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[期刊] 水产学报
[作者]
孔庆辉 刘海平 刘锁珠 索朗斯珠 徐业芬 赵晓玲 商振达
为分析感染水霉菌对巨须裂腹鱼脾脏转录组的影响，探索水霉菌感染巨须裂腹鱼的分子机制，实验随机选取生活在同一水域中的5尾健康和5尾感染水霉菌的巨须裂腹鱼，采用PDA琼脂培养基和分子生物学方法对巨须裂腹鱼水霉菌进行分离鉴定，并采用Illumina HiSeqTM 2000 高通量测序平台，对健康和感染水霉菌的巨须裂腹鱼脾脏组织进行转录组测序，并对测序数据进行拼接、注释和差异表达基因分析。结果显示，从巨须裂腹鱼皮肤上，分离鉴定得到3株水霉菌，转录组数据显示，健康组和感染水霉病组分别获得46 619 504 条和43 912 876 条数据。与健康组相比，感染水霉菌组共有1 889 个基因发生差异表达，其中1 414 个基因上调，475 个基因下调，随机选取6条差异表达基因进行RT-qPCR验证，验证结果与转录组测序一致。对健康组和感染水霉菌组的差异表达基因进行GO功能富集得到，上调基因主要富集于241个功能中，下调基因主要富集于60个功能中，上述基因主要涉及分子功能类、细胞组分类和生物过程类等生理功能；KEGG通路富集分析得到，差异表达基因主要富集在免疫疾病，内分泌和代谢疾病，病毒感染性疾病，消化系统，排泄系统等。研究表明，感染水霉菌会影响巨须裂腹鱼脾脏组织多种基因的表达量，研究结果为进一步探索巨须裂腹鱼水霉菌的感染机制奠定了基础。
[期刊] 华北农学报
[作者]
闫尊强 王鹏飞 杨巧丽 黄晓宇 高小莉 滚双宝
旨在获得C型产气荚膜梭菌性腹泻仔猪血清炎症因子含量、脾脏病理变化及转录组表达谱特征，为其防治提供参考。选择健康状况良好、体质量相近的7日龄二元仔猪6头，随机分为2组，即对照组(CS)和处理组(TS)。TS组每头仔猪每天灌服1 mL菌液(1×10~9 cfu/mL),连续5 d, CS组仔猪灌服不含菌液的培养液，感染后0,1,3,5 d采集血液分离血清，用ELISA方法检测IL-8、IFN-α和IFN-γ含量。试验结束后屠宰仔猪采集脾脏，进行HE染色和RNA-Seq测序，对测序获得的差异表达基因进行GO功能和KEGG信号通路富集分析，并采用RT-qPCR检测仔猪感染C型产气荚膜梭菌过程中关键差异表达基因的表达量。结果表明：TS组仔猪脾脏出现明显炎症，中性粒细胞浸润，伴有变性及坏死的实质细胞；第3,5天CS组血清中IL-8、IFN-α和IFN-γ含量极显著低于(P<0.01)TS组；TS组与CS组间有1 079个差异表达基因，上调583个，下调496个；差异表达基因富集的GO功能主要有细胞对β干扰素的反应、细胞对DNA损伤刺激的反应、炎症反应的负调控等，富集的KEGG信号通路主要有肺结核、乙型肝炎、B细胞受体等；抵抗C型产气荚膜梭菌感染的候选基因(如JAK3、TLR3、ILF2、CXXC1等)RNA-Seq结果与RT-qPCR结果一致。以上结果表明，JAK3、TLR3等基因通过关键信号通路可能在仔猪脾脏抵抗C型产气荚膜梭菌感染过程中发挥了重要功能。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
汤先湖 郝恬 江守文 吴智超 许强华
裂腹鱼亚科鱼类长期生活在青藏高原缺氧环境，是研究低氧适应机制的天然生物模型。对3种裂腹鱼：高海拔(>3 600 m)的孤唇裂腹鱼(Schizothorax curvilabiatus)和巨须裂腹鱼(Schizothorax macropogon)与低海拔(<700 m)齐口裂腹鱼(Schizothorax prenanti)的主要渗透调节器官肾脏进行转录组分析。通过对孤唇裂腹鱼和巨须裂腹鱼与齐口裂腹鱼的肾脏转录组进行比较分析，分别筛选出504个和478个差异表达基因，其中有199个共同差异表达基因。对共同差异基因进行GO(Gene Ontology)和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)的富集分析发现，两组共同差异基因主要富集在糖酵解/糖原生成过程、脂质生物合成过程和血管生成等通路上。其中eno3、fbp1α、prpf19和ctsz等基因的高表达可能在高海拔裂腹鱼长期适应低氧环境中起着重要作用。本研究为揭示高原鱼类长期低氧适应提供了新思路。
关键词：
高原 裂腹鱼 转录组 糖代谢 低氧
[期刊] 水产学报
[作者]
梁英 关瑞章 黄文树
为分离日本鳗鲡脾脏中的抗菌肽,实验采用10 ku和3 ku切向流中空纤维柱对脾脏醋酸粗提物进行分级分离,并结合阳离子交换层析和反相高效液相层析技术对小于10 ku和小于3 ku 2部分样品分别进行分离纯化。结果显示,2种分子量截留纤维柱超滤获得了大于10 ku、小于10 ku和小于3 ku 3部分样品。小于10 ku和小于3 ku蛋白样品抗菌活性较大于10 ku样品强。对小于10 ku样品经阳离子交换层析以及采用pH 9缓冲液进行反相高效液相层析分离纯化,获得一个抗菌肽,质谱分析其分子量为1 391.82 u;对小于3 ku样品经阳离子交换层析并采用pH 9和pH 2两种缓冲液进行反相高效液相...
关键词：
日本鳗鲡 脾脏 抗菌肽 分离纯化
[期刊] 中国水产科学
[作者]
余泽辉 张佳 耿毅 邓梦玲 汪开毓 黄小丽 陈德芳 王均
2012–2013年四川齐口裂腹鱼(Schizothorax prenanti)养殖场流行一种临床特征为突眼、体表出血和神经症状的传染病,在肝、肾涂片检查中发现链状G+球菌。从自然发病齐口裂腹鱼分离到2株形态与涂片检查一致的G+球菌(DML120817,YZH130830),其在脑心浸液培养基(BHI)平板上28℃培养48 h,形成白色圆形、表面光滑、边缘整齐的针尖大小菌落。经人工感染实验证实分离菌株为该病的病原菌。根据分离菌株的形态学和生理生化检测结果初步判定其为无乳链球菌(Streptococcus agalactiae);16S r RNA基因序列分析表明,2分离株(Gen Bank登录...
[期刊] 水产学报
[作者]
陶丽寒 胡丹丹 张嘉俊 陶会竹 李槿年
为探讨鱼类感染拟态弧菌后脾脏和肠黏膜组织蛋白差异变化,本研究以拟态弧菌04-14分离株人工感染实验动物草金鱼,利用双向电泳(2-DE)结合质谱技术对感染前后脾脏和肠黏膜组织的差异蛋白组学进行研究。结果显示,感染后脾脏和肠黏膜组织中分别有11个和12个显著差异表达蛋白点,经MALDI-TOF-MS质谱鉴定出19种显著差异表达蛋白,其中上调表达蛋白10种,下调表达蛋白9种,α-淀粉酶、载脂蛋白A-I、β-肌动蛋白和过氧化物还原酶2为两种组织中共同存在的显著差异表达蛋白。GO注释分析表明,显著差异表达蛋白分别定
[期刊] 中国农业科学
[作者]
沈曼曼 曲亮 窦套存 马猛 郭军 卢建 胡玉萍 李永峰 王克华
【目的】利用全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)技术解析产蛋后期母鸡脾脏重的分子机制和遗传特征,为改善产蛋后期母鸡的健康状况提供理论依据。【方法】利用东乡绿壳蛋鸡和白来航蛋鸡构建资源群体,以72周龄F2代501只母鸡脾脏重为研究材料。首先利用高密度600 K基因芯片对试验群体基因组进行SNPs检测。其次利用APT软件进行质控、BEAGLE软件进行基因型填充、PLINK软件进行主成分分析,GEMMA软件进行全基因组关联分析,最终获得脾脏重的显著和潜在显著关
关键词：
鸡 脾脏 全基因组关联分析 资源群体
[期刊] 淡水渔业
[作者]
张德锋 林强 刘礼辉 任燕 李宁求 付小哲 石存斌 吴淑勤
２０１３年８至９月份，我国广东省珠海市某养殖场的美国红鱼（ＳｃｉａｅｎｏｐＳ ｏｃｅｌｌａｔｕＳ）发生细菌性病害。从患病鱼的肝脏、肾脏和眼球中分离到８株病原菌，经生理生化试验、１６Ｓ ｒｒｎａ基因测序和７个管家基因系统发育树分析，８株病原菌被鉴定为水生气单胞菌（ａｅｒｏｍｏｎａＳ ａｑｕａｒｉｏｒｕｍ）。进一步对这８株病原菌进行ｍｌＳｔ和ｅｒｉｃｐｃｒ分子分型，结果表明８株病原菌为两种基因型。通过毒力相关基因检测，结果表明病原菌也为两种毒力基因型，即Ｓｏ１３８１和Ｓｏ１３８７菌株的毒力基因型为ａｃｔ－ａｅｒ ａ－ａｈｙ Ｂ＋ａｌｔ＋ａＳｔ－ｅｘｕ＋ｆｌａ＋ｇｃａ ｔ＋ｌｉｐ＋Ｓｅｒ－。其余６株．．．
[期刊] 华北农学报
[作者]
宋祥军 宋自超 沈啸 陈哲 蒋胡艳 侯曼曼 邵颖 涂健 祁克宗
为研究效应蛋白Hcp2b在禽致病性大肠杆菌(APEC)感染雏鸡过程中对脾脏的转录组学影响，利用兽医病理生物学与疫病防控安徽省重点实验室构建保存的hcp2b基因缺失株Δhcp2b及回复株Chcp2b肌肉注射7日龄雏鸡(以AE17菌株为阳性对照),感染24 h后采集精神沉郁的雏鸡脾脏检测组织载菌量并制作病理切片。选取缺失株Δhcp2b及野生株AE17感染脾脏组织进行转录组学测序，采用Real-time PCR进行测序结果鉴定；而后对差异表达基因进行GO分析、KEGG通路富集分析。结果显示，野生株AE17、缺失株Δhcp2b及回复株Chcp2b在脾脏组织载菌量差异不明显。组织切片观察发现，野生株AE17和缺失株Δhcp2b脾脏均出现组织间隙扩大，有充血现象出现。转录组学分析发现，缺失株Δhcp2b感染雏鸡脾脏后，诱导了脾脏基因mRNA的差异表达，筛选到515个差异表达基因(330个基因下调表达，185个基因上调表达)。Real-time PCR结果发现，Δhcp2b感染雏鸡后，脾脏中IL22、TNFRSF6B、TNFRSF8基因mRNA表达量下调，与测序结果变化趋势一致。GO分析发现，感染24 h雏鸡脾脏差异基因富集在膜、膜的组成、细胞外间隙部分等条目。KEGG分析发现，脾脏差异基因显著富集在内质网蛋白质加工过程的信号通路中。hcp2b基因对APEC在定植脾脏无影响，hcp2b通过影响机体免疫器官中脾脏的内质网蛋白质加工过程的信号通路来参与致病过程。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
张磊 郑麦青 刘冉冉 文杰 吴丹 胡耀东 孙艳发 李鹏 刘丽 赵桂苹
【目的】全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)是复杂性状和疾病相关基因定位的新策略。【方法】试验利用鸡60K SNP芯片对来自50个公鸡家系的728只北京油鸡进行SNP分型检测,采用全基因组关联分析方法对影响100日龄胸腺重和脾脏重的基因进行定位研究。【结果】结果发现24个达5%全基因组水平显著的位点,与100日龄胸腺重和脾脏重显著相关,并在这些位点附近发现Janus kinase 1(JAK1)、zincfinger DHHC-type containing 8(ZDHHC8)、vav 3 guanine nucleotide exchang...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
吕琼霞 张书霞 赵茹茜
【目的】探讨不同时间运输应激对猪脾脏中IL-2mRNA、IL-6mRNA、IL-10mRNA及其IL-2RmRNA、IL-6RmRNA表达的影响,并探讨P38MAPK-NF-κB信号途径对其表达的调控作用。【方法】将19头体重50kg左右的猪随机分为4组,分别进行0、1、2和4h公路运输,运输结束后立即扑杀取脾脏,液氮保存,用荧光定量PCR的方法对3种细胞因子及其IL-2RmRNA、IL-6RmRNA进行定量;另用ELISA方法检测试验猪脾脏组织匀浆液中P38MAPK含量的动态变化;激光扫描共聚焦显微镜观察NF-κB运输前后在脾脏细胞中的分布。【结果】经1、2和4h的运输应激后,脾脏中IL-1...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
耿立英 潘素敏 陈娟 朱文进 巩元芳 刘铮铸 彭永东 赵书雨 张传生 李祥龙
【目的】明确北京油鸡和来航鸡脾脏重量、组织结构及其ｍｉ ＲＮＡ表达谱的差异，筛选与两个鸡种免疫应答能力差异相关的候选基因，为家禽抗病育种研究奠定基础。【方法】选取１日龄同期孵化的北京油鸡和来航鸡母雏各４５只作为试验材料，在相同营养水平和环境条件下饲养，４２日龄测量体重和脾脏重。每个品种随机选取３只个体（体重接近群体均值），取其一半脾脏组织制作石蜡切片，利用Ｈ．Ｅ．染色，显微镜下观察脾脏组织结构、脾小体的数量和动脉周围淋巴鞘厚度。提取另一半脾脏组织中的小ＲＮＡ，等量混合组成２个ＲＮＡ池，构建ｃ ＤＮＡ文库，利用ＳｏｌＥｘＡ平台进行高通量测序。测序结果与参考基因组数据库比对获得表达基因。利用ｍｉＲ．．．
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
吕明其 闵思明 衣伟萌 陈杨超 甘思言 乔石 黄一帆 马玉芳
将80只小鼠随机分成5组(空白对照组、模型组及牛至香酚低、中、高剂量组),牛至香酚低、中、高剂量组小鼠分别按25、50、100 mg·kg~(-1)的剂量灌胃牛至香酚,空白对照组、模型组灌胃相同体积的橄榄油,每日1次,连续14 d.第15天时,牛至香酚试验组、模型组小鼠腹腔注射8 mg·kg~(-1)脂多糖(LPS),6 h后采集脾脏组织,用qRT-PCR检测小鼠脾脏细胞因子(TNF-α、IFN-γ、IL-6、IL-10、IL-1β)、NF-κB及核转录因子(T-bet、GATA-3)mRNA的表达量,研究牛至香酚对LPS所致的免疫应激小鼠脾脏细胞因子及核转录因子mRNA表达的影响.结果表明:与空白对照组相比,模型组小鼠TNF-α、IFN-γ、IL-6、IL-10、IL-1β、NF-κB、T-bet mRNA的表达量提高(P<0.01、P<0.01或P<0.05).由本试验结果可知,牛至香酚通过提高或降低小鼠脾脏细胞因子、核转录因子的表达,调节免疫应激小鼠的免疫功能.
关键词：
牛至香酚 小鼠 免疫应激 脾脏 细胞因子
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
黄在兴 宋昭昭 梅兰 李曼 刘朋虎 苏德伟 林占熺 鲁国东
通过Illumina Hiseq4000高通量测序平台,采用PE150测序策略研究了玉蜀黍平脐蠕孢在链霉菌发酵液胁迫下(S组)的转录组变化,共得到128 613 786个clean reads,筛选出4 559个差异基因.与无发酵液的对照组相比,S组中有2 283个基因表达上调,2 276个基因表达下调;从中挑选出表达量差异最大的22个基因作为内生链霉菌调控拮抗的拟关键基因,这些基因多涉及氨基酸合成和代谢以及信号转导途径,说明链霉菌发酵液对玉蜀黍平脐蠕孢的氨基酸生物合成和MAPK信号通路相关基因的影响显著;采用实时荧光定量PCR验证其中5个基因的表达量,其趋势与转录组分析结果基本一致.
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
杜奕君 丛苑 李平兰
采用形态学和分子生物学方法对从玉米中分离纯化的优势霉菌进行鉴定,并在一定梯度的温度和湿度中进行培养,测量每日菌落和芽管生长速度,研究其生物学特性。结果表明:玉米中的优势霉菌为草酸青霉、串珠镰刀菌和黑曲霉。草酸青霉及串珠镰刀菌最适生长温度为30℃,黑曲霉为35℃;草酸青霉、串珠镰刀菌和黑曲霉分生孢子萌发的最适温度分别为30、25和35℃;草酸青霉及串珠镰刀菌最适生长湿度为70%,黑曲霉为80%;在自由水情况下,草酸青霉、串珠镰刀菌和黑曲霉分生孢子萌发率分别为72.5%、79.2%和85.1%。
关键词：
玉米 霉菌 分离 鉴定 生物学特性
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