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[期刊] 华北农学报  [作者] 魏可鹏  俞菊华  李红霞  李建林  唐永凯  夏正龙  
旨为查找建鲤(Cyprinus carpio var.jian)胰岛素样生长因子结合蛋白1(Insulin-like growth factor binding pro-teins 1,IGFBP1)基因上与增重相关的SNP位点。利用基因克隆,Clustal W比较8个个体的DNA序列,筛选SNP位点。并采用PCR-RFLP方法检测了其中2个位点(1b-E1-A210G,1b-E3-C108T)在913尾建鲤(♂469,♀444)中的基因型分布。成功分离得到了建鲤IGFBP1的2条DNA序列,并在1a、1b上分别找到7个和24个SNPs位点,其中,1a外显子上有2个,1b外显子上有4个。检测的...
[期刊] 中国水产科学  [作者] 俞菊华  李红霞  李建林  唐永凯  董在杰  
GHS-R基因在哺乳类为候选的肥胖和生长数量性状位点。本实验使用RT-PCR及PCR的方法,从建鲤(Cyprinus carpio var.jian)分离到2个jlGHS-R1s,称为jlGHS-R1a和jlGHS-R1b(分别简称1a和1b)。jlGHS-R1s的阅读框编码360个氨基酸,两者间相似性高达96%;另外还存在2个jlGHS-R1s的转录变体(分别简称1a'和1b'),选择性切割了翻译起始碱基后第490-680 nt的191 bp片段,该片段两端碱基分别为gt-ag,这种选择性切割导致翻译提前终止,仅翻译184个氨基酸,包括前面3个半跨膜区,这与已报道的罗非鱼等的保留内含子的转录...
[期刊] 上海海洋大学学报  [作者] 李红霞  刘楠楠  浦天宁  魏可鹏  俞菊华  李建林  唐永凯  
机体生长主要受到促生长激素释放激素—生长激素—胰岛素样生长因子(GHRH-GH-IGFs)生长轴调控,类胰岛素生长因子IGF-Ⅰ是生长激素(GH)发挥生物学功能的重要传导因子。实验特异性扩增了建鲤(Cyprinus carpio var.jian)IGF-Ⅰa基因的5个外显子和3个内含子(内含子1、内含子3和内含子4)。通过比对10尾建鲤的序列,共找到SNPs位点8个。使用PCR-RFLP方法检测了5个家系共372尾建鲤的内含子1_C175G,12个家系共987尾的内含子1_A993G和内含子4_A511C 3个位点。内含子1_C175G雌雄个体均以GG型频率为最高,分别是0.44和0.43;...
[期刊] 水产学报  [作者] 俞菊华  李红霞  李建林  唐永凯  夏正龙  董在杰  
为获得与建鲤增重相关的分子标记进行建鲤分子育种,实验在建鲤心肌型脂肪酸结合蛋白(FABP)基因上筛选了与增重相关的SNP位点。首先使用PCR扩增到2个建鲤FABP3基因,jlFABP3a和3b基因,两个基因均有4个外显子和3个内含子组成,3a和3b阅读框相似性为93%,编码133个氨基酸,相似性为94%,内含子长度和序列存在着明显差异。jlFABP3的系统进化和传统的分类地位一致。通过序列比对,在3a和3b上分别找到26和25个SNP位点。构建PCR-RFLP法检测了其中3个SNPs在建鲤群体中的分布,并与增重进行相关分析,结果显示,C30G与检测群体雌、雄鱼鱼种阶段和雌鱼成鱼阶段增重显著相关...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)  [作者] 丁为群  梁宏伟  邹桂伟  王晓阳  曹磊  刘迪秋  李忠  
【目的】克隆鲢胰岛素样生长因子结合蛋白1(IGFBP-1)基因,分析其编码蛋白的结构与功能,并分析低氧胁迫下该基因在鲢肝脏中的表达情况。【方法】采用cDNA末端快速扩增技术(Rapid amplification of cDNAends,RACE)扩增鲢IGFBP-1基因的全长cDNA,通过半定量RT-PCR法对鲢肌肉、心脏、脑、肾脏、肝脏、腮和脾等组织器官IGFBP-1mRNA的表达水平进行检测,利用Real-time PCR法检测急性低氧胁迫0,2,4,6,8,10和12h后鲢肝脏组织中IGFBP-1表达量的变化。【结果】鲢IGFBP-1全长cDNA为1 081bp,具有73bp的5′非编...
[期刊] 海洋渔业  [作者] 马思思  喻伟峰  张凯  张雯雯  唐晓东  刘雨曦  尹绍武  王涛  
为探究暗纹东方鲀(Takifugu fasciatus)TGF-β1基因与其生长性状的关联及作用,本研究采用RACE技术克隆了暗纹东方鲀TGF-β1基因,分析了其基因结构与表达特征,并通过直接PCR扩增法对TGF-β1基因进行多片段比对,在此基础上筛选出与生长性状相关的SNP位点。研究发现TGF-β1基因cDNA全长共2217 bp,包含5’UTR 51 bp,3’UTR 1014 bp,ORF 1152 bp,编码383个氨基酸。氨基酸序列比对分析表明暗纹东方鲀TGF-β1基因与红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)同源性最高(92.82%)。进化树分析表明暗纹东方鲀TGF-β1基因编码氨基酸序列与红鳍东方鲀聚为一支,与鲈形目鱼类亲缘关系最近(68.46%~73.33%)。qRT-PCR检测显示TGF-β1基因在暗纹东方鲀8种不同组织(心脏、肝脏、脑、脾脏、肾脏、肌肉、中肠和鳃)都有表达,其中肾脏表达量最高,心脏和脾脏表达量次之。通过SNP位点不同基因型与个体生长性状的相关性分析,发现TGF-β1上的SNP g. 3908 C>A位点与暗纹东方鲀多项生长性状有关,其中CC型是优势基因型,且CC型个体体宽、肥满度较高。研究结果证实了TGF-β1基因与暗纹东方鲀生长性状有一定的相关性,有望为暗纹东方鲀分子标记辅助育种提供基础资料。
[期刊] 淡水渔业  [作者] 周凯  张成锋  王建新  李冰  朱健  
采用同源克隆和末端快速扩增(RACE)方法克隆了建鲤(Cyprinus carpio var.jian)MHC classⅠ基因全长cD-NA并进行了序列分析。结果显示:实验得到了1914 bp的建鲤的MHC classⅠ全长cDNA序列;建鲤MHC classⅠ基因包括1044 bp的开放阅读框(ORF),118 bp的5'非编码区(UTR)以及752 bp的3'非编码区(UTR),含有保守的半胱氨酸残基,N-糖基化位点。氨基酸序列比对结果显示,建鲤MHC classⅠ与日本鲤的MHC classⅠ相似性最高,为66.0%;与虹鳟、大西洋鲑、青鳉、红鳍东方鲀的相似性分别为54.5%、57.9...
[期刊] 华北农学报  [作者] 贺彩霞   李长忠   保长虹   王丽楠   严青春   金文杰   赵娟   王国杰   简生龙   王振吉   陈艳霞  
花斑裸鲤是黄河上游重要的冷水性土著鱼类,其生长、发育缓慢,性成熟又较晚,故多年来其种群一直呈下降趋势。MSTN(肌肉生长抑制素)是一种对肌肉生长具有负调控作用的因子,通过克隆花斑裸鲤MSTN-1基因并检测其表达特性,为花斑裸鲤生长缓慢的分子调控机理提供基础资料。采用PCR、5′-RACE和3′-RACE法获得花斑裸鲤MSTN-1基因全长cDNA序列,采用qPCR检测MSTN-1基因在花斑裸鲤不同组织的表达特征和在不同鲤科鱼类肌肉组织中的差异性表达。花斑裸鲤MSTN-1基因的cDNA序列全长为2 190 bp,其中ORF长1 128 bp, 5′UTR长96 bp, 3′UTR长966 bp,共编码375个氨基酸。该蛋白是带有一个信号肽、无跨膜结构的不稳定亲水性分泌蛋白,主要分布在细胞核、线粒体和细胞质中。MSTN-1蛋白质二级结构以无规卷曲为主,存在2个TGF-β结构域:即TGF-β前肽区域(37—268 aa)和TGF-β功能区域(281—375 aa),有1个蛋白酶水解位点RIRR和9个位于TGF-β功能区域保守的半胱氨酸残基。氨基酸序列同源性分析表明,花斑裸鲤MSTN-1氨基酸序列与其他鲤科鱼类MSTN-1具有较高的相似性,而与禽类和哺乳动物的相似性较低。系统发育分析显示,花斑裸鲤MSTN-1与其他鲤科鱼类聚于同一进化支。qPCR检测结果表明,MSTN-1在花斑裸鲤的脑、肌肉、鳃、心、肝脏和肾脏组织中均有表达,但在脑和肌肉组织中表达量较高。该基因在不同鲤科鱼类肌肉组织中均有表达,在青海湖裸鲤肌肉组织中的表达量最高,其次在花斑裸鲤和黄河鲤鱼肌肉组织中。通过克隆获得花斑裸鲤MSTN-1基因cDNA序列,进行生物信息学分析和qPCR检测,MSTN-1在这几种土著鱼类肌肉组织中的特征性表达差异有助于进一步了解高原鱼类生长缓慢的分子机理。
[期刊] 林业科学研究  [作者] 孙迎坤  李纪元  殷恒福  范正琪  周兴文  
为研究A功能基因在山茶花重瓣形成过程中所发挥的功能,利用同源克隆和RACE扩增方法,从重瓣山茶花品种‘金盘荔枝’发育早期的花芽中获得了山茶花AP基因全长cDNA,命名为CjAPL1,GenBank登录号JX657332。该基因全长1 149 bp,其中,开放阅读框(ORF)长度为741 bp,5’非编码区长度206 bp,3’非编码区长度202 bp。经氨基酸序列分析表明:CjAPL1基因编码一条含有246个氨基酸的蛋白质,与猕猴桃、八仙花等植物的Ap1蛋白同源性均在75%以上。Rea-time PCR结果显示,CjAPL1基因在‘金盘荔枝’不同发育时期花芽中的表达量为:花芽发育早III期>花...
[期刊] 中国水产科学  [作者] 丰培金  王文东  李伟  卢强  
为研究鲤(Cyprinus carpio L.)白细胞免疫应答相关的分子机理,以体外培养的鲤外周血白细胞为实验材料,用荧光标记的mRNA差异显示(FluoroDDRT-PCR)技术,研究丝裂原(50μg/mL LPS、50μg/mL PHA和50μg/mL ConA)在刺激白细胞4、12和24 h内诱导白细胞免疫应答相关基因的mRNA表达差异,共获得92个差异片段,其中87个片段有再扩增产物,再扩增率为94.6%;将差异片段克隆,经PCR鉴定,获得81个阳性克隆,鉴定率为93.1%;差异片段序列同源性功能分析结果表明,本研究共获得3个免疫应答相关的cDNA克隆,它们分别编码鲤的蛋白酶体激活因子...
[期刊] 中国农业科学  [作者] 占思远  董尧  李利  仲涛  王林杰  张红平  
【目的】克隆获得南江黄羊IGFBP-2(InsulIn-lIke Growth Factor BIndInG ProteIn-2)基因的cds区全序列,对其进行生物信息学分析,并分析IGFBP-2的mrna和蛋白组织表达特征,为深入研究该基因在出生后山羊生长和发育过程中的作用以及表达调控提供基础资料。【方法】下载ncBI的Gen Bank数据库中公布的绵羊(ovIs arIes,nm_001009436)和牛(Bos taurus,nm_174555)的IGFBP-2基因的mrna序列,经序列比对后采用保守区域序列并利用PrImer PremIer 6.0软件设计克隆引物,经Pcr扩增后采用t...
[期刊] 华北农学报  [作者] 王阳  卢虹  黄镇  刘璐  刘霞  刘亚萍  田正书  徐爱遐  
类黄酮是一种重要的植物次生代谢产物,查耳酮异构酶(CHI)是类黄酮生物合成早期阶段的一个关键酶,在种皮发育和颜色形成过程中具有重要的调控作用。为深入研究CHI基因在种皮发育和颜色形成中的作用及生物学功能。以16份三大类型黄、褐籽油菜为试验材料,采用同源克隆法克隆得到CHI基因的序列,并进行分子进化分析。将克隆得到的序列利用NCBI在线软件预测ORF Finder分析该基因的开发阅读框(ORF),结果发现,CHI基因ORF长度为756 bp或759 bp,编码251个或252个氨基酸。利用DNAMAN(v5
[期刊] 中国农业科学  [作者] 肖玲  卢长明  
脂肪酸延长酶基因fae1是调控油菜芥酸合成的关键基因。本研究利用GenBank中的fae1基因序列AF490462为模板设计引物,通过多聚酶链式反应(PCR)从白菜、甘蓝和甘蓝型油菜(包括2个人工合成种)的12个不同品种中扩增出长1007bp的fae1基因片段。PCR产物经与克隆载体pGEM-Tvector连接和序列测定,获得12个品种的fae1基因片段的DNA序列。对来自12个不同品种的fae1基因序列进行比较分析表明:fae1基因具有高度序列保守性,扩增长度均为1007bp,核苷酸序列相似度达98%以上,氨基酸序列的保守性更高。在1007bp的区间内共发现23个SNP(singlenucl...
[期刊] 林业科学研究  [作者] 刘英冠  吴庆珂  何关顺  汪阳东  杨素素  陈益存  高暝  
在转录组测序结果分析基础上,以山鸡椒c DNA为模板,克隆得到山鸡椒1-脱氧木酮糖-5-磷酸还原异构酶DXR基因c DNA全长,以山鸡椒基因组DNA为模板,设计引物、扩增拼接后获得山鸡椒DXR基因全长,命名为Lc DXR。序列分析表明,Lc DXR c DNA全长为1 501 bp,5’非编码区长34 bp,3’非编码区长53 bp,开放阅读框长1 413 bp,预测编码含有470个氨基酸残基的蛋白质,等电点为6.62,分子量为51.12 k D。Lc DXR基因全长为12 601bp,其中外显子12个,内含子11个。对来自10个种源的Lc DXR基因编码区单核苷酸变异位点进行分析表明:在c ...
[期刊] 中国农业科学  [作者] 张楠楠  薛冬  崔晓霞  赵晋铭  郭娜  王海棠  邢邯  
【目的】植物激素乙烯参与植物的生长发育以及生物与非生物胁迫过程。组成型三重反应基因CTR1作为乙烯受体下游一个负调控因子,结合乙烯受体共同参与乙烯的信号转导途径。本研究通过对大豆(Glycine max)的组成型三重反应基因CTR1进行克隆和诱导表达分析,以及在大豆发状根中过表达该基因后进行疫霉根腐病的抗性分析,探究CTR1在大豆与疫霉菌互作过程中的功能。【方法】利用同源克隆的方法,以拟南芥的AtCTR1序列为探针,在大豆基因组数据库中搜索同源性最高的基因即为大豆的GmCTR1(Glyma.13G1511
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