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[期刊] 水产学报
[作者]
钱曦 黄旭雄 华雪铭 冷向军 周洪琪
利用RT-PCR、RACE及克隆等方法获得了异育银鲫Toll样受体3(cagTLR3)基因全长cDNA序列。该cDNA全长3170bp,5′端非编码区181bp;3′端非编码区283bp;开放阅读框(ORF)2706bp,编码901个氨基酸。经序列同源性分析显示,其编码的氨基酸序列与金鱼、斑马鱼、斑点叉尾、虹鳟和红鳍东方有较高的相似性,其相似性分别为92%、88%、79%、75%和72%,说明TLR3在长期的进化中具有较高保守性。TLR3全长序列起始21个氨基酸残基为信号肽;50至695个氨基酸残基间包含15个富含亮氨酸的重复序列(LRR);704至726个氨基酸残基为跨膜区(TM);75...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
苏建 戴习林 刘红 刘伟利 高翔 刘洁 丁福江
提取罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)上海养殖群体活体鳃、肌肉、肝胰腺、血液和雄性腺5种组织的总RNA;应用RT-PCR技术,从鳃组织中克隆到Toll样受体(TLR)基因部分cDNA序列,并进行生物信息学分析。基因序列分析表明:所得罗氏沼虾TLR基因cDNA序列长1 875 bp,包含1 728 bp的开放阅读框,可编码575个氨基酸残基;该部分TLR是一个跨膜蛋白,存在胞外区LRR、LRR-CT、LRR-NT结构域及关键的胞内区TIR结构域,具备Toll样受体家族的典型结构特征;TIR结构域与凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)和日本囊对虾(Ma...
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
叶旻玉 刘利平 戴习林 沈默忱 徐灿
对凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)Toll样受体基因的cDNA片段进行了克隆。从凡纳滨对虾提取肌肉、鳃和肝胰腺中的总RNA,根据黑腹果蝇(Drosophila melanogaster)Toll样受体的TIR区设计引物,从鳃中逆转录扩增得到cDNA序列,进行测序。所得序列结果与其他物种的已知TIR及TLR氨基酸序列进行聚类分析建立系统进化树,并进行氨基酸序列同源性比较。结果表明所得序列与斑节对虾(Penaeus monodon)、赤拟谷盗(Tribolium castaneum)、果蝇(Drosophila melanogaster)、意大利蜜蜂(Apis mellife...
关键词：
凡纳滨对虾 Toll样受体 基因克隆
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
魏麟 陈斌 张善文 宋伸 刘鹏
从猪血液总RNA中克隆出BPI基因,对该基因的cDNA进行序列分析。结果表明:克隆到的序列全长1 874 bp(基因登录号为FJ810853),其中1 452 bp的开放阅读框编码483个氨基酸残基,含13.25%的亮氨酸,有一段27个氨基酸的信号肽序列。同源性分析结果显示:猪BPI与人、牛、兔、狗、大鼠、小鼠、鲤鱼、非洲爪蟾、大西洋鲑和大黄鱼BPI分子氨基酸序列的同源性分别为64%、74%、59%、67%、53%、51%、35%、44%、28%和27%。该蛋白氨基端部分和羧基端部分为2个明显不同的功能区,各存在1个超活性结构域,中间为胰蛋白酶水解位点,表现出类似人BPI结构的特征。
[期刊] 林业科学研究
[作者]
林萍 姚小华 曹永庆 龙伟 王开良 滕建华
泛素结合酶(E2)是泛素/26S蛋白酶体途径中3个关键酶之一,在靶蛋白识别、与泛素连接酶(E3)互作等蛋白的泛素依赖性水解和N-末端规则依赖性水解途径的关键环节中起重要作用。采用Solexa测序技术获得了1条普通油茶E2的全长cDNA序列,命名为UBE2-J2,该基因编码239AA,与其它物种的E2具有较高的一致性和相似性;同源建模的结果表明:普通油茶UBE2-J2蛋白具有泛素结合酶催化位点(UBCc),第8 122位氨基酸碱基为其泛素结合酶基因家族的保守区域,第75 122位氨基酸残基区域中有17个可与泛素形成硫酯键中间产物的残基,其中,87位的半胱氨酸残基是该酶活性中心位点,另有5个残基是...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
王京京 魏麟 陈斌
克隆猪胰岛素诱导１（ＩＮＳＩＧ１）基因，并对其蛋白质序列进行分析。根据人ＩＮＳＩＧ１基因的保守序列设计１对引物，以猪总ＲＮＡ为模板，经ＲＴ–ＰＣＲ获得ＩＮＳＩＧ１基因序列，通过相对荧光定量ＰＣＲ分析该基因在不同组织中的表达量；将ＩＮＳＩＧ１基因序列连接到ＰＭＤ１９–Ｔ ＳＩＭＰｌｅ载体上，用ＰＣＲ检测阳性克隆后测序，并对克隆得到的基因进行生物信息学分析。结果表明，ＩＮＳＩＧ１基因在肺中的表达量最高，其次是在肝脏，再次是在脾脏，在心脏中的表达量最低；通过克隆，获得了一段９９９ ｂＰ的序列，其中８３１ ｂＰ的开放阅读框编码２７６个氨基酸；该蛋白不含信号肽序列，与其他动物ＩＮＳＩＧ１基因氨基酸序列的．．．
关键词：
猪 胰岛素诱导1基因 基因克隆 序列分析
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
龙华
用DNAClub分析软件推导出鲫血清转铁蛋白序列 ,并对该序列进行分析。推导的蛋白质长度为80 7个氨基酸 ,MW约为 90kD。其中半胱氨酸 4 3个 ,可以组成 2 1对二硫键。疏水性和二级结构几率分析表明 :有 2个非常相似的结构域分别存在于 1～ 390和 390～ 80 7区域。旋管结构和螺旋结构的分布区域 ,均分别集中在上述 2个区段中 ,同样位于 2个结构域中 ,结构也非常类似。证实了Tf由 2个同源性较高的结构域 (N结构域和C结构域 )组成。Tf的三级结构呈“V”字形 ,每个结构域又各自分为 3个小的结构小区 (即N1、N2 、N3和C1、C2 、C3 )。 2个糖基位于N1...
关键词：
鲫 转铁蛋白 序列分析 空间结构
[期刊] 水产学报
[作者]
沈晓民 刘永发 唐瑞瑛 杨国权
研究了异育银鲫对饲料蛋白质的消化率，及其在不同蛋白质含量、不同水温和不同体长条件下的变化。结果表明：１．饲料蛋白含量在２８—５２％范围内，鲫鱼对蛋白质的消化率与饲料中的蛋白质含量呈显著正相关；２．水温为２５Ｃ时，蛋白质的消化率最高，水温在３５Ｃ时，尽管粪便较多，浓缩率也高，但因消化酶活性降低，导致粪蛋白含量明显偏高；３．体长为６ｃｍ以下的异育银鲫蛋白质消化率明显偏低。据推测，６ｃｍ体长组鱼的消化机能不完善，非酶活力因素所致，而是肠组织结构发育不全，蠕动能力差所致。体长为７ｃｍ以上的个体基本上处于同一水平。
关键词：
异育银鲫,蛋白质,消化率,水温,体长
[期刊] 水产学报
[作者]
龙华
鱼类血清转铁蛋白是鱼类血清中一种非血红素结合铁的β-球蛋白。从GenBank数据库查询发表的鱼类转铁蛋白cDNA或基因序列,根据铁离子结合及转运功能位点,设计并合成了两对引物P1、P4以及P2、P3,克隆出鲫血清转铁蛋白cDNA中的核心片段,长度为866bp。再根据克隆出的核心片段分别设计上游及下游两对引物P5、P6以及P7、P8,随后用RACE方法分别克隆出鲫血清转铁蛋白cDNA的5'端(787bp)和3'端(1081bp)以及全长cDNA,最后在计算机上排列出鲫血清转铁蛋白全长cDNA,长度为2444bp。比较了14种鱼血清转铁蛋白cDNA序列的同源性,其同源性在30%～80%之间,结果显...
关键词：
鲫 转铁蛋白cDNA 克隆 系统发育
[期刊] 中国水产科学
[作者]
龙华 李谷 魏令波
取体重约300g鲜活鲫(Carassiusauratus)的肝组织进行总RNA提取。从GenBank数据库查询已发表的8种鱼转铁蛋白cDNA或基因序列,根据铁离子结合转运功能位点,设计并合成了2对引物P1、P4以及P2、P3,克隆出鲫血清转铁蛋白cDNA中的从大约550bp至1450bp的核心片段,长度为0.9kb。同时,比较了几种鱼血清转铁蛋白cDNA序列的同源性,并推导出鲫血清转铁蛋白cDNA核心片段的氨基酸序列,并分析了该氨基酸序列的结构和特性。
关键词：
鲫 转铁蛋白cDNA 克隆 序列分析
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
李旭凯 彭良才 王令强
用Perl语言编写了一个pep_pattern.pl脚本,可从一组相关序列中搜索非常相似的序列片段,通过匹配所有可能的氨基酸片段的排列,统计每个匹配模体在序列中的出现频率和位置,搜索蛋白质序列中的2~4个多肽的模体。
[期刊] 林业科学
[作者]
岳红妮 吴云锋 史英姿
Paulownia witches'-broom disease which was caused by the paulownia witches'-broom phytoplasma(PaWB) is one of the severest diseases in paulownia production.Antigenic membrane protein(Amp) gene was cloned from Paulownia plants infected with Paulownia witches'-broom phytoplasma in Shaanxi Province.The...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
黎军胜 李建林 吴婷婷
应用 3′ RACE方法对尼罗罗非鱼 (Oreochromisniloticus) 和奥利亚罗非鱼 (Oreochromisaureus) 胰蛋白酶ⅡcDNA进行了克隆并进行序列测定和分析。结果表明, 胰蛋白酶Ⅱ序列中均具有催化活性必需的高度保守的催化三联体氨基酸残基 (His、Asp、Ser) 和构成二硫键的 10个半胱氨酸残基, 以及决定底物特异性的保守性氨基酸残基———天冬氨酸残基和S1结合袋。奥利亚罗非鱼和尼罗罗非鱼胰蛋白酶ⅡmRNA序列以及氨基酸序列同源性分别为 96 4%和 97 5%。
关键词：
罗非鱼 胰蛋白酶Ⅱ cDNA 克隆
[期刊] 淡水渔业
[作者]
刘军 陈爱敬 黄峰 赵胜军 胡兵 侯永清
利用One-Step RT-PCR技术,从鲫(Carassius auratus)肝胰脏组织中克隆了胰岛素样生长因子-Ⅰ(IGF-Ⅰ),并进行了序列分析。结果表明,鲫IGF-ⅠcDNA由486个核苷酸组成,编码包括信号肽、成熟肽(B、C、A、D四个域)和E域的161个氨基酸。核苷酸同源性分析揭示,鲫IGF-ⅠcDNA序列与金鱼的同源性最高,为99.18%;与鲮、三角鲂、团头鲂的同源性次之,分别为94.44%、94.65%、94.44%;与鲤、草鱼的同源性相对较低,为86.03%和85.29%。E区域的分析结果表明,鲫IGF-Ⅰ序列为Ea-2亚型。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
李壮 黄玉碧
从小麦品种中国春中克隆了TaPhyB在染色体4D上的cDNA的全长编码序列,所得序列定位于4D染色体长臂上,被命名为TaPhyB3。通过中国春1D-4D-6D BAC文库的筛选,设计引物亚克隆得到光敏色素基因B的基因序列,其含有4个外显子和3个内含子。通过生物信息学软件的预测,该基因编码蛋白的功能结构域有6个:DAF DOMAIN,PHYTOCHROME REGION,PAS-ADOMAIN,PAS-B DOMAIN,HISTIDINE KINASE RELATED DOMAIN 1和HIETIDINE KINASE RELATED DOMAIN 2。编码序列与染色体倍数关系的分析结果表明Ta...
关键词：
小麦 蛋白结构 染色体 编码序列
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