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[期刊] 中国农业科学
[作者]
李明伟 林瑞庆 邹丰才 何芳 邓艳 宋慧群 朱兴全
【目的】对弓首属犬弓首蛔虫、猫弓首蛔虫、马来西亚弓首蛔虫、牛弓首蛔虫和狮弓属狮弓蛔虫线粒体DNA(mtDNA)中烟酰胺脱氢酶亚基I(nad1)基因部分序列(pnad1)进行比较研究,分析它们之间的序列差异和种群遗传关系。【方法】先用同位素(γ33P)标记上下游引物,通过PCR方法扩增出单个虫体线粒体pnad1片段,然后采用单链构象多态性(SSCP)分析技术对pnad1片段进行多态性研究,最后挑选出代表性样品进行测序,并利用基因分析软件DNAStar(版本5.01)对序列进行分析比较。【结果】犬弓首蛔虫种内pnad1基因序列差异为0.3%～1.9%,与猫弓首蛔虫、马来亚弓首蛔虫、牛弓首蛔虫和狮弓...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
吴昌义 林瑞庆 朱艳平 刘国华
以采自中国不同地方的人蛔虫与猪蛔虫为研究对象,PCR扩增其线粒体烟酰胺脱氢酶亚基Ⅴ基因(nad5)的部分序列(pnad5)并进行序列测定,应用ClustalX 1.81程序对序列进行比对。结果显示:所获得的pnad5序列长度一致,均为556 bp;人蛔虫和猪蛔虫的pnad5序列差异仅为0.0%~2.6%,本研究结果支持人蛔虫与猪蛔虫是同一个种的结论。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
苏天凤 黄建华 吴进锋 江世贵
对来自粤东和粤西的方斑东风螺(Babylonia areolata(Link))和台湾东风螺(Babylonia formosae(Sowerby))的线粒体16S rRNA和COⅠ基因片段的序列进行分析,并对其遗传变异进行了比较研究。得到的序列总长度分别为506 bp(16S rRNA)和640 bp(COⅠ)。2种东风螺序列的碱基组成均显示较高的A+T比例(16S rRNA基因63.5%,COⅠ基因62.4%)。对位排序比较表明,16S rRNA基因片段变异较小,台湾东风螺和方斑东风螺各存在1个碱基变异位点;方斑东风螺COⅠ片段有12个碱基存在变异,包括3个简约信息位点和9个单一多态位点;...
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
孙玲 王凤成 王秋实 刘彦群 仝振祥 冀万杰 张博 王学英
以22个柞蚕品种(品系)为材料,采用PCR技术分别扩增其线粒体DNA(mtDNA)的细胞色素b基因(Cytb),测定5’端485bp的核苷酸序列,并采用Dnaman软件进行分析,结果表明:供试22个柞蚕品种可分成2组,2组之间只在294bp处有一个差异位点。从GenBank中调取柞蚕豫早1号品种Cytb基因的5’端相应序列(AY242996),与本试验测得的柞蚕青黄1号和青6号对应的核苷酸序列进行了同源性比较,结果表明:青黄1号和青6号的同源性达99.8%,青黄1号和豫早1号的同源性达98.6%,青6号和柞早1号的同源性达98.8%。可见,不同柞蚕品种的表型虽然不同,但在Cytb基因水平上其核...
关键词：
柞蚕 线粒体 细胞色素b基因 序列分析
[期刊] 海洋渔业
[作者]
刘敏 程家骅 马凌波 凌建忠 李建生
采用聚合酶链式反应(PCR)技术对东黄海野生沙海蜇20个个体的mtDNA COI基因进行扩增,PCR产物经纯化后进行测序,结果经比对校正后,获得该群体COI基因片段序列,长度为473 bp;该序列中多态位点共6个,含简约信息位点1个,总变异为1.27%,碱基之间只存在转换,没有颠换、插入或缺失的位点;在测得的473 bp目的DNA片段中,碱基T、C、A、G平均组成分别为35.9%、19.0%、26.8%和18.2%,其A+T含量(62.8%)远高于G+C含量(37.2%)。在20个个体中共检测到6个单倍型,单倍型多样性为0.516,核苷酸多样性Pi为0.001 46。根据Kimura遗传距离的...
关键词：
沙海蜇 线粒体 COI 遗传多样性
[期刊] 水产学报
[作者]
刘红艳 江世贵 苏天凤 龚世园
利用PCR技术扩增海南海口市、福建厦门市和广东珠海市3个地理群体海捕黄鳍鲷线粒体D-loop基因片段,测定了该基因片段580bp序列。结果发现,3个地理群体内和群体间都存在丰富的DNA序列多态性,共检测到33个多态性核苷酸位点(5.7％),24个个体具有22种单倍型(haplotype)。UPGMA法构建的分子系统树中,海南群体内所有的单倍型聚成一支,福建与广东的单倍型混杂在一起,聚成一支。从序列差异的分析中得出,海南群体与福建和广东群体的亲缘关系较远;福建群体和广东群体亲缘关系较近。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
王朝锋 陈宏 雷初朝 孙维斌 党瑞华 张志清
对4头延边牛个体与GenBank中4头朝鲜牛个体的线粒体DNA(mtDNA)D环(D-loop区)910bp全序列进行了比较分析。结果发现,8头黄牛个体mtDNAD-loop序列由8种单倍型组成,单倍型比例为100%,表明2个黄牛品种mtDNA遗传多态性很丰富;在4头延边牛D-loop区序列中,共检测到核苷酸多态位点17个,核苷酸变异率为1.87%;在4头朝鲜牛中共检测到核苷酸多态位点10个,核苷酸变异率为1.10%;延边牛和朝鲜牛mtDNAD-loop全序列突变类型均为转换、颠换和插入/缺失,其中以转换为主;序列分析显示朝鲜牛与延边牛的同源性很高,达98.90%～99.67%,表明朝鲜牛和延...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
张悦文 徐颖 王燕 朱兴全 刘国华
为探明中国羊毛尾线虫(Trichuris ovis)广东分离株线粒体核糖体大亚基基因(rrnL)的部分序列(prrnL)的遗传变异情况,用prrnL序列构建其与其他毛尾线虫的进化关系;应用聚合酶链反应(PCR)扩增羊毛尾线虫虫株的prrnL,将所获得的序列用ClustalX 1.81程序进行比对,然后用PAUP 4.0 Beta 10程序MP法绘制种系发育树。结果表明:所获得的prrnL序列长度为849～850 bp,种内变异在0～0.8%;13个羊毛尾线虫分离株位于同一分支,羊毛尾线虫prrnL序列种内很保守,种间差异较大(33.4%～36.1%),可作为种间遗传变异研究的标记。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
陈大庆 张春霖 鲁成 张信
利用PCR技术扩增青海湖3个不同地区(黑马河,布哈河,沙柳河)的青海湖裸鲤(Gymnocypris przewalskii(Kessler))线粒体D-loop基因片段,测定该基因片段1 005 bp序列。通过线粒体基因组D-loop区序列比较分析,对比3个不同地区的83尾青海湖裸鲤的遗传结构进行研究,共检测出多态性位点65个,其中有1个插入位点(b3,nt-569),2个缺失位点(s6和b37,nt-169、nt-170),多态性位点数62。3个群体内的多态性位点分别为黑马河51个、布哈河38个、沙柳河39个,平均核苷酸位点差异数分别为9.377、7.782和7.510。结果表明,不同地区的...
[期刊] 海洋渔业
[作者]
马春艳 马凌波 沈盎绿 徐兆礼 张永 赵云龙
采用聚合酶链式反应(PCR)技术对浙江三门野生日本蟳20个个体的mtDNA 16SrRNA基因进行扩增,PCR产物经纯化后进行测序,得到495 bp的核苷酸序列片段。测序结果经比对校正后,获得三群体16SrRNA基因一致序列,片断长为495 bp,其中变异位点15个,简约位点11个,总变异为3.03%。在测得的495 bp目的DNA片段中,碱基T、C、A、G平均组成分别为35.2%、17.9%、35.3%和11.6%,其A+T含量(70.5%)远高于G+C含量(29.5%)。在20个个体中共检测到7个单倍型,单倍型多样性为0.642,核苷酸多样性为0.448%。根据Kimura遗传距离的计算结...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
贾万忠 闫鸿斌 倪兴维 曹平 娄忠子 付宝权 史万贵
线虫(nematode)种类繁多,生活方式多样,一部分线虫可寄生于动物和植物体内,引起线虫病(nematodiasis),其中旋毛虫病、猪蛔虫病等是重要的人兽共患寄生虫病,在中国和世界各地普遍流行,危害严重。本文将对线虫线粒体基因组的研究进展、应用和今后发展方向做一简要综述。迄今,已完成46种线虫的线粒体基因组全序列测定和分析。线虫线粒体基因组的碱基组成、基因结构、基因变异等方面有其特点,这些分析结果为线形动物门线粒体功能基因组学研究、比较基因组学研究、分子分类学研究、虫种(株)鉴定与分类、分子系统发育和进化分析等提供了重要依据和指导作用,为线虫病诊断、分子流行病学调查等分子检测方法的建立提供...
关键词：
线虫 线粒体基因组 基因结构 分类
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
林敏平 李晓东 韦仕珍 邓维安
为构建蚱总科昆虫的系统发育关系,探讨蚱总科传统分类和分子系统发育关系的异同,扩增并测定了16种蚱类昆虫COI基因部分序列,结合NCBI记录,对蚱总科6科17属41种蚱的COI基因597bp序列,分别采用邻接法(NJ)、最简约法(MP)、最大似然法(ML)和贝叶斯法(BI)重建蚱总科的系统发育关系.结果表明:蚱总科为一单系类群,其中蚱科较为进化,其次为刺翼蚱科,其余各科在蚱总科中的位置不确定,枝背蚱科、刺翼蚱科、短翼蚱科、蚱科均不是单系类群;在属的水平上,股沟蚱属、优角蚱属、瘤蚱属是单系类群,瘤蚱属与优角蚱属形成姐妹群,其他属不是单系类群,拟后蚱属应归入蚱科;在种的水平上,细庭蚱Hedotett...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
胡先奇 杨艳丽 冯志新 赵峥
运用抗根结线虫基因Mi簇中Mi 1.2的核苷酸序列 ,设计引物 ,对 2 8种烟草进行抗根结线虫基因同源序列的初步分析。在 2 8个烟草中 ,扩增出 10 1条DNA片段 ,大小 0 .1～ 4kb ,主要集中在 0 .5～ 1.5kb之间 ,多态性片段 78条 ,占 77.2 %。将烟草的抗性鉴定结果 ,与Mi 1.2同源序列的相似性对比分析 ,发现抗南方根结线虫 1号小种、3号小种的烟草 ,被扩增的Mi 1.2同源序列片段 ,比感病烟草的多。表明Mi 1.2同源序列多态性 ,与烟草抗南方根结线虫 1号小种、3号小种的特性相关。这一结果和理论上品种与抗病基因相关的DNA条带越多 ,该品种的抗...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
赵雷 江海海 赵光辉 刘国华 朱兴全 钱爱东
以从陕西省泾阳县山羊大肠中采集的5条绵羊夏柏特线虫为研究对象,用通用引物JB3及JB4.5扩增绵羊夏柏特线虫的线粒体细胞色素c氧化酶第1亚基(cox1)基因部分序列(pcox1),将测序获得的序列用ClustalX 1.81程序进行比对,并用PAUP程序MP法构建系统发育树。结果表明:所获得的5个绵羊夏柏特线虫样品pcox1序列长度均为393 bp;种系发育分析表明,绵羊夏柏特线虫5个样品位于同一分支,且绵羊夏柏特线虫的pcox1序列种内相对保守(0.5%～2.0%),种间变异显著(9.4%～18.8%),pcox1序列可作为种间变异研究的可靠遗传标记。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
刘滨 刘新富 刘思涛 孟振 张和森 刘奇 王峰 雷霁霖
采用PCR扩增和DNA测序技术,测定分析了引自冰岛和法国的大菱鲆两个引进群体以及1个国内累代繁养群体共60尾个体的mtDNA D-loop区部分序列的遗传多样性。结果表明,60尾个体中,扩增获得的mtDNA D-Loop区部分序列长度为739~759bp;共检测到46个变异位点,其中单一变异位点17个,简约信息位点29个;共检测出56个单倍型,各群体的单倍型多样度分别为冰岛1.000、法国0.950、累代繁养0.850。3个群体的核苷酸多态性分别为冰岛0.007 97、法国0.011 34和累代繁养0.006 16。各群体间的遗传分化系数分别为冰岛vs法国0.534 41、冰岛vs累代繁养0....
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