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[期刊] 西南农业学报
[作者]
尹利方 任禛 夏体渊 朱维贤 陈泽斌 靳松 颜家亮 赵晓红
【目的】为进一步探寻和利用宝贵的AMF资源提供有效的研究方法。【方法】在昆明学院随机采集枇杷根系作为实验样品,采用CTAB法提取根系DNA,进行18S r DNA PCR扩增,产物连接转入大肠杆菌JM109受体,建立18S rRNA部分基因克隆文库。从文库中随机选取35个白色克隆子,经鉴定,获得30个阳性克隆子,将阳性克隆子测序。运用Mothur等软件分析阳性克隆子序列,确定9条差异序列,为不同的AMF序列。【结果】克隆文库的Coverage C值为93.3%,克隆文库的Shannon-Wiener指数为
[期刊] 西南农业学报
[作者]
任禛 夏体渊 张永福 韩丽 陈丽娟 汪颖 尹敏
从昆明学院种植基地随机采取番茄根系样品,CTAB法提取DNA,运用巢式PCR扩增目的片段,获得产物连接转化入大肠杆菌JM109构建AMF 18S rRNA部分基因克隆文库,随机挑选50个克隆子,从中排除6个假阳性,经ARDRA分析产生了13个差异图谱,测序分析最终确定11个AMF序列。结果表明:文库的Coverage C值高达95.2%,且Rarefaction曲线亦趋于饱和;11个序列与免培养的Glomus属克隆序列相似度较高,代表了本属的不同AMF种类;其中seq1和seq9所代表的地表球囊霉Glomus versiforme和摩西球囊霉Glomus mosseae是侵染番茄根系的优势AM...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
任禛 尹敏 夏体渊 陈泽斌 尹利方 韩丽 靳松 王定康
【目的】本文研究了玫瑰根系的AMF多样性和组成结构。【方法】从昆明学院种质资源圃随机采集玫瑰‘卡罗拉’3株,采用CTAB法提取根系DNA,运用巢式PCR扩增AM真菌部分18S rRNA基因区域,扩增产物混合后构建克隆文库,最终确定30个阳性克隆子测序,并对文库进行评价和分析。【结果】文库Coverage C值为80%,但Rarefaction曲线不够饱和,应加大文库克隆子数目;文库多样性参数香农指数和辛普森指数分别为1.432和0.25,物种丰富度为4.0;以98%为界,30条序列被划分为15个OTU,均
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
王国娟 曹妍 王芳 马焕成 郑艳玲 伍建榕
苏铁为古老孑遗植物，被誉为＂植物界的大熊猫＂和＂活化石＂。为了研究苏铁珊瑚状根内生放线菌的多样性，通过１６Ｓ ｒ ＤＮＡ克隆文库开展了珊瑚状根内生放线菌种群多样性研究，从１６Ｓ ｒ ＤＮＡ克隆文库中随机挑选了１６４个克隆子进行序列测定，对测序结果进行了ＢｌＡＳｔ对比，结果表明，苏铁珊瑚状根中放线菌多样性十分丰富，存在５个目７个科１０个属，主要类群为短小杆菌属ＣｕｒｔｏＢＡＣｔｅｒｉｕｍ、利夫森氏菌属ｌｅｉｆＳｏＮｉＡ、考克氏菌ＫｏＣｕｒｉＡ、鸟氨酸微菌属ｏｒＮｉｔｈｉＮｉｍｉＣｒｏＢｉｕｍ、微球菌属ｍｉＣｒｏＣｏＣＣｕＳ、丙酸杆菌属ＰｒｏＰｉｏＮｉＢＡＣｔｅｒｉｕｍ、链霉菌属ＳｔｒｅＰｔｏｍｙ．．．
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
杨承剑 韦升菊 梁辛 梁贤威 邹彩霞
选取3头5岁左右的健康雌性德昌水牛作为试验动物,采用机械破壁法提取瘤胃内容物总DNA,用产甲烷菌特异性引物Met86F/Met1340R扩增16S rRNA基因,构建16S rRNA基因克隆文库,分析德昌水牛瘤胃产甲烷菌区系组成。结果表明:试验共获得99个16S rRNA基因序列,RDP分析表明94.2%的序列为甲烷短杆菌属(Methanobrevibacter)16S rRNA序列,按照97%的相似性划分为19个分类操作单元,其中96个序列(17个OTUs)占总序列的97.0%,与已知细菌的16S rRNA序列的相似性≥97%;3个序列(2个OTUs)占总序列的3.0%,与已知细菌16S r...
[期刊] 水产学报
[作者]
龚小玲 鲍宝龙 杨桂梅 任大明
在前期的研究中,克隆到牙鲆变态早期和变态前差异表达的parvalbumin基因片断cDNA。为了克隆parvalbumin基因的全长cDNA,构建了变态早期(孵化后23d仔鱼)牙鲆头部的全长cDNA文库,并对文库的滴度和插入片段大小进行了评估。同时采用锚定PCR法从cDNA文库筛选出parvalbumin基因的全长cDNA。结果表明,所构建的牙鲆变态早期头部cDNA文库的滴度为1.2×106PFU·mL-1,插入片段的平均长度为1000bp左右。parvalbumin基因的全长cDNA的长度为603bp,编码109个氨基酸,含有两个EF手型钙离子结合域:DQDGSGFIEEEEL(52～64)...
[期刊] 浙江林学院学报
[作者]
管宇
池设计(pooling design)是基于克隆文库筛选(clone library screening)的一种实验设计,要求从大量的克隆体中筛选出其中含有某组特定核苷酸串的克隆体,它属于组合群试。一个池设计方案用一个二元关联矩阵(称为分离矩阵)表示,行对应于试验,列对应于克隆集合的体;考虑到生物实验存在误差,分离矩阵还需要有查错和纠错能力。利用子集或子空间之间的包含关系可以构建出分离矩阵,它的每行和每列中元素1的个数分别都一样,但试验总次数即行数明显大于信息下界。参13
关键词：
克隆文库 池设计 群试 分离矩阵 信息界
[期刊] 林业科学研究
[作者]
郑书星 张建国 段爱国 何彩云 保尔江 王健
新疆额尔齐斯河流域河谷的银白杨天然林分呈雌雄独立斑块状分布,为了解其成因及分布模式,利用SSR分子标记技术对根据2种采样策略采集的银白杨样本进行了克隆结构和克隆多样性研究。结果表明:(1)运用12对SSR引物对采自各雌雄独立斑块的所有样本进行分析,发现所有样本单株是同1个无性系克隆,斑块内只有1个基株,即斑块居群是单克隆结构;(2)整个流域不同斑块所采集的90个样本用12对SSR引物进行扩增分析,共检测到53个基因型(克隆基株),银白杨居群克隆多样性水平较高,Simpson指数(D)平均为0.983,基因型比率PD平均为0.589。银白杨以根孽方式繁殖后代,其最初建群时由多个不同基因型克隆基株...
关键词：
银白杨 克隆结构 克隆多样性 SSR
[期刊] 华北农学报
[作者]
王文生 王省芬 马峙英 张桂寅
以黄萎病菌诱导下差异表达的棉花抗病相关基因片段PR8为探针,利用杂交方法,对优质、抗病海岛棉品种Pima90-53 BAC文库进行筛选。从30 336个BAC克隆中筛选到含有PR8基因片段的4个阳性克隆,分别为127K13,128D14,169J3和178C5。用Sau3AI对其中的169J3克隆进行酶切,回收2~4 kb的DNA片段并连接到载体pUC118BamHI-BAP上,构建了含有该基因片段的亚克隆文库,共含有4 224个克隆。经电泳检测,插入片段在1~3 kb,平均为2 kb。该亚克隆文库的构建为克隆PR8基因奠定了基础。
[期刊] 华北农学报
[作者]
高双成 王世华 施江 孔祥生 史国安
为了加快小麦基因组的测序,以Langdon库中的一个BAC克隆(BAC790O10)为材料,利用HydroShear DNA剪切仪将其打断,产生许多大小不同的DNA随机片段,回收其中3~5 kb的片段,并将这些片段随机克隆入TOPO载体,构建了适合于鸟枪法测序的亚克隆文库。
关键词：
小麦 BAC克隆 亚克隆文库
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
杨莹 王沥浩 邹德毅 王清曼 强卫东 许心怡 陈伟 王凯 杨晶
【目的】构建红花种子cDNA文库,挖掘红花脂肪酸代谢途径相关基因,为红花品质改良的基因工程研究奠定基础。【方法】以红花成熟种子为材料,通过Trizol法,提取红花种子总RNA,使用GeneRacer?Kit和CloneMinerⅡcDNA Library Construction Kit试剂盒构建cDNA文库。并对cDNA文库的重组率和插入片段进行鉴定,从中获得contig和singlet片段及脂肪酸代谢相关基因,通过荧光定量PCR,测定delt-12脂肪酸脱氢酶基因在不同开花时期(14,16,18,20d)红花种子中的表达量。【结果】构建的红花种子cDNA文库总克隆数为7.5×106,重组率...
关键词：
红花种子 cDNA文库 克隆
[期刊] 中国水产科学
[作者]
汪登强 罗晓松 陈大庆
采用CloneMinerTMcDNA文库构建试剂盒构建了患败血症的鲢(Hypophthalmichthys molitrix)肝和肾的cDNA文库。经检验,文库的滴度为1.34×107 cfu/mL,总库容为2.68×107 cfu,阳性克隆率为97.5%,平均插入片段大于1.2 kb。对80个随机挑选的克隆进行两端测序,结果显示有74个测序成功。经在GenBank上BLAST比对,其中57个为已知功能基因,属于45个不同基因,另外17个没有明显的同源序列。在已知功能的57个克隆中,含有全长编码区序列的克隆共有49个,全长cDNA比率为61.25%。采用PCR法对文库进行筛选,获得一个含MHC...
关键词：
鲢 cDNA文库 MHC 肝 肾
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
陈锦华 汪小凡
采用聚丙烯酰胺凝胶电泳和等位酶分析方法,测定了小慈姑4个自然居群的克隆多样性,结果表明小慈姑克隆多样性水平较高。在种群水平上的克隆大小(Ne)为1.670 3,基因型比率(PD)为0.598 7,克隆的基因型多样性Simpson指数(D)为0.990 1,克隆的基因型分布均匀性Fager指数(E)为0.781 1。不同居群之间在多态性位点的数目、分布以及等位基因的表现上具有较大的差异,并且居群间的遗传分化与地理因素有关。
关键词：
小慈姑 居群 种群 克隆多样性 等位酶
[期刊] 西南农业学报
[作者]
陈璇 曾千春 张家瑞 胡尊红 李文正
前期研究表明普通烟草(N.tabacum cv.Xanthi)中富含甘氨酸RNA结合蛋白基因(NtRGP-3),该基因为涉及渗透胁迫相关的一个重要转录后调节基因,本研究旨在明确烟草属不同种中RGP-3基因多样性。通过PCR同源克隆方法克隆了12个烟草种中RGP-3基因,对RGP-3基因及其编码蛋白的结构、变异和系统进化等方面进行了分析。结果显示,RGP-3在烟草属不同种中相似性介于89%~100%,其中栽培烟草种(N.tabacum_K326)和野生林烟草(N.sylvestris)相似性为100%;多序列比较显示,RGP-3在不同烟草种中存在484个变异位点,其中外显子中变异占8.88%,内...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
陈琳 余海翔 张忠明
以蒺藜苜蓿(A17)的成熟根瘤为材料,联合应用Gibson克隆技术和SMART cDNA技术构建cDNA文库,其转化效率达到7.74×105cfu/3μg pGADT7-Rec-New。随机菌落PCR检测结果表明,插入DNA片段的大小为0.52.0kb,其中插入片段>0.75kb的占45.6%,文库的重组效率达到91.7%,构建的cDNA文库以质粒形式保藏备用。采用此法不仅可以构建用于酵母单杂交或双杂交的文库,同样也适用于其他质粒文库的构建。利用酵母单杂交技术,以在根瘤中高表达基因启动子元件为诱饵,筛选构
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