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[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
吕淑霞 祝儒刚 刘月萍 张喆 胡英
建立扩增内标存在下同时检测副溶血弧菌tlh基因和trh基因的多重PCR方法。以细菌16SrDNA片段为扩增内标对照(internal amplification control,IAC),副溶血弧菌不耐热溶血毒素(thermolabile hemolysin,TLH)基因tlh和相对耐热直接溶血毒素(thermostable related hemolysin,TRH)基因trh为检测基因,设计引物,并优化多重PCR体系。特异性及灵敏度试验结果表明:该多重PCR体系检测致病性副溶血弧菌表现出极好的特异性。纯培养条件下,扩增内标存在时tlh基因和致病基因trh的检测灵敏度分别为1.3×102 c...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
林强 李宁求 付小哲 刘礼辉 石存斌 吴淑勤
以副溶血弧菌毒素调控基因(toxin regulations,toxR)作为靶标基因,设计特异性引物及TaqMan探针,以含toxR基因的质粒为模板,建立质粒拷贝数与CT值的标准曲线,分别采用含toxR基因质粒、纯培养的副溶血弧菌和添加副溶血弧菌的牡蛎(Ostrea)模拟样品进行灵敏度试验,结果表明,其灵敏度分别为15拷贝、18 CFU/mL和180 CFU/mL。同一个样品的30次重复性试验表明,试验内及试验间的变异系数分别为0.95%和1.5%。结果显示,本研究建立的副溶血弧菌荧光定量PCR检测方法特异性强、灵敏度高、重复性好,可用于牡蛎等水产品中副溶血弧菌的定量检测。
关键词：
副溶血弧菌 荧光定量PCR toxR基因
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
张海强 安伟 肖雨
为了监测上海市养殖对虾中副溶血弧菌致病基因的携带情况及潜在致病株流行情况,采用PCR方法对上海地区不同对虾养殖单位中分离获得的19株副溶血弧菌分离株及1株标准菌株进行6种致病基因的检测筛查,并采用ERIC-PCR方法进行基因分型分析。结果发现:19株副溶血弧菌中未检测出携带tdh、ORF8基因,只有1株携带trh基因,而tox RS/new基因携带率较高,19株中有14株检出阳性,基因携带率为73.7%。对能够引起对虾急性肝胰腺坏死病(AHPND)的副溶血弧菌特异性质粒基因的检测中发现,AP1和AP2基因均有3株检测出阳性,基因携带率均为15.8%。通过ERIC-PCR分型技术将20株副溶血弧菌分成7个不同的类群,其分辨力指数DI值为0.811,表明ERIC-PCR具有较好的基因分型能力,分型结果发现该方法能够有效区分不同时间段获得的菌株,而对不同地理位置获得的菌株区分并不明显。以上结果表明从养殖对虾中分离得到的副溶血弧菌致病基因携带率总体偏低,但存在一定的流行风险,需要防范一些新的致病株的流行,这些可以为对虾养殖单位中副溶血弧菌致病流行株的预防控制提供相关参考。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
李昊 张铭洋 于永翔 王印庚 张正 马翠萍 陈夫山
急性肝胰腺坏死病(AHPND)是对虾养殖过程中最常见、最严重的疾病，给对虾养殖造成重大经济损失。AHPND病原种类多、基因型复杂，现有的针对不同病原的检测技术目标导向较弱、检测成本高、时间消耗长，对虾健康养殖亟待开发AHPND的精准快速诊断技术。本研究针对AHPND病原体携带编码一种二元毒素pirA和pirB大型质粒的遗传共性，基于pirA和pirB基因设计特异性引物并建立微流控荧光定量PCR检测方法。该方法对致病基因pirA和pirB特异性强、灵敏度高，最低检测限分别为5.43×10~0和4.31×10~1 copies/μL，样品平均检测时间为26min左右。为进一步评估该方法在实际应用中的准确性，以含有pirA和pirB毒性质粒的副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)进行人工感染实验。结果表明，感染后的凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)鳃丝、肝胰腺、肠道和肌肉等组织随时间的推迟均能检测到pirA和pirB；从感染2h的结果来看，pirB比pirA检出率更高。此外，致病因子pirA和pirB比toxR的检出率更高，更适合对AHPND致病原的检测。本研究建立的微流控荧光定量PCR检测的方法具有快速、灵敏、高通量、污染少、现场检测、一体化集成等优点。该技术不仅适用于实验室，更符合养殖基层的现场快速检测需求，为及早认知疾病发生风险和病害精准防控提供了新的技术手段与理论支撑。
[期刊] 华北农学报
[作者]
刘代新 宁喜斌
运用PCR技术成功建立了检测产耐热直接相关溶血素(TRH)的副溶血性弧菌的方法,并应用该方法从1株标准株和其他3种不同来源的37株副溶血性弧菌中的13株扩增出0.5 kb的trh基因特异性扩增带;产TRH的副溶血性弧菌中1株标准株,12株分离自腹泻病人排泄物或呕吐物,1株分离自水产动物养殖用水;并且产TRH与尿素酶阳性的副溶血性弧菌菌株之间的具有一一对应的关系,结果认定尿素酶阳性是产TRH的副溶血性弧菌菌株的表现型。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
童桂香 黎小正 吴祥庆 黄鸾玉 黄光华 韦信贤
根据pir AVp基因保守序列设计特异性引物和TaqMan–MGB探针,经优化反应体系及条件,建立检测致对虾急性肝胰腺坏死病副溶血弧菌(VpAHPND)的TaqMan–MGB探针荧光定量PCR方法;以重组质粒为标准品制作标准曲线,并进行特异性、敏感性、重复性及临床应用试验。结果表明:该方法定量范围宽,起始模板浓度范围为1×101～1×109拷贝/反应时,标准曲线具良好的线性关系;最低检测限约为10拷贝/反应,与对虾其他病原菌及病毒无交叉反应,重复试验变异系数为0.37%～0.47%,可在1 h内完成单个样品检测;对临床对虾样品及水样的检测结果表明,与世界动物卫生组织(OIE)推荐的套式PCR法相比,可提高VpAHPND的阳性检出率,且检测为阳性的样品包含全部套式PCR法检测为阳性的样品。可见,应用TaqMan–MGB探针建立的检测VpAHPND的荧光定量PCR方法具有灵敏度高、特异性强、重复性好、能快速定量等优点,可用于临床对虾样品及水样的VpAHPND检测。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
黄伟德 肖双燕 黎姗梅 黄德生 张振豪 钟昌艳 陈福彩 梁毅 梁静真 黄钧
【目的】检测广西沿海地区凡纳滨对虾源副溶血弧菌的耐药性及部分相关耐药基因的携带状况,为凡纳滨对虾疾病防控以及副溶血弧菌耐药机制的深入研究提供基础数据。【方法】采用K-B纸片扩散法检测30株分离自广西钦州市、防城港市和北海市的副溶血弧菌对12种常见抗生素的耐药性,以PCR方法检测氨基糖苷类耐药基因ant(3")-I、磺胺类耐药基因Sul1、四环素类耐药基因tet(A)和β-内酰胺类耐药基因TEM在副溶血弧菌中的携带状况,通过SPSS软件进行菌株耐药表型和耐药基因的相关性分析。【结果】30株副溶血弧菌对试验药物的敏感率以氟苯尼考最高(96. 7%),其次是链霉素(90. 0%);耐药率以磺胺二甲嘧啶和青霉素G最高(均为96. 7%)。优势耐药谱型是SDM/SMD/PG/AMP和SMD/PG/AMP。PCR检测结果,ant(3")-I、Sul1、tet(A)、TEM基因的检出率分别为6. 7%、43. 3%、0. 0%和13. 3%。受试菌株共包含ant(3")-I-Sul1+tet(A)-TEM-、ant(3")-I-Sul1-tet(A)-TEM-、ant(3")-I-Sul1-tet(A)-TEM+、ant(3")-I+Sul1-tet(A)-TEM-和ant(3")-I-Sul1+tet(A)-TEM+5种耐药基因型,其中优势耐药基因型是ant(3")-I-Sul1+tet(A)-TEM-和ant(3")-I-Sul1-tet(A)-TEM-,各占40. 0%。相关性分析结果,氨基糖苷类、磺胺类、四环素类、β-内酰胺类抗生素耐药表型与对应耐药基因之间均未发现存在显著相关性。【结论】30株广西沿海凡纳滨对虾源副溶血弧菌对氟苯尼考最敏感,对磺胺二甲嘧啶和青霉素G耐药性最强;受试菌株共包含5种耐药基因型,优势耐药基因型是ant(3")-I-Sul1+tet(A)-TEM-和ant(3")-I-Sul1-tet(A)-TEM-。菌株的4类抗生素耐药基因与耐药表型之间均未发现存在显著相关性。
关键词：
凡纳滨对虾 副溶血弧菌 耐药性 耐药基因
[期刊] 西南农业学报
[作者]
贺晓晨 韩书煜 黎姗梅 胡大胜 黄德生 吴伟锋 黄钧 梁静真 胡庭俊
【目的】检测广西凡纳滨对虾源副溶血弧菌的耐药性和整合子—基因盒携带情况,为凡纳滨对虾副溶血弧菌病的防控及该菌耐药分子机制研究提供基础数据。【方法】采用K-B纸片扩散法测定副溶血弧菌对16种抗菌药物的敏感性;采用PCR检测I、II和III型整合子及I型整合子可变区基因盒的携带情况,并分析菌株整合子—基因盒携带情况与耐药性的相关性。【结果】104株广西凡纳滨对虾源副溶血弧菌对16种抗菌药物表现出不同程度的敏感性,其中,对氟苯尼考(FFC)的敏感性最高,敏感率达82.7%;对磺胺间甲氧嘧啶(SMM)、磺胺二甲嘧啶(SM2)和复方磺胺嘧啶(SD)的耐药性较强,耐药率达93.3%～100.0%。在2013-2018年,广西凡纳滨对虾源副溶血弧菌共有20种耐药谱,其中优势耐药谱为SD/SM2/SMM/SMD/SXT/RAD。PCR扩增结果表明,I型整合酶int1基因检出率为64.4%,sul1和qacEΔ1基因检出率分别为25.0%和27.9%。int1、sul1和qacEΔ1基因均为阳性的菌株检出率为22.1%。在int1、sul1和qacEΔ1基因均为阳性的菌株中,有6株检出携带基因盒,基因盒种类包括blaCTX-M-2-aadA1和blaVIM-60-aadA1-aacA。所有菌株均未检出II和III型整合酶基因。int1和qacEΔ1基因在广西北海市、钦州市和防城港市分离菌株中的检出率差异显著(P0.05,下同);头孢拉定(RAD)的耐药表型与blaCTX-M-2和blaVIM-60基因、新霉素(NEO)的耐药表型与aadA1和aacA基因、磺胺类的耐药表型与sul1基因均无显著相关性。【结论】广西凡纳滨对虾源副溶血弧菌对氟苯尼考的敏感性最高,可考虑将该抗菌药物作为广西凡纳滨对虾副溶血弧菌病防治的备选药物。副溶血弧菌对大部分抗菌药物的耐药表型与int1基因间未检测到显著相关性、基因盒与相应抗菌药物的耐药表型间相关性也不显著,但I型整合子的流行增加了广西凡纳滨对虾源副溶血弧菌产生多重耐药的可能性,因此应加强对弧菌整合子—基因盒的监控。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
王胜强 耿伟光 史成银 李晋 粟子丹
淋巴囊肿病毒（ＬＣＤＶ）、肿大细胞病毒属虹彩病毒（Ｍｅｇａ）、赤点石斑鱼神经坏死病毒（ＲｇＮＮＶ）、传染性造血器官坏死病毒（ＩＨＮＶ）、传染性胰脏坏死病毒（ＩＰＮＶ）、病毒性出血败血症病毒（ＶＨＳＶ）和传染性鲑鱼贫血症病毒（ＩＳａＶ）是养殖鱼类主要的病毒性病原，危害巨大。为实现这７种病原的高通量、同步检测，本研究在分析这７种病毒基因序列的基础上，设计了９组扩增子拯救多重ＰＣＲ（ａＲＭ－ＰＣＲ）引物，并对扩增体系中的Ｔａｑ酶、Ｍ～ｇ（２＋）、Ｄ ＮＴＰ、ＰＲＩＭｅＲ ＭＩｘ浓度及退火温度等参数进行调整和优化，结合基因芯片检测技术，建立了同步检测７种鱼类病毒的ａＲＭ－ＰＣＲ方法。优化后的ａＲＭ－Ｐ．．．
关键词：
鱼类病毒 多重检测 高通量 多重PCR
[期刊] 淡水渔业
[作者]
刘衍鹏 黄冠军 刘天强 李爱华 肖丹
根据弧菌属细菌(Vibrio spp.)共有的rpo A基因序列,比对和设计了一对PCR引物,建立了能够快速而准确地检测弧菌属细菌的通用PCR检测方法,该方法对靶标DNA的检测灵敏度为58 fg/μL,对菌液的检测灵敏度为2.7×102cfu/m L,能够区分该属细菌与其它属的细菌,具有极高的特异性。使用建立的方法对分离自南美白对虾的病原菌进行了检验,并结合16S r DNA序列分析,结果显示待检测病原均为弧菌属的细菌,与测序结果一致,说明该检测方法可用于弧菌属细菌的检测和诊断。
关键词：
弧菌属细菌 rpo A基因 特异性 检验
[期刊] 水产学报
[作者]
储卫华 陆承平
根据已发表的气单胞菌16SrDNA基因序列及气单胞菌气溶素(aerolysin)基因序列,设计了2对引物,建立了检测致病性嗜水气单胞菌的PCR方法。通过对12株气单胞菌的检测,发现16SrDNA引物具有高度的特异性,仅对嗜水气单胞菌扩增阳性。而Aero基因引物检测结果与采用生物学方法(鲜血平板法)检测的结果符合率为97.2%,且具有高度的敏感性,可检测最低1fg的模板。将16SrDNA与Aero基因结合PCR方法检测致病性嗜水气单胞菌与用致病性嗜水气单胞菌检测试剂盒的符合率为94.4%。该方法的建立为致病性嗜水气单胞菌的检测提供了一种简便、快速的途径,是一种比较实用的致病性嗜水气单胞菌的检测方...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
何玮玲 胡序建 程欣 黄明 周光宏
【目的】建立含有扩增内标(IAC,Internal amplification control)的用于食品中猪肉和鸡肉成分鉴别的Taqman探针实时荧光PCR检测方法。【方法】分别基于猪的beta actin基因和鸡的transforming growth factor基因设计引物和探针;考察引物和探针的特异性与灵敏度;设计并构建扩增内标,优化体系中扩增内标浓度,建立内标实时荧光PCR体系;使用该检测体系对鲜肉和熟肉来源的DNA模板进行检测评价;应用该体系对市售38份样本进行盲样检测。【结果】含有扩增内标的Taqman探针实时荧光PCR体系能有效地进行食品中猪肉和鸡肉成分的快速检测,非目标物种...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
刘旭 马立才 赵姝 李健 王元 房文红
为了建立一种能同时检测１类整合子、４类超级整合子和１型插入序列共同区的多重ＰＣＲ检测方法，根据Ｇｅｎ Ｂａｎｋ中１类整合子整合酶基因ｉｎｔ１、４类超级整合子整合酶基因ｉｎｔＳＸｔ和１型插入序列共同区转座酶基因ｉＳＣＲ１的序列，应用ＰＲｉｍｅＲ ＰｌｅＸ ２．６１设计３对特异性引物，通过改变引物浓度和退火温度对多重ＰＣＲ体系进行了优化。此后，评价了所建立多重ＰＣＲ体系的特异性和灵敏度，并应用于２２２株海水养殖源弧菌中３种整合子相关元件的检测。结果显示，设计的３对引物能分别单独且特异性地扩增出５６９ ＢＰ、４３０ ＢＰ和６５１ ＢＰ的目的条带；当ｉｎｔ１、ｉｎｔＳＸｔ和ｉＳＣＲ１３对引物（１０ Ｐ．．．
[期刊] 中国农业科学
[作者]
徐义刚 李苏龙 李丹丹 姜艳春 谢晓峰
【目的】金黄色葡萄球菌是一种人畜共患病的重要致病菌,主要经食品传播,引起食物中毒、组织及器官的化脓性炎症,建立快速、准确的检测方法对预防和控制金黄色葡萄球菌的传染具有重要意义。【方法】DNA环介导恒温扩增(loop-mediatedisothermalamplification,LAMP)是一种新颖的快速、高灵敏核酸扩增技术,本研究利用该技术建立金黄色葡萄球菌LAMP检测方法。基于金黄色葡萄球菌高度保守的Sa442基因序列,设计4条特异性LAMP扩增引物,两条外引物F3和B3及两条内引物FIP和BIP,在BstDNAPolymerase作用下,65℃恒温水浴中,对26个种类共45株细菌进行扩增...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
祝璟琳 王国良 金珊
溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)、副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)和哈维氏弧菌(Vibrio harveyi)是浙江省养殖大黄鱼(Pseudnosciaena crocea)弧菌病的主要致病菌。本研究选择针对溶藻弧菌和副溶血弧菌的胶原酶基因,哈维氏弧菌的部分ToxR基因的特异性,优化设计了3对特异性引物,通过进行多重PCR反应体系优化,多重PCR产物的测序鉴定与特异性和敏感性实验,建立了一种检测致病性弧菌的多重PCR检测方法。经过琼脂糖凝胶电泳后的条带分析判断,可以在一个PCR管中同时成功地检测这3种病原细菌,含溶藻弧菌、哈维氏弧菌和副溶血弧菌3...
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