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[期刊] 中国农业科学
[作者]
杨丹 李清 王贵禧 马庆华 朱利泉
【目的】构建中国榛属植物主要栽培种平欧杂种榛实时荧光定量PCR内参基因的筛选体系,并筛选稳定的内参基因,为榛属植物的基因表达分析提供内参基因,进而为其植物资源利用和创新育种研究提供理论基础。【方法】利用课题组前期对平欧杂种榛不同亲和性授粉、授粉后不同时间的雌蕊转录组测序数据,结合相关文献搜索,共选取12个候选内参基因;以平欧杂种榛主栽品种‘达维’的盛花期雌蕊、未伸长期雄花序、幼嫩叶片、花粉、一年生枝形成层、嫩茎、根尖、根蘖等8个不同组织器官为研究材料;通过反转录PCR初筛,实时荧光定量PCR检测表达量,并
[期刊] 林业科学
[作者]
刘文哲 牛明月 李秀云 林二培 黄华宏 童再康
【目的】利用定量ＰＣＲ和表达分析软件研究候选内参基因在光皮桦不同组织中的表达稳定性，并通过目的基因的表达分析验证其可靠性，以获得可用于光皮桦定量ＰＣＲ的稳定内参基因。【方法】选取１６个常用的看家基因作为候选内参基因，设计引物，通过普通ＰＣＲ、溶解曲线及琼脂糖凝胶电泳验证引物的特异性；通过实时荧光定量ＰＣＲ及软件ｇｅ ＮｏＲｍ、ＮｏＲｍ ＦｉＮｄｅＲ和Ｂｅｓｔ ＫｅｅＰｅＲ分析候选内参基因在光皮桦１６个不同组织中的表达稳定性，根据分析结果筛选出最佳的内参基因和组合，并进一步通过２个目的基因ＣｓＬｄ和ＫｏＲ对内参基因的稳定性进行验证。【结果】ＰＣＲ和电泳结果显示，候选内参基因ＰＣＲ目的片段条带清晰．．．
关键词：
光皮桦 内参基因 实时荧光定量PCR
[期刊] 华北农学报
[作者]
崔菲菲 孟川 王彦华 赵建军 陈雪平 申书兴 顾爱侠
为了提高实时荧光定量PCR分析大白菜基因表达的准确性,选取添加结球甘蓝4号染色体片段的大白菜-结球甘蓝易位系营养生长阶段的幼苗期、莲座期、包心期、结球期的叶片和不同大小花蕾,及生长素(Indole-3-acetic acid,IAA)和生长素抑制剂(2,3,5-triiodobenzoic acid,TIBA)处理后的叶片为材料,运用ge Norm和Norm Finder这2种分析方法,对Apr、BcTIP41、U34559、EF1α、TUB4、CYP、DNAJ、HIS、TUA5、UKN1、SKIP16、CAC、ACTIN、ACTIN-1、ACTIN-2、GAPDH、UBC30、UBQ、PPR、PP2A、MDH共21个内参基因进行稳定性鉴定。结果表明,不同发育时期、不同组织部位的材料,以及在不同激素处理条件下,大白菜-结球甘蓝易位系qRT-PCR最适内参基因各不相同。在营养生长阶段(从幼苗到结球),内参基因UKN1和TUB4表达最为稳定。在大白菜-结球甘蓝易位系包心期利用生长素IAA处理后,最稳定的内参基因为BcTIP41和ACTIN;生长素抑制剂TIBA处理后,最稳定的内参基因为UKN1和BcTIP41。在花发育的6个等级大小花蕾中,发现DNAJ、ACTIN和PP2A最为稳定。研究结果为大白菜-结球甘蓝易位系基因表达量的精确分析奠定了基础,同时也为芸薹属其他植物不同发育时期及激素处理对内参基因的选择提供了参考。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
梁蕤 徐雷锋 毕蒙蒙 王静 唐玉超 郝泽慧 刘一洁 杨盼盼 明军 杜方
为筛选柠檬色百合(Lilium leichtlinii)实时荧光定量PCR稳定的内参基因，以柠檬色百合不同发育时期花被片、根、茎、叶和鳞片为试验材料，测定比较总类胡萝卜素含量；使用RT-PCR和荧光定量PCR检测9个候选内参基因(AP4、Actin、β-TUB、CYP、eIF、GAPDH、RH2、UBC和18S)特异性及表达水平，利用geNorm、NormFinder、Bestkeeper、ΔC_T程序和RefFinder网站综合评估候选内参基因表达稳定性；选用八氢番茄红素酶基因PSY对内参基因稳定性进行验证，最终确定合适且稳定的内参基因。结果表明：1)柠檬色百合花被片发育过程中Actin和AP4为9个候选内参基因中最稳定的内参基因，UBC为最不稳定的内参基因。2)柠檬色百合不同器官间eIF和AP4为候选内参基因中最稳定的内参基因，18S为最不稳定的内参基因。3)在柠檬色百合花被片发育过程和不同器官间，以筛选出最稳定的内参基因为参照计算所得PSY基因表达情况与实际测得总类胡萝卜素含量变化趋势一致；以筛选出最不稳定的内参基因作为参照计算所得PSY基因表达情况与总类胡萝卜素含量变化趋势不同甚至相反。研究表明在试验中不能随意使用内参基因，需要在使用前对其进行筛选、评价和验证，同时研究结果为柠檬色百合花被片发育过程和不同器官间基因表达分析提供了稳定的内参基因。
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
曾璟 王平 孙吉康 杨岚鹏 周韬 荣健
为筛选适用于Pb与Cd胁迫下旱柳实时荧光定量PCR的内参基因,应用荧光定量PCR技术分析UBQ1、TUB6、Actin、EF1α、18SRNA、GAPDH、TUA8和UBQ2这8个内参基因在旱柳根部的表达情况。通过Normfinder、ge Norm和Best Keeper3个软件进行综合分析,发现在Pb与Cd胁迫下表达较为稳定的内参基因均为EF1α、GAPDH和Actin,差别是在Pb胁迫下的旱柳根组织中最为稳定的内参基因是EF1α,而在Cd胁迫下的旱柳根组织应最稳定的内参基因为GAPDH。该研究结果可
关键词：
铅 镉 实时荧光定量PCR 内参基因
[期刊] 草业科学
[作者]
李苏涛 李妍 张磊 陈思齐 韩雪林 张娟 苏德伟 罗海凌 周晶
以巨菌草(Pennisetum giganteum)的叶片、茎、根为试验材料，通过分析8个基因18s rRNA、Actin、GAPDH、ACTB、EF-1α、UBQ、CYP、TUB在正常生长、干旱以及盐碱胁迫下荧光定量PCR中稳定性表达情况，筛选巨菌草的稳定内参基因。利用geNorm、NormFinder和BestKeeper软件计算内参基因的表达稳定值并进行排序，最终通过赋值法综合排序确定稳定内参基因。结果表明，内参基因的稳定性在不同处理下存在差异。其中，ACTB稳定性好，为本研究筛选出巨菌草的内参基因。本研究筛选出的内参基因，为后续巨菌草功能基因表达分析奠定了基础。
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
王倩颖 常鹏杰 申亚梅 张超 董彬 时宝柱
高温对景宁木兰Magnolia sinostellata生长产生严重影响。通过筛选景宁木兰热胁迫下稳定表达的内参基因,可以为景宁木兰在高温条件下基因表达研究提供准确数据,达到对目的基因进行准确量化的目的。以热胁迫下景宁木兰1年生实生苗的根、茎、叶组织为材料,从转录组数据库中选取13个管家基因ACTIN-7(肌动蛋白基因-7),CYP(亲环蛋白基因),EF-1α(延伸因子-1α蛋白基因),GAPDH(甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因),GTB(GTP结合蛋白基因),NAC(NAC域蛋白基因),NADP(异柠檬酸脱氢酶基因),TEF(翻译延伸因子基因),UBC(泛素化酶基因),UBQ(多聚泛素蛋白基因),α-TUB(α微管蛋白基因),β-TUB(β微管蛋白基因)和18S(18S核糖体RNA),通过Primer 5.0进行引物设计,琼脂糖电泳和溶解曲线分析验证引物特异性;利用实时荧光定量聚合酶链式反应(qRTPCR)技术和geNorm, NormFinder和BestKeeper等3个内参分析软件研究候选内参基因在热胁迫下不同组织中的表达稳定性,并通过CSLD3和KOR 2个目的基因的表达分析验证其可靠性。13个内参基因的电泳结果均显示单一条带,溶解曲线也均显示单一峰,证明引物特异性良好;13对引物的扩增效率均在100%左右;内参软件综合分析得到,UBC, EF-1α和ACTIN-7是景宁木兰在热胁迫下较为稳定的内参基因,以3个单独的内参基因以及内参组合(EF-1α和ACTIN-7)为参照对CSLD3和KOR的表达模式进行校准,也显示了一致的表达水平。通过qRT-PCR技术和内参软件分析,UBC, EF-1α和ACTIN-7等3个内参基因在景宁木兰热胁迫下不同组织中稳定性较高,CSLD3和KOR等2个目的基因的表达也证实了其可靠性。因此,UBC, EF-1α和ACTIN-7可以作为景宁木兰热胁迫下稳定表达的内参基因。图4表3参34
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
曾文韬 柴春月 窦道龙
[目的]选择合适的内参基因是实时荧光定量PCR(qRT-PCR)研究的关键。大豆由于基因组复杂等原因,内参基因的选择尤为重要。[方法]结合实验室先前试验结果及相关文献,选择了10个持家基因(Cons4、ACT11、TUA、Cons15、ACT20、Cons7、CYP2、Cons6、Tubulin and ELF1B),依次用3个统计学软件Ge Norm、Norm Finder和Best Keeper进行综合分析,研究其在大豆不同组织和大豆疫霉侵染不同时间点根中的表达稳定性。[结果]Cons4、ACT11和TUA在大豆疫霉侵染过程中的大豆根中表达稳定性最好,而Tubulin和ELF1B在大豆的所...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
赵玮琦 何朋杰 吴毅歆 何月秋
【目的】十字花科作物根肿病是一种世界性病害,早期准确定量检测病原是实现有效防控的基础,研究旨在建立一种应用于水体中检测根肿菌的实时荧光定量PCR方法。【方法】采用近年已研究并发表的一对引物。建立并优化RT-PCR反应体系,利用大肠杆菌TG-1、大肠杆菌T1-1、大肠杆菌DH5α、肺炎克雷伯菌E3、枯草芽孢杆菌XF-1、解淀粉芽孢杆菌Y2、柑橘黄龙病病原菌、假单胞菌E12、成团泛菌L9、阴沟肠杆菌C6、荧光假单胞菌df等11种病原物进行RT-PCR特异性检测,并对灵敏度、可重复性进行评价。利用该体系分别检测不同接种浓度的水体中的根肿菌。【结果】得出标准曲线的回归方程为Y=-3. 452X+35. 118,其回归系数R2=0. 996,扩增曲线在1×101～1×107拷贝/μl范围内,具有较好的线性关系,扩增效率94. 833%,相邻扩增曲线间距均匀,1×101拷贝/μl为最低检测值。熔解曲线显示,所有产物具有单一峰形,有高度扩增特异性。重复性试验变异系数小于1%。在人工接种的水体中,检测下限至少为102个孢子/m L。【结论】建立的实时荧光定量PCR方法具有快速、特异、敏感和稳定等优点,为检测根肿菌在水体中的含量提供了技术方法。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
韩建强 许文花 高斌
根据GenBank上猪GAPDH基因的序列设计并合成一对引物,采用SYBR GreenⅠ染料建立了Real-time PCR方法。以阳性重组质粒为标准品,建立了标准曲线,并进行了融解曲线分析。结果表明,所建立的方法具有快速、高通量、线性范围广以及重复性强等特点。研究结果为GAPDH作为内参基因用于猪相关基因定量表达分析奠定了基础。
[期刊] 林业科学研究
[作者]
张恺恺 吕星 杨立莹 陈段芬 邱德有 杨艳芳
[目的]建立稳定可靠的、适合检测红豆杉(Taxus L.)TbAP2基因表达量的荧光定量PCR实验体系。对于检测该物种中基因的组织特异性表达具有重要意义。[方法]以曼地亚红豆杉细胞为试材,提取总RNA并反转录为cDNA,根据TbAP2基因序列设计多对引物,合成内参基因TBC41的引物,采用正交试验L_9(3~4)方法分别筛选以上2个基因5μL和10μL小反应体系及20μL常用体系中的最佳组合,并通过cDNA模板用量和引物用量等方面进行优化,以确保基因扩增效率在90%～105%之间。[结果]本研究建立了TBC41和TbAP2基因在5、10、20μL体系下的荧光定量最佳PCR反应体系,在优化后的5μL体系下,加入Mix(2×) Universal 2.5μL,cDNA模板1.0μL,正反引物共1.5μL,内参基因TBC41和目的基因TbAP2的扩增效率均为94%;在优化后的10μL下,加入Mix(2×) Universal 5μL,cDNA模板1.2μL,正反引物共1.3μL,TBC41和TbAP2的扩增效率分别为95%和94%。在优化后的20μL下,加入Mix(2×) Universal 10μL,cDNA模板0.5μL,正反引物共1.5μL,TBC41和TbAP2的扩增效率分别为93%和99%,以上各扩增体系回归系数R~2均大于0.980。[结论]在以上3种反应体系下,内参基因和目的基因均具有接近100%的扩增效率,表明本研究成功建立了适合检测红豆杉TbAP2基因表达量的荧光定量PCR实验体系,并为红豆杉其它基因的表达研究提供参考。
[期刊] 林业科学
[作者]
吕跃东 董凤祥 王贵禧 王庆成
通过人工模拟低温的方法确定-22℃萌芽率为杂交榛抗寒性的衡量指标,用相关分析确定评价杂交榛抗寒性的5个指标,用主成分分析法将5个指标转化为综合的主成分,确定指标权重,建立评价体系,再结合隶属度函数值求得杂交榛各无性系抗寒性的综合指数。根据综合指数的抗寒性排序为:84-349>81-23>85-127>B-3>84-69>84-545>81-9>83-33>84-1>84-72>84-254>84-48>84-402>84-237>82-11>84-226>B-21>84-572。通过聚类分析,将杂交榛抗寒性划分为4类:84-349、81-23和85-127为一类,其抗寒性最强;B-3、84-6...
关键词：
杂交榛 抗寒性 综合评价
[期刊] 林业科学研究
[作者]
华雅洁 岳远征 杨秀莲 何卿
[目的]通过实时PCR(qRT-PCR)筛选海州常山叶片不同非生物胁迫条件下稳定的内参基因。[方法]利用已有的转录组数据，筛选出17个候选内参基因，在不同非生物胁迫（盐害、干旱和热害）下进行qRTPCR，通过利用GeNorm、NormFinder、BestKeeper及ReFinder软件分析筛选不同胁迫中最适的内参基因，选择CtNHX1基因，验证所筛选的内参基因的稳定性。[结果]RPL、AP-2盐害胁迫下最稳定，MDH、AP-2干旱胁迫下最稳定，UBCE2、ACT热害胁迫下最稳定；综合来看，非生物处理中，AP-2、UBCE2是最稳定的参考基因。[结论]AP-2、UBCE2可作为海州常山叶片非生物胁迫研究中基因定量使用的内参基因，为进一步开展海州常山分子机制研究、耐盐基因的开发利用奠定基础。
关键词：
海州常山 胁迫 内参基因 实时荧光PCR
[期刊] 林业科学研究
[作者]
张颖 陈婉婷 陈冉红 帅鹏 李明
[目的]筛选适用于杉木不同组织荧光定量PCR分析的稳定内参基因,提高杉木实时荧光定量PCR试验准确性,为杉木体内各个基因表达分析提供合适内参基因。[方法]通过实时荧光定量PCR获取GAPDH、EF1α、18S rRNA、28S rRNA、UBQ、UBC与Actin 7个候选内参基因在杉木无性系的根、茎和叶中的溶解曲线与Ct值;利用软件geNorm、Normfinder和BestKeeper对候选内参基因的表达稳定性进行评价;通过分析2个纤维素合酶基因ClCesA1和ClCesA2在杉木不同组织部位的相对表达情况,对候选内参基因的稳定性进行验证。[结果]geNorm、Normfinder和BestKeeper分析结果均表明:在杉木根和茎中最稳定的内参基因是EF1α和Actin; geNorm、Normfinder结果显示杉木叶中稳定的内参基因是UBQ和EF1α, BestKeeper显示杉木叶中最稳定合适内参基因是EF1α和Actin。以Actin与EF1α作为内参基因,荧光定量PCR分析表明,ClCesA1和ClCesA2基因的相对表达量在杉木不同组织中均有所不同,ClCesA2的相对表达量在各个组织中均高于ClCesA1。以不同内参基因作为试验内参基因分析ClCesA1和ClCesA2的表达情况得到,ClCesA1和ClCesA2在各个组织中的相对表达量排序主要为茎>叶>根。[结论]7个候选内参基因中,杉木不同组织中稳定表达的为Actin与EF1α,适合作为表达分析的内参基因;28S rRNA的表达稳定性低,不适合作为杉木定量PCR分析的理想内参基因。
[期刊] 草业科学
[作者]
谢程程 马均 李璟 李西
实时荧光定量PCR(Reverse transcription quantitative real-time PCR， qRT-PCR)技术常用于基因表达分析，但其结果的准确性有赖于筛选出稳定表达的内参基因从而对数据进行均一化。为筛选出铅（Pb）胁迫下不同浓度褪黑素处理狗牙根根尖组织稳定表达的内参基因，本研究在前期生理试验基础上，对选用的8个候选内参基因(PP2A、TIP41、CACS、ACT、EF-1α、TUB、UPL7、GAPDH)在6个样本中的表达量进行qRT-PCR分析。结果发现，8个内参基因在不同样本中表达水平存在较大差异，且单个内参基因Ct值在不同样本中变化范围有显著差异。利用ΔCt 算法、NormFinder、BestKeeper和GeNorm程序对内参基因稳定性进行排序，并结合线上工具RefFinder计算得出各内参基因稳定性的综合排名。结果表明，CACS + PP2A为不同浓度褪黑素处理铅胁迫下狗牙根根尖组织最适内参基因组合。该内参基因组合将为解析褪黑素影响狗牙根Pb耐受性和吸收转运的分子机制奠定基础，进一步推动褪黑素在植物修复Pb污染土壤中的实际应用。
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