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[期刊] 水产学报
[作者]
宋飞彪 施立萍 郑达 梁欢 纪馨馨 佟金凤 卜邵洋 孙俊龙 骆剑
分了研究microRNA在布氏鲳鲹性腺发育中的作用，本研究以前期发现的性腺发育关键miR-novel＿176为对象，采用荧光定量PCR、荧光原位杂交、双荧光素酶报告基因、RNA干扰和过表达等实验手段，系统验证其与靶基因的调控关系及潜在的生物学功能。结果显示，miR-novel＿176在布氏鲳鲹各组织中均表达，在卵巢中的表达量高于精巢，但差异不显著；miR-novel＿176主要定位于卵巢细胞质，阳性信号主要位于卵母细胞和颗粒细胞中，在精巢中的支持细胞和精原细胞也显示出微弱杂交信号；miR-novel＿176与esr2和foxo3基因的3'-UTR互补，显著抑制荧光素酶的活性；细胞转染novel＿l76-antagomir和novel＿l76-agomir后，miR-novel＿176的表达水平显著下调和上调，靶基因foxo3和esr2的表达水平发生显著相反的表达变化。研究表明，miR-novel＿176的靶基因为esr2和foxo3，miR-novel＿176能够特异互补3'UTR区域进而调控其表达水平。本研究为进一步揭示miRNA在鱼类性腺发育中的功能提供了新证据，同时为布氏鲳鲹性腺发育研究提供了新的候选miRNA。
[期刊] 水产学报
[作者]
梁银银 张健 郭华阳 朱克诚 郭梁 张楠 刘宝锁 杨静文 张殿昌
Kiss基因编码的kisspeptin多肽是脊椎动物重要的神经激素,在调控机体生长发育、能量代谢和生殖活动中发挥重要作用。为了明确卵形鲳鲹Kiss1 (ToKiss1)基因序列及饵料类型对其表达的影响,实验利用RACE方法克隆分析了ToKiss1基因结构特征,荧光定量PCR (qRT-PCR)方法研究了饵料类型对ToKiss1 mRNA表达调控的影响。结果显示,ToKiss1基因全长2 768 bp,由3个外显子和2个内含子组成。ToKiss1基因cDNA全长505 bp,开放阅读框312 bp,编码104个氨基酸,包括信号肽序列和典型的kisspeptin-10结构域"YNLNSFGLRY"。卵形鲳鲹ToKiss1蛋白三级结构由2个α螺旋和无规则卷曲构成。qRTPCR表达分析结果显示,ToKiss1 mRNA在卵形鲳鲹脑、肠道、胃、脾脏、肌肉和心脏中均有表达,在脑中的表达量最高。饵料类型显著影响ToKiss1 mRNA在卵形鲳鲹肠道组织中的表达,颗粒饲料组表达量最高,其次为冰杂鱼组,冰鱿鱼组表达量最低,但饵料类型对肝脏组织中ToKiss1 mRNA的表达无显著影响,表明ToKiss1在卵形鲳鲹消化吸收过程中发挥了重要调控作用。该研究首次探讨了饵料类型对硬骨鱼肝脏和肠道组织中Kiss1 mRNA表达的影响,为深入研究硬骨鱼类Kiss1基因摄食调控生理机制奠定了基础。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
刘仕平 吴小燕 张丹宇 黄亚玺 王伟 赵萍 夏庆友
【目的】ｍｉｃｒｏ ｒＮＡ是一类长约２２个碱基的非编码ｒＮＡ，通过与其靶基因的特异性结合来调控新陈代谢和生长发育等多种生命活动。鉴定家蚕（ＢｏｍＢｙｘ ｍｏｒｉ）ＢｍｈＡｉｒｙ，比较ＢｍｈＡｉｒｙ和Ｂｍｏ－ｍｉ ｒ－７的表达模式，验证ＢｍｈＡｉｒｙ是否为Ｂｍｏ－ｍｉ ｒ－７的靶基因，为研究家蚕的变态发育机制提供线索。【方法】用家蚕胚胎反转期的总ｒＮＡ反转录合成的ｃ ＤＮＡ模板，克隆ＢｍｈＡｉｒｙ编码区（ｃｏＤｉＮｇ ＤＮＡ ｓｅｑｕｅＮｃｅ，ｃＤｓ）和３′端非翻译区（３′ｕＮｔｒＡＮｓｌＡｔｅＤ ｒｅｇｉｏＮ，３′ｕｔｒ）并进行序列分析。基于荧光定量Ｐｃｒ和芯片数据比较Ｂｍｏ－ｍｉ ｒ－７和Ｂ．．．
[期刊] 海洋渔业
[作者]
孙鹏 尹飞 王建建 李云航
为探讨急性操作胁迫对银鲳生长的影响，首次克隆了３种生长调控相关基因－生长激素受体１（ｇｈｒ１）、生长激素受体２（ｇｈｒ２）和胰岛素样受体１（ｉｇｆｂｐ１），并对３种基因在银鲳肝脏、心脏、性腺、肌肉和肾脏等不同组织中的表达进行了比较。定量表达结果表明３种基因均广泛分布于所研究的各个组织中，而其中肾脏、性腺和心脏中的表达量较其它组织低。在银鲳受到外界操作胁迫刺激后，３种基因呈现不同的表达模式：其中ｇｈｒ２和ｉｇｆｂｐ１的表达下调，而ｇｈｒ２的表达量与对照组无显著性差异。结果表明，ｇｈｒ２和ｉｇｆｂｐ１在银鲳生长调节中起到重要的作用；在胁迫环境中，外界刺激可通过下调生长相关基因表达以影响鱼体的生长。
[期刊] 海洋水产研究
[作者]
杜涛 罗杰
Experimenls on arlidical breeding of Trachinotus blochii in indoors tanks and prawn high-level ponds were carried out. After 35 d rearing,244 000 fry which was 3～5 cm in length were obtained,and the mean survival rate was 39.4%.The result showed that the survival rate of the fry which was bred in...
关键词：
~~
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
王晨 张演义 房经贵 宋长年 刘洪 王西成
利用半定量RT-PCR与实时荧光定量RT-PCR(qRT-PCR)技术检测‘藤稔’葡萄microRNA156b(Vv-miR156b)和microRNA172c(Vv-miR172c)及其靶基因(Vv-SPL9和Vv-AP2)在摘心处理(5月14日、5月20日、5月28日)后不同发育时期冬芽中的表达情况,并利用RLM-5'-RACE验证了miRNAs作用其靶基因的方式。结果表明:仅5月28日摘心处理的冬芽能够进行花芽分化并形成花序,而其他处理及对照未能花芽分化。2种RT-PCR检测结果基本一致,5月28日摘心处理的2条miRNAs表达水平明显下降,且花序中有最低表达。相应的靶基因在冬芽二次成花...
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
杨琳琳 蒋燕 杨桂梅 许柳雄 陈新军 徐善良 鲍宝龙
采用目前国际上最为通用的cDNA文库构建方法,构建了银鲳皮肤和肌肉组织的cDNA文库,通过一定规模的序列测定,并借助生物信息学技术,分析了164个序列,得到了105个不同的基因(或表达序列标签),在105个不同的基因中,68.6%基因没有冗余,1倍、2倍、3倍和4倍冗余的分别占23.8%,3.8%,2.8%和1%。皮肤和肌肉组织表达基因的组成中,除了21个没有同源序列的未知基因外,可初步归为代谢相关的酶(38个)、DNA有关的酶(7个)、结构蛋白(4个)、膜蛋白(13个)、线粒体蛋白(1个)、转录因子(9个)、信号传导相关的蛋白(10个)和未知蛋白(2个)等8大类,其中,转录因子、膜蛋白,和D...
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
安雪姣 潘章源 赵生国 李春艳 田志龙 狄冉 刘秋月 胡文萍 王翔宇 张效生 张金龙 蔡原 储明星
为分析KiSS-1和RFRP-3基因在小尾寒羊不同繁殖时期(黄体期和卵泡期)下丘脑、垂体、性腺轴各组织中的表达差异,阐明这2个基因在绵羊发情转换中的表达模式,以常年发情的小尾寒羊为研究对象,采用实时荧光定量PCR技术,对比分析了KiSS-1和RFRP-3基因在黄体期和卵泡期的小尾寒羊下丘脑—垂体—性腺轴各组织中的表达差异。结果表明:1)KiSS-1和RFRP-3基因在下丘脑、垂体、卵巢等10种组织中均有表达;2)黄体期和卵泡期下丘脑中KiSS-1基因表达量均显著高于其他组织(P<0.05),卵泡期下丘脑和松果体中KiSS-1基因表达量均显著高于黄体期(P<0.05);3)黄体期和卵泡期下丘脑和卵巢中RFRP-3基因的表达量均显著高于其他组织(P<0.05),且卵巢中RFRP-3基因在黄体期的表达量显著高于卵泡期(P<0.05)。综上,研究发现KiSS-1和RFRP-3基因在绵羊发情调控中均发挥重要作用,KiSS-1促进发情而RFRP-3抑制发情。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
吴正常 殷学梅 孙丽 夏日炜 霍永久 吴圣龙 包文斌
【目的】在前期通过Illumina Solexa高通量测序技术并结合荧光定量验证筛选出断奶仔猪E.coliF18菌株感染下表达量极显著上调的micro RNAs—miR-192和miR-215的基础上,为了解miR-192和miR-215的组织表达情况,进一步筛选确定miR-192和miR-215靶向调控E.coli F18菌株感染的关键靶基因,为探讨miR-192和miR-215调控断奶仔猪E.coli F18感染的分子调控机制奠定基础。【方法】试验采用Real-time PCR方法检测miR-192和miR-215在35日龄梅山仔猪各个组织中的分布情况,同时利用MEGA 5.0分析了其保守...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
吴震洋 唐晓惠 付玉华 王昇 章程 李京津 余梅 杜小勇
【目的】藏绵羊又称藏系绵羊,是中国三大粗毛羊品种之一,主要分布在西藏及其毗邻的高寒牧区,如青海、甘肃、四川、云南等地。藏绵羊由于其被毛纤维粗长,毛质细腻且保暖性好,是制造藏式地毯的上好原料。而毛色作为一种重要的经济性状,同时制约羊毛的经济价值。然而,目前对于绵羊毛色的分子调控机制尚不明确,以藏绵羊为研究对象,对其不同颜色皮肤组织(黑色和白色)进行转录组测序,旨在探讨miRNA在藏绵羊不同毛色皮肤组织转录后水平中发挥的作用及其可能参与的调控通路。【方法】选取2只具有黑白花毛色的健康藏绵羊,减去体侧被毛使皮肤
关键词：
藏绵羊 皮肤组织 高通量测序 miRNA
[期刊] 西南农业学报
[作者]
张旭 周毅 罗永巨 张婧怡 肖俊 郭忠宝 钟欢 唐瞻杨
【目的】发掘尼罗罗非鱼响应光周期变化的重要功能基因,为研究光周期变化对罗非鱼产生影响的分子机制提供参考。【方法】采用新一代高通量测序RNA-seq技术分析24L∶0D、12L∶12D和0L∶24D 3个光周期条件下尼罗罗非鱼脑组织基因表达变化情况。【结果】转录组测序结果显示:3个组别分别产生55 524 504、61 410 946和58 855 762个Clean reads。12L∶12D光周期与0L∶24D光周期文库比较发现279个差异表达基因,12L∶12D光周期与24L∶0D光周期文库比较发现304个差异表达基因,24L∶0D光周期与0L∶24D光周期文库比较发现383个差异表达基因。GO分类分析表明,差异表达基因属于生物学过程、细胞定位和分子功能的42个类别。KEGG通路显著性富集分析差异表达基因共涉及143条代谢途径,包括单纯疱疹感染、ECM-受体相互作用、细胞因子-细胞因子与受体相互作用、肠道IgA生成免疫网络、细胞粘附分子(CAMs)、Wnt信号等通路。【结论】光周期变化影响尼罗罗非鱼脑组织基因表达水平,表达差异基因主要富集在单纯疱疹感染、细胞因子-细胞因子与受体相互作用、Wnt信号通路等信号通路。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
杜浩 冷小茜 张书环 叶欢 沈丽 刘志刚 陈细华 危起伟
本研究克隆了达氏鲟(Acipenser dabryanus)生长转化因子gdf11(growth differentiation factor 11)基因cDNA。达氏鲟gdf11基因cDNA序列全长1 298 bp(不包括Poly A),开放阅读框为1 191 bp,编码396个氨基酸,5非编码区长19 bp;3非编码区长88 bp。通过Signal P软件预测含有N端21aa的信号肽。组织表达特征分析结果显示,gdf11在7种组织中均有表达,在眼和鳃中的表达量较高;不同水流条件下,鳃和心脏gdf11的
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
徐晓燕 黄小忠 刘万仙 张曼
【目的】探明瓠瓜KNOX基因家族特征，在瓠瓜全基因组水平上对KNOX基因家族成员进行鉴定和分析，研究其组织表达模式。【方法】利用生物信息学方法，对瓠瓜KNOX家族基因成员进行鉴定、编码蛋白理化性质分析及家族成员结构域和保守基序分析，利用MEGA 5.05软件构建系统进化树，采用实时荧光定量PCR技术，分析KNOX基因在瓠瓜不同组织(根、茎、叶、花、果实)中的表达情况。【结果】鉴定到12个瓠瓜KNOX家族基因，这些基因分布在6条染色体上，且均定位于细胞核。大多数瓠瓜KNOX家族蛋白含有同源异型盒蛋白特有的4种结构域KNOX1、KNOX2、ELK和Homeobox＿KN。系统进化分析将瓠瓜KNOX基因分为KNOX ClassⅠ和KNOX ClassⅡ2大类群，2个类群又可进一步分为5个分支，其中ClassⅠ-C为瓠瓜特有的进化分支。KNOX基因启动子区有多个激素响应元件和植物生长相关元件。组织表达分析发现，瓠瓜KNOX基因具有不同的表达模式，KNOX ClassⅠ类基因表达具有组织特异性，在根、茎和果实中表达量较高，在其余组织中表达量较低或不表达，其中Lsi04G014450在根和茎中表达量最高，Lsi11G006380在果实中表达量最高；KNOX ClassⅡ类基因在所有组织中均有较高表达。【结论】瓠瓜KNOX基因家族有12个成员，分布于6条染色体上，在进化关系上可分为5组，具有瓠瓜特有的进化分支，在不同组织中的表达具有特异性。
关键词：
瓠瓜 KNOX 生物信息学 组织表达
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
徐晓燕 黄小忠 刘万仙 张曼
【目的】探明瓠瓜KNOX基因家族特征,在瓠瓜全基因组水平上对KNOX基因家族成员进行鉴定和分析,研究其组织表达模式。【方法】利用生物信息学方法,对瓠瓜KNOX家族基因成员进行鉴定、编码蛋白理化性质分析及家族成员结构域和保守基序分析,利用MEGA 5.05软件构建系统进化树,采用实时荧光定量PCR技术,分析KNOX基因在瓠瓜不同组织(根、茎、叶、花、果实)中的表达情况。【结果】鉴定到12个瓠瓜KNOX家族基因,这些基因分布在6条染色体上,且均定位于细胞核。大多数瓠瓜KNOX家族蛋白含有同源异型盒蛋白特有的4种结构域KNOX1、KNOX2、ELK和Homeobox＿KN。系统进化分析将瓠瓜KNOX基因分为KNOX ClassⅠ和KNOX ClassⅡ2大类群,2个类群又可进一步分为5个分支,其中ClassⅠ-C为瓠瓜特有的进化分支。KNOX基因启动子区有多个激素响应元件和植物生长相关元件。组织表达分析发现,瓠瓜KNOX基因具有不同的表达模式,KNOX ClassⅠ类基因表达具有组织特异性,在根、茎和果实中表达量较高,在其余组织中表达量较低或不表达,其中Lsi04G014450在根和茎中表达量最高,Lsi11G006380在果实中表达量最高;KNOX ClassⅡ类基因在所有组织中均有较高表达。【结论】瓠瓜KNOX基因家族有12个成员,分布于6条染色体上,在进化关系上可分为5组,具有瓠瓜特有的进化分支,在不同组织中的表达具有特异性。
关键词：
瓠瓜 KNOX 生物信息学 组织表达
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
李向阳 王学理 刘凯 霍晓伟 武迎红 张显华
克隆牛布鲁氏菌的甲酰基转移酶基因(Wbkc),在大肠杆菌中表达/纯化,并对甲酰基转移酶的抗原性进行分析。以牛布鲁氏菌的染色体DNA为模板,扩增Wbkc基因,双酶切后克隆至pET-28a上,在大肠杆菌BL21中诱导表达,His Trap FF层析柱纯化,Western blot鉴定甲酰基转移酶的抗原性。提取的重组质粒经PCR鉴定、双酶切鉴定和测序分析确定目的基因成功插入到了克隆载体中。SDS-PAGE分析证明,表达产物为相对分子质量29 000的融合蛋白。Western blot结果表明,表达的蛋白具有特异的免疫反应原性。
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