道健康，本实验饲料中适宜VA水平为3 620～4 730 IU/kg。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
苏运芳 李义 齐雪峰 马会明 张涌 赵献军
【目的】研究溶葡萄球菌素对小鼠肠道菌群结构的影响,为溶葡萄球菌素的食用安全性评估提供参考。【方法】将24只7周龄ICR小鼠随机分为3个试验组和对照组,3个试验组分别提供溶葡萄球菌素含量为1μg/mL(低剂量)、5μg/mL(中剂量)和15μg/mL(高剂量)的饮水10mL/(只.d),于饮用第0(饮用前),1,3,7,14,21天以及停饮第3,7,14天采集小鼠新鲜粪便样品,采用PCR-DGGE技术检测小鼠肠道菌群结构变化。【结果】DGGE图谱显示,各组小鼠试验前后不同时间肠道内的优势菌种相似;经UPGMA聚类分析,与对照组相比,低、中剂量溶葡萄球菌素对小鼠肠道菌群结构影响较小,高剂量溶葡萄球...
关键词：
溶葡萄球菌素 肠道菌群 变性梯度凝胶电泳
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
张凯军 姜鹏飞 王军 陈晓雯 王成辉
为探究不同温度下中华绒螯蟹(Eriocheirsinensis)肠道微生物与生长间的关系，通过16S rRNA高通量测序研究四个温度下（26 ℃、29 ℃、32 ℃、35 ℃）中华绒螯蟹的生长及肠道菌群的组成差异。结果表明：四个水温组的中华绒螯蟹蜕壳次数分别为2、2、2、1；成活率分别为82.81%、84.38%、87.50%、25.00%；平均蜕壳间隔随水温升高而逐渐缩短；蜕壳增重率随水温升高先升后降；四个水温组的肥满度不存在显著性差异（P > 0.05）。肠道菌群的测序结果表明：四个水温组分别获得了929、744、680、518个代表性的菌群运算分类单元（OTU）；α多样性结果显示肠道微生物丰度及多样性随水温升高而降低；β多样性结果显示四个水温组的肠道微生物菌群组成差异显著（P< 0.05）。在门水平，四个水温组的肠道优势菌群均为厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidota）和变形菌门（Proteobacteria），三者占整个中华绒螯蟹肠道菌群的96.26%；26 ℃水温组的髌骨菌门（Patescibacteria）（0.92%）和疣微菌门（Verrucomicrobia）（0.35%）、29 ℃水温组的厚壁菌门（58.04%）和放线菌门（Actinobacteriota）（3.44%）、32 ℃水温组的拟杆菌门（41.84%）在各自肠道微生物中丰度显著高于其他水温组（P< 0.05）；在属水平，26℃水温组的芽孢杆菌属（Gemmobacter）（3.55%）、29 ℃水温组的柠檬酸杆菌属（Citrobacter）（3.56%）、32 ℃水温组的布拉格菌属（Pragia）（8.47%）、35 ℃水温组的假单胞菌属（Psuedomonas）（8.77%）在各自肠道微生物中丰度显著高于其他水温组（P< 0.05）。本研究结果综合表明：中华绒螯蟹在30 ℃左右时生长最好，肠道微生物多样性和丰度均随着水温的升高而下降，高温会导致弯曲杆菌（Campilobacterota）和疟疾杆菌属（Malaciobacter）等有害菌群增加，影响中华绒螯蟹的蜕壳和生长。
关键词：
中华绒螯蟹 温度 肠道微生物 生长
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
于卓腾 毛胜勇 朱伟云
选择健康1日龄AA白羽肉仔鸡公雏360羽,随机分成A、B、C、D 4组,A组为对照组,B、C组于1~4日龄、7~9日龄、20~22日龄时在饮水中分别添加益生素和合生素,D组在饲料中添加抗生素。于20、27、42日龄从每组中随机抽取5只肉鸡进行屠宰,无菌采集盲肠食糜,测定挥发性脂肪酸,分析微生物区系。结果表明,益生素和合生素可提高肉鸡盲肠中总挥发性脂肪酸的含量,增加丁酸的百分比,提高盲肠菌群的多样性和复杂性;而抗生素组盲肠的总挥发性脂肪酸含量降低,菌群多样性也降低。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
程诗瑶 吴越 陈志刚
[目的]本文旨在探究末水条斑紫菜对健康C57BL/6J小鼠肠道微生物及其代谢产物的影响。[方法]对小鼠分别灌胃生理盐水（对照组）、1.15 g·kg~(-1)（低剂量组）和2.30 g·kg~(-1)（高剂量组）剂量的末水条斑紫菜，28 d后取小鼠标本进行病理切片观察、短链脂肪酸含量测定以及肠道菌群16S rDNA高通量测序。[结果]灌胃末水条斑紫菜组小鼠生长性能没有显著性变化，与对照组结肠长度53.50 mm相比，低剂量组小鼠结肠显著增长至65.60 mm，结肠组织病理切片显示，末水条斑紫菜可以增加杯状细胞的数量。通过对结肠内容物中短链脂肪酸含量的测定发现，乙酸、丙酸、正戊酸与异戊酸含量均没有显著变化，低剂量组小鼠结肠内容物中正丁酸含量显著增加，高剂量组小鼠结肠内容物中正丁酸与异丁酸含量均显著增加。经16S rDNA高通量测序小鼠结肠内容物发现，灌胃低剂量与高剂量末水条斑紫菜均降低了微生物物种多样性，增加了厚壁菌门的相对丰度，降低了拟杆菌门的相对丰度。但是肠道中杜氏杆菌属（Dobusiella）相对占比显著增加，Norank＿f＿norank＿o＿Clostridia＿UCG-014、螺杆菌（Helicobacter）等致病菌相对占比减少。[结论]末水条斑紫菜能够促进结肠组织长度变化，调节健康C57BL/6J小鼠肠道菌群，促进有益菌生长以及丁酸的产生，最佳摄入量为1.15 g·kg~(-1)。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
章程 冯瑶 刘元望 成登苗 郑宇 李兆君
【目的】研究抗生素在土壤中残留情况及其对土壤细菌多样性的影响,为今后抗生素类污染物的土壤微生物修复和环境风险评价提供依据。【方法】通过在种植菠菜土壤中添加抗生素的盆栽试验,以庆大霉素和泰乐菌素及对应功能降解微生物(庆大霉素降解真菌FZC3和泰乐菌素降解细菌无色杆菌)为研究对象,设计7个处理,分别为庆大霉素(CG)、庆大霉素+FZC3(CGF)、泰乐菌素(CT)、泰乐菌素+无色杆菌(CTW)、两种抗生素(CM)、两种抗生素+两种降解菌(CMM)和空白(CC),其中庆大霉素残留率的对比组为CG、CGF、CM和CMM处理;泰乐菌素残留率的对比组为CT、CTW、CM和CMM处理。借助固相萃取-液质联用及Illumina高通量测序技术,对试验过程中抗生素残留及其对土壤细菌多样性影响进行研究。【结果】添加FZC3和无色杆菌可分别显著提高土壤中庆大霉素和泰乐菌素的去除效果,但随着菠菜的生长,各处理间抗生素残留率差异逐渐变小:第一周不同处理抗生素残留率差异最为显著,其中CMM处理中庆大霉素的残留率最低,为53.93%;CTW处理中泰乐菌素的残留率最低,为3.92%。第一周CGF处理比CG处理中庆大霉素残留率下降了约3.3%,CTW处理比CT处理中泰乐菌素的残留率降低了4.1%。同时,添加抗生素及其降解菌会不同程度影响土壤细菌丰富度和多样性:与CC相比,CG、CTW和CMM 3个处理中土壤细菌的丰富度和多样性有显著差异(P<0.05)。FZC3可以缓解庆大霉素对土壤细菌的抑制作用,与CC处理相比,CG处理马赛菌和芽胞杆菌的相对丰度更高,而CGF与CC组群落结构相似;无色杆菌对土壤细菌菌群的影响程度大于其对缓解泰乐菌素毒性抑制作用的影响,相较于CT和CC处理,CTW处理中无色杆菌的添加抑制了土壤其他细菌的生长,而CT与CC处理各属细菌菌群相对丰度差异不显著。CM与CC处理相比,土壤中细菌丰富度、多样性和细菌群落结构均无显著差异,表明两种抗生素同时添加其相互间呈现拮抗作用。【结论】土壤中庆大霉素和泰乐菌素的残留对土壤微生物群落结构有不同程度的影响。添加功能微生物可以提高两种抗生素的去除效率,FZC3添加可以缓解庆大霉素对土壤细菌的影响,而无色杆菌添加对土壤细菌菌群影响较大。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
周振旗 关伟晔 谢昕洋 侯鑫 王军 王成辉
中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)繁育亲蟹规格及其子代的生产性能是其产业上的热点问题。本研究应用个体生长测定法和代谢组学技术，研究了当前生产上3种主要育苗亲蟹规格（母本200～250g，父本300～350g；母本250～300g，父本350～400g；母本300g以上，父本400g以上）繁殖子代（规格A、规格B和规格C）的蜕壳与生长特性、肠道微生物菌群和肝胰腺代谢物的组成差异。结果发现：在2次个体蜕壳与生长测定中，规格C的生长性能优于其他两种规格，但3种规格子代相互间的蜕壳增重率、蜕壳间隔、肥满度、肝胰腺指数和肌肉指数均不存在显著差异。肠道菌群结果表明：α多样性指数均显示规格A低于其他两种规格，但3规格相互间无显著差异，而主坐标分析（PCoA）显示3种规格肠道菌群在属水平上存在显著差异。肝胰腺的代谢组学分析显示，规格A与B间共有100种差异代谢物，规格B与C间共有77种差异代谢物，规格A与C间共有79种差异代谢物。对差异肠道菌群和差异代谢物进行Pearson相关性分析发现：规格A的代谢物生物喋呤与副梭菌属呈显著正相关；规格B的代谢物N-乙酰-D-甘露糖胺分别与硝基螺菌门、硝化螺菌属呈显著负相关；规格C的代谢物四氢二吡啶甲酸盐与乳酸菌属呈显著负相关。本研究结果初步表明：不同亲蟹规格子代在生长性能、肠道微生物菌群和肝胰腺代谢物组成方面表现出一定差异。
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