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[期刊] 中国农业科学  [作者] 张晓东  凌英会  张运海  李运生  刘亚  曹鸿国  张子军  殷宗俊  丁建平  章孝荣  
【目的】旨在构建、分析山羊卵巢组织miRNA表达谱,为进一步研究特定miRNA与山羊卵泡发育及性激素分泌等相关生殖活动的关系奠定理论基础。【方法】首先从山羊卵巢组织总RNA中分离小片段RNA,然后进行Solexa测序和生物信息学分析,最后利用q-PCR技术验证miRNA在山羊卵巢组织中的表达。【结果】共鉴定出508个山羊卵巢组织表达的miRNA和19个对应的miRNA*,这些miRNA在哺乳动物(绵羊、牛、猪、马、狗)进化过程中高度保守;q-PCR验证了8个miRNA在山羊卵巢组织中的表情况,定量结果与测序结果一致。【结论】成功构建了山羊卵巢组织miRNA表达文库,山羊卵巢组织miRNA表达丰...
[期刊] 水产学报  [作者] 刘慧芬  卢良盛  王静  周传江  顾钱洪  马晓  冯军厂  聂国兴  李学军  
为筛选影响花■卵巢发育相关的基因,采用Illumina Hiseq技术对花■脑、卵巢和肝脏组织进行高通量转录组测序。结果显示,3个组织分别产生了49 484 132、47 540 538和50 622 304个clean reads,组装后共获得了99 878个unigenes,平均长度为1 430 bp。DE seq分析发现,在脑vs.卵巢组中特异性表达的基因数为2 305个,脑vs.肝脏组中特异性表达的基因数为839个,卵巢vs.肝脏组中特异性表达的基因数为1 474个,3个比较组共有的差异表达基因数为860个。GO分析发现,上述差异表达基因主要集中在初级代谢过程(primary metabolic process)、单细胞过程(single-organism process)、有机物代谢过程(organic substance metabolic process)等生物学过程中。KEGG pathway分析显示,一些与卵巢发育和减数分裂相关的信号通路得到了显著富集,如GnRH信号通路、类固醇激素合成、TGF-β信号通路、卵母细胞减数分裂等代谢通路。本研究结果丰富了花■的基因资源,可为花■的繁殖生物学研究提供基础数据。
[期刊] 中国农业科学  [作者] 张磊  王燕燕  周占琴  李广  付明哲  张锁良  尹海科  张胜刚  任宝华  
【目的】探讨卵巢摘除对母山羊产肉性能,血清中生长激素(growth hormone,GH)水平以及背最长肌、股二头肌、肝脏、脂肪组织中生长激素受体基因(growth hormone receptor,GHR)表达的影响,揭示摘除母山羊卵巢提高其育肥效果的原因。【方法】将体重相近的5月龄布尔山羊杂种(布尔山羊♂×关中奶山羊♀)母羊40只作为研究对象。试验开始前一个月,对所有羊只进行驱虫和防疫工作。试验开始时将母羊随机分为处理组和对照组,每组20只,摘除处理组母羊的卵巢,对照组不摘除。在试验的第0,10,20,30,40和50天早晨8:00对所有试验羊进行空腹采血,立即分离血清,采用羊生长激素酶联...
[期刊] 中国农业科学  [作者] 李文杨  刘远  吴贤锋  高承芳  黄勤楼  
【目的】研究福清山羊与努比亚黑山羊发情期卵巢组织转录组差异表达水平,一方面为山羊繁殖性状形成的分子机制提供理论依据,另一方面为利用努比亚黑山羊杂交改良福清山羊提供可加快遗传进展的分子标记。【方法】利用转录组测序方法对福清山羊和努比亚黑山羊发情期卵巢组织进行研究,筛选品种间的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),并对DEGs功能进行注释和若干基因荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qRT-PCR)验证;同时通过与参考基因组比对,分析和筛选测序样品中存在的SNP/InDel。【结果】6个样品共得到46.68Gb Clean Data,DESeq分析发现了福清山羊和努比亚黑山羊发情期卵巢组织的DEGs149个(包含25个新转录本),其中表达上调53个,表达下调96个;初步认为输卵管素基因(oviductin,OVN)、类固醇合成快速调节蛋白基因(steroidogenic acute regulatory protein,STAR)、早期生长应答1基因(early growth response 1,EGR1)可作为福清山羊繁殖性能的候选基因。149个DEGs中的108个基因能被GO(gene ontology)数据库注释,30个DEGs能够被COG(Cluster of Orthologous Groups of proteins)数据库注释,91个DEGs能够被KEGG(kyoto encyclopediaof genes and genomes)数据库注释。KEGG通路分析表明DEGs共富集到21条信号通路中,6条通路显著富集。经过进一步的与参考基因组序列比对分析,共发掘1 506个新转录本。经qRT-PCR验证,所选基因(转录本)表达变化模式与转录组测序结果一致,表明测序结果可靠。【结论】在转录组水平上筛选出了福清山羊和努比亚黑山羊发情期卵巢组织的149个DEGs,发掘了1 506个新转录本,初步揭示了OVN、STAR和EGR1在山羊繁殖过程中可能发挥重要作用,为进一步探索山羊繁殖性状相关机理提供参考依据。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)  [作者] 王燕燕  陈福财  张磊  吴森  周占琴  付明哲  张锁良  尹海科  张胜刚  任宝华  
【目的】研究卵巢摘除对山羊羔产肉性能的影响。【方法】将40只全舍饲条件下体质量相近的母羔羊随机分为处理组和对照组,每组20只,在试验开始时处理组母羔羊摘除卵巢,对照组未摘除。在试验0d和50d早晨对2组羔羊空腹称体质量,并在试验0,10,20,30,40和50d早晨对2组羔羊空腹采血,测定血清生长激素(GH)水平和血清生长抑素(SS)水平。饲养50d后,分别从处理组和对照组随机选取5只母羔羊屠宰,测定其胴体质量、屠宰率、净肉率、水分、粗脂肪和粗蛋白含量等指标。【结果】处理组羔羊平均日增体质量为128g,比对照组高13g,且差异显著(P<0.05)。处理组羔羊血清GH质量浓度从20d开始一直呈上...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)  [作者] 万露  彭方  张磊  周占琴  谢东淇  白前前  鲍文  张爱平  袁生宇  
[期刊] 渔业科学进展  [作者] 李雨  凌乐妍  金鸿浩  李哲  高源  刘蕃  罗辉  叶华  
为挖掘我国名优鱼类长吻(鱼危)(Leiocassis longirostris)生长相关基因,本研究运用Illumina高通量测序技术比较分析了快速生长组[平均体质量为(534.02±53.68)g]和缓慢生长组[平均体质量为(108.41±4.96) g]各9尾长吻(鱼危)的脑组织基因表达谱。测序共获得267 404 674个高质量测序片段(clean reads),通过2种不同生长速率长吻(鱼危)脑组织转录组比较筛选出518个差异表达基因,其中,412个基因表达量上调,106个基因表达量下调。对12个差异表达基因进行实时荧光定量PCR验证的结果与转录组测序结果一致。GO功能分类显示,大量差异表达基因富集到生长(growth)、生长因子活性(growth factor activity)和激素介导的信号通路(hormone-mediated signaling pathway) GO条目中。KEGG富集分析显示,一些差异表达基因在MAPK信号通路(MAPK signaling pathway)、转化生长因子β信号通路(TGF-beta signaling pathway)、钙离子信号通路(calcium signaling pathway)和神经活性配体–受体相互作用(neuroactiveligand-receptorinteraction)等途径中富集。根据GO功能注释和KEGG富集分析,筛选出gnrh、thr、egr1、fgf18、sst、gipr、cart和crf等基因是调控长吻(鱼危)生长发育的关键候选基因。本研究结果为后续深入研究长吻(鱼危)生长调控机制提供了重要的参考资料。
[期刊] 华北农学报  [作者] 郭静文  史晓蕾  刘茜  赵青松  邸锐  刘兵强  闫龙  王凤敏  张孟臣  赵宝华  杨春燕  
通过转录组测序技术挖掘蛋白质合成相关基因,为解析蛋白质合成机制奠定基础。以遗传背景相近但蛋白含量差异较大的大豆高蛋白品系冀HJ117(蛋白质含量52. 99%)及其回交亲本冀豆12(蛋白质含量46. 48%)为研究材料,利用转录组测序技术和生物信息学分析,以期挖掘大豆籽粒蛋白质合成相关基因。通过对转录组数据中冀HJ117和冀豆12差异表达基因的分析筛选,共得到336个差异表达基因,其中冀HJ117较冀豆12有195个上调表达基因,141个下调表达基因。通过GO功能富集分析,发现在分子功能类型中注释的差异基因主要与催化和连接等功能相关; KEGG显著富集分析发现差异表达基因主要富集在蛋白质内质网合成途径中,该途径共筛选到34个差异表达基因,其中33个基因在冀HJ117中表达量较高。从该途径中筛选出9个候选基因,采用荧光定量PCR方法检测其表达量,表达趋势与RNA-Seq检测结果基本一致,证实了RNA-Seq数据的可靠性。RNA-Seq测序结果获得了与蛋白质合成相关基因的基本信息,蛋白质内质网合成途径可能是冀HJ117与冀豆12蛋白质含量产生差异的重要通路。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)  [作者] 孙健红  赵慧英  苏正元  尹宝英  张涌  
应用免疫组织化学SP法检测γ-干扰素(Interferon-γ,IFN-γ)在不同生殖周期奶山羊卵巢中的表达情况,探讨IFN-γ的变化规律及其与生殖的关系。结果显示,在间情期三级卵泡颗粒细胞胞膜、发情期三级卵泡和成熟卵泡颗粒细胞、妊娠期卵泡颗粒细胞、妊娠7周粒黄体细胞、妊娠12,16和20周膜黄体细胞胞核中均有IFN-γ的表达;在三级卵泡和成熟卵泡的卵泡液中也有IFN-γ的表达;妊娠12,16和20周粒黄体细胞上IFN-γ表达量很低。IFN-γ可能在不同类型的细胞上发挥着不同的作用。
[期刊] 西南农业学报  [作者] 曹冶  赵素君  谢晶  王秋实  廖党金  
【目的】本研究旨在搞清楚金堂黑山羊FSH信号调节机制的作用模式。【方法】将10只生殖周期相同的健康空怀的金堂黑山羊成年母羊随机分成2组,一组为对照组,一组为试验组。在发情后的第2天对试验组金堂黑山羊进行FSH肌肉注射100IU,并在注射24 h后,摘取金堂黑山羊的卵巢;对照组发情后的第3天摘取卵巢。分别提取它们的总RNA,进行表达谱测序。【结果】经测序分析:对照组和试验组分别得到有效序列30 906 038和27 763 272条;经统计分析后,得到归一化序列30 216 946和27 124882条,与
[期刊] 西南农业学报  [作者] 宋天增  冯静  陈晓英  马金英  徐亚欧  张四中  
研究卵巢摘除对育肥藏北山羊生长激素(GH)水平和生产性能的影响。试验用羊为2岁龄藏北母山羊,选择60只体重相近的母山羊,随机分为空白对照组和卵巢摘除试验组2组。在试验期间,2组每日均按照农牧民放牧习惯自由放牧,晚上给予补饲精料颗粒料添加量为280 g/d,燕麦青干草为自由采食;分别在母羊卵巢摘除后第0、7、14、21、28、35、42、49和56日的早晨8:00空腹称重并颈静脉采血,立即分离血清,按照羊生长激素酶联免疫分析试剂盒说明书,测定血清中GH水平;饲养56 d后,随机在试处理组和对照组中分别屠宰1
[期刊] 中国农业科学  [作者] 祁云霞  刘晓芳  张萍  何小龙  邢玉梅  达赖  特日格勒  刘永斌  荣威恒  
【目的】全面了解绵羊卵巢组织mi RNAs表达情况,分析产单羔和产双羔绵羊卵巢mi RNAs表达差异,从而为探讨mi RNAs在繁殖力调控中的作用提供依据。【方法】应用多物种mi RNA芯片对绵羊卵巢组织mi RNA进行表达分析。首先选择经产单羔羊和双羔羊,发情后采集双侧卵巢提取总RNA,分离小片段RNA与mi RNA芯片杂交,然后进行数据分析获得绵羊卵巢组织mi RNAs表达谱;利用生物信息学软件,以q-value≤5%,且Fold Change≥2或≤0.5的标准筛选单羔羊和双羔羊卵巢差异表达mi RNAs,并利用q-PCR技术验证芯片结果;分别采用micro T和mi RDB两种方法预测...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)  [作者] 阿拉达尔  曹贵方  张涌  
对37-99 d胎龄的蒙古绵羊胎儿卵巢进行组织学观察。结果表明,绵羊胎儿在37 d,可以从外观上分辨雌雄,雌性胎儿的性腺初步出现卵巢的组织学特征;37-51 d为卵原细胞的共质体期,卵原细胞数量增长加快;55~76 d卵巢中逐渐充满大量的合胞体样卵母细胞群;从58 d开始卵巢皮质深层出现少量的形态不典型的原始卵泡。胎龄73 d时,皮质深层出现真正的原始卵泡;81 d时皮质中层出现大量原始卵泡;99 d时皮质深层中可看到一些初级卵泡。与成体卵母细胞相比,胎儿时期的生殖细胞有活跃的增殖分裂特征;生殖细胞发育按卵原细胞增殖→卵母细胞分化→形成原始卵泡的步骤发育,在位置分布上由卵巢皮质外层逐渐向皮质里...
[期刊] 中国农业科学  [作者] 祁云霞  刘晓芳  张萍  何小龙  邢玉梅  达赖  特日格勒  刘永斌  荣威恒  
【目的】全面了解绵羊卵巢组织mi RNAs表达情况,分析产单羔和产双羔绵羊卵巢mi RNAs表达差异,从而为探讨mi RNAs在繁殖力调控中的作用提供依据。【方法】应用多物种mi RNA芯片对绵羊卵巢组织mi RNA进行表达分析。首先选择经产单羔羊和双羔羊,发情后采集双侧卵巢提取总RNA,分离小片段RNA与mi RNA芯片杂交,然后进行数据分析获得绵羊卵巢组织mi RNAs表达谱;利用生物信息学软件,以q-vAlue≤5%,且Fold ChANge≥2或≤0.5的标准筛选单羔羊和双羔羊卵巢差异表达mi RNAs,并利用q-PCR技术验证芯片结果;分别采用miCRo T和mi RdB两种方法预测...
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