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[期刊] 西南农业学报
[作者]
许瑞胜 何奇松 李春英 冯淑萍 易春华 韦达有 胡丽萍 黄胜斌 胡巧云 熊毅 马琳
【目的】了解广西区猪流行性腹泻病毒(PEDV)的感染及病毒的遗传变异特点,为更好防控猪流行性腹泻提供科学依据。【方法】应用RT-PCR方法从2012-2016年广西地区25个猪场收集的PEDV病料中扩增出86株PEDV的N基因,并进行序列比对及遗传进化分析。【结果】86株PEDV的N基因核苷酸同源性为94.2%100.0%,与参考毒株核苷酸同源性为94.1%100.0%。N基因遗传进化分析显示广西的PEDV可分为2个群,Cluster2由韩国株DR13、日本株83P-5、中国株CH/S以及本研究的GP35
[期刊] 西南农业学报
[作者]
王艳艳 鄢明华 李秀丽 张丽 孙英峰 常维山
根据GeneBank中流感病毒H1N1亚型M基因和NS基因序列,分别设计扩增M基因和NS基因的特异性引物,采用RT-PCR方法扩增猪流感病毒天津株M基因和NS基因,分别将RT-PCR产物克隆至pMD18-T载体,进行序列测定和分析。结果显示M基因全长1027 bp,其核苷酸序列与参考毒株间的同源性在85.8%~99.7%,NS基因全长890 bp,与参考毒株之间的核苷酸序列同源性在80.7%~99.2%。M和NS基因的系统发育树显示:TJ2、TJ4株与我国香港、上海和广东H1N1亚型猪流感病毒属同一分支,但与上海、广东分离株的亲缘关系更近;与2009年全球流行的人甲型H1N1流感病毒变异株和部...
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
刘金玲 魏澍 支海兵
从辽宁的本溪、沈阳、抚顺、鞍山等地采集疑似高致病性蓝耳病病料,将采集的肺和淋巴结分别研磨,离心并制备成病毒悬液,用试剂提取RNA,将提取出的RNA反转录成cDNA,然后用特异性引物对目的片段进行克隆扩增,最后将所得目的片段测序并与国内其他分离株进行序列分析。结果获得480bp特异性高致病性蓝耳病病毒N基因片段,与国内其他地区高致病性蓝耳病病毒分离株的N基因相比较,核苷酸序列同源性在91.1%以上,氨基酸序列同源性在98.6%以上,表明高致病性蓝耳病病毒辽宁地区分离株与国内其它分离株亲源关系较近,属于同一分支。
[期刊] 华北农学报
[作者]
李文林 陈福伟 王伟杰 韩立强 王月影 李宏基 刘红亮 杨国宇
在猪的肠道组织中克隆Reg3基因,提取总RNA,利用设计的引物进行RT-PCR,PCR产物与pMD-19T载体连接后转化E.coliJM109,检测阳性克隆、测序并进行序列分析。结果表明:克隆的猪Reg3基因与人、绵羊、马的同源性分别为83.7%,82.3%,82.2%;克隆了猪Reg3全长基因并注册GenBank注册号为Accession.FJ531494。
关键词：
猪 Reg3基因 克隆 序列分析
[期刊] 华北农学报
[作者]
李富强 张小丽 马小军 罗秀刚 岳燕 姜力飞 王恩丽 时帅峰
运用RT-PCR和PCR技术克隆基因,应用DNAStar对获得的cDNA及推测的氨基酸序列进行分析。从合作猪脾脏组织中克隆IFN-γcDNA ORF全长501 bp,共编码166个氨基酸,N端具有由23个氨基酸组成的信号肽,该蛋白预测的分子质量为19.418 5 kDa,等电点为9.54,合作猪IFN-γ核苷酸序列上共发现9个磷酸化位点,分别为Ser(7)、Thr(1)、Tyr(1);2个N-糖基化位点,分别在第39位和第106位Asn处。序列比较结果表明,合作猪IFN-γ基因序列与藏猪、印度猪种、内江猪、牛、狗的同源性较高,与人类和鸡的同源性较低。对于小分子蛋白质和多肽,有义突变和无义突变对...
关键词：
合作猪 IFN-γ 克隆 序列分析
[期刊] 华北农学报
[作者]
杨龙 张冬杰 汪晓鸿 王文涛 刘琪 刘娣
在猪的RBP4基因的第1外显子和第3外显子处设计引物,成功扩增了该基因的第1内含子和第2内含子,与人和鼠的同源性分别为80%和78%,说明扩增正确。采用PCR-RFLP法对大白猪、杜洛克、长白猪、民猪和杂种猪的RBP4基因进行多态性检测。结果表明:该基因经限制性内切酶MspⅠ酶切后获得3种带型:AA,BB和AB型;除大白猪与民猪、长白猪与杂种猪外,其余各猪种间RBP4基因的基因型频率分布均差异极显著(P<0.01);该基因在长白、大白和杂种猪的MspⅠ位点处于群体不平衡状态,在杜洛克和民猪处于群体平衡状态;基因多态信息含量(PIC)计算,大白、长白、杜洛克、民猪和杂种猪均表现为中度多态性(0....
关键词：
猪 RBP4基因 克隆 PCR-RFLP
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
李昊 郭虎 王春生 宋红卫 朴善花 安铁洙
为探明绵羊Ｏｃｔ４基因启动子的结构特点，用ＰｃＲ方法克隆获得了绵羊Ｏｃｔ４基因启动子，并对绵羊、牛和猪Ｏｃｔ４基因的上游调控序列进行对比分析。结果显示，成功扩增获得长度为２ ９５１ ｂＰ的绵羊Ｏｃｔ４基因启动子；绵羊、牛和猪Ｏｃｔ４基因的上游调控序列均含有４个保守区域（ｃＲ１–ｃＲ４），且４个保守区域在３个物种间具有高度同源性；ｃＲ１区域富含Ｇｃ碱基对，且序列上的ＳＰ１／ＳＰ３位点与激素反应元件ＨＲＥ在３个物种中具有１００％的同源性；绵羊和牛、猪的上游调控序列富含Ｇｃ，并存在大量的ｃｃｃ（Ａ／ｔ）ｃｃｃ位点。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
刘姗姗 张静 陈松林
为研究HIRA基因在半滑舌鳎胚胎发育中的作用及其组织差异表达,以半滑舌鳎为研究对象,采用同源克隆策略从其精巢中分离了长度为764bp的HIRA部分cDNA序列,该片段编码254个氨基酸,具有5个WD结构域。对氨基酸进行比较发现,半滑舌鳎HIRA与比较物种的氨基酸序列具有很高的同源性,与红鳍东方鲀亲缘关系最近。实时定量PCR分析发现,HIRA mRNA在多细胞期到原肠胚期的表达量较高,表明HIRA对胚胎发育起重要作用;HIRA在不同组织中表达差异显著,其中在性腺中表达最高,推测HIRA在维持性腺的功能方面有一定作用。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
赵永贞 陈秀荔 杨春玲 彭敏 何苹萍 陈晓汉
为研究病毒感染凡纳滨对虾血细胞黏连因子基因表达量的变化,进而研究该因子在对虾先天免疫系统中的作用,利用RACE方法克隆凡纳滨对虾血细胞黏连因子cDNA序列,并通过荧光定量PCR方法分析其在病毒感染前后不同组织中的表达情况。成功获得了长度为1529 bp的Peroxinectin基因部分cDNA编码序列,3’端含有一段长度为319 bp的非翻译区,推测血细胞黏连因子部分序列编码402个氨基酸。凡纳滨对虾血细胞黏连因子的氨基酸序列高度保守,在线比对发现其氨基酸序列与斑节对虾和中国明对虾相似性达到90%,而与锯缘青蟹有87%的相似性。通过荧光定量PCR技术检测IHHNV感染前后血细胞黏连因子基因表达...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
陈美玲 陈焕春 宋云峰 黄红亮
参照Genbank上公开发表的PCV1 全基因序列设计引物,以质粒pSK PCV为模板扩增出PCV1 ORF2基因,插入pMD18 T载体,对筛选出的阳性质粒进行测序,将测序结果同Genbank上发表的PCV1 基因序列相比较,同源性达97%,再与Genbank 上发表的PCV2 的ORF2 基因序列相比较发现PCV1 ORF2 和PCV2 ORF2的差异表现在两者在核苷酸序列的2个部位互相存在基因缺失现象。将推导出的PCV1 ORF2 的氨基酸序列同PCV2 ORF2进行比较,发现二者在几个功能区相当保守,尤其是N 末端的核定位序列、N 糖基化位点以及酪氨酸磷酸化位点。
[期刊] 华北农学报
[作者]
祝俊鹏 杨彬 兰喜 柳纪省 马小军
为了深入研究嵴病毒(sw Ko V)主要结构蛋白基因VP1,根据Gen Bank中已发表的猪嵴病基因序列设计特异性引物,采用RT-PCR方法扩增猪嵴病毒CH441株VP1基因,并对其进行克隆与测序分析。结果表明,sw Ko V CH441株的VP1基因为762 bp,与Gen Bank已发表的嵴病毒属的15株嵴病毒序列的VP1基因相比较,sw Ko V CH441株的VP1基因与其他各毒株VP1基因的核苷酸同源性为81.5%~90.2%,氨基酸同源性为86.6%~96.9%,进化分析显示,sw Ko V CH441株与GS-1株之间的亲缘关系较近。生物信息学分析显示,VP1蛋白理论等电点(p ...
关键词：
VP1基因 克隆 DNA测序 序列分析
[期刊] 华北农学报
[作者]
冯海燕 莫斯科 房永祥 景志忠
旨在为研究猪T细胞受体分子结构与功能,并首次在国内克隆了猪T细胞受体α链基因。以GenBank上登载的猪T细胞受体(Tcell receptor,TCR)α链(AB087988)为参考序列,从甘肃合作猪外周血液淋巴细胞中用RT-PCR的方法克隆了TCR-α链基因(pTCR-α)。结果表明:克隆的TCR-α基因具有完整的ORF,全长819 bp,编码272个氨基酸,预测蛋白分子量为30 kDa,含18个强碱性氨基酸,23个强酸性氨基酸,87个疏水性氨基酸和103个极性氨基酸,含有一段20个氨基酸的信号肽序列;与GenBank上登载的TCR-α参考序列(AB087988)的同源性为94.6%,与其...
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
孟丽平 赵德明 王金秀 宁章勇 马李颖
根据已发表的猪朊蛋白基因(PRNP)序列设计特异性引物,进行PCR直接扩增,得到了中国实验小型猪(CEMP)的朊蛋白基因(PRNP),将其克隆到pGEM-T Easy载体中。序列分析表明上述CEMP的PRNP基因ORF区全长为774 bp,编码257个氨基酸的前体蛋白,分子质量约为28.3 ku,其PRNP序列与已发表的猪PRNP序列(L07623)差异微小,仅在第4位氨基酸残基处有变异(Ser→Asn);绘制CEMP与其他15种属动物朊蛋白的氨基酸序列进化树发现,CEMP与多种哺乳动物朊蛋白的氨基酸序列遗传距离比较接近,与水貂最近,而与禽类朊蛋白氨基酸的遗传距离较远。
关键词：
中国实验小型猪 朊蛋白 克隆 序列分析
[期刊] 华北农学报
[作者]
谢立兰 安康 陈力 孙紫德 方六荣
DEAD-box解旋酶21(DEx D-box helicase 21,DDX21)是含DEAD-box的RNA解旋酶家族成员之一,不仅参与RNA的合成和加工过程,同时还参与机体的天然免疫应答,调控病毒的复制。为了研究猪DDX21基因的结构和功能,以猪肾传代细胞(PK-15)总cDNA为模板,根据GenBank公布的预测序列(XM_005657387.2)设计引物扩增猪源DDX21基因,并采用分子生物学软件将其编码的氨基酸序列进行生物信息学分析。结果显示,首次成功克隆了猪DDX21基因的cDNA序列(Ge
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
徐永杰 郭英 王延博 金芳芳 刘邓英 梁小娟 宋新强 陈世锋 熊远著 马云
基于2-DE和MS的蛋白质组学方法分析梅山猪骨骼肌发育过程中蛋白质动态表达变化,发现CCT5差异表达。为进一步获得猪CCT5基因的序列特征、时空表达及生物学功能等相关信息,克隆猪CCT5基因,分析不同物种序列进化关系,检测CCT5在猪不同组织和骨骼肌不同发育阶段中的表达。序列分析结果表明:在获得的2 286 bp猪CCT5 cDNA序列中包括1 626 bp的完整开放阅读框(ORF),编码541个氨基酸,其氨基酸序列与人的相似性为97%,表明该蛋白在不同物种间高度保守。荧光定量PCR结果显示,CCT5基因在猪肌肉和脂肪中表达量最高,心、肝等组织中表达量很低,没有肌纤维特异性;不同发育阶段骨骼肌...
关键词：
猪 CCT5 骨骼肌 克隆 表达
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