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[期刊] 华北农学报
[作者]
祁立中 王晓 王庆泰 王尚 张炬红
为筛选出适合快速冷驯化条件下稻水象甲成虫荧光定量PCR的内参基因,并分析快速冷驯化低温胁迫下海藻糖合成酶基因(LoTPS)的表达模式,从稻水象甲转录组数据库中筛选出10个具有完整开放阅读框的待选内参基因,以稻水象甲成虫为试验材料,通过实时荧光定量PCR测定内参基因在不同快速冷驯化条件下的表达水平,通过常用的内参基因稳定性分析方法ΔCt法和geNorm、NormFinder和BestKeeper等软件综合评价待选的10个内参基因表达的稳定性,测定稻水象甲海藻糖合成酶基因在不同快速冷驯化条件下的表达变化,分析其与低温的相关性。试验结果表明,在ΔCt法分析中RPS18表达丰度最高,geNorm软件分析中较稳定表达的内参基因是RPS18和G6DPH,G6DPH在NormFinder软件分析中是表达最稳定的内参基因,BestKeeper软件分析表明,RPL13和α-tubulin表达较稳定,综合以上各分析方法得出RPS18基因在快速冷驯化条件下的稳定性较高。以RPS18为内参基因进一步分析LoTPS基因在快速冷驯化条件下的表达模式发现,LoTPS基因表达量在快速冷驯化条件下有所增加,各冷驯化处理均高于对照。因此,内参基因RPS18在稻水象甲成虫体内表达相对稳定,可以作为稻水象甲不同快速冷驯化条件下的内参基因,低温胁迫促进了在快速冷驯化条件下海藻糖合成酶基因的上调表达,且随着冷驯化时间的延长而表达量增加。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
李飞 徐建飞 刘杰 段绍光 雷尊国 Jiwan Palta 金黎平
为找到表达稳定性最好的内参基因,利用实时荧光定量PCR技术分析了4个内参基因ef1-a、Actin、β-tubulin2和β-tubulin3在野生马铃薯S.acaule冷驯化前后的表达稳定性。结果表明:β-tubulin2和ef1-a表达均稳定,Actin变化最大。因此,β-tubulin2和ef1-a适宜作为野生马铃薯S.acaule的内参基因。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
周启苓 马骞 毛非凡 杨二军 王刘永 陈刚
合理选择盐度驯化方式是目前虹鳟(Oncorhynchus mykiss)养殖生产所要解决的重要问题之一。本研究通过分析盐度驯化对虹鳟幼鱼外骨骼(鳞组织)中基因表达水平的影响,重点探讨盐度对鱼类骨代谢的影响机制。首先,分别采集盐度28海水驯化7 d和常规淡水养殖(对照)条件下的虹鳟鳞组织,采用Illumina HiSeq 4000测序平台进行转录组测序(RNA-Seq)。通过设置显著差异表达基因(DEGs)筛选条件为log_(2)|fold change|≥1且P
[期刊] 中国农业科学
[作者]
岳秀利 高新菊 王进军 吕娟娟 沈慧敏
【目的】筛选二斑叶螨(Tetranychus urticae)敏感(SS)和抗甲氰菊酯品系(Fe-R)中合适的内参基因,并通过基因相对表达定量PCR研究二斑叶螨抗性品系解毒酶基因表达水平的变化。【方法】采用实时荧光定量PCR(quantitative real time PCR,RT-qPCR)技术,分析二斑叶螨5.8S rRNA、α-tubulin、β-actin、ELF、GAPDH、RPL13a、SDHA和TBP共8个候选内参基因mRNA表达水平的稳定性,并分析二斑叶螨酯酶(Carboxyl/cholinesterases,CCEs)、谷胱甘肽转移酶(Glutathione s-trans...
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
付建新 张超 王艺光 赵宏波
为了筛选桂花Osmanthus fragrans不同组织基因表达分析中适合的内参基因,以桂花‘堰虹桂’O.fragrans‘YanhOnggui’花蕾、盛开花序、嫩叶、成熟叶和1年生茎等5个不同组织为材料,利用实时荧光定量聚合酶链式反应(qrt-PCr)检测7个候选内参基因的表达水平,并利用genOrm,nOrmfinder和BestKeePer软件对各候选内参基因的表达稳定性进行评价,最后利用桂花不同组织中OfCrtisO1基因相对表达水平验证筛选的内参基因的可靠性。结果表明:综合3个软件的评价排序,确定不同组织中最佳内参基因为Ofran1和OfuBC2,而Of18s是最差内参基因。OfCr...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
吕梁 张子平 万海付 孙玉龙 王艺磊
为获得适用于研究拟穴青蟹(Scylla paramamosain)不同发育时期胚胎基因表达的内参基因,本研究采用3个内参基因筛选软件geNorm、NormFinder及BestKeeper对微管蛋白α1A(Tuba1a)、核糖体蛋白L13(Rpl13)、泛素(UBQ)、核糖体蛋白S6激酶(Rps6)、精氨酸激酶(Ak)、3-磷酸甘油脱氢酶(gapdh)、28S核糖体RNA(28S)、18S核糖体RNA(18S)和延伸因子1A基因(EF-1α)等9个常用候选内参基因在拟穴青蟹不同发育时期胚胎的表达稳定性进行分析。geNorm分析表明, EF-1α和Rpl13的表达稳定性最高,并且采用2个内参基因同时校正目标基因的定量结果可以达到最优效果; NormFinder分析表明, gapdh和EF-1α是9个候选内参基因中表达最稳定的; BestKeeper分析表明,gapdh的标准偏差和变异系数是9个候选基因中最低的。综合3个内参基因筛选软件,可以选用EF-1α,或选用EF-1α和gapdh双内参同时校正拟穴青蟹不同胚胎发育时期各基因的表达情况。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
岳盈肖 何近刚 赵江丽 闫子茹 程玉豆 武肖琦 王永霞 关军锋
【目的】比较窖藏和冷藏过程中,鸭梨果实品质、呼吸速率、乙烯释放速率、电子鼻特征、挥发性物质及其相关基因表达的差异,进一步解析两种贮藏方式对鸭梨香气物质形成的影响及其机制。【方法】鸭梨采收后以窖藏和冷藏两种方式贮藏,测定贮藏期间果实硬度、可溶性固形物含量(SSC)、可滴定酸(TA)含量、呼吸速率和乙烯释放速率,使用电子鼻检测挥发性物质变化,利用气质联用色谱(GC-MS)测定挥发性物质成分及含量,利用荧光定量PCR(Real-time PCR)技术分析乙烯生成(PbACS1、PbACO2)及其信号转导(PbETR1、PbETR2、PbERS1a、PbERS1b、PbEIN3、PbERF)、挥发性物质合成(PbAAT1、PbADH2、PbADH3、PbADH5、PbHPL、PbLOX1、PbLOX8)相关基因的表达量变化情况。【结果】冷藏期间,鸭梨果实硬度变化较小,SSC上升,TA含量下降。窖藏时,果实硬度下降比较明显,但对SSC的影响较小,而TA含量增加。与冷藏相比,窖藏下果实呼吸速率较高,乙烯释放高峰提前1个月出现,且其峰值较高。电子鼻可有效区分两种贮藏方式下的挥发性物质,其中W1W、W5S、W2W、W1S这4种传感器对挥发性物质区分起主要作用;窖藏期间果实挥发性物质较多。鸭梨果皮和果肉的挥发性物质包含醛类、酯类、醇类、萜类、烷烃类等,且果皮中含量较高;窖藏果皮和果肉、冷藏果皮和果肉中分别检出36种和33种、28种和24种挥发性物质,窖藏鸭梨较冷藏时生成更多的乙酯类化合物,其中己酸乙酯、辛酸乙酯、丁酸乙酯、(E,Z)2,4-癸二烯酸乙酯等为果皮主要香味物质,己酸乙酯、丁酸乙酯为果肉主要香味物质。相关基因的表达分析表明,与冷藏相比,窖藏明显上调鸭梨果皮和果肉ACC氧化酶(PbACO2)、脂氧合酶(PbLOX1)和醇酰基转移酶(PbAAT1)相关基因的表达,下调乙烯不敏感转录因子(PbEIN3)的表达。【结论】在贮藏3个月内,与冷藏鸭梨相比,窖藏条件明显促进乙烯生成(PbACO2)和香气合成(PbLOX1、PbAAT1)等基因的表达,此时果实具有较多的香气物质种类和较高含量,表现出香味浓郁的特点。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
陶筱帆 谢婷婷 李小霞 罗军涛 白雅静 韩兵社 张俊芳
长散布核元件-1(Long spread nuclear element-1, LINE1)是跳跃基因。前期比较基因组研究发现,南极鱼经历漫长的低温适应进化后,与南极圈外的同亚目鱼类相比较,在基因水平上LINE1的扩增效率高达8~300倍,但LINE1的扩增与鱼类抵御寒冷之间的关系尚未明了。本实验对斑马鱼(Danio rerio)胚胎成纤维细胞ZF4进行了不同时间梯度的低温处理(18℃、5 d和18℃、30 d),同时对斑马鱼成鱼也进行了不同时间的低温处理(10℃, 3 h、6 h、1 d、3 d、5 d)。采用RT-qPCR检测了LINE1的mRNA水平,并克隆了斑马鱼LINE1基因启动子区,利用Luciferase双荧光报告系统,在ZF4细胞中验证LINE1 5’UTR在低温压力下的生物活性。结果显示,短时间低温处理下,ZF4细胞中LINE1 mRNA水平有所降低,而在长时间低温处理中,LINE1的mRNA水平显著升高。在成鱼中,短时间低温处理下,LINE1 mRNA水平降低;长期低温处理下,LINE1 mRNA水平显著升高。在ZF4细胞中发现,LINE1 5’UTR具有生物活性。在低温处理(18℃,3 d)下,报告基因信号减弱,间接表明LINE1启动子活性减弱。研究结果表明,低温压力会影响LINE1在鱼类中的表达。本研究为进一步探究LINE1在鱼类适应低温环境中的作用机制奠定了基础。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
王继英 王彦平 郭建凤 王怀中 林松 张印 武英
【目的】中国地方猪种在抗病性和免疫力方面优于国外猪种,但是对中外猪种抗病力差异的遗传基础和免疫机理却了解甚少。有推测不同品种猪对疾病的抵抗力不同可能在细胞因子和受体的表达水平上有所反映。本研究以抗病力强的大蒲莲和抗病力相对较弱的长白猪的断奶仔猪为研究对象,对6个具有重要功能的细胞因子(促炎症细胞因子(IL8和TNFα),抗炎症细胞因子(IL10),干扰素调节因子(IRF3)和干扰素(IFNA和IFNG))和1个最具代表性的模式识别受体(TLR4)基因在大蒲莲和长白仔猪群体外周血液中的基因表达量进行检测,并对各基因进行品种和母猪效应分析,为了解中外不同猪种的免疫水平奠定基础。【方法】采集大蒲莲(...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
彭波 何璐璐 田夏雨 辛晴晴 孙艳芳 宋晓华 孙玲 刘毓琛 庞瑞华 周棋赢 汪全秀 周伟 宋世枝
[目的]调查不同氮肥水平处理对水稻OsAAP6基因表达的影响,并进一步探究OsAAP6基因在不同氮肥条件下对其水稻籽粒中蛋白质(包括谷蛋白、醇溶蛋白、球蛋白和清蛋白)含量和氨基酸含量等营养品质的影响作用,为今后利用OsAAP66基因提高稻米营养品质提供参考。[方法]设置5个氮肥浓度梯度,在水稻OsAAP6遗传材料中分别检测OsAAP6基因的表达水平,并利用近红外谷物分析仪和考马斯亮蓝G-250法检测分析其成熟种子中蛋白质含量和氨基酸含量等稻米营养品质性状。[结果]随着田间氮肥施加量的增加,OsAAP6基因的表达水平明显提高,并能显著促进水稻籽粒中谷蛋白的积累,进而增加水稻籽粒中总蛋白质的含量;在氮肥浓度较高的条件下,OsAAP6基因有助于提高水稻籽粒中总必需氨基酸的含量;随着氮肥施加量的增加,OsAAP6基因能够显著提高水稻籽粒中总氨基酸的含量。[结论]OsAAP6基因随着田间氮肥浓度的增加,其表达水平不断升高,并能促进水稻籽粒中蛋白质含量和氨基酸含量等稻米营养品质的提高,这为今后利用OsAAP6基因提高稻米的营养品质提供了重要参考。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
史艳艳 卢洁 王艺磊 王淑红
本研究检测了18S rRNA(18S)、28S rRNA(28S)、组织蛋白酶Z(cathepsin Z,CTSZ)、延伸因子1-α(elongation factor 1-α,EF-1α)、3-磷酸甘油脱氢酶(glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase,gapdh)、β肌动蛋白(β-actin)6个候选内参基因在17α,20β双羟孕酮(DHP)诱导鲤(Cyprinus carpio)卵母细胞最终成熟过程的表达情况,并应用不同的内参分析软件对数据进行了分析。Bestkeeper软件分析表明EF-1α的变异系数和标准差是6个候选内参基因中最低的,且Bestk...
[期刊] 林业科学研究
[作者]
李麟坤 梁重钧 宁楚龙 张薇 姜国维 张鑫 王利兵
[目的]验证ACT基因是否适用于文冠果种子发育的相关基因表达分析,并筛选出在文冠果基因表达分析中最稳定的内参基因。[方法]本研究采用了4种数学算法(ΔCT、BestKeeper、NormFinder、geNorm)评估12个候选内参基因的表达稳定性,并利用在线工具RefFinder综合评价。[结果]在文冠果不同发育时期种子内参基因综合评分排名为PP2A>Tip41> EF-1α>18r>UCE>β-TUB>UBQ>α-TUB>CYP>SAM>ACT>GADPH;在文冠果不同组织内参基因综合评分排名为PP2A>Tip41>CYP>18r>UBQ>SAM>EF-1α>UCE>GADPH>α-TUB>ACT>β-TUB。[结论] PP2A和Tip41基因是文冠果基因表达分析最稳定的内参基因。
关键词:
文冠果 内参基因 基因表达 种子发育
[期刊] 华北农学报
[作者]
吕萌萌 王景安
利用抑制差减杂交(Suppression subtractive hybridization,SSH)技术分离玉米低锌与正常供锌条件下表达有差异的cDNA片段。以低锌培养的玉米幼苗为试验方,正常供锌的玉米幼苗为对照方,建立正向差减文库;以正常供锌的玉米幼苗为试验方,以低锌诱导培养的玉米幼苗为对照方,建立反向差减文库。正、反向文库分别收集低锌和正常供锌条件下特异表达的cDNA片段。在2个文库中,各随机挑选30个克隆进行测序。序列分析表明,在正向差减文库中,分离得到的基因多与抗病防御、信号转导、细胞生长与分裂等方面相关;在反向差减文库中,分离得到的基因多与细胞组织发生及代谢等方面有关。
关键词:
抑制差减杂交 玉米 低锌
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
杨泽慧 陆芝 李丽红 江仲鹏 冯锦秀 冯丽贞
采用qPCR检测Calonectria pseudoreteaudii YA51的MAPK基因在盐胁迫、氧胁迫、细胞壁干扰物质胁迫、桉树组织诱导以及不同发育时期5种条件下的表达情况.结果表明CpKss1参与致病过程,CpKss1、CpSlt2和CpIme2与菌丝生长发育有关,CpKss1、CpHog1和CpIme2参与病菌高渗胁迫反应,CpSlt2参与调控氧胁迫反应和细胞壁完整性,且4个MAPK基因所介导的级联通路间可能存在既相互独立又相互协作的关系.
关键词:
桉树焦枯病菌 MAPK qPCR
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