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[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
刘芳 林英任 王士娟 高小明 陈莉 贾国军
通过组织分离法对采自安徽各地的悬钩子皮下盘菌(Hypoderma rubi)鲜材料进行分离培养,共获得12个纯菌株,对各菌株进行DNA提取、rDNA-ITS区PCR扩增和序列测定.序列比较分析表明,悬钩子皮下盘菌ITS序列长度为443-456bp,G+C含量为48.7%-51.5%;不同菌株间的ITS区序列变异较大,该菌种内遗传多样性丰富.同时利用MEGA 4.1软件中的邻接法(neighbour-joining method,NJ)构建系统发育树表明,寄主种类对悬钩子皮下盘菌种内遗传多样性会产生较大影响,木本植物和草本植物上的悬钩子皮下盘菌菌株可能是亲缘关系较远的2个类群;该菌种内遗传差异与...
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
贾姝 赵奎华 刘长远 梁春浩 关天舒 王辉 张里 谢小平
为明确辽宁地区葡萄霜霉病菌的遗传变异规律,对采自辽宁省不同地区的21株葡萄霜霉病菌提取DNA,采用特异性引物进行rDNA-ITS序列扩增与测定,并利用Clustalx1.83及MEGA4.0软件进行聚类分析,分析其遗传多样性。试验结果表明:21株葡萄霜霉病菌的ITS序列长度为1306~1781bp,GC含量为34.16%~36.09%;菌株遗传距离为0~0.069;以遗传距离0.01划分为2个类群,以遗传距离0.005划分为3个亚群。采自沈阳的SYK菌株和采自朝阳的CYE菌株遗传距离为0;采自大连的2个菌株分别属于类群Ⅰ的2个亚群,遗传距离为0.016。采自沈阳的6株菌株分别属于2个类群,聚类...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
杨燕 田鸿 张小平 毋校辉 罗金洲
【目的】目前羊肚菌栽培菌种品性退化,羊肚菌种质资源的筛选评价对于选育优质新品质具有重要意义。【方法】本研究采用核糖体DNA转录间隔区(Internal Transcribed Spacer,ITS)序列分析技术,对收集到的18个羊肚菌菌株进行菌株鉴定和系统发育分析,同时应用ISSR(inter-simple sequence repeat)分子标记手段,进行遗传多样性以及亲缘关系分析。【结果】10个菌株为梯棱羊肚菌(Morchella importuna),2个为六妹羊肚菌(Morchella sextelata),4个为高羊肚菌(Morchella elata),2个野生羊肚菌为粗柄羊肚菌(Morchella crassipes)。ISSR聚类分析显示出供试菌株的总体相似性为0.52,相似系数为0.54时聚为两大类群。【结论】18株菌株间具有明显的遗传多样性。
关键词：
羊肚菌 ITS ISSR 系统发育
[期刊] 中国农业科学
[作者]
彭斌 刘丽锋 吴会杰 田莉莉 周增强 古勤生
【目的】分析苹果轮纹病菌(Botryosphaeria berengeriana)的遗传多样性并确认其优势类群。【方法】对采集分离的64个菌株进行形态特征和致病性测定,对部分菌株的进行了ITS序列测序,采用ISSR分析这些菌株的遗传多样性。【结果】通过形态特征和致病性明确了所分离的64个菌株是苹果轮纹病菌。17个菌株ITS序列与贝格伦葡萄座腔菌(Botryosphaeria berengeriana de Not f.sp.piricola(Nose)Koganezawa et Sakuma)的序列一致,并且被分成两个类型H1和H2。用13条ISSR引物从64个菌株中扩增出121条条带,其中8...
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
陈璐 高增贵 庄敬华 张硕 高金欣
对采自辽宁省部分地区的45份玉米顶腐病病株进行分离培养,共获得89株镰孢菌,采用传统形态学分类和现代分子生物学方法,共鉴定出4个种,分别为:亚粘团镰孢菌(Fusarium subglutinans)、轮枝镰孢菌(F.verticillioides)、层生镰孢菌(F.proliferatum)和尖孢镰孢菌(F.oxysporum)。经EF-1a基因序列建立系统发育树,将顶腐镰孢菌分为4个组。用5条通用引物经UP-PCR扩增后,扩增出57条谱带,其中多态性条带53条,占总条带数的93.0%。遗传多样性分析表明,当相似系数0.626时,可将24个菌株划分为4个组,EF-1a基因序列与UP-PCR和I...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
唐传红 唐庆九 张劲松 杨焱 刘艳芳 周帅
以24株虫草无性分离物和1个蛹虫草子实体为材料,利用ITS序列分析和ERIC-PCR方法对这些材料进行了遗传多样性分析。结果表明:ITS序列分析表明蝉花的无性分离物4645(菌生轮枝菌Lecanicillium fungicola)与蝉花的无性分离物4644和4646及蛹虫草的无性分离物亲缘关系较近,而冬虫夏草无性分离物4634及4636则为膨大弯颈霉Tolypocladium inflatum;蛹虫草Cordyceps militaris无性型与蝉花Cordyceps cicadae无性型(4644、4646)及无性分离物4645聚成一族,而冬虫夏草分离物4634及4636与冬虫夏草的关系较...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
唐玉凤 张露 田虹 赵登梅 王顺富 李慧龙 桑正林 全勇
【目的】探究乌蒙山自然保护区野生猕猴桃（Actinidia chinensis Planch）ITS遗传多样性评价，继而研究其亲缘关系，选育优质的新品种。【方法】采用样线法对乌蒙山自然保护区野生猕猴桃的种类、分布及其生态环境进行调查，并将61份猕猴桃属植物样本进行浅层测序，以 Actinidia callosa ITS区（登录号：AF323803.1）为模板对获得的基因组数据进行ITS区组装，以获得每个样本ITS基因序列数据。【结果】在乌蒙山自然保护区内，野生猕猴桃属植物集中分布在海拔1241.80～1976.42 m，主要生长于灌木丛中或山坡林缘。分类鉴定结果显示，61份猕猴桃样本分别隶属于1个属（猴桃属），7个种。其中，昭通猕猴桃为云南特有种。ITS基因组装后比较分析发现，序列长度在501～650 bp，总GC含量在50.88%～57.72%，变化幅度较大；在5.8S区段相对保守，变异率较小；7个种的遗传距离在0.00309～0.597，总体平均遗传距离为0.302；其中狗枣猕猴桃和昭通猕猴桃亲缘关系较近，遗传距离为0.00309，中华猕猴桃与京梨猕猴桃、显脉猕猴桃、葡萄叶猕猴桃和葛枣猕猴桃的遗传距离较近，介于0.0421～0.0719，而与昭通猕猴桃和狗枣猕猴桃的距离分别为0.588和0.587。系统发育分析结果表明，野生猕猴桃的系统发育较为复杂，存在地理位置相对较远而亲缘关系较近的情况，说明地理位置的远近可以为遗传变异提供变异积累。【结论】乌蒙山自然保护区内猕猴桃科植物多样性丰富，不同种间ITS序列遗传变异位点显著，可为野生猕猴桃种质资源开发利用提供理论基础。
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
魏松红 宋宇 田永恒 王奕鸣 丁英
稻瘟病是制约水稻高产稳产的主要因素。为明确东北地区稻瘟病菌群体遗传多样性，以2021年分离自东北地区的96株稻瘟病菌为试材，利用简单重复序列(simple sequence repeat, SSR)分子标记技术，对供试稻瘟病菌进行PCR检测，研究供试稻瘟病菌群体遗传结构、遗传多样性水平等。结果表明：16对SSR引物均能在100～500 bp内扩增出清晰条带。供试96株稻瘟病菌可划分为13个遗传宗谱，其中宗谱DQL02和DQL01为优势宗谱，分别包含37株和22株菌株，分别占总菌株数的38.54%和22.92%；宗谱DQL04、DQL06和DQL08为次要宗谱，分别包含9株、6株和6株菌株，分别占总菌株数的9.38%、6.25%和6.25%；其他8个宗谱为小宗谱，包含菌株数为1～4株。在群体水平上，东北地区稻瘟病菌群体间的遗传多样性水平比群体内的遗传多样性水平高，且存在于群体内的遗传变异占群体总遗传变异的83.37%。群体间平均Nei基因多样性指数变化范围为0.083 6～0.457 1，平均为0.204 1；平均多态百分率变化范围为6.25%～100%，平均为45.67%，说明有一定遗传多样性差异存在于东北地区稻瘟病菌群体中；聚类分析结果表明东北13个地区稻瘟病菌群体间的遗传距离为0.011 0～0.187 9，存在较大差异。按遗传距离远近可将东北13个地区稻瘟病菌群体划分为4个类群，第2类群全部由辽宁省种群组成；第3类群全部由吉林省种群组成，反映出东北地区稻瘟病菌群体遗传谱系与其地理分布有一定联系。研究结果可为了解东北地区稻瘟病菌群体遗传结构和群体演化提供理论基础。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
李梦荣 田雪 庞小磊 王良炎 胡菊 董传举 李学军 王团记
实验利用线粒体COI基因和Cytb基因的片段序列分析比较了黑锦鲤(Cyprinus carpio Karasugoi Koi)、三色锦鲤(C.carpio Taisho Sanshoku Koi)、红白锦鲤(C.carpio Kohaku Koi)、黄金锦鲤(C.carpio Kigoi Koi)、全白锦鲤(C.carpio Platinum Ogon Koi)和全红锦鲤(C.carpio Higoi Koi)6个锦鲤(Cyprinus carpio Koi)养殖品系的遗传多样性和系统进化关系。结果显示:基因序列分析得到的单倍型数分别为7、6。6个品系均具有较高的单倍型多样性指数和较低的核苷酸多样性指数。群体间遗传分化系数Fst、遗传距离和AMOVA等结果显示品种间变异高于品种内变异,黑锦鲤和黄金锦鲤间、红白锦鲤和三色锦鲤间不存在显著遗传差异,其余品系间差异显著。根据COI和Cytb基因单倍型构建的品系间NJ系统进化树得到相同结果,黑锦鲤和全红锦鲤遗传关系较近,聚为一支。三色锦鲤、红白锦鲤和黄金锦鲤遗传关系较近,聚为一支。全白锦鲤与其他品系的亲缘关系均较远,单独形成一个分支。
[期刊] 华北农学报
[作者]
窦新杰 常玉梅 唐然 孙效文 陶然 王楠 梁利群 张丽霞
利用mt DNA COⅠ基因片段(有效长度635 bp)对来自达里湖(DL)、岗更湖(GG)、呼伦湖(HL)、黑龙江(HLJ)、松花江(SHJ)和乌苏里江(WSL)6个地理群体共72个样品进行了遗传多样性和遗传结构分析。从碱基组成来看,6个地理群体在COⅠ区段上的A+T含量(52.37%)明显高于G+C含量(47.67%),符合脊椎动物的碱基组成特点;从各项遗传参数来看,达里湖流域2个群体(DL和GG)的遗传多样性低于黑龙江流域4个群体(HL、HLJ、SHJ、WSL);6个群体共检测到20个单倍型,并共享1个单倍型,达里湖流域群体共享1个单倍型,黑龙江流域群体共享1个单倍型。虽然达里湖流域和黑...
[期刊] 林业科学
[作者]
胡昳恒 党萌 张甜 罗桂春 夏海龙 周惠娟 呼东峰 贺亮 马振华 赵鹏
基于19个自然群体和10个栽培群体共359个个体的核糖体内转录间隔区(nr DNA ITS)序列分析,研究秦岭地区核桃的群体遗传多样性、群体遗传结构及单倍型地理分布。359条ITS序列上共有18个单倍型,表现出较低的遗传多样性(Hd=0.274,π=0.005 5),群体间单倍型遗传多样性差异较大(Hd=0~0.679,π=0~0.017)。Network单倍型网络分析表明,单倍型14和单倍型7比较原始,且栽培群体与自然群体之间对古老单倍型H14与H7有着明显的共享现象,基因流较强(Nm=48.62)。综合中性检验及失配分析的结果,可推断在近期历史上秦岭地区核桃没有发生过群体扩张事件。AMOV...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
陈立红 闫伟 徐燕
【目的】鉴定外生菌根真菌土生空团菌(Cenococcum geophilum Fr.(Cg))菌种,分析土生空团菌的遗传多样性,探讨影响土生空团菌遗传分化的因素。【方法】采用形态特征结合PCR方法,从分离自6种寄主植物的27个中国菌株和来自法国的5个Cg菌株中鉴定出20个Cg菌株。利用PCR-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)和随机扩增片断多态性DNA(RAPD)两种分子标记方法对这20个Cg菌株进行遗传多样性分析。【结果】PCR-RFLP方法以通用引物ITS1和ITS4对20个Cg菌株的核糖体DNA转录间隔区(ITS)进行了PCR扩增,扩增产物用3种内切酶(EcoRⅠ、HinfⅠ和Mb...
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
曹萍 梅萨 陈生梅 李鸿康 郭卫兴 李瑞哲 达桑 才加 莫延新 官却扎西 忠尕 李文浩 刘书杰 崔宏伟 马志杰
为从分子水平上对青海省果洛藏族自治州牦牛遗传资源进行系统评估，分析其母系遗传多样性、群体遗传结构和群体遗传分化，本研究对甘德、班玛、久治和玛多牦牛群体共152头个体进行线粒体DNA(mtDNA)Dloop区测序，并从GenBank下载已公布的37条达日牦牛和32条玛沁牦牛的相应序列，对这6个牦牛群体mtDNA D-loop序列进行综合分析。结果表明：1)221条牦牛mtDNA D-loop序列（636～638 bp）比对分析共检测出57个变异位点，包括8个单一多态位点和49个简约信息位点。根据D-loop序列间核苷酸变异共确定了45种单倍型，其中班玛、达日、甘德、久治、玛多、玛沁牦牛群体分别拥有1、6、5、4、7、6种特有单倍型。2)6个牦牛群体总的单倍型多样度和核苷酸多样度为0.901和0.014，表明其母系遗传多样性丰富。其中，甘德牦牛的单倍型多样度最高（Hd=0.951），久治牦牛的单倍型多样度最低（Hd=0.818）。3）遗传分化和基因流分析表明，除久治牦牛与班玛、甘德、玛沁牦牛群体间分化程度均呈中等遗传分化水平（0.05≤FST<0.15），基因交流相对贫乏外，其他牦牛群体间FST值较小（0
[期刊] 浙江林学院学报
[作者]
沈俊岭 倪慧群 陈晓阳 黄少伟
采用相关序列扩增多态性(SRAP)分子标记对中国6省(区)及印度尼西亚共8个麻疯树Jatropha curcas种源样本进行研究,旨在阐明麻疯树种源间的遗传关系和遗传多样性。结果表明:麻疯树相关序列扩增多态性-聚合酶链式反应(SRAP-PCR)最佳反应体系为:10×PCR buffer2μL,DNA模板20ng,Taq酶16.67nkat,Mg2+2.50mmol·L-1,三磷酸脱氧核苷酸(dNTP)120.00μmol·L-1,引物0.15μmol·L-1,总体积为20μL;并从274对引物中选出具有多态性的45对引物,共检测出500条清晰的条带,其中多态性条带141条,占总条带数的28.2...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
沙航 罗相忠 李忠 邹桂伟 梁宏伟
为了对长江中上游鲢(Hypophthalmichthys molitrix)种质资源现状进行监测和评价,本研究利用线粒体细胞色素C氧化酶I(cytochrome c oxidase subunit I)基因(COI)对长江中上游宜宾、忠县、万州、石首、监利、湘江6个鲢群体进行了遗传多样性分析。结果表明,在648 bp的COI序列中共检测到42个变异位点,其中单变异位点14个,简约信息位点28个。6个群体123个个体共定义了26个单倍型,单倍型多样性为0.0476~0.0945,核苷酸多样性为0.00196~0.00982。6个鲢群体总体遗传多样性丰富,万州群体单倍型多样性和核苷酸多样性均最高,忠县群体单倍型多样性最低,核苷酸多样性最低的为石首群体。遗传变异主要来自群体内个体间,单倍型网络图和系统进化树显示各群体的单倍型没有形成明显的地理格局。此外,上游宜宾群体和万州群体与中游的石首、监利和湘江群体具有明显的遗传分化,中游的监利群体与石首群体和湘江群体也有一定的遗传分化,上游群体和中游群体应该分属于长江水系两个不同的种群。
关键词：
鲢 COI 遗传结构 遗传多样性
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