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[期刊] 渔业科学进展
[作者]
吴欢欢 王伟继 吕丁 胡玉龙 孔杰
采用基于Illumina测序平台的高通量测序技术,对大菱鲆(Scophthalmus maximus)幼鱼肠道及其养殖水体、生物饵料中细菌种类及丰度进行研究。测序结果显示,养殖水体、生物饵料和大菱鲆幼鱼肠道等19个样品共获得有效序列547621条,可聚类于3771个可分类操作单元(OTUs),归属于养殖水体、生物饵料、健康幼鱼和发病幼鱼的操作分类单元(OTU)个数分别为3038、1090、87和777,其中,健康幼鱼与生物饵料、健康幼鱼与养殖水体特有的OTU个数分别为57和0,发病幼鱼与生物饵料、发病幼鱼与养殖水体特有的OTU个数分别为481和31。表明幼鱼肠道微生物多样性与生物饵料密切相关。根据细菌注释结果,拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria)在大菱鲆幼鱼肠道中占优势地位,其中,健康幼鱼肠道微生物共聚类为8个门,发病幼鱼的肠道微生物可聚类为19个门。与健康幼鱼相比,发病幼鱼肠道门水平上的3种主要优势菌群落结构出现失衡。此外,对各样品中丰度最高的100位OTU分析显示,幼鱼肠道优势菌种类与生物饵料中的优势菌种类密切相关,而每个发病幼鱼肠道优势菌种类具有一定的独立性。本研究旨在为大菱鲆健康养殖和微生态调控提供实验依据。
关键词:
生物多样性 高通量测序 大菱鲆
[期刊] 中国水产科学
[作者]
王贤丰 赵艳飞 宋志飞 钟声平 黄国强 童潼 聂振平 苏琼 杨家林
采用基于Illumina Hi Seq测序平台的高通量测序技术,对拟穴青蟹(Scylla paramamosain)肠道及其养殖池塘水体、底泥中细菌种类及丰度进行了研究。测序结果显示,3个样品共获得有效序列234575条,可聚类于2812个分类操作单元(OTUs),归属于拟穴青蟹肠道、养殖水体、池塘底泥样品的操作分类单元(OTU)个数分别为453、706和2547,其中有184个OTU均能在3个样品中检测到,在青蟹肠道和养殖水体、青蟹肠道和池塘底泥中分别检测到197和309个共有OTU。物种注释结果显示,
[期刊] 水产学报
[作者]
金若晨 江敏 孙世玉 戴习林 吴昊 周俊芳 于忠利 张峰
为探究凡纳滨对虾养殖过程中其肠道和养殖环境微生物群落的结构及变化,本实验采用Illumina测序平台,基于16S rRNA基因的测序结果,对46 d和86 d虾龄的凡纳滨对虾肠道以及养殖水体、底泥中的微生物群落进行分析。结果显示,86 d时微生物Shannon-Wiener多样性指数显著高于46 d,水样中的Shannon-Wiener指数显著低于底泥和凡纳滨对虾肠道;有35个门、71个纲、155个目、274个科以及277个属在水样、底泥和虾肠道中均能检测到,其中虾肠道和底泥间共有菌类较水样中更多。微生物群落随养殖时间发生变化,46 d与86 d的差异性门类为放线菌门、绿菌门、丝状杆菌门、浮霉状菌门和TM6,相对丰度随时间增高。水样、底泥和虾肠道中有相对固定的优势菌群,在水样、底泥和虾肠道中主要的门类均为变形菌门、拟杆菌门和放线菌门,优势纲类为α变形菌纲、β变形菌纲以及放线菌纲,除此以外,虾肠道与底泥共有的优势纲为δ变形菌纲、γ变形菌纲以及芽单胞菌纲,从目、科、属的分类水平上看,水样、底泥和虾肠道中菌类相对丰度各异,鲜有明显重叠的优势菌类,在水样、底泥和虾肠道中均为一种未分类的属占优势地位,水样中优势属为hgcI_clade,底泥和虾肠道中优势属为ambiguous_taxa。研究结果进一步解释了虾肠道和环境微生物群落结构之间的相关性以及随虾龄增长呈现的差异性。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
郑菲菲 单宇峰 祝东梅 杨禧文 陈菲 叶可 马帅 王玉军
为探究不同养殖模式下黄鳝(Monopterus albus)胃肠道微生物的群落结构,本实验采用16S rRNA高通量测序技术研究虾塘散养、蟹塘散养、网箱投喂鱼浆和网箱投喂水蚯蚓4种养殖模式下黄鳝胃肠道微生物的组成和群落结构。Alpha多样性分析和Venn图结果显示,网箱投喂水蚯蚓组黄鳝胃肠道微生物多样性和丰度均较高,而蟹塘散养组最低。除蟹塘散养组黄鳝肠道的优势菌为变形菌门,其余3种养殖模式黄鳝胃肠道优势菌群均为厚壁菌门,推测黄鳝胃肠道微生物的核心菌群为厚壁菌门。在属水平上,网箱投喂水蚯蚓养殖模式中黄鳝胃的优势菌群为粪杆菌属(Faecalibacterium)与嗜黏蛋白阿克曼菌属(Akkermansia),其余3种养殖模式中黄鳝胃的优势菌群都为韦荣球菌属(Veillonella);而虾塘散养组黄鳝肠道的优势菌群为瘤胃球菌属(Ruminococcus),其余3种养殖模式的优势菌群中都有双歧杆菌属(Bifidobacterium)。结果表明:网箱投喂水蚯蚓组黄鳝胃肠道微生物多样性和丰度均较高,且益生菌群占比高,潜在致病菌较少,是比较健康的养殖模式。
[期刊] 水产学报
[作者]
王春忠 林国荣 严涛 郑志鹏 欧清峰 陈斌 孙富林
为了研究长毛对虾养殖环境以及对虾肠道微生物种群结构的特征,实验分别采集养殖区进水口水体、养殖池底泥、养殖池水体以及长毛对虾肠道样品,采用构建16S rRNA基因克隆文库的方法对不同样品间的微生物群落组成进行了研究。结果表明,4组样品中共获得621条序列,操作分类单元(OTU)总数达212个,表明养殖环境微生物群落结构具有高度的多样性。从遗传进化树分析发现,进水口水体中细菌优势种群为蓝细菌(53.97%)、α-变形杆菌(13.76%)和γ-变形杆菌(10.58%);养殖池水体细菌优势种群为蓝细菌(33.55%)、γ-变形杆菌(14.84%)、厚壁菌(14.19%)、拟杆菌(12.26%)和α-变...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
李玉宏 柴鹏程 胡修贵 孙艳 黄倢 宋晓玲
本研究应用PCR-RFLP(Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism)和PCR-DGGE(Polymerase Chain Reaction-Denaturing Gradient Gel Electrophoresis)技术,对工厂化养殖的凡纳滨对虾肠道菌群进行多样性分析。RFLP结果显示,8月样品中不同的克隆子为5个,其中以不可培养细菌(Unculturable bacteria)为主要优势菌,其次为鲁杰氏菌属菌种Ruegeria spp.和Rhodobacterales spp.。依据微生物多样性...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
唐运萍 宋艳秋 刘卫红 伏蓉 孙蕊仙 司华新 杨礼莲 隋世燕
【目的】了解滇龙胆根际土壤微生物群落结构,为充分利用微生物资源,培育品质优良的滇龙胆提供科学有效的理论依据。【方法】利用高通量测序技术比较分析不同产地滇龙胆根际土壤微生物的多样性和群落结构差异,并结合土壤理化性质含量,分析阐明滇龙胆根际土壤微生物群落丰度变化与土壤养分含量间的相关性。【结果】不同地区滇龙胆根际土壤微生物的多样性和丰富度存在差异,其中以样品BS2的Chao1、Ace、Shannon指数最大。群落组成分析发现,细菌域微生物分属于136门86纲188目409科1793属,其中样品DL2、LC的优势菌门为变形菌门,相对丰度分别为64.74%、56%;样品DL1、BS1、BS2、GZ的优势菌门为酸杆菌门,相对丰度分别为42.02%、24.4%、41.44%、71.3%。真菌分属于5门28纲63目124科181属,其中样品BS2的优势菌门为担子菌门(42.65%),其余5个样品优势菌门均为子囊菌门(48.5%~88.92%)。经根际微生物与土壤理化性质的相关性分析发现,土壤pH与链霉菌属的相对丰度呈显著正相关,与Candidatus-Sulfotelmatobacter呈极显著负相关;有机质含量与Edaphobacter、Granulicella的相对丰度呈显著正相关;水解性氮、有效磷、速效钾等土壤养分与罗河杆菌属的相对丰度呈显著或极显著正相关。【结论】产地因素对滇龙胆根际土壤微生物多样性及群落结构有一定的影响。综合比较,样品BS2根际土壤微生物的丰富度和多样性最高。变形菌门、酸杆菌门、放线菌门和绿弯菌门是各样品中均存在的优势细菌,而子囊菌门和担子菌门为优势真菌群落。
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
庄静静 刘壮壮 黄艳丽 周会萍 鲜靖苹 孙士咏 郭晖
【目的】探究刺槐人工林土壤微生物群落结构特征,以期为深入解析人工林对森林植被恢复和未来气候变化的反馈和响应机制提供科学依据。【方法】应用高通量测序技术,研究了华北低山丘陵区的刺槐纯林和刺槐-栓皮栎混交林土壤微生物群落结构与环境因子的关系。【结果】1)2种林型土壤细菌Shannon指数和Simpson指数表现为刺槐纯林>刺槐-栓皮栎混交林;2种林型土壤真菌Shannon指数和Simpson指数表现为刺槐-栓皮栎混交林>刺槐纯林;2)土壤中细菌的优势门为变形菌门Proteobacteria、酸杆菌门Acidobacteria和拟杆菌门Bacteroidetes;土壤中真菌的优势种为子囊菌门Ascomycota、被孢霉门Mortierellomycota、担子菌门Basidiomycota和罗兹菌门Rozellomycota;3)物种相对丰度热图也表明,刺槐纯林的优势属为酸杆菌属Acidobacteriales、慢生根瘤菌属Bradyrhizobium和未培养菌属Candidatus Udaeobacter、Subgroup_2、Micropepsaceae,而刺槐-栓皮栎混交林的优势属为鞘氨醇单胞菌属Sphingomonas、芽单胞菌属Gemmatimonadaceae、硝化螺旋菌属Nitrospira、变形菌属Deltaproteobacteria和未培养菌属Subgroup_6;4)主成分分析表明,刺槐纯林和刺槐-栓皮栎混交林的土壤细菌和真菌多样性组间差异不显著(P> 0.05),而刺槐纯林与刺槐-栓皮栎混交林组间差异显著(P <0.05)。【结论】刺槐-栓皮栎混交林的土壤微生物量要优于刺槐纯林,在人工林种植过程中应增加混交林的种植面积。
[期刊] 水产学报
[作者]
倪加加 余育和
为了评估草鱼消化道微生物群落结构在草鱼食性转化后的变动情况,实验对食性转换完成后的草鱼消化道微生物群落结构进行了PCR-DGGE分析。结果显示,不同月份采集草鱼消化道微生物群落结构存在明显差异(Monte Carlo检验,A:F=3.41,P=0.002;B:F=3.58,P=0.002),而被广泛认为影响宿主消化道微生物群落结构的宿主大小、丰满度等因素则在短期内并没有发现会对草鱼消化道微生物群落结构产生影响。实验表明,短期内环境因素可能是造成草鱼消化道微生物群落结构变动的主要因素。本实验结果将为深入阐述草鱼消化道微生物群落结构的变化规律、消化道益生菌的作用机理、消化道微生物群落结构变动与草鱼...
[期刊] 海洋渔业
[作者]
马清扬 王元 李传步 范培莉 周俊芳 房文红
通过运用16S rDNA高通量测序技术,研究了蓝藻水华的发生对中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)体内及其养殖环境中微生物群落结构的影响。结果显示,蓝藻水华以蓝藻门的浮丝藻(Planktothrix sp.)和拉氏拟柱胞藻(Cylindrospermopsis raciborskii)为优势种。总体来看,蓝藻池中的群落丰富度高于对照池,微生物多样性低于对照池。蓝藻池和对照池中伊乐藻中的细菌种类很少,而底泥中的细菌种类很丰富。基于门水平下的菌群分类,在蓝藻池水中优势菌群为蓝细菌门(Cyanobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)和疣微菌门(Verrucomicrobia),对照池水中则为变形菌门、放线菌门和拟杆菌门(Bacteroidetes)。中华绒螯蟹鳃中均以放线菌门、拟杆菌门和变形菌门为优势菌,但在物种相对丰度上存在差异;中华绒螯蟹肠道均以拟杆菌门、柔膜菌门(Tenericutes)、变形菌门、厚壁菌门(Firmicutes)为优势菌。基于属水平下的菌群分类,蓝藻池池水的优势菌群为浮丝藻属(Planktothrix)、CL500-29_marine_group属和hgcI_clade属,对照池池水中以不动杆菌属(Acinetobacter)、Candidatus_Aquiluna属和hgcI_clade属为优势菌属。中华绒螯蟹鳃中优势属为Ilumatobacter属,且蓝藻池中Ilumatobacter属生物相对丰度更高;中华绒螯蟹肠道样品中Candidatus_Bacilloplasma属和Prolixiibacter属生物相对丰度较高。基于NMDS分析,中华绒螯蟹肠道的菌群结构较为稳定,样本层级聚类分析的结果也映证了这一点。研究结果表明,蓝藻水华的发生会影响养殖环境和中华绒螯蟹肠道及鳃的菌群结构。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
李杨 王芳 杨海滟 潘珉 杜劲松
【目的】分析李氏禾(Leersia hexandra Swartz)生态浮床联合氧气物理修复法净化污水的功能微生物群落组成及动态变化,为污水治理提供理论指导。【方法】应用高通量基因测序Illumina Miseq技术分析了李氏禾(Leersia hexandra Swartz)生态浮床联合氧气物理修复法净化污水的功能微生物群落组成及动态变化。【结果】污水中的功能微生物多样性和群落组成均随处理时间的延长发生动态变化,每个处理中的优势微生物群及相对含量不同。变形菌门(Proteobacteria)为几种污水处理中最为优势的功能微生物群,种植李氏禾与种植李氏禾+曝气处理中,拟杆菌门(Bacteroidetes)的微生物相对含量明显增加,而厚壁菌门(Firmicutes)的微生物相对含量显著降低。黄杆菌属(Flavobacterium)、噬氢菌属(Hydrogenophaga)与红杆菌属(Rhodobacter)为几种处理中共有的优势微生物菌属,种植李氏禾+曝气处理新增了与碳循环相关的微生物如丛毛单胞菌科(Comamonadaceae)、赤杆菌科(Erythrobacteraceae)、海生杆菌属(Sediminibacterium)、Emticicia属、新鞘氨醇杆菌属(Novosphingobium)与苍黄杆菌属(Luteolibacter)的微生物。种植李氏禾+缺氧处理富集具有解磷功能菌属如假单胞菌属(Pseudomonas)、黄杆菌属(Flavobacterium)和红杆菌属(Rhodobacter)。【结论】污水中的微生物多样性与污水的净化无明显正相关性,种植李氏禾+缺氧处理的微生物群落组成与静态污水对照聚集在一起,而种植李氏禾与种植李氏禾+曝气处理相似度较高。种植李氏禾+曝气处理有利于碳循环相关的微生物生长,促进污水中COD的去除。种植李氏禾+缺氧处理富集解磷功能菌,有利于污水中磷源的去除。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
曾祥标 姜之信 刘经纬 刘必林 李慷 刘利平
调查野生柳叶鳗状幼体肠道微生物群落结构组成和功能分析对于预测仔鱼营养需求以及开口饵料的研发具有重要的科学意义和实践价值。通过DNA条形码技术对2022年和2023年两次“淞航”号中西太平洋科考航次捕获到的柳叶鳗状幼体进行物种鉴定,并采用16S rDNA高通量测序技术对其肠道样本进行菌群测序,以分析肠道微生物群落结构,识别优势菌群及其相关功能。物种鉴定结果表明,捕获的16尾柳叶鳗状幼体中14尾鉴定至种水平,分别为大美体鳗(Ariosoma majus)、科氏龟草鳗(Thalassenchelys coheni)、长尾突吻鳗(Gnathophis longicauda)、大眼锥体糯鳗(Ariosoma megalops)、米克氏美体糯鳗(Ariosoma meeki)、Muraenidae sp.KY17-483和带尾裸胸鳝(Gymnothorax zonipectis);其他2尾只鉴定至属水平,包括突吻鳗属(Gymnothorax)和裸胸鳝属(Gnathophis)。测序发现,太平洋柳叶鳗状幼体肠道内的优势菌群主要是变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes)。在属分类水平上,嗜冷菌属(Psychrobacter)和不动杆菌属(Acinetobacter)丰度占比较高。然而,不同物种以及不同站点之间肠道菌群结构存在一定差异。此外,通过对肠道微生物进行功能预测发现,代谢是相对丰度占比最高的一类。在代谢类别中,丰度最高的均为氨基酸的转运和代谢,说明柳叶鳗状幼体对于蛋白类物质有较高需求。本研究初步阐述了太平洋柳叶鳗状幼体肠道微生物菌群的多样性组成,为柳叶鳗状幼体的摄食习惯及人工繁殖鳗鲡仔鱼的开口饵料的研究提供一定的参考。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
姚延丹 李谷 陶玲 李晓莉 张世羊 赵巧玲 林玉良
于2008年6至10月逐月调查研究了新型复合池塘循环水养殖系统各塘水体理化和微生物分子特征。通过提取水样中细菌总DNA,扩增其16SrDNA基因V3区,再经DGGE分析获得图谱,选择其中主要的13条特征条带进行克隆测序。研究结果表现为,随水流方向(P1→P5),各循环塘溶氧(DO)和透明度(SD)依次呈明显下降趋势,而NH4+-N、TP和CODMn水平呈明显上升趋势;与对照塘相比,循环塘DO和SD升高,CODMn和营养盐水平降低。DGGE图谱分析显示,各养殖塘微生物种类丰富,循环塘与对照塘的群落结构存在明显差异,且差异主要表现在较弱的条带上;13条特征条带的测序结果表明,池塘优势菌群分属4个门...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
荣华 谢雨晴 赵涛 殷红 袁莉芸 刘襄河 杨子寒 石宇 李修峰 张雷
本研究旨在探讨食性对鱼类肠道菌群组成和多样性的影响,并预测特定菌群对不同营养素的潜在功能。实验采用高通量16S rRNA基因测序技术,提取获得滇池高背鲫(Carassius auratus)、草鱼(Ctenopharyngodon idellus)、鳜鱼(Siniperca chuatsi)、昆明裂腹鱼(Shizothorax grahami) 4种不同食性鱼类的肠道内容物,12个样品的16S rRNA,构建文库并测序,分析这4种鱼类肠道微生物的菌落组成和多样性。结果显示,鱼类肠道菌群多样性受到食性的显著影响(P<0.05),综合表现为杂食性(滇池高倍鲫) > 草食性(草鱼) > 滤食性(昆明裂腹鱼) > 肉食性(鳜鱼)。4种鱼类具有一些相同的优势菌群:变形菌门(Proteobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes)。然而,优势菌群在属水平上存在一定差异,如不动杆菌属(Acinetobacter)为鳜鱼的优势菌群,拟杆菌属(Bacteroides)为草鱼的优势菌群等。功能预测发现,鳜鱼肠道中以革兰氏阴性菌为主;草鱼抗病潜力略高于其他3种鱼类;约氏不动杆菌(A._ johnsonii)、鲁氏不动杆菌(A. lwoffii)和施氏假单胞菌(Pseudomonas stutzeri)可能有助于宿主对蛋白质的消化,而拟杆菌属中的某些菌群可能有助于宿主消化纤维素。综上所述,食性是影响鱼类肠道菌群组成和多样性差异化的主要因素之一,分析食性与肠道优势菌群之间的关联,探讨特异菌群的功能,可为研究鱼类营养代谢的微生物效应奠定理论基础。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
吴越 马建忠 郑伊诺 许凯伦 李敏 陈星星 胡园 曾国权 黄振华
通过16S rRNA基因片段高通量测序研究了褐点石斑鱼(Epinephelus fuscoguttatus)和东星斑(Plectropomus leopardus)循环水养殖系统水体细菌种群结构。结果显示石斑鱼循环水养殖系统中优势细菌类群为变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、蓝藻门(Cyanobacteria)、梭杆菌门(Fusobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和硝化螺旋菌门(Nitrospira)。其中养殖塘、固液分离池、沉淀池和蛋白分离
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