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[期刊] 渔业科学进展
[作者]
吕芳 郭文 丁刚 刘玮 詹冬梅 吴海一
实验分别对2016和2017年我国近海10个铜藻漂浮地理种群以及3个定生种群的51个采集样本进行了ITS和cox I序列分析及相似性比对。结果表明,51个样本的cox I序列完全一致,ITS序列存在两个变异位点,按基因型的异同可分为四个类型,其中大连龙王塘、烟台大钦岛和南隍城岛的漂浮铜藻基因型相同,青岛金沙滩漂浮型、烟台大钦岛和大连獐子岛的定生铜藻基因型相同,威海俚岛和温州洞头的漂浮铜藻基因型相同,青岛雕塑园、王哥庄、大珠山、威海乳山的漂浮型和枸杞岛定生铜藻基因型相同,而同一种群内部即便是不同年份的个体间
[期刊] 水产学报
[作者]
应成琦 张婷 李信书 田千桃 霍元子 马家海 徐韧 王金辉 何培民
2008年6-7月在青岛近海海域再次发生大量浒苔漂浮现象,并且江苏连云港、如东近海海域也发生了浒苔漂浮现象。实验分别对青岛、连云港、如东海域采集样本进行了nrDNA的ITS全长序列和18S rDNA序列分析及相似性比对。结果表明,青岛、连云港、如东海域主要漂浮种类QD-01(青岛)、QD-02(青岛)、QD-03(青岛)、LY-01(连云港)、RD-02(如东)5个样品的ITS全长序列相似性为100%,表明青岛、连云港、如东三地沿海浒苔漂浮主要种类为同一种浒苔。18S rDNA序列分析结果也支持这个判断。根据相似性比对和BLAST分析结果,如东海域浒苔漂浮种类还发现少量另外2种绿藻(RD-01...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
刘晓 邹克琴 李素芳
【目的】建立直接将Hurst指数作为指标参数进行DNA序列相似性分析的方法。【方法】以11个物种β-球蛋白第一个外显子的编码序列作为分析对象,首先将DNA序列转化为数字序列,然后用重标极差分析法计算各编码序列的全序列Hurst指数,之后利用它们的Hurst指数构建距离矩阵进行相似性分析,并将建立的基于Hurst指数的DNA序列相似性分析方法与其他方法的分析结果进行比较。【结果】建立的基于Hurst指数的DNA序列相似性分析方法,较好地从相关性角度反映了分析序列的生物特性指标,具有较好的相似性分析效能。与其他方法相比,该方法分析结果的敏感性较高,有助于提高进化距离较近的分析对象间的区别度。【结论...
关键词:
Hurst指数 外显子 序列相似性
[期刊] 运筹与管理
[作者]
岳意定 訚军 柯海霞
股指时间序列的相似性分析是当前金融学研究的热点之一。为了提高股指时间序列相似性分析的准确度,从标度不变性、多重分形及波动聚集性三个层面定义了标度理论的度量指标,并基于此对股指序列进行表示。将分割后的每一序列子区间看作时间点,则分割、表示后的不同股指序列构成一个多指标的面板数据。基于面板数据特征及指标相对重要性,提出了一种新型的多指标面板数据相似性度量函数——复合距离函数,用以度量股指时间序列的相似性。聚类结果表明,相较于其他两种方法,基于标度理论和复合距离函数的相似性度量方法能够显著提高相似性度量的准确度,同时具有较强的稳健性。
[期刊] 统计与决策
[作者]
陈海兰 高学东
在时间序列数据挖掘中,传统的时间序列相似性度量算法没有考虑反映时间序列结构的关键点特征。为了解决该问题,文章提出了基于波动特征的时间序列相似性度量算法,并通过聚类进行了效果分析。研究中首先利用小波分析方法提取时间序列整体变化趋势,然后给出了针对小波分析得到的序列进行波动点识别的方法,构造出包含时间序列重要波动信息的波动点序列。最后提出了非等长时间序列的相似性度量方法计算波动点序列间的距离。实验结果表明,该时间序列度量方法能更好地反映时间序列的趋势特征。
关键词:
时间序列 相似性度量 聚类 波动特征
[期刊] 统计与决策
[作者]
周勇 林旬
本文给出用欧氏距离与时间弯曲距离进行时间序列相似性判断的缺陷,并给出基于欧氏几何图形相似理论的判定两个时间序列相似性的方法。文中给出两条折线的相似性的判断方法。又由于时间序列与折线之间的可转化性,就把判断两折线的相似性方法运用到判定两个时间序列的相似性上。最后,把这种方法应用到聚类分析中,取得较好的效果。
关键词:
时间序列 相似性 图象相似
[期刊] 情报理论与实践
[作者]
王刚 郭雪梅
[目的/意义]将基于时间信息的用户兴趣序列引入推荐方法之中可以动态获取用户的兴趣偏好,提高推荐质量。[方法/过程]首先,通过用户对资源的访问顺序得到用户兴趣序列,并提取用户访问记录之间的最长公共兴趣子序列(LCISS)和全部公共兴趣子序列(ACISS),以此为基础计算用户之间的兴趣序列相似性;然后对用户行为量化,得到用户—项目评分矩阵;最后,将用户兴趣序列相似性与用户相似性度量相结合,提出了基于用户兴趣序列的改进协同过滤推荐方法。[结果/结论]文章提出的方法与基于用户协同过滤推荐和混合推荐方法在实验数据集进行比较,实验结果发现该方法在推荐效果上优于对比方法。此外,通过实验数据分析了推荐方法中的参数取值对推荐效果的影响。[局限]由于动态获取用户兴趣序列的变化,使得当用户数量及访问资源增多时,推荐的时间复杂度上升。
[期刊] 统计与决策
[作者]
吴虎胜 张凤鸣
多元时间序列的相似性研究是近年来数据挖掘的热点和难点。文章对其涉及到的多元时间序列的相似模式表示、相似性度量、索引与查询方法等几个重要问题分别进行了阐述,重点就动态时间弯曲距离及其改进方法进行了综述,评述了一些典型的多元时间序列相似性研究成果,讨论了进行多元时间序列相似性研究所面临的挑战和未来研究方向。
[期刊] 统计与决策
[作者]
周勇 林珣
一、引言时间序列是一种重要的数据类型,对它的分析方法通常有数理统计模型法和数据挖掘方法。数据统计模型法是通过模型假设、参数估计、模型检验等手段
[期刊] 水产学报
[作者]
孙雪 吴晓微 李兴文 裴鲁青
用核基因组rDNA的内转录间隔区(ITS)和叶绿体rbcL基因对小球藻属(Chlorella)6株小球藻的种间和种内关系进行了分析。克隆序列与GenBank数据库检索到的相关小球藻序列(ITS和rbcL序列各为15条)一起进行比较分析。结果显示:ITS序列长度在小球藻种内高度保守,在种间变异较大;而rbcL序列长度在种间和种内水平都高度保守。15株小球藻ITS序列间遗传距离在0.000~0.663之间;而15株小球藻rbcL序列间距离在0.000~0.216之间。6株实验藻中原始小球藻F-2与蛋白核小球藻F-5、F-9近似种内关系;蛋白核小球藻820与普通小球藻Cvq亲缘关系极近;椭圆小球藻C...
[期刊] 统计与决策
[作者]
孟晓静 万源
文章针对在多元时间序列动态时间弯曲度量中出现一对多情形容易产生距离相同的多条匹配路径导致无法确定最优路线的问题,提出一种自适应代价动态时间弯曲的多元时间序列相似性度量方法(ACM-DTW)。首先,多元时间序列按变量纵向排列把每个变量中数值列作为向量看待,计算向量之间的欧式距离作为两条多元时间序列间的基础距离矩阵;然后,自适应代价函数更新权重减少点列的重复使用次数,运用ACM-DTW度量多元时间序列间的相似性;最后,计算k近邻法在不同数据集上分类准确率。实验证明,ACM-DTW能有效地改进匹配时一对多情形从而实现较好的匹配结果,具有良好的准确性。
[期刊] 统计与决策
[作者]
贾湖 朱博
文章针对股票市场的时间序列数据进行了时间序列相似性度量方法的研究,比较了目前各种度量方法的特点,提出了针对共同模式的相似性度量的方法,并选取了若干支股票收盘价数据对该方法的特点进行了考量。
关键词:
时间序列 相似性度量 模式挖掘
[期刊] 海洋渔业
[作者]
陈斌斌 马家海 张天夫 高嵩 胡翔 杨建强 何培民
对采自2008年、2009年中国沿海的石莼属(Ulva)海藻进行了ITS基因间隔区序列和5S rRNA序列系统发育分析,探讨了绿潮藻的分类问题。根据ITS序列分析结果,绿潮藻中存在着几个不同的种,包括LPP复合体(Ulva linza-procera-prolifera)中的种类以及Ulva compressa。绿藻的5S rRNA序列系统分析结果的差异性较明显,但也在一定程度上印证了上述结论。根据本文中ITS基因间隔区及5S rRNA序列分析结果,本实验采集到的绿潮藻的后代中至少存在U.prolifera、U.linza和U.compressa三个种类。据此推断,我国黄海海域2008年、20...
[期刊] 水产学报
[作者]
毕燕会 杨旭 周志刚
为研究不同地理种群瓦氏马尾藻ITS的序列变异,实验采用PCR扩增和序列测定方法,获得了3个不同地理种群15株瓦氏马尾藻的ITS全长序列,并进行序列分析。结果显示,15个个体共出现4种不同的ITS序列,它们相应的ITS1、5.8S、ITS2长度相同,均为762、158和507 bp,共有3个位点发生碱基变异。结合从GenBank中下载的马尾藻科3个属24种马尾藻的ITS序列,以羊栖菜属的羊栖菜,喇叭藻属的拟小叶喇叭藻和下延喇叭藻作为3个外群,采用邻位相连法构建分子系统进化树,结果显示,瓦氏马尾藻的ITS序列优先聚在一起然后以较高的置信度与南海马尾藻和球囊马尾藻聚为一支,在系统发生上显示出更近的亲...
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
侯丽冰 贺伟 刘小勇 杨佐忠
首次对我国松干锈菌的核糖体DNA中的内转录间隔区 (ITS)序列进行了测定 ,并与得到普遍承认的国外柱锈菌属其它种的ITS进行了比较 .运用PAUP和TREECON软件进行系统发育分析并得到了一致的结果 :我国Cron artiumflaccidum和C .quercuum的菌株各自分别形成一个分支 ,而C .ribicola按锈孢子寄主分成了红松和华山松两个分支 ,红松上和华山松上的C .ribicola相互间遗传距离很大 ,分别和其它的种平行 ,该结果显示了原来被鉴定为C .ribicola的我国特有的华山松疱锈菌 ,可能是一个不同于C .ribicola的独立的种 .
关键词:
松干锈菌 柱锈菌属 ITS
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