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[期刊] 林业科学
[作者]
2013年2月24日,"The draft genome of the fast-growing non-timber forest species moso bamboo(Phyllostachys heterocycla)"(快速生长的非木质森林植物毛竹基因组草图)一文在Nature Genetics(《自然遗传学》)(影响因子35.53)在线发表,这标志着我国毛竹基因组测序工作圆满完成,是我国重要生物资源
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
刘萱 邹龙海 周明兵
【目的】对黄槽毛竹Phyllostachys edulis f. luteosulcata叶绿体基因组进行组装、注释和分析,并与其他毛竹Ph.edulis种下分类群比较叶绿体遗传信息差异和系统进化关系。【方法】利用高通量二代测序数据组装了黄槽毛竹的叶绿体基因组序列并进行了基因结构注释,通过生物信息学分析软件进行其组成、密码子偏好性、重复序列等分析。通过序列比对和系统进化分析,比较不同毛竹种下分类群的系统进化关系和基因组序列差异。【结果】黄槽毛竹的叶绿体基因组是长度为139 678 bp,包含132个基因的双环DNA;包含蛋白质编码基因85个、核糖体RNA (rRNA) 8个和转运RNA (tRNA) 39个。该基因组的最优密码子偏好使用以A/U碱基结尾,包含49个重复序列、55个简单重复序列(SSR)位点,其中简单重复序列最多的类型为A/T。利用叶绿体基因组序列构建的系统发育分析显示:黄槽毛竹与其他毛竹种下分类群共同组成单系分支,且与毛竹原变种Ph. edulis var. pubescens亲缘关系最近。基于7个毛竹种下分类群的叶绿体基因组序列和编码基因特征分析显示:毛竹种下分类群之间存在着编码基因数量和结构差异,编码区和非编码区存在较低程度序列变异。【结论】首次对毛竹种下分类群的叶绿体基因组进行比较分析,并揭示了这些种下分类群存在着一定程度的序列差异。这些变异资料可以用于毛竹种下分类群的鉴定比较。图5表2参27
[期刊] 林业科学研究
[作者]
高志民 范少辉 高健 李雪平 蔡春菊 彭镇华
应用CTAB法、改良CTAB法、改良CTAB-高盐沉淀法对毛竹基因组DNA进行了提取,并用紫外分光光度计(UV3300)、琼脂糖凝胶电泳和PCR分析对提取的DNA进行了检测,对DNA的产量、质量、PCR效果等方面进行了综合比较。结果表明:改良CTAB-高盐沉淀法是提取高质量毛竹基因组DNA的较好方法。
关键词:
毛竹 基因组DNA CTAB法
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
王书伟 周明兵
【目的】对毛竹Phyllostachys edulis ICE基因家族进行鉴定及分析,找出响应毛竹抗寒关键家族成员,研究毛竹ICE基因的生物学功能、响应低温胁迫的分子机制及遗传转化,为提高毛竹抗寒性奠定理论基础。【方法】利用生物信息学方法分析毛竹ICE基因家族成员,并对4、0、-2℃低温处理0(对照)、0.5、1.0、24.0、48.0 h的毛竹生理指标和ICE基因的表达模式进行分析。【结果】共鉴定了4个毛竹ICE基因。保守结构域和多重序列比对分析表明:PeICE基因结构高度相似。系统发育关系及启动子顺式作用元件分析显示:PeICE基因与水稻Oryza sativa亲缘关系更近,同时存在大量与非生物胁迫相关的顺式作用元件。活性氧自由基(ROS)染色发现随着处理时间增长,ROS染色逐渐加深,但是其0℃处理24.0 h、-2℃处理1.0 h后染色逐渐减弱。脯氨酸(Pro)质量摩尔浓度、超氧化物歧化酶(SOD)活性显示:4和0℃条件下,Pro质量摩尔浓度和SOD活性整体增加,但-2℃时低于对照。过氧化物酶(POD)活性显示:在3个低温处理下均增加。ICE基因表达模式分析发现:4、0℃处理时PeICE表达量整体增加,且都以PeICE3增量最明显;而-2℃处理下PeICE整体表达量水平低于对照。【结论】随着温度降低和处理时间增强,毛竹受到的损伤不断增强,其内酶活系统以及ICE基因积极响应低温胁迫,其中,PeICE3对低温胁迫最为敏感,但在-2℃时,ICE基因表达量并未增加,推测该基因家族响应了寒冷胁迫而非冷冻胁迫。图7表1参42
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
管雨 杨洋 张智俊 罗淑萍 汤定钦
从毛竹Phyllostachys pubescens幼嫩叶片中提取纯化得到高质量的基因组DNA,经限制性内切酶BamH I对它们进行梯度酶切,脉冲场电泳选择合适酶切DNA片段,与脱磷酸化处理过的质粒载体pCLD04541按质量比3∶1相互连接,转化大肠杆菌Escherichia coli DH10B感受态细胞进行蓝白斑筛选,挑取白色克隆,获得重组率较高的阳性克隆,构建了含有104个克隆的双元细菌人工染色体(BIBAC)基因组文库,并通过脉冲场电泳检测分析后确定,所构建的毛竹BIBAC文库平均插入片段为105 kb,约覆盖5倍毛竹基因组。该文库的构建为毛竹基因组研究做好了前期的基础工作。
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
黄笑宇 许在恩 郭小勤
密码子使用偏好性是物种在遗传信息传递过程中的一个重要特点,分析物种的密码子使用偏好性对于了解该物种遗传信息的传递规律具有重要意义。应用Codon W软件对毛竹Phyllostachys edulis基因组中的26 103个蛋白质编码基因序列进行了分析,计算了位于密码子3个位置的G+C含量、有效密码子数、同义密码子的使用频率等,确定了毛竹的最优密码子。结果显示:毛竹密码子第1位和第3位的G+C含量明显高于第2位,表现出对以G或C碱基开头和结尾的密码子发生强烈偏向使用,且确定的26种最优密码子均以G/C碱基结
关键词:
植物学 毛竹 密码子偏好性 最优密码子
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
王洪程 梅楚刚 昝林森 成功 李安宁 王洪宝
牛作为反刍动物的代表,具有独特的生物学特征和重要的哺乳动物进化地位,是人类生产活动的重要工具和肉、奶等物质需求的主要来源。近10年来,牛全基因组研究取得了很多重要的进展,为解释牛的生物学特征和加快品种的分子育种进程发挥了重要作用,文章重点介绍了牛全基因组测序的相关研究成果,以及测序工作完成后的研究进展,讨论了牛全基因组测序工作的机遇、研究重点,以及今后面临的挑战。
关键词:
牛 全基因组 测序
[期刊] 林业科学研究
[作者]
范春节 王晖 卢孟柱
以毛竹叶片为材料,采用小RNA高通量测序结合生物信息学对小RNA数据库进行组装,进一步分析了毛竹中存在的病毒和类病毒,并采用RT-PCR和RACE进行验证。结果表明:在竹子样品中存在水稻东格鲁病毒(RTBV),覆盖率达到91.0%。在毛竹样品中扩增得到1 992 bp RTBV病毒类似序列,占其基因组的24.9%。RTBV病毒在多个毛竹样品中存在且不存在多态性。RTBV病毒可能是一个古老的植物病毒,在进化过程中禾本科植物将其序列整合到基因组中来防御RTBV病毒的浸染。
关键词:
毛竹 高通量测序 小RNA RTBV病毒
[期刊] 华北农学报
[作者]
阿尔祖古丽·买买提吐尔逊 张子俊 张卫红
为了获得五家渠尖缘螺线粒体基因组全序列,分析其组成特征,探讨其与同科的腐败琥珀螺以及肺螺亚纲相关类群之间的系统发育关系,运用Illumina Hiseq 2000高通量和Sanger测序技术以及MITOS在线注释及Genious R11.0等软件,对五家渠尖缘螺线粒体基因组序列进行了测序与分析。结果表明,五家渠尖缘螺线粒体全基因组序列长度为14 086 bp (GenBank登录号:MT670402),AT含量为75.64%,GC含量为24.36%。全基因组序列由13个蛋白质编码基因,22个tRNA基因,2个rRNA基因及1个非编码区组成。13个蛋白质编码基因使用ATN、TTN等为起始密码子,使用TAN、CAT、T等为终止密码子。22个tRNA基因中tRNA~(Ser1)和tRNA~(Ser2)缺失DHU臂。A+T富集区位于COX1与tRNA~(Val)之间,长度为42 bp。五家渠尖缘螺和同科的腐败琥珀螺线粒体基因组基因排列顺序和结构基本相似。从GenBank上下载有关肺螺亚纲及后鳃亚纲的部分种类线粒体全基因序列,构建基于线粒体基因组序列的系统进化树,并对琥珀螺科种类进行系统发育分析。结果显示,五家渠尖缘螺与腐败琥珀螺聚在一起,有较近的亲缘关系。目前,在GenBank有关琥珀螺科线粒体全基因组序列的信息非常少,本研究丰富琥珀螺科种类的基因序列信息,为将来的琥珀螺种类的系统发育分析、资源保护及遗传多样性等研究提供基础数据。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
苹果蠹蛾(Cydia pomonella L.)属鳞翅目卷蛾科,具有极强的适应性和抗逆能力,是仁果类果树的毁灭性害虫。1953年首次在我国新疆库尔勒发现,并迅速扩散危害,1987年随旅客携带物传入甘肃敦煌,造成了重大经济损失,是我国重点防控的检疫对象。近日,由中国农业科学院植物保护研究所、南京农业大学等科研单位联合启动了苹果蠹蛾的基因组测序工作。研究团队对苹果蠹蛾进行了10余代的纯化,建立了纯化品系。利用流式细胞分析和小片段文库前期测序等方法,对苹果蠹蛾基因组进行了初步的基因组前期分析。结果显示,苹果
[期刊] 中国林业科学研究院
[作者]
李利超
竹子作为重要的森林资源在保障我国木材安全、生态安全等方面发挥着重要作用。漆酶(Laccase,LAC)是一种铜蓝氧化酶,参与木质素单体聚合以及非生物胁迫响应。本文以毛竹(Phyllostachysedulis)为实验材料,在对LAC家族基因进行了全基因组分析的基础上,重点对2个漆酶基因PeLAC和PeLAC190进行了研究,以期为竹子分子育种提供理论依据。主要研究结果如下:1.通过生物信息学分析发现,在毛竹基因组中共有LAC基因同源序列23条,其基因结构、理化性质存在着明显差异。构建系统进化树分析结果表明
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
梅楚刚 王洪程 昝林森 成功 李安宁 赵春平 王洪宝
动物基因组学研究是进行动物遗传资源保护和利用以及分子育种的一项重要基础工作,高通量测序技术的出现为动物基因组学研究带来了革命性飞跃。文章对基于高通量测序技术的动物基因组从头测序、重测序、简化基因组测序等基因组学研究进行了综述,总结了相关的生物信息分析内容,并对不同分析工具及方法进行了比较分析。最后,讨论了当前高通量测序技术存在的问题,对该技术未来发展方向进行了展望。
关键词:
高通量测序 动物基因组 数据处理
[期刊] 中国科技论坛
[作者]
曾德聪
今天,充分发挥科学家的作用,已经成为我国现代化建设事业顺利发展的一个重要因素。在我国历史上,科学家从来没有象现在这样受到如此高度的重视。对科学家作用的研究,正在引起人们的广泛注意。党的三中全会以来,我们国家在这一方面已经取得了前所未有的进展。然而,系统地阐述科学家作用的论著尚不多见,如何全面地认识科学家的作用问题,也还没有完全解决,从而直接影响到科学家作用的充分发挥。领导
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