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[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
蔡应繁 莫剑川 曾宇 任薇薇 苗琛 徐莺 王胜华 陈放
该文采用抑制性消减杂交方法 (SSH)构建了棉属突变材料“湘棉 18”种子萌发过程中腺体发育形成前后的两个不同时期的SSH差减文库 .通过差示筛选及反式Northern检测 ,获得了色素腺体形成时期特异表达或优势表达的cDNA片段 .结果表明 ,这些cDNA所涉及的基因 ,多数是棉属中新发现的 ,它们与发育调控、细胞凋亡、蛋白质合成等密切相关 .
[期刊] 水产学报
[作者]
程起群
There are 10 percent to 15 percent genes expression in certain cells during the life time of fishes like other vertebrates. The genes were different at different development stage,under different physiological conditions, and in different kinds of cells. So comparing the differences of gene expressi...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
王传娟 张晓华 贾爱荣
抑制性消减杂交技术(SSH)是近年来兴起的一种分离、克隆差异基因的新技术,它结合了消减杂交和抑制PCR的优点,具有操作简便、特异性强、背景低及重复性好的优点。目前已经用SSH技术鉴定出了鱼的许多免疫相关基因,如白细胞介素、趋化因子、肿瘤坏死因子、溶菌酶、NKEF、补体、干扰素及急性期蛋白基因等,对它们的结构和功能进行了较为深入的研究。本文对SSH技术在养殖鱼类中克隆的免疫基因进行了归纳与总结,旨为全面了解鱼类的抗病免疫基因提供基础资料。
[期刊] 华北农学报
[作者]
张曦 钱玉源 刘祎 王广恩 宋世佳 李晓飞 米换房 崔淑芳 李俊兰
为了探究GhNAC201在棉花色素腺体发育中的作用,应用RT-PCR的方法克隆了有腺体棉花中棉所12中GhNAC201基因的编码区序列,并进行生物信息学分析。利用荧光定量PCR对有腺体和无腺体棉花材料不同生育时期、不同组织部位和不同激素处理下GhNAC201基因的表达情况进行分析。结果显示,GhNAC201编码区为948 bp,编码315个氨基酸。GhNAC201蛋白分子量为36.8 ku,理论pI 5.97,二级结构预测存在27.94%的α-螺旋、5.40%的β-转角、18.10%的延伸链和48.57%的无规则卷曲。三维结构预测表明,GhNAC201的26-190氨基酸与水稻胁迫应答NAC1蛋白序列高度匹配,模型维度为X:55.229?,Y:36.150?,Z:46.112?。GhNAC201在30-163氨基酸处存在1个NAM结构域,预测有5个苏氨酸、6个丝氨酸和4个酪氨酸磷酸化位点位于NAM结构域内。亚细胞定位预测GhNAC201可能位于分泌通路或除线粒体、叶绿体之外的其他亚细胞结构。不同物种中GhNAC201同源蛋白序列的相似性较高,存在5个高度保守的基序。GhNAC201与亚洲棉、雷蒙德氏棉中的同源蛋白的基序组成模式完全一致。GhNAC201基因在中棉所12各组织部位的表达量均极显著高于显性和隐性无腺体棉,且受ABA、BR、GA和MeJA诱导极显著上调表达,基因的时空表达模式与腺体密度的时空分布规律也趋于一致。综上所述,GhNAC201与棉花色素腺体发育密切相关,可能通过ABA、BR、GA和JA通路调控腺体发育或棉酚代谢。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
梁利群 李绍戊 常玉梅 高俊生 孙效文 雷清泉
用抑制性消减杂交技术(SSH)研究与鲤鱼(Cyprinus carpio)抗寒性状相关的基因。通过对荷包红鲤抗寒品系(Cyprinus carpio wuyanensisTchang)和柏氏鲤(Cyprinus pellegniniTchang)杂交F2代进行降温诱导实验,获得不同温度下的实验材料。利用抑制消减杂交技术构建了一个低温下差异表达基因的消减cDNA文库,共含有2 000个克隆。对其中480个克隆进行斑点杂交筛选,共得到60个阳性克隆,选取其中29个克隆测序。通过序列分析比对,13个克隆与已知基因序列高度同源,同源性为85%~98%;另外的13个克隆为未知新基因序列。在13个同源性较...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
向飞宇 周金林 周勇志 龚海燕 沈杰
【目的】寻找镰形扇头蜱吸血后较吸血前唾液腺差异表达基因。【方法】以抑制消减杂交法分别构建镰形扇头蜱半饱血雌蜱和吸血雄蜱唾液腺以pGEM-T-easy为载体的cDNA文库,并测序进行生物信息学分析。【结果】分别测得247个雌蜱有效EST序列和168个雄蜱有效EST序列,并预测雌蜱可能含有5′末端和3′末端的EST序列分别为25个和44个,雄蜱可能含有5′末端和3′末端EST序列分别为53个和74个。随机选择非重复的24个雌蜱序列和21个雄蜱序列以RT-PCR方法验证消减效果;在吸血后唾液腺中,雌蜱有13个基因表达上调或新表达,消减效率为54%,雄蜱有9个基因表达上调或新表达,消减效率为43%。对...
[期刊] 水产学报
[作者]
鲍宝龙 杨桂梅 施志仪 任大明
为了克隆变态早期牙鲆头部差异表达的基因,采用抑制差减杂交法,以变态前的仔鱼头部表达的RNA作为驱动RNA,建立了牙鲆变态早期的差减cDNA文库,并利用相对定量RT-PCR对其进行了筛选。差减库的平均插入片段558bp左右,阳性率为81.8%。随机测定的45个克隆,在剔除假阳性克隆后,共得到22个不同的基因,其中13个为已知cDNA的同源基因,而另外9个为已知蛋白的同源基因,分别为prolactin receptor-like,COL1A1,M-3muscarinic receptor,Sfrs3,tropomyosin,ribosomal protein L27,ribosomal prote...
[期刊] 林业科学
[作者]
宋福强 孔祥仕 李季泽 常伟
利用抑制消减杂交技术筛选AM真菌在侵染紫穗槐的过程中紫穗槐差异表达的基因,共获得47个unigenes,其中35个显著匹配。根据GO分类信息、Blast注释信息和相关文献信息,显著匹配的35个unigenes基因按功能分为防御胁迫(24%)、物质代谢(17%)、能量代谢(14%)、蛋白合成(11%)、信号转导(11%)、细胞结构构建(11%)、转录(6%)、蛋白折叠和降解(6%)8类。其中,胁迫防御相关基因和代谢相关基因所占比例最大,表明二者在AM真菌和紫穗槐共生互作过程中起重要作用。这些基因广泛参与生物体生命活动的各个过程,因此AM真菌与紫穗槐共生的过程是一个系统涉及各种生物过程的活动。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
闵卓 耿万刚 房玉林 张振文 李华
【目的】葡萄新梢上的芽有冬芽和夏芽两种,根据这两种芽休眠特性的差异,筛选与芽生理休眠相关基因,进而从分子水平研究葡萄芽生理休眠的相关机制。【方法】以‘赤霞珠’葡萄新梢上冬芽和夏芽为材料,夏芽作为驱动方(driver),冬芽作为实验方(tester),采用抑制消减杂交技术(suppression subtractive hybridization,SSH)构建冬芽和夏芽的SSH-cDNA文库,筛选冬芽和夏芽差异表达的基因片段。通过NCBI同源比对,寻找与葡萄芽生理休眠相关的基因,并对差异表达基因进行功能注释和分类。最后,运用Real-time PCR技术对部分候选基因进行检测,以验证其与葡萄芽生...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
董登峰 李杨瑞 白云彩
抑制消减杂交(SSH)高灵敏、易操作、高效富集低表达丰度基因和均一化目的基因片断,广泛用于差异表达基因的分离和cDNA文库构建。在实验操作中常出现低表达mRNA和cDNA丢失、大片断连接效率低等问题,构建的文库质量差,文章通过改进萃取操作提高目的产物(mRNA和cDNA)回收率,回收率增加30%以上;通过采用PVPP、高浓度KAc专一性结合和LiCl沉淀等措施除去RNA中的多酚和多糖、进而增加可分离mRNA种类和含量,对应的Uni-EST种类增加近3倍,通过采用胶回收并分段连接保护大片断cDNA等措施使文库中转录本丰富度增加,大片段(500 bp以上)比例增大,cDNA平均长度增大,文库质量明...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
何炎森 何玮毅 陈晓静
采用抑制消减杂交(SSH)技术,以多花水仙的栽培品种‘黄花水仙2号’黄色花瓣和‘金盏银台’白色花瓣的cDNA分别作为测试子和驱动子,建立正、反向抑制消减杂交cDNA文库.随机挑选正、反向文库各216个阳性克隆测序,对已知功能的uniESTs进行基因本体论(GO)分类分析,荧光定量PCR检测部分可能参与色素形成的uniESTs.结果表明:水仙花色差异表达正、反向消减文库经检验质量可靠,为分离花色形成相关基因奠定了基础;GO功能分类分析显示,水仙花色差异可能受到多个代谢途径的影响;经初步筛选得到11个与水仙花色形成相关的uniESTs,为进一步克隆基因全长和功能验证提供参考.
关键词：
多花水仙 花色 抑制消减杂交
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
薛浩 张志宏 傅俊范 王丰 马跃
寒富苹果是沈阳农业大学育成的二倍体、抗寒大苹果品种,通过秋水仙素诱导获得寒富苹果同源四倍体在田间表现明显矮化等特性。为了探寻苹果同源四倍化后表型差异的分子机理,采用抑制消减杂交(suppression subtractive hybridization,SSH)技术,分别建立寒富四倍体上调和下调表达cDNA文库。分别从这两个cDNA文库中各随机挑取200个阳性克隆测序,发现其中有211条序列与已知植物基因同源性大于80%,定量RT-PCR验证了部分uni ESTs的表达趋势和表达水平。初步筛选获得了与植株矮化相关的BKI1和DWF4基因,与植物光合特性相关的光系统II中的关键基因Psb Z;发...
关键词：
抑制消减杂交 苹果同源四倍体 矮化
[期刊] 中国农业科学
[作者]
周华飞 罗楚平 王晓宇 张荣胜 陈志谊
【目的】采用转座子标签技术构建枯草芽胞杆菌Bs916突变体库,从突变体库中筛选对水稻细菌性条斑病菌抑菌效果发生显著变化的菌株并克隆插入位点的基因,获得生防菌Bs916中与抑制细菌活性可能相关的基因。【方法】携带转座子TnYLB-1的穿梭载体pMarA通过化学转化方法转化至枯草芽胞杆菌Bs916菌株,构建随机插入突变体库。通过平板抑菌试验从突变体库中筛选对水稻细菌性条斑病菌抑菌效果得到显著提高和下降的突变体;并采用PCR和Southern Blot验证转座子是否成功插入到Bs916染色体基因组上,利用反向PCR技术克隆转座子插入位点基因、测序并进行生物信息学分析。【结果】成功构建了枯草芽胞杆菌B...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
杨明 王日葵 周炼 葛文东 焦雁翔
【目的】探索椪柑枯水分子机理,寻找柑橘枯水应答基因,为柑橘枯水防治奠定基础。【方法】利用抑制性差减杂交技术以椪柑正常果肉cDNA作为Driver,以枯水果肉cDNA作为Tester构建正向差减文库。【结果】挑选了300个有效克隆进行测序分析,260个测序成功。经BLASTx比对分析,197条表达序列标签(ESTs)找到了分属于52个基因的同源序列;63条ESTs同源性较低或没有同源性。对文库中编码β-微管蛋白、衰老相关蛋白、细胞色素c、半胱氨酸蛋白酶、磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶、转运蛋白、天冬氨酸蛋白酶前体、WRKY转录因子21的基因进行实时定量RT-PCR验证,结果显示这8个基因均明显上调表达。...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
刘豪 王成辉 杨新鑫 王军 马玉清
为了解瓯江彩鲤红、白两种体色差异的分子基础,应用抑制性差减杂交(SSH)技术对这两种体色的差异表达基因进行了初步研究,以"全红"体色(全身体表为红色)彩鲤的cDNA为检验cDNA(Tester),以"粉玉"体色(全身体表为粉白色)彩鲤的cDNA为比对cDNA(Driver),进行抑制差减杂交。对筛选出的42个阳性克隆进行测序和序列比对,发现16条EST序列,其余26个克隆为空载体序列。在16条EST序列中,6条为鲤的线粒体DNA序列(鲤的线粒体:16S rRNA序列,COⅢ),5条为斑马鱼的相关基因序列(斑马鱼的骺蛋白聚糖、核心蛋白聚糖、光蛋白聚糖等相关基因;斑马鱼新型免疫型受体基因,Olfm...
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