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[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
张群远 Michael A.Province
降低和控制对大量分子标记进行测验的统计错误,已成为目前基因组研究中的普遍难题。针对此问题,本文根据序贯分析和多重假设测验的理论,介绍了可用于变化样本容量下对大量标记同时进行测验分组的序贯多重决策过程的原理和方法,探讨了该方法在实际应用中的计算精度和计算量优化等关键问题及相应的解决方案,最后以1套包括5 841个SNP和87个细胞系的药物遗传学实验数据进行实例分析,并与传统的测验结果比较,表明了序贯多重决策过程在实际应用中的优点和可行性。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
张学勇 李大勇
以小麦为重点 ,对小麦族植物中 DNA重复序列的划分、特点及其功能进行了概括 ,着重介绍了重复序列在基因组分化、DNA转座及在染色体联会和配对中的作用 ,并用一些实例就重复序列在起源和进化、染色体分子指纹图谱绘制、分子标记辅助选择及染色体操作中的应用作了比较全面的介绍。
[期刊] 世界农业
[作者]
陶文静 刘大钧
ＤＮＡ指纹技术是１９８５年在人体遗传研究中发展起来的一种先进的遗传标记方法，它很快地在动物、植物、微生物上得到广泛的应用。随着ＤＮＡ指纹技术的广泛采用，许多新的ＤＮＡ指纹技术不断涌现。然而，这些技术基本上是在两个不同的基础上发展起来的，其一是基于经典...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
何风华
微卫星又叫简单重复序列,是指以少数几个核苷酸(多数为2~4个)为重复单位组成的串联重复序列,微卫星的两侧为保守的单拷贝序列.不同品种间微卫星基序重复次数的不同而形成了多态性,这种多态性可以通过设计PCR引物扩增检测出来,此即为简单序列长度多态性.微卫星标记具有共显性、高多态性、实验操作简单、快捷和检测结果稳定可靠等优点,是一种理想的分子标记.微卫星标记在水稻基因组中非常丰富,且分布均匀,水稻微卫星标记已发展了2 740多个.微卫星标记在水稻分子标记连锁图的构建、基因(QTL)定位、系谱分析和分子标记辅助选择、遗传多样性研究和种质鉴定等许多方面得到了广泛应用.
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
王洪程 梅楚刚 昝林森 成功 李安宁 王洪宝
牛作为反刍动物的代表,具有独特的生物学特征和重要的哺乳动物进化地位,是人类生产活动的重要工具和肉、奶等物质需求的主要来源。近10年来,牛全基因组研究取得了很多重要的进展,为解释牛的生物学特征和加快品种的分子育种进程发挥了重要作用,文章重点介绍了牛全基因组测序的相关研究成果,以及测序工作完成后的研究进展,讨论了牛全基因组测序工作的机遇、研究重点,以及今后面临的挑战。
关键词：
牛 全基因组 测序
[期刊] 中国水产科学
[作者]
于洋 张晓军 李富花 相建海
全基因组选择的概念自2001年由Meuwissen等提出后便引起了动物育种工作者的广泛关注。目前,澳大利亚、新西兰、荷兰、美国的研究小组已经应用该方法进行了优质种牛的选择育种,并取得了很好的效果。此外在鸡和猪的选择育种中也有该方法的应用,但在水产动物选育中尚未见该方法使用的报道。本文对"全基因组选择育种"的概念和提出背景进行了归纳,对全基因组选择育种的优势进行了阐述,并详细介绍了其具体的策略,总结了目前全基因组育种所广泛采用的方法以及取得的成果,旨在为该方法在水产动物育种方面的应用研究提供科学参考。
[期刊] 水产学报
[作者]
孙效文 梁利群 闫学春
The genomic resources from human and several model organisms have been increased very fast since 1990. The techniques for developing genomic resources have already been very advanced and smart. These could make scientists see and improve organism in genomic level. For Chinese aquaculture scientists...
关键词：
基因组 水产养殖动物
[期刊] 华中农业大学学报(自然科学版)
[作者]
房婉萍 雷小刚 杨彬 王亚 马媛春
全基因组关联分析（genome-wide association analysis,GWAS）是以高通量测序技术为基础，结合生物信息学和统计学方法，在全基因组水平上鉴定调控复杂性状的基因变异，是研究复杂农艺性状和遗传变异最有力和最有效的研究方法，其核心是研究遗传变异和目标性状之间的关联。GWAS研究检测到的关联位点一般很少，而且关联的位点仅能解释很少一部分性状变异。本文介绍了影响GWAS的主要因素，总结了GWAS在茶叶饮料消费、茶树重要农艺性状、茶叶品质和茶树群体结构研究中取得的一系列进展，提出了茶树GWAS研究中遇到的问题和未来的发展方向。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
刘楠 寇燕 李小婷 陈旭 高欢欢 张晶 王超 郑嘉敏 郑国华
利用生物信息学方法，从全基因组水平鉴定枇杷MADS-box基因家族成员，并对其系统进化关系、保守结构域、基因结构、基因复制和启动子顺式作用元件进行分析；同时，结合转录组数据和qRT-PCR结果，分析鉴定出的MADS-box基因家族成员在不同品种和不同成熟阶段的表达情况.本研究共鉴定出89个枇杷MADS-box基因(命名为EjMADS1～EjMADS89),其N端都含有MADS结构域.系统发育树显示，Ⅰ型MADS-box基因有31个，Ⅱ型有58个.Ⅱ型MADS-box基因可划分为14个亚族，同属于一个亚家族的基因有着相似的保守基序.MADS-box基因以不同密度分布在第1～17号染色体上，存在12对串联重复基因.转录组分析表明，在果实成熟过程中，有8个MADS-box基因在果实成熟期间差异表达，其中，EjMADS26、EjMADS43和EjMADS41这3个基因序列分别与其他调控果实成熟的SEP亚族基因高度相似，且它们的启动子中都含有赤霉素和脱落酸响应元件.另外，EjMADS37和EjMADS05在不同品种间(特早熟/中晚熟)有明显表达差异.综上，推测EjMADS26、EjMADS43、EjMADS41、EjMADS37和EjMADS05对果实成熟有一定的调控作用.
[期刊] 西南农业学报
[作者]
赵志新 张蒙
【目的】串联重复序列存在于大多数真核生物基因组中,对于生物基因表达调控具有重要意义。本研究从基因组角度探究串联重复序列在克莱门柚基因不同区域的模体特征,为重复序列在基因调控中的作用提供提供参考。【方法】从Phytozome数据库下载克莱门柚全基因组序列和基因注解(gene annotation)数据,然后使用Phobos version 3.3.12软件抓取1~50 bp的重复单元,检测分析串联重复序列在基因内和基因间的密度及模体类型特征。【结果】克莱门柚基因组串联重复序列高密度的主要为短序列重复单元(1~7 bp),主要重复类别是单碱基、二碱基、六碱基、三碱基、七碱基、四碱基和22碱基等,且以A和T重复为主。克莱门柚基因组中最高和次高的串联重复序列密度在5’UTR和它的直接上游区域,即UI500和UI200;CDS中密度最低,且以3n模体(如3、9、12 bp等)为主要的重复单元。【结论】串联重复序列在克莱门柚基因组中的特征,与基因转录、翻译等功能有密切的关系,本研究对串联重复序列在植物基因组中的特征及作用有借鉴作用。
关键词：
克莱门柚 串联重复序列 密度 基因组
[期刊] 草业科学
[作者]
王丹 周美亮 李金博 孙占敏 吴燕民
CRISPR/Cas9系统作为新一代基因组编辑技术,一经问世就受到广泛关注。CRISPR/Cas9系统具有对特定基因位点进行精确修饰(包括敲除、插入、替换等)的强大功能,同时具有操作简单、效率高、适应性广等技术优势,目前已在微生物、植物、动物以及人类基因治疗等整个生命科学领域得到应用。本文简要介绍了CRISPR/Cas9技术的发展历程、作用机理、技术优势、功能及应用领域,总结该技术在植物领域的基因组定向编辑中的研究进展。并提出了这项技术在草类植物基因功能分析、基因代谢调控途径与遗传改良等方面的应用前景,为
[期刊] 中国农业科学
[作者]
姚涵 汤才国 赵静 郑琪 李滨 郝晨阳 李振声 张学勇
【目的】偃麦草（Ｔｈｉｎｏｐｙｒｕｍ）是小麦（ＴｒｉＴｉｃｕｍ ａｅｓＴｉｖｕｍ Ｌ．）的多年生野生近缘植物，具有许多可用于小麦品种改良的优异基因。利用基因组特异重复序列可以研究物种的进化关系、绘制染色体指纹图谱及检测外源染色质。克隆十倍体长穗偃麦草（Ｔｈ．ｐｏｎＴｉｃｕｍ（ｈｏｓＴ）Ｌｉｕ ａｎｄ Ｗａｎｇ）基因组特异重复序列，可用于鉴定和追踪导入到小麦背景中的偃麦草遗传物质。【方法】通过构建十倍体长穗偃麦草小片段质粒文库，并对文库进行高密度点杂交（ｄｏＴ－ｂＬｏＴ ｈｙｂｒｉｄｉｚａＴｉｏｎ）筛选，结合荧光原位杂交（ｆＬｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ ｉｎ ｓｉＴｕ ｈｙｂｒｉｄｉｚａＴｉｏｎ，ｆｉ．．．
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
徐纯柱 张洪海 马建章
利用PCR方法和直接测序技术获得的紫貂线粒体基因组全长为16523bp,包含13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因、22个tRNA基因和1个非编码基因控制区(D-Loop区),碱基组成为A32.0%、C27.6%、G14.7%、T25.8%;在编码蛋白质基因的密码子第3位点处具有AC高偏向性(72.6%),并且频繁利用不完全终止密码子T或TA(7个)。将紫貂线粒体基因组序列提交到GenBank,并获得检索号为FJ429093。结合GenBank中已公布的鼬科其他6种动物的线粒体基因组全序列及貂属6种D-Loop区部分序列,分别以虎和狗獾为外类群,应用最大简约法构建鼬科和貂属物种的系统进化树。结...
关键词：
紫貂 线粒体基因组 进化
[期刊] 中国农业科学
[作者]
朱波 王延晖 牛红 陈燕 张路培 高会江 高雪 李俊雅 孙少华
品种选育在畜禽育种中占十分重要的地位,基因组选择作为畜禽育种的新兴技术手段而备受关注。其优点为可以缩短世代间隔,加快遗传进展,可以不依赖于表型进行选择。2001年,Meuwisen提出基因组选择的概念后,基因组选择首先应用于奶牛育种,至2014年8月,国际公牛组织已有34个成员国在其国家奶牛育种群中应用基因组选择。随着基因组选择的不断推广应用,提高基因组育种值估计准确性的问题有待于解决,当前对基因组选择方法的研究和探讨正在不断深入,有效的模型及算法对提高基因组育种值估计的准确性具有重大现实意义。至今已有17种贝叶斯方法相继被提出,本文简要介绍了基因组选择中的经典Bayes A和Bayes B方...
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基因组选择 贝叶斯方法 参数优化
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