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[期刊] 中国水产科学
[作者]
苏天凤 江世贵 朱彩艳 周发林 陈丕茂
采用PCR技术对广西钦洲湾水域的养殖牡蛎(传统上被认为是近江牡蛎CrassotreaariakensisFujita)群体26个个体的线粒体DNA16SrRNA基因片段序列进行扩增,获得了大约500bp的扩增产物。PCR产物经纯化后进行序列测定,经同源排序,得到415bp可供分析的核苷酸片段。26个个体中共检测到18个变异位点,包括1个碱基插入/缺失、11个转换位点及6个颠换位点。共有6种单倍型,这6种单倍型又分为2大类单倍型。运用MEGA软件计算出不同个体间的遗传距离,并构建了UPGMA和NJ系统树。26个个体聚成明显的2支,一支有19个个体,占73 08%;另一支有7个个体,占26 92%...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
李咏梅 陈秀荔 彭敏 蒋伟明 杨春玲 马宁 黎铭 曾地刚 陈晓汉
采用PCR方法扩增66个广西钦州湾牡蛎个体的线粒体细胞色素氧化酶I亚基基因(COI)片段,纯化后经测序分析,得到535 bp的碱基序列,其中A、T、G、C、A+T和C+G含量分别为23.8%、37.5%、20.5%、18.2%、60.5%和39.5%。比较它们与香港牡蛎和有明巨牡蛎COI序列的差异,钦州湾白肉牡蛎与香港牡蛎COI序列完全相同,而红肉牡蛎与有明巨牡蛎序列相同。DNAStar软件对比分析发现30个突变位点,其中16个位点为转换,14个位点为颠换。MEGA4软件构建NJ系统进化树显示白肉牡蛎和红肉牡蛎分为不同的2支。据此初步认为广西钦州湾牡蛎可能为2个不同的种群,COI基因片段可作为...
关键词：
牡蛎 细胞色素氧化酶I亚基基因 序列分析
[期刊] 中国水产科学
[作者]
高天翔 李健 王清印 刘进贤
中国对虾(Fenneropenaeuschinensis)是我国海洋渔业重要的经济虾种之一。本研究以相应引物对野生群体和人工培育第1代、第4代、第5代、第6代群体(CP1、CP4、CP5、CP6)的各2个个体的线粒体16SrRNA基因片段进行了PCR扩增和序列测定分析。分析结果表明,测得的16SrRNA基因片段长为520bp,10个中国对虾个体间无碱基差异,其A、T、G、C含量分别为171bp(32.88%)、176bp(33.85%)、104bp(20.00%)、69bp(13.27%),AT含量明显高于GC含量。利用其中长度为413bp的同源序列,以环斑鼓虾(Alpheusarmillat...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
周发林 江世贵 苏天凤 吕俊霖
对笛鲷属(Lutjanus)的紫红笛鲷(Lutjanusargentimaculatus)、白星笛鲷(Lutjanusstellatus)、千年笛鲷(Lutjanussebae)、勒氏笛鲷(Lutjanusrussellii)、红鳍笛鲷(Lutjanuserythropterus)线粒体DNA16SrRNA基因片段进行了PCR扩增和测序,得到长度约418bp的序列。结合GenBank中斜带笛鲷(Lutjanusdecussatus)该区段的16SrRNA序列,用Clustal＿X排序软件进行16SrRNA序列的对位排列。通过Mega2.1软件对所得线粒体16SrRNA片段序列进行比较,共检测5...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
李咏梅 陈秀荔 彭敏 马宁 黎铭 杨春玲 蒋伟明 曾地刚 陈晓汉
【目的】初步了解我国广西钦州湾牡蛎的遗传多样性及其分类和系统进化情况。【方法】以采自广西钦州湾的37个白肉牡蛎和29个红肉牡蛎个体为材料,对其线粒体细胞色素氧化酶亚基I(COI)的部分序列进行PCR扩增和序列比对,检测牡蛎的遗传多样性;计算牡蛎不同单倍型及GenBank中已登载的4种牡蛎间的遗传距离,采用聚类分析方法,构建其NJ和UPGMA系统进化树。【结果】66个白肉牡蛎和红肉牡蛎线粒体COI基因片段的PCR产物大小约为600 bp,扩增产物纯化并去除引物序列后获得约535 bp的核苷酸序列;碱基组成平均为:T 37.5%,C18.2%,A 23.8%,G 20.5%,A+T 60.5%,C...
关键词：
牡蛎 COI基因 线粒体 广西
[期刊] 淡水渔业
[作者]
崔光艳 付立霞 王柳富 魏文志
为了解长江下游地区10个水体脆弱象鼻溞群体的遗传结构,研究测定了脆弱象鼻溞(Bosmina fatalis)线粒体16SrRNA基因序列,结果显示,100个样本中共有8个变异位点,定义了9个单倍型,单倍型多样性(Hd=0.284)和核苷酸多样性(Nd=0.000 76)均较低。AMOVA分子变异分析结果表明,脆弱象鼻溞遗传分化主要来自群体内,占93.33%,群体间的变异低,占6.67%。Fst值统计检验表明,各水体之间遗传分化不显著。系统发育树和中介网络图说明脆弱象鼻溞单倍型间关系较近,未形成明显谱系地理
[期刊] 中国水产科学
[作者]
孔晓瑜 张留所 喻子牛 刘亚军 王清印
以相应引物经PCR扩增了太平洋牡蛎 (Crassostreagigas)的核糖体转录间区域 (ITS 1和ITS 2 )及线粒体 16SrDNA和COI基因片段。PCR产物经T 载体连接后进行克隆和测序 ,分别得到长度为 5 4 3、791、5 30和 70 0bp的核苷酸序列。 4个DNA片段的A、T、G和C碱基含量分别为 2 3.5 7%、2 0 .0 7%、2 9.4 7%和 2 6 .89% (ITS 1) ,2 7.4 3%、19.2 2 %、2 7.0 5 %和2 6 .30 % (ITS 2 ) ,2 9.2 5 %、2 9.2 5 %、2 3.0 2 %和 18.4 9% (1...
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
孙玲 王凤成 王秋实 刘彦群 仝振祥 冀万杰 张博 王学英
以22个柞蚕品种(品系)为材料,采用PCR技术分别扩增其线粒体DNA(mtDNA)的细胞色素b基因(Cytb),测定5’端485bp的核苷酸序列,并采用Dnaman软件进行分析,结果表明:供试22个柞蚕品种可分成2组,2组之间只在294bp处有一个差异位点。从GenBank中调取柞蚕豫早1号品种Cytb基因的5’端相应序列(AY242996),与本试验测得的柞蚕青黄1号和青6号对应的核苷酸序列进行了同源性比较,结果表明:青黄1号和青6号的同源性达99.8%,青黄1号和豫早1号的同源性达98.6%,青6号和柞早1号的同源性达98.8%。可见,不同柞蚕品种的表型虽然不同,但在Cytb基因水平上其核...
关键词：
柞蚕 线粒体 细胞色素b基因 序列分析
[期刊] 海洋水产研究
[作者]
童馨 杜博 喻达辉 龚世园 郭奕惠 黄桂菊 李莉好
PCR扩增100个浅色黄姑鱼个体的线粒体16SrRNA基因片段序列,得到大约620bp的扩增产物。将其中5个个体的扩增产物进行测序和同源比对,得到468bp可供比对分析的片段。比对结果表明,5条序列包括两个单倍型,两个单倍型之间有1个碱基突变。PCR-RFLP分析结果显示,两个种群的100个样品中98%的个体为其中一种单倍型,只有2%的个体呈另一种单倍型,表明这两个种群的遗传多样性较低。两个单倍型平均碱基组成为:T22.0%,C26.3%,A29.8%,G21.9%,GC含量平均为48.2%。与GenBank中石首鱼科7属9种的11条同源序列比对,得到429个比对位点,其中包括69个简约信息位...
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
姜石生 贺一原 朱道弘 曹元清
摘要对湖南桃江、广东广宁、广西桂林、重庆永昌、四川长宁等5个黄脊竹蝗Rammeacris kiangsu Tsai地理种群线粒体16S rRNA基因进行测序,并经Clustal X同源排序后得506 bp序列。对获得的序列分析表明,A,T,G,C平均含量分别为32.0%,37.7%,17.6%,12.6%,其中保守位点数504个,变异位点数2个,自裔位点2个,所有碱基转换总数为1,颠换总数为1。利用MEGA4.0软件重建系统发生树,发现其中这5个黄脊竹蝗种群分化程度很低。从而可以说明其群体遗传多样性单一。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
张俊丽 高天翔 韩志强 郭焱 董崇智
对黑龙江水域的乌苏里白鲑(Coregonus ussuriensis)和由俄罗斯引种的贝加尔凹目白鲑(C.autumnalis migrato-rius)和高白鲑(C.peled)的线粒体细胞色素b(Cytb)和16S rRNA基因片段进行了扩增和序列测定,分析比较了3种白鲑间的序列差异。在402 bp的Cytb基因片段中,3个乌苏里白鲑个体中出现了2种单倍型,种内个体间有2个碱基的差异,而贝加尔凹目白鲑和高白鲑的个体各出现1种单倍型;在577 bp的16S rRNA基因片段中,3个乌苏里白鲑个体出现了2种单倍型,种内个体间存在1个碱基的差异,而贝加尔凹目白鲑和高白鲑2个种的序列完全相同。研究...
[期刊] 海洋渔业
[作者]
孙鹏 李杰 尹飞 彭士明 柳敏海 施兆鸿
利用线粒体控制区序列研究了条石鲷养殖群体的遗传多样性水平和遗传结构。通过PCR扩增与序列测定获得了长度为469 bp的线粒体控制区基因片段,在30个个体中共发现27处碱基变异,A、T、G、C碱基的平均含量分别为36.5%、30.2%、12.5%和20.8%,A+T含量明显高于G+C含量。30条线粒体控制区序列共定义了11个单倍型,存在27个多态性位点,产生27个突变。其中,包含简约信息位点13个,发生转换7次,颠换1次,没有发现插入或缺失现象。单倍型多样性(Hd)为0.892,核苷酸多样性(Pi)为0.013 8,平均碱基差异(K)为6.473。采用邻接法(Neighbor-joining,N...
关键词：
条石鲷 线粒体控制区 遗传多样性
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
赵强 杨爽 刘心田 孙国华 冯艳微 王卫军 杨建敏
本研究通过高通量测序技术对引入养殖的俄罗斯红参(Apostichopus japonicus)线粒体全基因组进行随机测序并分析，结果显示，俄罗斯红参线粒体基因组全长为16111 bp，共含有37个基因，包括22个tRNA、2个rRNA (l-rRNA和s-rRNA)和13个蛋白编码基因。全序列共存在24处基因间隔和5处基因重叠区。蛋白编码基因与全序列的碱基使用均表现出A、T偏倚。13个蛋白编码基因的密码子完整，除ND1以GTG为起始密码子外，其他均以ATN为起始密码子；终止密码子都是完整密码子，除ND2与ND4的终止密码子分别为TTG与TAG外，其他终止密码子以TAA为主；氨基酸编码频率最高为丝氨酸Ser(S)，其次为亮氨酸Leu(L)。22个tRNA长度范围为66～72 bp，2个基因存在重复，且21个基因能预测其三叶草结构。l-rRNA与s-rRNA的长度与位置不同，对碱基的使用相似。蛋白编码基因的基因排列与海参纲(Holothuroidea)、海胆纲(Echinoidea)排列顺序相同，并与海星纲(Asteroidea)及蛇尾纲(Ophiuroidea)共享基因模块。BLAST分析表明，俄罗斯红参与仿刺参(Apostichopus japonicus)同源性最高。不同海参遗传距离分析发现，俄罗斯红参与3个海域仿刺参最为接近。基于最大似然法分别根据氨基酸与核苷酸序列构建的系统发生树显示，基于核苷酸序列的建树结果更符合亲缘关系较近海参种类间的分析。引入养殖俄罗斯红参线粒体全序列结构与分析可为后续俄罗斯红参的遗传研究及种质应用提供支持。
关键词：
俄罗斯红参 线粒体基因组 系统发生
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
张凤英 马凌波 施兆鸿 夏连军 马春艳
利用通用引物成功扩增了黄鳍鲷和黑鲷的线粒体细胞色素氧化酶I亚基(COI)基因序列。通过序列测定,得到581 bp的基因片段,碱基A、T、G、C平均含量分别为25.8%、32.6%、18.0%和23.6%,序列中的A+T含量明显高于G+C含量,与其他鱼类的COI基因片段研究结果相一致。通过序列分析发现黄鳍鲷和黑鲷两序列共存在14处碱基变异,其中在第19~139 bp之间检测到13个变异位点,是变异频率较高的区段,可以考虑作为鲷属或者种群鉴别的分子标记。与黄鲷、真鲷、三长棘真鲷等鱼类比较,无插入和缺失位点,转换明显高于颠换。序列差异比较结果显示,真鲷与黄鳍鲷的序列差异在这5种鱼类中最大,达到了18...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
王鹭骁 柯才焕 王志勇 刘波 蔡明夷 王艺磊
用PCR技术克隆耳鲍(Haliolis asinina)、羊鲍(H.ovina)和多变鲍(H.varia)的线粒体16S rRNA基因的片段,并将PCR产物直接进行测序,得到长度530 bp左右的片段。将这些序列与杂色鲍(H.diversicolor diversicolor)、九孔鲍(H.diversicolor supertexte)、大鲍(H.gigantea)、盘鲍(H.discus discus)、皱纹盘鲍(Haliotis discus hannai)等5种鲍的相应片段进行序列比较。结果表明,不同种鲍间16S rRNA基因的序列同源性较高,同源性范围为87.36%~90.77%,这...
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