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[期刊] 华北农学报
[作者]
孙宪芝 王晓菡 马燕 郭先锋 于晓艳
为快速建立优化的芍药SRAP扩增反应体系,应用L25(56)正交表,研究了Taq、Mg2+、随机引物、dNTPs和DNA模板5种反应组分的浓度变化对SRAP扩增结果的影响,直观分析和稳定性检测结果表明:正交设计可高效建立优化稳定的芍药SRAP反应体系;用该法建立的芍药SRAP-PCR优化反应体系为:25μL反应体系中含10×PCR Buffer(100 mmol/L Tris-HCl pH 8.3,500 mmol/L KCl)2.5μL,MgCl22.5 mmol/L,dNTP各0.25 mmol/L,引物各0.3μmol/L,TaqDNA聚合酶1 U,DNA模板120 ng。
关键词：
芍药 SRAP-PCR 正交设计
[期刊] 华北农学报
[作者]
王振国 张海英 于广建 张峰 王永健 许勇 郭绍贵 宫国义
采用正交试验设计方法,对影响黄瓜SRAP反应体系的5种因素(dNTP、模板DNA、引物、Taq聚合酶及变性剂)4个水平进行优化筛选,确立了适合黄瓜SRAP分析的优化反应体系,即在10μL PCR反应体系中含有1μL 10×PCR buffer,150μmol/L dNTP,30 ng模板DNA,0.3μmol/L引物、1.5 U Taq聚合酶,PCR产物变性时用10μL变性剂。
关键词：
黄瓜 正交设计 SRAP
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
汪成成 崔文山 董健 冯健 王骞春 姜韬 闫文文 张璐
利用正交设计L16(45)对日本落叶松SRAP-PCR反应体系的模板DNA、Mg2+、dNTPs、引物、Taq酶浓度五因素在四个水平上进行优化试验,PCR结果采用统计软件SPSS13.0进行分析,结果表明:各因素的不同水平对PCR反应结果都有显著的影响,其中模板DNA影响最大;筛选得到日本落叶松SRAP-PCR反应的最佳体系(20μL)为模板DNA浓度为120ng.20μL-1,dNTPs的浓度为0.15mmol·L-1,引物浓度为0.3μmol·L-1,Mg2+浓度为1.5mmol·L-1,Taq酶浓度为0.5U.20μL-1。这一优化体系的建立为今后利用SRAP标记技术对日本落叶松遗传多样...
关键词：
正交设计 SRAP-PCR 日本落叶松
[期刊] 华北农学报
[作者]
姚建华 傅洪拓 龚永生 吴滟 何新龙 李慧萍 乔慧
对影响SRAP反应的4个因素(Taq酶、dNTP、Mg2+、引物)4个水平进行正交组合,以建立日本沼虾的SRAP分子标记技术。试验分两步进行:第一步筛选出可有效扩增的引物组合;第二步对筛选出的体系进行优化。结果表明,日本沼虾SRAP反应体系适宜引物组合为Me4Em2,最适条件为在25μL的反应体系中,Mg2+、dNTP、Taq酶、引物浓度分别为2.5 mmol/L、0.25 mmol/L、0.64 U/20μL、0.6μmol/L。本研究结果为SRAP分子标记技术在日本沼虾中的应用奠定了基础。
关键词：
日本沼虾 分子标记 SRAP 正交设计
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
尹跃 曹有龙 陈晓静 何军 张波
以宁杞1号为试验材料,探讨Mg2+、dNTPs、Taq DNA聚合酶用量、引物浓度、模板DNA用量对枸杞SRAP-PCR反应的影响.建立20μL反应体系,模版DNA 50 ng,Buffer 1×,Mg2+1.5 mmol.L-1,dNTPs 0.3 mmol.L-1,引物0.3μmol.L-1,Taq DNA聚合酶用量为1 U,并利用该反应体系,两对不同引物组合Me1/Em1和Me3/Em5对12份枸杞样品DNA进行SRAP-PCR扩增,1.8%琼脂糖凝胶电泳检测结果表明,不同品种(系)间DNA谱带多态性丰富,说明该体系稳定可靠.
关键词：
枸杞 SRAP-PCR 单因素分析
[期刊] 华北农学报
[作者]
史红丽 韩明玉 赵彩平
建立适宜桃基因组DNA的SRAP-PCR扩增体系,为桃基因图谱的构建和分子标记打下基础。以桃基因组DNA为模板,通过正交试验设计,从dNTPs、Mg2+、Taq酶、引物、模板5种因素4个水平对桃SRAP-PCR反应体系进行优化,所建立的体系为25μL:dNTPs为0.12 mmol/L,Mg2+为4 mmol/L,Taq酶2 U,引物为0.3 mmol/L,模板DNA50ng。PCR反应程序为:94℃预变性5 min;94℃变性l min,35℃复性l min,72℃延伸l min,5个循环;94℃变性l min,50℃复性l min,72℃延伸l min,35个循环,72℃延伸10 min。
关键词：
桃 SRAP 优化 正交试验
[期刊] 华北农学报
[作者]
李晓慧 王从彦 徐小利 常高正 张四普
以西瓜品种中华拳王为试材,探索了西瓜SRAP-PCR反应程序,并对西瓜SRAP-PCR反应体系的各影响因子进行了梯度设置试验,筛选和建立了可扩增多态性高、重复性好、带型清晰的最佳SRAP-PCR反应程序和体系。反应程序为:94℃预变性5 min;94℃变性1 min,35℃退火1 min,72℃延伸1 min,共5个循环;94℃变性1 min,50℃退火1min,72℃延伸1 min,共35个循环;72℃延伸5 min;4℃保存。反应体系(Total为15μL):DNA 100 ng,Mg2+2.0 mmol/L,dNTPs 0.3 mmol/L,Primer 60 ng,Taqpolymer...
关键词：
西瓜 SRAP 体系优化
[期刊] 华北农学报
[作者]
李红双 邱杨 李锡香
以萝卜基因组DNA为模板,对其SRAP-PCR反应体系的各个主要影响因子进行了系统的优化,建立了重复性好、多态性丰富的萝卜SRAP-PCR反应体系:20μL反应体系中,DNA50 ng、Mg2+2.25 mmol/L、dNTP 0.2 mmol/L、Taq1 U、Primer 0.7μmol/L。扩增程序为:94℃预变性5 min;94℃变性1 min、35℃复性1 min、72℃延伸1 min,5个循环;94℃变性1 min、50℃复性1 min、72℃延伸1 min,35个循环,72℃延伸10 min,4℃保温。该反应体系在不同萝卜种质资源遗传多样性分析、遗传图谱构建、分子标记辅助选择育种...
关键词：
萝卜 SRAP-PCR 反应体系
[期刊] 华北农学报
[作者]
李向 轩淑欣 王彦华 赵建军 申书兴
以菜薹基因组DNA为模板,通过正交试验设计,从Mg2+、Taq酶、dNTPs、引物及模板5种因素4个水平对不结球白菜SRAP反应体系进行优化,建立了适合不结球白菜的SRAP-PCR优化反应体系。利用该优化体系,选用30对芸薹属SRAP引物,对5份不结球白菜的基因组进行扩增,筛选出7对具有2条以上特异扩增条带的SRAP引物,验证了该优化体系的稳定性。
关键词：
不结球白菜 SRAP PCR 正交试验
[期刊] 西南农业学报
[作者]
张卿哲 孟金贵 张应华 杨正安 许彬
采用正交设计L16(45)对辣椒ISSR-PCR反应体系的5个因素(Taq酶、Mg2+、模板DNA、dNTPs、引物浓度)在4水平上进行优化试验。结果表明,最佳反应体系为:在25μl总反应体系中,含1×PCR缓冲液、2.0 mmol Mg2+、1.5 unitTaqDNA聚合酶、0.25 mmoldNTP、0.48μmol引物、120 ng模扳DNA。扩增程序为:95℃预变性5 min;94℃变性45 s,51℃退火1 min,72℃延伸2min,进行38个循环;最后72℃延伸10 min。新优化的辣椒ISSR-PCR反应体系和程序有很好的重复性和稳定性。此研究为今后利用ISSR技术对辣椒进行...
关键词：
辣椒 ISSR 反应体系 正交设计 优化
[期刊] 华北农学报
[作者]
李志勇 李鸿雁 孙启忠 王小丽 师文贵 邢建军
以扁蓿豆(Medicago ruthenica)为试材,采用改良的CTAB法提取DNA,利用正交设计L16(45)探讨10×PCRBuffer(含Mg2+)、dNTPs、引物、TaqDNA聚合酶及模板DNA用量对扁蓿豆ISSR-PCR反应的影响,正交试验的结果采用直观分析和方差分析相结合。建立了扁蓿豆的ISSR-PCR优化反应体系,在25μL反应体系中,TaqDNA聚合酶1.5U,10×PCR Buffer(含Mg2+)2.0 mmol/L,模板DNA0.5 ng/μL,dNTPs 0.6 mmol/L,引物0.9μmol/L。同时探讨引物HZD09211的最适退火温度为52.3℃。2个不同引...
[期刊] 华北农学报
[作者]
苏辉 李志刚 宋书宏
以大豆(Glycine maxL.)为材料,研究了PCR反应体系的主要成分对大豆SSR扩增结果的影响,并确定影响SSR扩增结果的各因素的最佳用量。以CTAB法提取的大豆叶片DNA为模板,应用L16(44)正交设计对影响大豆SSR-PCR的主要参数进行优化,建立适合大豆SSR-PCR反应的最佳体系。结果表明:各因素不同水平浓度对PCR反应结果均有显著影响。大豆SSR-PCR优化反应体系为:2.0μL10×PCRBuffer,30 ng模板DNA,150μmol/LdNTP,0.4μmol/LSSR引物,1.5 UTaqDNA聚合酶,2.0 mmol/L Mg2+,加ddH2O至终体积20.0μL...
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
郭丽琴 卫尊征 张金凤 王欢 李贤 郭军
采用均匀设计方法,对影响杨属SRAP-PCR体系的MgCl2、dNTPs、引物、TaqDNA聚合酶和模板浓度等因素分别进行了U16(45)和U12(35)两轮优化,建立了适用于杨属的SRAP-PCR反应体系。在25μL反应体系中,MgCl23.5mmol/L、dNTPs0.20mmol/L、引物0.44μmol/L、TaqDNA聚合酶1.50U、模板浓度28ng/L为最适条件。在此基础上又对退火温度进行了摸索,结果发现,扩增结果对退火温度变化不敏感。最后运用优化体系对杨属3派10个种共16个单株的DNA进行扩增验证,结果获得的DNA条带清晰,多态性比较丰富。说明这一优化的SRAP-PCR反应体...
[期刊] 林业科学研究
[作者]
郑婷婷 林萍 王开良 姚小华 杨水平
Camellia oleifera is one of the important oil tree species in south China,and C.oleifera industry is quickly developed with the support of the national policies in recent years.The disorder of C.oleifera varieties is one of the key issues restricting the development of C.oleifera industry.Because of...
关键词：
油茶 SRAP 正交设计 体系优化
[期刊] 林业科学研究
[作者]
李培 阙青敏 王芳 李俊成 朱芹 廖柏勇 陈晓阳
[目的]优化相关序列扩增多态性(SRAP)体系内的不同组分,建立适用于红椿SRAP分子标记的反应体系,并进一步从SRAP引物组合中筛选出稳定、多态性好的引物组合,为红椿遗传多样性研究奠定试验基础。[方法]针对SRAP-PCR反应体系中5个因素各设置8个水平,先利用单因素试验确定浓度梯度,后在确定的梯度范围内选定4个水平,按照正交试验L16(45)进行优化,结合正交直观分析法和新复极差法对各因素进行优化筛选。[结果]确定最优体系为总体系25μL,模板DNA 25 ng,上下游引物各0.3μmol·L(-1)
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