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[期刊] 水产学报
[作者]
朱磊 胡晓 房文红 胡琳琳 李新苍 李国烈 写腊月
根据5种硬骨鱼已知CYP3A序列保守区设计兼并引物,以异育银鲫cDNA为模板扩增得到CYP3A基因片段,根据得到片段序列设计特异引物并利用cDNA末端快速扩增技术(RACE)获得全长cDNA。得到异育银鲫CYP3A基因全长为1 769 bp,开放阅读框为1 545个核苷酸,编码514个氨基酸。其预测蛋白质分子量为58.624 ku,理论等电点为6.30。将异育银鲫CYP3A序列理论编码氨基酸序列提交细胞色素P450命名委员会(Cytochrome P450 NomenclatureCommittee)并由其命名为CYP3A136。氨基酸序列分析显示,其与稀有鲫、草鱼、鲦同源性较高,并且具有高度...
[期刊] 水产学报
[作者]
杨光 秦真东 赵丽娟 詹凡玢 沈海洋 张梦兰 卢志杰 叶成凯 李凤麟 潘淦 林蠡
蜕皮是甲壳动物重要的生理活动,与其蜕皮激素的合成密切相关,细胞色素P450(CYP)302a1是甲壳动物蜕皮激素合成通路中的关键酶之一。本研究克隆了罗氏沼虾CYP302a1基因(Mr-CYP302a1),cDNA全长1 859 bp,开放阅读框(ORF)为1 629 bp,编码543个氨基酸(aa),分子量大小为61.09 ku,等电点为8.42。氨基酸序列分析显示CYP302a1基因的保守结构域含有5个P450基因家族特征保守区域:heme-binding、helix-K、helixC、helix-I及PERF。系统进化分析结果显示Mr-CYP302a1首先与绿虾CYP302a1聚为一支,然后与凡纳滨对虾及三疣梭子蟹等十足目甲壳动物的CYP302a1聚为一支,与甲壳动物的亲缘关系最近。实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测表明Mr-CYP302a1在罗氏沼虾的多个组织中均有表达,其中在Y器官中的表达量最高,性腺中次之。同时研究发现,MrCYP302a1基因在罗氏沼虾的蜕皮后期(A期和B期)表达量很低,蜕皮间期(C期)表达量开始上升,在蜕皮前期D1亚期达到峰值。对Mr-CYP302a1进行蛋白表达及多克隆抗体制备,蛋白印迹法(Western blot,WB)检测表明Mr-CYP302a1蛋白在罗氏沼虾Y器官中的表达量最高,在蜕皮过程中的蜕皮前期D1亚期达到峰值。综上所述,该基因在罗氏沼虾的蜕皮过程中扮演着十分重要的角色。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
胡黎明 申建梅 胡美英 宾淑英 廖泓之 林进添
【目的】克隆桔小实蝇Bactrocera dorsalis(Hendel)P450基因,研究其在不同组织及发育时期的表达情况,探索其可能存在的生理功能。【方法】采用反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)和快速扩增cDNA末端(RACE)技术,克隆桔小实蝇P450基因CYP6A41;采用实时荧光定量PCR(real-time PCR)方法,研究CYP6A41mRNA在桔小实蝇不同组织及不同发育时期的相对表达量。采用Homology程序模拟构建CYP6A41蛋白的三维结构,应用CDOCK程序将之与甲酸乙酯、乙酸乙酯、甲基丁香酚3种气味分子进行模拟对接分析。【结果】克隆获得了桔小实蝇P450基因,并命...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
李森 何川 胡瑞雪 顾泽茂
为研究Ｐｅｎｔｒａｘｉｎ ３（Ｐｔｘ３）在鱼类中的作用，克隆得到异育银鲫（Ｃａｒａｓｓｉｕｓ ａｕｒａｔｕｓ ｇｉｂｅｌｉｏ）Ｐｔｘ３基因，并对其序列结构特征和表达模式进行分析。异育银鲫Ｐｔｘ３序列由３个外显子和２个内含子构成，编码４５３个氨基酸。异育银鲫Ｐｔｘ３蛋白的前２２ａａ为信号肽，２４１～４５３ａａ为Ｐｔｘ结构域；在Ｐｔｘ结构域有一个非典型的Ｐｅｎｔｒａｘｉｎ信号。同源进化分析发现，异育银鲫Ｐｔｘ３与其他鱼类聚为一支，且与斑马鱼最为相似（７９％）；两栖类和哺乳类各自聚为一支。实时荧光定量ＰＣｒ结果显示，Ｐｔｘ３在异育银鲫的心脏、肝脏、脾脏、头肾、体肾、鳃、脑、肌肉、肠、血液、性腺等１１．．．
[期刊] 中国农业科学
[作者]
魏原杰 王亚美 黄丽娜 刘宁 赵洁 艾新宇 刘小宁
【目的】克隆得到棉蚜(Aphis gossypii)P450 CYP6CY3,将其开放阅读框(ORF)在原核细胞中进行表达,纯化融合蛋白,多次免疫小鼠获得CYP6CY3多克隆抗体,为进一步分析CYP6CY3在棉蚜不同组织部位的分布及其在抗性中的作用打下基础。【方法】利用RT-PCR及3′-RACE技术克隆获得CYP6CY3的ORF,并对其进行生物信息学及系统进化分析。构建重组质粒pET32a-CYP6CY3,转化大肠杆菌transetta(DE3)进行原核表达,利用切胶回收法获得纯化的融合蛋白,继而用纯化
[期刊] 中国农业科学
[作者]
黄水金 秦文婧 陈琼
【目的】研究斜纹夜蛾对溴氰菊酯抗性的分子机制。【方法】利用RT-PCR和RACE技术克隆CYP4M14和CYP4S9cDNA全长序列,采用实时定量PCR技术分析这两个基因在斜纹夜蛾抗、感品系6龄幼虫中肠和脂肪体中mRNA的表达水平。【结果】克隆得到斜纹夜蛾细胞色素P450基因CYP4M14和CYP4S9的cDNA全长序列,序列分析表明,CYP4M14编码区长1512bp,编码504个氨基酸;CYP4S9编码区长1473bp,编码491个氨基酸;实时定量PCR分析结果表明,在中肠中,CYP4M14和CYP4S9在抗性品系中的mRNA表达量分别是敏感品系中的4.85和18.63倍;在脂肪体中分别是...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
夏西超 王文锋 杨洪 宁黔冀
为探讨咪唑类物质KK-42促进凡纳滨对虾(Litopenaeaus vannamei)生长的分子机制,本研究克隆出与蜕皮和生长相关的CYP4V18基因的全序列,研究了该基因的时空表达,并结合测定血淋巴20-羟基蜕皮甾酮(20E)滴度。将体长3.5～5.0 cm凡纳滨对虾幼虾随机分为2组,分别用1.95×10-4mol/L的KK-42溶液或不含KK-42的溶液浸泡处理1 min,之后在相同条件下常规饲养。CYP4V18 mRNA水平定量分析采用real-time PCR,血淋巴中20E滴度测定采用反相高效液相色谱法。结果显示,CYP4V18开放阅读框为1 545 bp,编码515个氨基酸,包含C...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
张志凌 王凯 张茹 徐晴玉 罗光华 方继朝
[目的]Halloween家族基因参与合成蜕皮激素，调控昆虫发育、繁殖等重要生命过程。二化螟(Chilo suppressalis)是水稻的重要害虫，明确二化螟Halloween家族基因完整序列及表达谱特征，对后续开展二化螟生长发育等调控机制研究具有重要作用。[方法]利用反转录PCR(RT-PCR)和快速扩增cDNA末端(RACE)技术克隆二化螟Halloween家族基因成员Cyp302a1和Cyp315a1的完整转录本序列；通过多重比对分析序列保守结构特征；利用MEGA 7.0软件构建了分子系统进化树；利用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)分析基因的时空表达谱。[结果]克隆获得二化螟Halloween家族2个基因CsCyp302a1和CsCyp315a1的全长cDNA序列。各基因均含有5个序列保守结构域：WxxxR(Helix-C)、GxE/DTT/S(Helix-I)、ExxR(Helix-K)、PxxFxPE/DRF(PERF motif)和PFxxGxRxCxG/A(heme-binding domain),并且与各自的基因家族成员聚为一支。各基因在不同发育时期和不同组织内的表达水平存在差异，其表达模式在不同基因间也存在差异。二化螟Cyp307a1相对表达量最高，Cyp315a1相对表达量最低。Cyp307a1在头部表达量高；Cyp306a1在中肠表达量高；Cyp302a1和Cyp315a1在头部和表皮中表达量高；Cyp314a1在脂肪体和表皮中表达量高。[结论]明确了二化螟Halloween家族2个基因序列特征和全部5个主要基因的时空表达谱特征。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
张志凌 王凯 张茹 徐晴玉 罗光华 方继朝
【目的】Halloween家族基因参与合成蜕皮激素，调控昆虫发育、繁殖等重要生命过程。二化螟Chilo suppressalis是水稻上的重要害虫，明确二化螟Halloween家族基因完整序列及表达谱特征，对后续开展二化螟生长发育等调控机制研究具有重要作用。【方法】利用反转录PCR（RT-PCR）和快速扩增cDNA末端（RACE）技术克隆二化螟Halloween家族基因成员Cyp302a1和Cyp315a1的完整转录本序列；通过多重比对分析序列保守结构特征；利用MEGA软件构建了分子系统进化树；利用实时荧光定量PCR（RT-qPCR）分析基因的时空表达谱。【结果】克隆获得二化螟Halloween家族2个基因CsCyp302a1和CsCyp315a1的全长cDNA序列。各基因均含有各自的5个序列保守结构域：WxxxR（Helix-C）、GxE/DTT/S（Helix-I）、ExxR（Helix-K）、PxxFxPE/DRF（PERF motif）和PFxxGxRxCxG/A（heme-binding domain），并且与各自的基因家族成员聚为一支。各基因在不同发育时期和不同组织内的表达水平存在差异，其表达模式在不同基因间也存在差异。二化螟Cyp307a1相对表达量最高，Cyp315a1相对表达量最低。Cyp307a1在头部表达量高；Cyp306a1在中肠表达量高；Cyp302a1和Cyp315a1在头部和表皮中表达量高；Cyp314a1在脂肪体和表皮中表达量高。【结论】明确了二化螟Halloween家族2个基因序列特征和全部5个主要基因的时空表达谱特征。
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
郝颖颖 周明珠 韩开元 杨雄 高钰涵 陈仲
【目的】YABBY是高等植物中特有的转录因子家族,在侧生器官发育和开花过程中发挥重要作用。本研究对毛白杨PtYABBY基因进行克隆和生物信息学分析,并对雌雄花芽8个关键发育时期和根茎叶等组织中PtYABBY基因表达模式进行探究,以期为阐明PtYABBY基因在毛白杨侧生器官发育过程中的功能奠定前期基础。【方法】以毛白杨为试材,采用同源基因克隆法从毛白杨中分离FILAMENTOUS FLOWER (FIL)/YABBY3 (YAB3)同源基因PtYABBY3、PtYABBY4和PtYABBY11的编码区序列,并开展生物信息学分析。通过qRT-PCR研究这3个基因在雌雄花芽8个发育时期及根、茎、幼叶、成熟叶片中的表达规律。【结果】PtYABBY3、PtYABBY4和PtYABBY11编码区长度分别为633、642、639 bp,分别编码210、213、212个氨基酸。所推测的氨基酸序列包含C_2C_2锌指结构域和YABBY结构域。系统进化分析进一步表明这3个基因属于FIL/YAB3亚家族成员。qRT-PCR结果显示这3个基因在根、茎、叶及8个时期雌雄花芽组织中均有表达,但PtYABBY基因间的表达水平存在明显差异。PtYABBY3表达水平在雌雄花芽发育初期下调,发育后期上调;花原基形成到休眠期内PtYABBY3在雌雄花芽中呈现相反的表达变化趋势。PtYABBY4和PtYABBY11基因在雌雄株成花诱导期表达水平最高,成花诱导到伸长期内呈现下降趋势,在雄花芽休眠期和小孢子发生期基因表达水平无明显变化。营养组织表达量测定结果显示这3个基因在幼叶和成熟叶片中表达水平相对较高,根系中表达量最低。【结论】YABBY基因家族成员PtYABBY3、PtYABBY4和PtYABBY11同属FIL/YAB3亚类,在毛白杨雌雄花芽发育的8个时期中表达水平存在较大差异,且在叶片和花芽中表达量较高,表明其可能与叶片和花芽发育相关。本研究为今后深入研究YABBY家族成员在杨树器官生长发育过程中的作用奠定基础。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
田甜 李鑫 郭长宁 侯茜 王冠华 于建光
【目的】克隆并鉴定金纹细蛾（Phyllonorycter ringoniella）细胞色素CYP6家族基因，并观察氯氟氰菊酯药剂处理后mRNA相对表达量的变化，为金纹细蛾细胞色素CYP6家族基因全长cDNA的获得，以及防止或延缓金纹细蛾抗药性的产生提供理论依据。【方法】以GenBank上公布的CYP6家族基因编码区序列为基础设计并合成简并引物；利用RTPCR扩增获得序列后在NCBI上进行Blastx对比，根据P450基因命名法进行命名并向GenBank提交序列获得登录号；利用点滴法和qRTPCR技术，将金纹细蛾3龄幼虫在氯氟氰菊酯（LC50=12.88 mg/L）条件下处理24 h后，观察其体...
[期刊] 水产学报
[作者]
陶敏 刘少军 张卓慧 陈婕 刘文彬 刘筠
为研究性腺型芳香化酶P450aromA(cyp19a1a基因编码)在不同倍性鲫鲤卵巢发育过程中的作用,实验采用同源克隆和cDNA末端快速扩增技术(RACE),获得了二倍体红鲫、三倍体湘云鲫和四倍体鲫鲤的cyp19a1a基因cDNA全长。结果显示,3种鱼cyp19a1a基因均编码517个氨基酸残基,而且编码的蛋白都包含P450aromA特有的跨膜螺旋区、I-螺旋区、Ozol’s肽区、芳香化酶特异保守区以及血红素结合区。采用RT-PCR分析cyp19a1a基因mRNA在3种不同倍性鱼类组织中的表达情况,结果显示,cyp19a1a基因主要在实验鱼的卵巢中表达,其次在精巢、脑、脾脏有少量表达。采用实时...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
涂佳鹏 黄春筱 黄岩 王焕岭
以团头鲂为研究对象,扩增获得Junctophilin(Jph)家族4个成员,jph1a、jph1b、jph2和jph3的cDNA编码序列,分别为2 031、2 016、2 358和2361 bp,分别编码676、671、785和786 aa。团头鲂jphs均由5个外显子和4个内含子组成,与大多数物种的JPHs基因结构相似;结构域预测显示出8个MORN和1个TM结构域,且蛋白多序列比对分析显示Jphs在进化上非常保守。基于qRT-PCR(quantitative real-time PCR)分析显示,这4个基因呈现出组织特异性表达,其中jph1a、jph1b和jph2主要在肌肉和心脏中表达,而jph3主要表达于心脏、血液和大脑。在早期发育过程中,jph1a、jph1b、jph2和jph3的mRNA表达模式类似,分别在原肠胚期、心跳期和25 dph(days post hatching)达到高峰。综上研究结果表明,鱼类jphs基因在心脏和肌肉等组织中发挥重要作用,并且其功能可能不同于哺乳动物。
[期刊] 林业科学
[作者]
宿红艳 王磊 王仲礼 朱路英 孔冬瑞
利用同源克隆方法首次从欧美杨雄花序克隆到1个R2R3-MYB基因PeMYBF1。序列分析结果显示:该基因编码的蛋白质具有典型R2R3-MYB转录因子序列特征,即N端含有2个由53个氨基酸组成的MYB结构域,暗示PeMYBF1是1个欧美杨R2R3-MYB转录因子家族的新成员。聚类分析表明:PeMYBF1归属为第19亚组,该亚组成员在花发育过程中发挥重要作用。器官特异性表达模式分析结果显示:PeMYBF1特异在雄花序和雌花序中表达,暗示PeMYBF1可能参与欧美杨花发育的调控。进一步的分析结果显示:PeMYBF1在不同发育时期花序中的表达水平受到严格调控。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
郑文亮 李边征华 刘应保 王晓宇 刘虎岐
【目的】克隆淡色库蚊氯菊酯抗性相关XND-P450基因,并对其进行生物信息学分析,研究其在敏感品系和抗性品系淡色库蚊中表达量的差异,为阐明XND-P450的功能和抗性机制奠定基础。【方法】依据淡色库蚊抗性品系与敏感品系差异表达的EST片段设计PCR引物,采用RACE技术克隆淡色库蚊氯菊酯抗性相关基因XND-P450全长cDNA序列,并对其进行生物信息学分析;采用半定量PCR技术,对XND-P450基因在敏感品系和抗性品系淡色库蚊中的表达量差异进行检测。【结果】经过克隆获得长度为1 679bp的淡色库蚊氯菊酯抗性相关基因XND-P450全长cDNA,编码523个氨基酸。生物信息学分析表明,该基因...
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