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[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
冯冰冰 李家乐 牛东红 陈琳 周志强 郑岳夫 郑凯宏
通过对我国四大海域野生三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)9个群体线粒体DNA控制区基因片段进行扩增和测序,得到长度为530 bp的片段。分析结果表明:83条序列T、C、A、G4种核苷酸的平均含量分别为36.6%、16.1%、36.6%、10.7%。共检测到91个变异位点,其中缺失/插入位点2个,转换位点76个,颠换位点3个,转换、颠换同时存在位点10个。83个个体具有66种单倍型(hap lotype),单倍型比率为79.5%,对9个群体用MEGA3.1构建NJ分子树,聚类结果显示黄海、东海、渤海6个群体之间的相对遗传距离比较近,聚在了一起,南海3个群体相对遗传距离...
[期刊] 水产学报
[作者]
杨爽 宋娜 张秀梅 王云中 王四杰 高天翔
为研究山东沿海三疣梭子蟹增殖放流亲蟹群体的遗传多样性状况,实验采用536 bp的线粒体DNA控制区片段作为分子标记,对4个亲蟹群体的遗传多样性和遗传结构进行了分析。结果显示,301个三疣梭子蟹个体共检测到155个单倍型,4个群体的单倍型多样度为0.972 3~0.993 0,核苷酸多样度为0.021 2~0.023 6,表现出丰富的遗传多样性。AMOVA分析和Fst分析结果均显示,4个三疣梭子蟹亲蟹群体间遗传分化微弱,未形成明显的遗传结构,NJ系统树中未出现与各群体相对应的的谱系分支。研究表明,4个增殖放流亲蟹群体的遗传多样性丰富,且其遗传结构与放流海域的野生群体间没有明显分化,种质资源质量较...
[期刊] 海洋渔业
[作者]
王景 张凤英 蒋科技 马春艳 宋炜 林楠 姜亚洲 李圣法 程家骅 马凌波
通过对分布在东海区远海区(济州岛海域)和近海区(长江口以南和以北海域)的三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)自然群体线粒体COⅠ基因部分序列的测定,比较并分析了其群体遗传多样性和遗传结构。在24个采集点共286个样本的线粒体COⅠ序列中共检测到45种单倍型,单倍型多样性为0.864;核苷酸多样性为0.002 84,平均核苷酸变异数是1.686,其中有23个单倍型为单个采集点所独享,Hap3出现频率最高,在23个采样点的83个样本中均有发现,是所有三疣梭子蟹样本的共享中心单倍型。群体遗传多样性分析显示,远海区群体的遗传多样性水平最高,其次为长江口以北群体,长江口以南群体...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
刘汝 许强华
采用磁珠富集法筛选三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)的微卫星序列。经Sau3AI酶切后的200～1000bp DNA纯化片段,与两端已知序列的人工接头连接,用含有生物素标记的(CA)12和(GA)12探针杂交,根据磁珠的链酶亲和素与生物素特异结合的特性,捕获含微卫星序列的单链DNA,以此为模板用人工接头序列为引物进行PCR扩增,随后将获得的片段连接到PMD18-T载体上,转化至DH5α感受态细胞中,成功构建了微卫星富集文库。测序其中的60个阳性克隆,得到42条微卫星序列(基因登录号为:HQ283153-HQ283194),除探针使用的CA/GT、GA/CT重复外,还...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
高俊娜 刘萍 李健 潘鲁青 高保全 陈萍
采用PCR扩增技术对三疣梭子蟹日本北海道群体、韩国东海岸群体和我国山东即墨市会场村群体3个野生群体的16S rRNA和COI基因片段进行了扩增和测序,分别得到了长度为523和658bp的片段。通过统计变异位点、平均核苷酸差异数和核苷酸多样性指数,分析比较了不同群体间的序列差异和遗传多样性水平。结果显示,我国会场三疣梭子蟹野生群体的遗传多样性水平较低。用MEGA4.0软件中的NJ法构建的分子进化树,基于16S rRNA片段构建的NJ系统树所反映的分类关系与基于COI基因片段构建的系统树并不一致,主要不同在于与日本蟳的分类关系上,基于16S rRNA基因片段构建的NJ系统树显示梭子蟹科的3个属聚为...
[期刊] 水产学报
[作者]
赵莲 李志辉 张培 薛蓓 赖晓芳 高焕 阎斌伦
为获得三疣梭子蟹线粒体全基因组(mt DNA)SNP突变位点,本研究针对其mt DNA全序列设计了179对引物,采用高分辨率熔解曲线(HRM)检测技术对SNP进行了筛查。在179对引物中,有89对引物具有特异性扩增结果;进一步研究表明,89对引物中共有22对引物的扩增区域含有SNP突变位点,共包含24个SNPs。统计结果显示,三疣梭子蟹线粒体基因组中的SNP分布频率为0.15/100 bp,其中转换突变比例为79.1%、颠换突变比例为16.6%;C/T(G/A)突变比率为79.1%、G/T(C/A)突变比
[期刊] 海洋水产研究
[作者]
施慧 许文军 徐汉祥 史海东
"牛奶病"是近年来秋、冬季三疣梭子蟹暂养过程中发生的一种危害较大的流行性疾病,患病蟹的体液和肌肉组织中有大量的酵母菌。根据GenBank中的假丝酵母菌的18S rRNA基因序列设计合成引物,用PCR扩增患"牛奶病"三疣梭子蟹上分离到的酵母菌的部分18S rRNA基因,PCR产物经纯化回收后克隆入pUCm-T载体,筛选出阳性克隆进行测序,测序结果与已发表的序列进行同源性比较,同时以蟹源弧菌和寄生虫的DNA样本为对照。结果,所测序列与GenBank中假丝酵母菌的18S rRNA基因的同源性为84.4%～100%。同时,仅从试验用酵母菌DNA样本中扩增出了532bp左右的特异性片段,其他对照样本均未...
[期刊] 水产学报
[作者]
朱冬发 王春琳 李志强
实验用三疣梭子蟹于2003年3月-2004年6月购自浙江象山石浦港。以成熟卵、精巢、胚胎及状幼体等为材料进行三疣梭子蟹染色体数目和核型的研究。染色体制片采用组织切片法和气干法,用Olympus显微镜进行观测、摄影,依据Levan等的染色体分类标准进行核型分析。结果表明,精巢最适宜进行三疣梭子蟹染色体计数,卵内状幼体最适宜做核型分析。三疣梭子蟹染色体的数目是2n=106,n=53。核型分析显示,三疣梭子蟹有20对(第1~20号)中部着丝粒染色体(m)、3对(第21~23号)亚中部着丝粒染色体(sm)和30对(第24~53号)端部着丝粒染色体(t)。因此,三疣梭子蟹核型为2n=106=40m+6s...
关键词：
三疣梭子蟹 染色体 核型
[期刊] 水产学报
[作者]
宋娜 高天翔 王志勇
采用线粒体DNA控制区序列比较分析了路氏双髻鲨日照和霞浦群体的遗传结构及遗传多样性现状。研究结果显示:在长度为548 bp的mtDNA控制区序列上,34尾路氏双髻鲨个体仅检测到5个单倍型,两群体均呈现出较低的遗传多样性水平,日照群体的单倍型多样度(h)、核苷酸多样度(π)以及两两序列比较的平均碱基差异数(p)(h=0.6000±0.1305;π=0.0046±0.0031;p=2.5333±1.4856)略高于霞浦群体(h=0.5109±0.0955;π=0.0024±0.0017;p=1.2899±0.8373);邻接关系树显示,5个单倍型明显分为两支,净遗传距离为0.016;群体遗传分化指...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
赵莲 李志辉 张培 薛蓓 赖晓芳 张庆起 高焕 阎斌伦
为开发三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)增殖放流分子标志技术,本研究在前期获得三疣梭子蟹线粒体基因组24个SNP位点的基础上,采用高分辨率熔解曲线(HRM)检测技术对4个用于增殖放流的家系(A、B、C和D)(代表约80120万个放流个体)进行了鉴别工作。结果显示,含有SNP位点的22条PCR扩增序列中,有9条SNP位点扩增产物在亲代(母本)及其子代的28个个体之间具有基本一致的熔解峰,且子代个体间T_m的均一性较好,无明显差异;进一步以序列已知的野生型及其突变体作为同一SNP引
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
赵莲 李志辉 张培 薛蓓 赖晓芳 张庆起 高焕 阎斌伦
为开发三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)增殖放流分子标志技术,本研究在前期获得三疣梭子蟹线粒体基因组24个SNP位点的基础上,采用高分辨率熔解曲线(HRM)检测技术对4个用于增殖放流的家系(A、B、C和D)(代表约80~120万个放流个体)进行了鉴别工作。结果显示,含有SNP位点的22条PCR扩增序列中,有9条SNP位点扩增产物在亲代(母本)及其子代的28个个体之间具有基本一致的熔解峰,且子代个体间Tm的均一性较好,无明显差异;进一步以序列已知的野生型及其突变体作为同一SNP引物扩增片段,在各家系间分析HRM标准曲线,这9个SNP可以成功用于三疣梭子蟹4个放流家系的鉴别。在这9个SNP位点中,可鉴定C家系的有5个,可鉴定B家系的有2个,可鉴定A、D家系的各1个。该研究结果为三疣梭子蟹种质资源的鉴定及标志放流工作的开展提供了技术支持。
[期刊] 华北农学报
[作者]
涂剑锋 徐佳萍 王洪亮 李一清 邢秀梅
为了解马鹿种群遗传结构和分化水平,测定了马鹿5个亚种11个地理群共计146个体线粒体DNA控制区全序列。序列分析检测到167个变异位点,确定了54种单倍型;各个亚种呈现较高的单倍型多样性(h:0. 600～0. 959)及中等程度的核苷酸多样性(π:0. 006 3～0. 012 6)。中性检验仅发现甘肃马鹿显著性偏离中性突变,亚种间遗传分化指数FST> 0. 5、基因流Nm
[期刊] 海洋水产研究
[作者]
高保全 刘萍 李健 迟恒 戴芳钰
通过对鸭绿江口、莱州湾、海州湾和舟山4个采样地点的三疣梭子蟹Portunus tritubercula-tus12项形态性状的测量,采用相关分析和通径分析方法,计算了以形态性状为自变量对体重作依变量的相关系数、通径系数、决定系数及相关指数,定量分析了形态性状对体重的影响效果。结果表明,三疣梭子蟹12个形态性状均与体重的相关系数达到极显著水平(P
关键词：
三疣梭子蟹 形态性状 相关分析 回归分析
[期刊] 海洋渔业
[作者]
孙鹏 李杰 尹飞 彭士明 柳敏海 施兆鸿
利用线粒体控制区序列研究了条石鲷养殖群体的遗传多样性水平和遗传结构。通过PCR扩增与序列测定获得了长度为469 bp的线粒体控制区基因片段,在30个个体中共发现27处碱基变异,A、T、G、C碱基的平均含量分别为36.5%、30.2%、12.5%和20.8%,A+T含量明显高于G+C含量。30条线粒体控制区序列共定义了11个单倍型,存在27个多态性位点,产生27个突变。其中,包含简约信息位点13个,发生转换7次,颠换1次,没有发现插入或缺失现象。单倍型多样性(Hd)为0.892,核苷酸多样性(Pi)为0.013 8,平均碱基差异(K)为6.473。采用邻接法(Neighbor-joining,N...
关键词：
条石鲷 线粒体控制区 遗传多样性
[期刊] 水产学报
[作者]
彭银辉 周于娜 刘旭佳 黄国强 蔡小辉 潘英
为了解光裸方格星虫的群体遗传结构和种质资源状况,对北部湾海域光裸方格星虫6个地理野生群体(广西北海、湛江、钦州、防城港、海南儋州,以及越南海防)共93个个体的线粒体DNA(mtDNA)控制区序列进行分析。共检测到107个变异位点,定义了85个单倍型,序列对AT有明显的偏倚性,群体总的单倍体多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.998和0.018 89。单倍型邻接聚类树分析6个群体无明显分支,各单倍型分布于单倍型网络中介图中亦没有明显的地理分支。各群体间的遗传分化系数Fst值为–0.018 130.
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