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[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
王国娟 曹妍 王芳 马焕成 郑艳玲 伍建榕
苏铁为古老孑遗植物，被誉为＂植物界的大熊猫＂和＂活化石＂。为了研究苏铁珊瑚状根内生放线菌的多样性，通过１６Ｓ ｒ ＤＮＡ克隆文库开展了珊瑚状根内生放线菌种群多样性研究，从１６Ｓ ｒ ＤＮＡ克隆文库中随机挑选了１６４个克隆子进行序列测定，对测序结果进行了ＢｌＡＳｔ对比，结果表明，苏铁珊瑚状根中放线菌多样性十分丰富，存在５个目７个科１０个属，主要类群为短小杆菌属ＣｕｒｔｏＢＡＣｔｅｒｉｕｍ、利夫森氏菌属ｌｅｉｆＳｏＮｉＡ、考克氏菌ＫｏＣｕｒｉＡ、鸟氨酸微菌属ｏｒＮｉｔｈｉＮｉｍｉＣｒｏＢｉｕｍ、微球菌属ｍｉＣｒｏＣｏＣＣｕＳ、丙酸杆菌属ＰｒｏＰｉｏＮｉＢＡＣｔｅｒｉｕｍ、链霉菌属ＳｔｒｅＰｔｏｍｙ．．．
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
曹妍 伍建榕
苏铁类是现存最原始的裸子植物类群,被认为是活化石。为了探究清苏铁珊瑚根的结构和内生放线菌的多样性,本研究采用石蜡切片法对苏铁珊瑚根进行显微结构观察,用改良的TWYE(M1)、高氏1号(M2)和甘油—天冬酰胺(M3)培养基对珊瑚根的内生放线菌进行分离,并通过16S rRNA系列分析鉴定其种属。结果表明:苏铁珊瑚根由周皮、外部皮层、藻胞层、内部皮层和维管柱组成;外部皮层和内部皮层细胞在横切面上呈圆形,而且在有的细胞中能看到被染成暗红色的菌丝团的存在;利用以上三种培养基从苏铁珊瑚根中共分离到了13株放线菌,隶属于链霉菌属和拟诺卡氏菌属。
[期刊] 水产学报
[作者]
周新倩 杨锐 吴小凯 黄艳花
为研究浙江近海浒苔Ｕｌｖａ ｓｐｐ．（ＥｎｔＥｒｏｍｏｒｐｈａ ｓｐｐ．）外生细菌多样性，采用传统的形态学和１６ｓ ｒＤｎａ测序分析的方法，从舟山朱家尖、宁海国华电厂和奉化南沙３个地区分离到可培养的浒苔外生细菌及其周围海水细菌６５株。根据细菌菌落特征和革兰氏染色结果等将分离到的细菌分为２６种表型。１６ｓ ｒＤｎａ序列测序比对发现：菌株与不动杆菌属（ａｃｉｎＥｔｏｂａｃｔＥｒ）、交替单胞菌属（ａｌｔＥｒｏｍｏｎａｓ）、弧菌属（ｖｉｂｒｉｏ）、假交替单胞菌属（ｐｓＥＵＤｏａｌｔＥｒｏｍｏｎａｓ）、微小杆菌属（ＥｘｉｇＵｏｂａｃｔＥｒｉＵｍ）、芽孢杆菌属（ｂａｃｉｌｌＵｓ）、赤细菌属（Ｅｒｙｔｈｒｏ．．．
关键词：
浒苔 16S rDNA 外生细菌 多样性
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
张斯颖 陈宇丰 骆焱平 王兰英
【目的】探究丛生盔形珊瑚共附生放线菌NLG-3对植物病原菌的抑菌活性,对其分类地位进行鉴定,为丛生盔形珊瑚共附生放线菌的开发利用提供依据。【方法】采用平板对峙法测定NLG-3对12种植物病原真菌的抑菌活性;采用滤纸片法测定NLG-3发酵液乙酸乙酯粗提物对5种病原细菌的抑菌活性;通过改变pH、温度及光照条件,测定该菌株发酵液的稳定性;采用几丁质平板培养法测定该菌株产几丁质酶的能力;通过基因扩增检测该菌株是否含有非核糖体多肽合成酶(NRPS)和聚酮合成酶(PKS)基因;结合菌株形态特征、生理生化特性及16S rDNA序列分析对该菌株进行分类鉴定。【结果】菌株NLG-3具有广谱抑菌活性,对供试病原真菌均有不同程度的抑制作用,其中对香蕉炭疽病菌(Colletotrichum musae)和胶孢炭疽病菌(C.gloeosporioides)的抑菌率均在85%以上。NLG-3发酵液乙酸乙酯粗提物可以明显抑制蜡样芽孢杆菌(Bacillus cereus)的生长,1 mg/mL NLG-3发酵液乙酸乙酯粗提物对蜡样芽孢杆菌的抑菌圈直径达(2.20±0.11) cm。NLG-3发酵液在中性(pH=7)条件下抑菌活性突出,经40℃及以上高温处理其活性丧失,光照对其抑菌活性无影响。NLG-3能产生几丁质酶,分解培养基中的几丁质。该菌株具有合成酶基因PKS-Ⅱ和NRPS,经初步鉴定该菌株为白刺链霉菌(Streptomyces albospinus)。【结论】NLG-3抑菌活性较好,具有潜在防治热带植物病害的应用价值。
[期刊] 华北农学报
[作者]
付静 刘堰凤 梅眉 黄永红
在前期研究发现,韭菜处理可以减轻香蕉枯萎病和根结线虫病害的发生,推测韭菜中含有能抑制病原菌及致死根结线虫的生防菌。对韭菜根际真菌和内生(叶片和根系)真菌的种群结构及多样性进行比较分析,以期为分离鉴定韭菜中抑菌和杀根结线虫的生防真菌提供理论依据。通过Illumina平台对韭菜根际真菌和内生(叶片和根系)真菌样品中的18S rRNA序列进行测序,并进行生物信息学分析。结果表明:从韭菜根际土壤、根系、叶片中获得348 484高质量序列和123个操作分类单元(OTU)。根际真菌的Chao、ACE、Shannon指数显著高于内生真菌(叶片和根系),而Simpson指数则显著小于内生真菌。根际真菌群落主要由子囊菌门(Ascomycota)(67. 20%)和担子菌门(Basidiomycota)(24.44%) 2个菌门组成;而内生真菌主要由子囊菌门组成,在叶片和根系中含量分别为91. 39%和96. 60%。在检测到的5个菌门中,内生真菌中子囊菌门显著高于根际土壤,其他菌门则显著低于根际土壤。叶片和根系中内生真菌稍有不同,但是差异并不显著。该研究表明,韭菜根际真菌和内生真菌的种群结构存在显著差异,根际真菌的多样性及丰富性显著高于内生真菌。该研究为分离鉴定韭菜中抑制植物病原菌及致死根结线虫的生防真菌提供参考。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
杨承剑 韦升菊 梁辛 梁贤威 邹彩霞
选取3头5岁左右的健康雌性德昌水牛作为试验动物,采用机械破壁法提取瘤胃内容物总DNA,用产甲烷菌特异性引物Met86F/Met1340R扩增16S rRNA基因,构建16S rRNA基因克隆文库,分析德昌水牛瘤胃产甲烷菌区系组成。结果表明:试验共获得99个16S rRNA基因序列,RDP分析表明94.2%的序列为甲烷短杆菌属(Methanobrevibacter)16S rRNA序列,按照97%的相似性划分为19个分类操作单元,其中96个序列(17个OTUs)占总序列的97.0%,与已知细菌的16S rRNA序列的相似性≥97%;3个序列(2个OTUs)占总序列的3.0%,与已知细菌16S r...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
尹利方 任禛 夏体渊 朱维贤 陈泽斌 靳松 颜家亮 赵晓红
【目的】为进一步探寻和利用宝贵的AMF资源提供有效的研究方法。【方法】在昆明学院随机采集枇杷根系作为实验样品,采用CTAB法提取根系DNA,进行18S r DNA PCR扩增,产物连接转入大肠杆菌JM109受体,建立18S rRNA部分基因克隆文库。从文库中随机选取35个白色克隆子,经鉴定,获得30个阳性克隆子,将阳性克隆子测序。运用Mothur等软件分析阳性克隆子序列,确定9条差异序列,为不同的AMF序列。【结果】克隆文库的Coverage C值为93.3%,克隆文库的Shannon-Wiener指数为
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
蔡红 李小林 孔宝华 陈海如
应用植原体 16SrRNA基因通用引物,分别对表现矮化和扁茎症状的矮牵牛植株进行巢式PCR检测,均得到约 1. 2kb的特异片段。将此特异片段与pGEM -TEasy载体连接并转化到大肠杆菌JM109感受态细胞中,通过PCR鉴定,序列测定及同源性比较分析,结果表明:这 2个植原体株系 16SrDNA片段G+C含量分别为47. 1%和 47. 0%,具有其他柔膜菌纲原核生物 16SrRNA基因碱基组成特征;与 16Sr组中的代表株系 (西方翠菊黄化,SAY)同源率达到最高,分别为 99. 1和 98. 6%,故认为这 2个株系为该组成员之一。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
方扬 张小平 陈露遥 黄怀琼
通过对四川省重点推广的4个花生品种——天府11号、12号、13号和岳易各生育期、各部位内生细菌种群动态的系统研究,分离出内生细菌170株,其中放线菌15株;鉴定结果表明,天府系列花生内生细菌共16个属,其中芽孢杆菌属11个种,为花生内生细菌的优势种群。对链霉菌属放线菌进行了抗菌性检测,其中13株对枯草芽孢杆菌有拮抗作用,淡紫灰类群菌株11-02和13-10的抑菌效果最为显著。
关键词：
天府花生 内生细菌 种群多样性
[期刊] 中国农业科学
[作者]
姚文 朱伟云 韩正康 Antoon D L Akkermans Barbara Williams Seerp Tamminga
以取自3头安装有永久性瘤胃瘘管的土种山羊的瘤胃内容物为材料,经过DNA抽提和PCR扩增,扩增产物利用变性梯度凝胶电泳技术(DGGE,一种DNA指纹技术)分析瘤胃细菌在两种日粮条件下的多样性.同时利用基因序列分析技术,分析了16个在DGGE胶上有匹配带的克隆的16S rDNA序列,并与现有的数据库进行了比较.结果表明,饲喂基础日粮时3头山羊瘤胃内容物的DGGE图谱有一定的相似性(43%～55%);饲料中添加大豆黄酮一定程度上影响了瘤胃细菌的组成,DGGE 谱带变化程度分别为 1 号 36% 、2 号 46% 、3 号 30%。基因序列分析表明,DGGE图谱中优势条带的16S rDNA基因序列中有...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
任禛 夏体渊 张永福 韩丽 陈丽娟 汪颖 尹敏
从昆明学院种植基地随机采取番茄根系样品,CTAB法提取DNA,运用巢式PCR扩增目的片段,获得产物连接转化入大肠杆菌JM109构建AMF 18S rRNA部分基因克隆文库,随机挑选50个克隆子,从中排除6个假阳性,经ARDRA分析产生了13个差异图谱,测序分析最终确定11个AMF序列。结果表明:文库的Coverage C值高达95.2%,且Rarefaction曲线亦趋于饱和;11个序列与免培养的Glomus属克隆序列相似度较高,代表了本属的不同AMF种类;其中seq1和seq9所代表的地表球囊霉Glomus versiforme和摩西球囊霉Glomus mosseae是侵染番茄根系的优势AM...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
费来华 李赟 陈家鑫
运用PCR扩增10种海参的16SrDNA部分序列,并测序。获得大小为566bp的序列,利用DNAsp4.0软件分析比较10种海参的碱基组成、各碱基变异位点数、插入或缺失位点数,并采用MEGA4.0软件分析彼此间的遗传距离。结果发现,10种海参富含AT碱基,A+T的含量平均为57.0%,不同种海参间发生碱基转换、颠换及发生插入或缺失变异的位点数差异很大,10种海参彼此间的遗传距离在0.007~0.316之间。所得结果与GenBank中10种海参的相应序列进行比对分析,同时用MEGA4.0和PAUP*4.0软件构建进化树,分析其亲缘关系。结果表明,利用16SrDNA序列的差异可以将分属于海参科(H...
关键词：
海参 16SrDNA 系统发生
[期刊] 海洋渔业
[作者]
王云祥 秦传新 陈丕茂 袁华荣 佟飞 冯雪 黎小国
2015年7月,采用国际通用的截线样带法对大亚湾海域的造礁石珊瑚进行普查,并采用ShannonWeaver多样性指数(H')和均匀度指数(J)分析大亚湾海域造礁石珊瑚多样性情况,通过统计造礁石珊瑚覆盖率、死亡率、白化率和基底岩石、碎石、沙子覆盖率来分析大亚湾海域石珊瑚分布特点。结果表明:调查海域共记录54种珊瑚,调查海域主要优势种珊瑚以块状居多,主要为厚板页表孔珊瑚(Montipora incrassata)、团状滨珊瑚(Porites lobata)、隐形角菊珊瑚(Favites abdita)。统计分
关键词：
石珊瑚 物种多样性 覆盖率 分布 大亚湾
[期刊] 西南农业学报
[作者]
贺字典 高增贵 高玉峰 张洋
采用传统的形态学特征和分子方法(ITS、TEF序列和UP-PCR)研究了蔬菜保护地土壤中木霉菌种群多样性及其影响因素。结果表明:提交genbank 11个木霉种的序列,分别为长枝木霉(Trichoderma longibrachiatum)、拟康氏木霉(Trichoderma pseud-okoningii)、黄绿木霉(Trichoderma aureoviride)、棘孢木霉(Trichoderma asperellum)、深绿木霉(Trichoderma atroviride)、哈茨木霉(Tri-choderma harzianum)、非钩木霉(Trichoderma inhamatum)...
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