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[期刊] 淡水渔业
[作者]
周凯 张成锋 王建新 李冰 朱健
采用同源克隆和末端快速扩增(RACE)方法克隆了建鲤(Cyprinus carpio var.jian)MHC classⅠ基因全长cD-NA并进行了序列分析。结果显示:实验得到了1914 bp的建鲤的MHC classⅠ全长cDNA序列;建鲤MHC classⅠ基因包括1044 bp的开放阅读框(ORF),118 bp的5'非编码区(UTR)以及752 bp的3'非编码区(UTR),含有保守的半胱氨酸残基,N-糖基化位点。氨基酸序列比对结果显示,建鲤MHC classⅠ与日本鲤的MHC classⅠ相似性最高,为66.0%;与虹鳟、大西洋鲑、青鳉、红鳍东方鲀的相似性分别为54.5%、57.9...
[期刊] 水产学报
[作者]
丰培金 王文东 李伟 何江帅 张俊辉 杨振国 卢强
应用荧光DDRT-PCR从鲤外周血白细胞克隆了鲤胸腺素β(thymosinβ,Tβ)基因cDNA全序列。序列分析表明,TβcDNA全长528bp,其完整的读码框架位于40～178bp,编码46个氨基酸,5'非编码区长39bp,3'非编码区长为348bp,且具有Poly(A)加尾信号(AATAAA),将该基因序列递呈GenBank,注册序列号为AY457946。氨基酸序列同源性分析显示,鲤Tβ氨基酸序列与鲤Tβa、斑马鱼Tβa及斑马鱼Tβ-2同源性均为84%。在系统发生树上,鲤Tβ与鲤、斑马鱼、白斑狗鱼和鲑Tβa及斑马鱼Tβ2聚类。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
李冰 王杰 张成锋 朱健
为了解催乳素受体(Prolactin Receptor,PRLR)的基因序列及其在建鲤(Cyprinus carpio var.jian)渗透调节组织中的表达情况,采用同源克隆和末端快速扩增(rapid amplication of cDNA ends,RACE)的方法分离克隆了建鲤PRLR基因全长cDNA,得到2 440 bp的全长cDNA,包括1 821 bp的开放阅读框(ORF),213 bp的5′末端非编码区(UTR)以及406 bp的3′末端非编码区(UTR)。对该基因序列和推测的氨基酸序列进行同源性比对和系统分析显示:建鲤与其他硬骨鱼类该基因的氨基酸序列相似度在37.46%～87....
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
王杰 李冰 张成锋 朱健
为了解催乳素(prolactin,PRL)的基因序列以及在建鲤渗透调节组织中的表达情况,采用同源克隆和末端快速扩增(rapidamplication of cDNA ends,RACE)的方法分离克隆了建鲤(Cyprinuscarpio var.Jian)PRL基因全长cDNA,得到1 028bp的全长cDNA,包括633bp的开放阅读框(ORF),51bp的5′末端非编码区(UTR)以及344bp的3′末端非编码区(UTR)。对该基因序列和推测的氨基酸序列进行同源性比对和系统分析显示:建鲤与其它硬骨鱼类该基因的氨基酸序列相似度为55.02%～94.76%,与草鱼(Ctenopharyngod...
关键词：
建鲤 催乳素 克隆 序列分析 组织表达
[期刊] 水产学报
[作者]
杨国坤 徐双阳 梁晓敏 秦超彬 张艳敏 孟晓林 聂国兴
为研究GIP（葡萄糖依赖性肠促胰岛素，glucose-dependent insulinotropic polypeptide）在鲤体内的生理功能，实验利用RT-PCR（reverse transcription-polymerase chain reaction）技术从鲤前肠克隆得到gip，对其进行生物信息学分析，并对其mRNA的表达进行检测。结果显示，鲤gip的开放阅读框（open reading frame，ORF）为324 bp，编码107个氨基酸。经过结构预测鲤Gip前体蛋白包括信号肽、N端结构域、Gip成熟肽和C端结构域。氨基酸序列比对及系统进化树分析结果显示，鲤Gip蛋白与斑马鱼Gip蛋白的亲缘关系最近。Real-time PCR结果显示，gip在鲤各个组织中均有表达，但在前肠和垂体组织表达量最高。葡萄糖灌喂实验结果表明，鲤的脑和前肠中gip的表达量在灌喂葡萄糖1和2 h后显著增加。在饥饿再投喂实验中，鲤前肠中gip的表达量在饥饿后显著降低，而再投喂后表达量显著升高。在饲养实验中，高糖和高脂均能显著增加鲤前肠中gip基因的表达量。本研究克隆了鲤gip，并且不同的营养状态可以调节其表达水平。研究结果可初步阐明Gip的生理功能，为探究Gip调节鱼类糖脂代谢的机制提供理论依据。
关键词：
鲤 Gip 鉴定 表达分析
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
杨新鑫 王成辉 马玉清 项松平 王剑
瓯江彩鲤(Cyprinus carpio var.color)是分布在我国瓯江流域的一种鲤科鱼类,色彩艳丽,体形优美,深受人们喜爱。瓯江彩鲤有5种基本体色:"全红"、"大花"、"麻花"、"粉玉"和"粉花",是研究鱼类体色遗传的良好材料和理想模型。酪氨酸酶(tyrosinase)是影响黑色素合成的关键酶,其转录的提前终止会导致黑色素无法合成。采用RACE技术从瓯江彩鲤皮肤转录本中克隆5种体色酪氨酸酶基因全序列,并对序列进行分析。发现在瓯江彩鲤的5种体色中,酪氨酸酶基因cDNA序列长度存在差异:"全红"为2 100 bp,"麻花"为2 107 bp,"大花"为2 073 bp,"粉玉"为1 976...
关键词：
瓯江彩鲤 体色 酪氨酸酶基因
[期刊] 中国水产科学
[作者]
汪登强 罗晓松 陈大庆
采用CloneMinerTMcDNA文库构建试剂盒构建了患败血症的鲢(Hypophthalmichthys molitrix)肝和肾的cDNA文库。经检验,文库的滴度为1.34×107 cfu/mL,总库容为2.68×107 cfu,阳性克隆率为97.5%,平均插入片段大于1.2 kb。对80个随机挑选的克隆进行两端测序,结果显示有74个测序成功。经在GenBank上BLAST比对,其中57个为已知功能基因,属于45个不同基因,另外17个没有明显的同源序列。在已知功能的57个克隆中,含有全长编码区序列的克隆共有49个,全长cDNA比率为61.25%。采用PCR法对文库进行筛选,获得一个含MHC...
关键词：
鲢 cDNA文库 MHC 肝 肾
[期刊] 水产学报
[作者]
刘至治 蔡完其 李思发
通过主要组织相容性复合体(MHC)基因的分析,探讨了中华鳖5个群体(黄河、淮河、洞庭湖、鄱阳湖、太湖)间的遗传变异与分化。中华鳖编码MHC I类分子α2结构域基因的多态性很丰富。主要表现在:(1)中华鳖编码MHC I类分子α2结构域的基因序列存在插入或缺失变异,共获得7种不同长度的基因序列,其中222bp、231bp分别在42、23个体出现,为两种主要长度的基因序列;(2)共获得41种不同的核苷酸序列,这些核苷酸序列的相似度在0.386~0.995之间,表明序列间的歧异度较大;(3)在所有核苷酸序列中,共有250个有效位点,其中174个为变异位点,多态位点百分率达69.6%,但群体间存在差异:...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
苏建明 肖调义 张学文 陈韬 章怀云
采用快速扩增cDNA末端方法,获得1007bp草鱼MHCⅡα基因全长cDNA片段,序列包括717bp的开放阅读框、34bp的5′端非编码区以及256bp的3′端非编码区.氨基酸序列比对和同源性比较分析结果表明,草鱼MHCⅡα与鲤鱼MHCⅡα相似性最高,为79%,与斑马鱼的相似性为75%,与人的相似性最低,为34%.RT-PCR组织表达分析,MHCⅡα基因在正常草鱼组织中除了肌肉中没有扩增出MHCⅡα基因转录本外,在所检测的其他组织中都有不同程度的表达,其中脾脏、头肾有较强的表达,血液有中等程度的表达,肝脏、眼与肌肉相对表达较弱.
[期刊] 水产学报
[作者]
陶敏 刘少军 钟欢 周毅 宋灿 张纯 刘筠
为研究雌核发育二倍体鲫鲤产生二倍体卵子的分子机制,实验采用PCR和cDNA末端快速分离法,克隆获得了雌核发育二倍体鲫鲤第三代(G3)、二倍体红鲫、三倍体湘云鲫和四倍体鲫鲤的细胞周期相关基因——cdc2基因cDNA全序列。结果显示,4种不同倍性鱼cdc2基因均编码含有302个氨基酸蛋白,而且编码的蛋白都含有与其他CDK激酶相当保守的序列PSTAVRE;同源性分析发现,4种鱼cdc2基因编码的氨基酸序列之间的相似度大于97.6%,说明Cdc2蛋白在这4种不同倍性鱼中具有高度保守性。采用实时荧光定量PCR(real-timePCR)对cdc2基因在G3、二倍体红鲫、三倍体湘云鲫及四倍体鲫鲤早期卵巢中...
[期刊] 水产学报
[作者]
谭业平 卢强 孙晓义 付保忠 祝艳蕾 付宝权
PA28α can activate the latent 20S proteasome together with PA28β,playing an important role in the processing of MHC class I antigen.PMSE1 gene encoding this activator has been characterized and documented in mammals,whereas,few reported among piscine.In the present study,two pairs of primer were des...
[期刊] 水产学报
[作者]
陈文波 李文笙 林浩然
胰岛素样生长因子(insulin-like growth factors,IGFs)系统对鱼类的生长和繁殖有着重要的作用。利用PCR方法克隆获得了鲤胰岛素样生长因子结合蛋白(insulin-like growth factor binding protein,IGFBP)-2和-3基因的上游启动子部分序列,长度分别是1142bp和1067bp。Igfbp-2启动子区域没有TATA框和CAAT框。同时,Igfbp-3中只含有TATA框,但没有CAAT框。研究结果表明,二者启动子不具备典型的启动子特征,同时,在二者启动子上还发现了cAMP应答元件和肝细胞核因子结合位点,以及Pit-1、Oct-1、...
[期刊] 水产学报
[作者]
张海琛 许保可 阿琳林 马清花 高强 田文根 俞录贤 梁健
主要组织相容性复合体（MHC）是机体中参与免疫应答的主要因子，在免疫功能调节过程中发挥了重要作用。为探究青海湖裸鲤中该基因可能发挥的作用，实验利用RACE技术克隆获得了青海湖裸鲤MHCⅡα/β基因和伴侣基因Ii全长cDNA序列以及花斑裸鲤MHCⅡα/β和Ii基因的编码区序列。将获得的基因序列进行对比分析，结果显示，两种鱼中该基因的序列特性基本一致。系统发生树结果表明，两种鱼的MHCⅡ与鲤科鱼类在进化地位上更接近，聚为一支。两种鱼中MHCⅡα/β氨基酸序列均包括信号肽、两个功能区、跨膜区和胞质区，且均在跨膜区发现一个不同物种中的保守结构。实时荧光定量PCR（qRT-PCR）结果表明，青海湖裸鲤MHCⅡ主要在肾脏、脑、鳃、肝脏、臀皮中表达较高，而花斑裸鲤主要在脑、肌肉、眼、鳃中高表达。对比正常状态和感染水霉后青海湖裸鲤鳃、肾脏、肝脏、肠组织中MHCⅡ 基因的表达变化，发现MHCⅡ 3个基因在肾脏组织中的表达水平显著下调，而α， β基因在鳃、肝脏、肠组织中均显著上调。对青海湖裸鲤进行不同盐碱胁迫处理后，检测到鳃、肾脏组织中MHCⅡ 基因的mRNA水平均显著降低。对两种鱼中MHCⅡα， β基因的多态性进行分析，分别获得青海湖裸鲤和花斑裸鲤MHCⅡα 8种、12种等位基因型，编码23、24种氨基酸序列，且这种序列多态性主要集中在α1功能区；MHCⅡβ 分别获得12、14种等位基因型，编码22、23种氨基酸序列。青海湖裸鲤MHCⅡα/β 的多态性均低于花斑裸鲤，暗示其与青海湖裸鲤的盐碱耐受过程联系不紧密。遗传多样性分析结果表明群体多样性在两个物种中均较高，其单倍型多样性接近1，且核苷酸多样性之间的差异较小。花斑裸鲤MHCⅡ 基因的单倍型多样性和核苷酸多样性均略高于青海湖裸鲤，反映了青海湖裸鲤种群稳定性略低于花斑裸鲤。研究表明，MHCⅡ 分子不仅在青海湖裸鲤和花斑裸鲤的免疫防御应答中发挥着重要作用，还可能参与了青海湖裸鲤的盐碱耐受过程，而基因多态性与盐碱耐受的关联度不高。
[期刊] 华北农学报
[作者]
魏可鹏 俞菊华 李红霞 李建林 唐永凯 夏正龙
旨为查找建鲤(Cyprinus carpio var.jian)胰岛素样生长因子结合蛋白1(Insulin-like growth factor binding pro-teins 1,IGFBP1)基因上与增重相关的SNP位点。利用基因克隆,Clustal W比较8个个体的DNA序列,筛选SNP位点。并采用PCR-RFLP方法检测了其中2个位点(1b-E1-A210G,1b-E3-C108T)在913尾建鲤(♂469,♀444)中的基因型分布。成功分离得到了建鲤IGFBP1的2条DNA序列,并在1a、1b上分别找到7个和24个SNPs位点,其中,1a外显子上有2个,1b外显子上有4个。检测的...
关键词：
建鲤 IGFBP1 SNP 增重 相关性
[期刊] 中国水产科学
[作者]
黎建平 高风英 卢迈新 曹建萌 朱华平 可小丽 刘志刚
通过同源克隆和末端快速扩增(RACE)方法,获得尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)的MHC Ⅰα全长c DNA,分析其多态性和组织表达特征。获得的尼罗罗非鱼MHC Ⅰαc DNA全长为1 533 bp,其ORF为1 053 bp。编码的蛋白质分子包含信号肽、MHC结构域、IGc1结构域和跨膜区,并存在丰富的磷酸化位点。与其他硬骨鱼类和哺乳类的相似性在26.86%~74.0%。从6尾鱼中共分离得到6条不同的MHC Ⅰαc DNA序列,其序列中存在多个单核苷酸多态性位点,说明MHC Ⅰαc DNA存在丰富的多态性。q PCR检测表明,MHC Ⅰα基因在脾和心中表达量较高,中等...
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