以巨菌草不同生长时期的根、茎、叶为研究对象,采用Illumina Miseq高通量测序技术分析其内生细菌的组成.结果表明:巨菌草不同生长时期根、茎、叶内生细菌组成的多样性及丰度均有较大的差异.从门到属的水平看,巨菌草内生菌群组成均为拔节期较高,在同一生长时期为根>茎>叶;蓝藻菌门(Cyanobacteria)和变形菌门(Proteobacteria)为主要菌群门类,罗尔斯顿菌属(Ralstonia)和乳球菌属(Lactococcus)为核心属.Heatmap聚类和主成分分析表明,根部、叶部来源的细菌菌群组成较为接近,茎部来源的菌群与根部、叶部有交叉.典范对应分析表明,各来源样本菌群的组成主要受温度的影响,其次为湿度和p H.

【目的】探究猕猴桃苗不同生长时期根际土壤细菌群落组成及土壤养分间的相互关系。【方法】采用Illumina-MiSeq高通量测序研究猕猴桃苗不同生长阶段（生长前期、速生期、生长后期）的根际微生物群落结构组成及其多样性。运用CANOCO和R语言软件对土壤细菌群落与土壤环境因子间关系进行RDA和相关性热图分析。【结果】随着猕猴桃苗不断生长，土壤pH值、速效N、速效P均出现先升高后降低趋势，速效K则随着猕猴桃苗生长逐渐降低；高通量测序共得到25822个细菌OTUs，分属于28门53纲172科226属，其中变形菌门（Proteobacteria，35.84%）、酸杆菌门（Acidobacteria，17.69 %）、放线菌门（Actinobacteria，12.6 %）是猕猴桃苗不同生长时期土壤的优势菌门；土壤细菌群落多样性指数和丰富度指数在猕猴桃生长初期与速生期和生长后期有显著差异；不同生长时期相对丰富度大于1 %的菌门中，Cyanobacteria随着猕猴桃苗不断生长而逐渐减少，Actinobacteria、Latescibacteria、Acidobacteria的相对含量先升高后降低。【结论】猕猴桃苗根际土壤细菌群落组成和根际土壤养分发生变化受猕猴桃苗不同生长时期的影响，土壤根际主要养分和pH值是影响土壤根际细菌群落结构比例变化的重要因子。

以碧香早和茗丰作为研究对象，采用高效液相色谱等方法测定茶叶中的化学成分，并运用高通量测序技术对比分析不同茶树品种的鲜叶和根部的微生物群落。结果显示：碧香早和茗丰茶鲜叶的优势细菌门为Proteobacteria、Bacteroidetes等，优势细菌属为Chryseobacterium、Sphingomonas、Rhizobium、Methylobacterium和Aureimonas等；茶树根系中的优势细菌门主要是Proteobacteria、Actinobacteria和Firmicutes等，优势细菌属为Planococcaceae、Rhizobium和Sphingomona；碧香早叶片中内生菌群的丰富度高于茗丰的，茗丰根系中的内生菌丰富度高于碧香早的；茶树根系内生细菌的多样性高于茶鲜叶的；茶树根和叶的内生菌OTU数少于土壤微生物的；同源性分析表明，茶树叶片内生菌主要来源于叶表，而根部内生细菌主要来自土壤；茗丰鲜叶中的茶氨酸、氨基酸、可可碱、咖啡碱、儿茶素、没食子儿茶素没食子酸酯、表没食子儿茶素没食子酸酯、麦芽糖含量均显著高于碧香早的，碧香早鲜叶中的表没食子儿茶素、蔗糖含量和酚氨比显著高于茗丰的；相关性分析结果显示，部分关键细菌属的相对丰度与茶叶中的部分化学成分的含量呈显著正相关或负相关，推测不同的内生菌群可能参与了茶树品质成分的合成，从而影响茶叶的品质。

以碧香早和茗丰作为研究对象，采用高效液相色谱等方法测定茶叶中的化学成分，并运用高通量测序技术对比分析不同茶树品种的鲜叶和根部的微生物群落。结果显示：碧香早和茗丰茶鲜叶的优势细菌门为Proteobacteria、Bacteroidetes等，优势细菌属为Chryseobacterium、Sphingomonas、Rhizobium、Methylobacterium和Aureimonas等；茶树根系中的优势细菌门主要是Proteobacteria、Actinobacteria和Firmicutes等，优势细菌属为Planococcaceae、Rhizobium和Sphingomona；碧香早叶片中内生菌群的丰富度高于茗丰的，茗丰根系中的内生菌丰富度高于碧香早的；茶树根系内生细菌的多样性高于茶鲜叶的；茶树根和叶的内生菌OTU数少于土壤微生物的；同源性分析表明，茶树叶片内生菌主要来源于叶表，而根部内生细菌主要来自土壤；茗丰鲜叶中的茶氨酸、氨基酸、可可碱、咖啡碱、儿茶素、没食子儿茶素没食子酸酯、表没食子儿茶素没食子酸酯、麦芽糖含量均显著高于碧香早的，碧香早鲜叶中的表没食子儿茶素、蔗糖含量和酚氨比显著高于茗丰的；相关性分析结果显示，部分关键细菌属的相对丰度与茶叶中的部分化学成分的含量呈显著正相关或负相关，推测不同的内生菌群可能参与了茶树品质成分的合成，从而影响茶叶的品质。

为了研究云南不同地区烟草内生细菌的多样性及分布特征。在全省4个不同区域采集相同烟草品种33个样品,通过分离培养烟草内生细菌、16S r DNA序列分析获得不同烟区烟草内生细菌的多样性特征。从不同地区烟草叶片中共分离得到内生细菌372株,分别归属于11个属。以Bacillus属为优势菌群,已鉴定出7个种,包括B.pumilus,B.amyloliquefaciens,B.cereus,B.subtilis,B.flexus,B.simplex,B.megaterium;B.pumilus和Pantoea agglomerans类群细菌是4个地区共同的优势菌群;香农多样性指数由大到小依次为文山、大...

【目的】为了对施用生物炭后的烟叶细菌的种类变化进行全面而准确的调查。【方法】以烟叶为研究对象,设置4个处理:处1理为施用生物炭50 g/株(Y4.1);处理2为施用生物炭100 g/株(Y5.1);处理3为施生物炭150 g/株(Y6.1)和处理4不施用生物炭作为对照(Y1.1)。应用Illumina测序平台的Mi Seq高通量测序仪对施用生物炭后烟叶内生细菌的16S r DNA-V4区扩增子进行测序。并应用Qiime和Mothur等软件整理和统计样品序列数目和操作分类单元(OTUs)数量,分析物种的丰度

为揭示大田中丛枝菌根(AM)真菌对植物根围细菌群落的影响，本研究以甘草(Glycyrrhiza uralensis)为对象，设置接种摩西球囊霉(Glomus mosseae)、接种根内球囊霉(Glomus intraradices)和不接种对照(CK) 3个处理进行田间试验，采用高通量测序技术分析不同接种处理之间细菌群落多样性、结构、功能和形成差异的驱动因子。研究结果表明，接种AM真菌(Gi和Gm)显著改变了土壤养分含量，接种后速效磷含量和pH显著高于CK处理(P <0.05)，但Gi中糖类物质代谢和脂质代谢的功能菌的相对丰度显著低于Gm和CK，这表明Gi可能会抑制土壤糖类物质代谢和脂质代谢，并且AM真菌接种可能是通过影响甘草根围磷的有效性从而影响土壤细菌群落的分布。

【目的】明确健康与患根腐病草莓根际土壤、非根际土壤以及根内细菌群落组成与多样性。【方法】采用Illumina Miseq高通量测序技术，分别对草莓根际土壤、非根际土壤及根内细菌16S rRNA基因的V3-V4区进行扩增并测序，分析健康与患根腐病草莓根际土壤、非根际土壤及根内细菌群落结构与多样性。【结果】健康与患根腐病草莓土壤及根内细菌多样性丰富，健康草莓组共鉴定出细菌30个门、78个纲、131个目、238个科、489个属，患根腐病草莓组共鉴定出细菌30个门、78个纲、131个目、233个科、483个属。门水平上，变形菌门（Proteobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、放线菌门（Actinobacteria）和酸杆菌门（Acidobacteria）为根际和非根际土壤的优势菌门，放线菌门和拟杆菌门的相对丰度在健康与患根腐病草莓根际、非根际土壤中存在差异。根内样品中的优势菌门为变形菌门和蓝细菌门（Cyanobacteria），二者的相对丰度在健康与患根腐病草莓根内存在显著性差异。属水平上，鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas）、新鞘氨醇杆菌属（Novosphingobium）、伯克霍尔德菌属（Burkholderia）、链霉菌属（Streptomyces）、芽单胞菌属（Gemmatimonas）和芽孢杆菌属（Bacillus）为根际和非根际土壤的优势菌属，且在健康与患根腐病草莓土壤中各优势菌属的相对丰度均存在显著性差异。根内样品的优势属为链形植物属（Streptophyta），其相对丰度在健康与患根腐病草莓根内存在显著性差异。样本比较分析表明，健康与患根腐病草莓根内细菌群落结构差异大于根际和非根际土壤。【结论】草莓植株发生根腐病后根际土壤和根内细菌群落丰富度和多样性均有提高，而非根际土壤细菌群落丰富度和多样性下降。健康与患根腐病草莓根际、非根际土壤及根内细菌群落组成差异性显著，其中链形植物属、链霉菌属、伯克霍尔德菌属和芽孢杆菌属等可能是防治草莓根腐病的重要菌属。

通过研磨组织、稀释分离等方法，从巨菌草的健康叶片中分离、筛选出1株具有溶磷和分泌吲哚乙酸能力的内生细菌，命名为FJU3,并对其生理生化特性、16S rDNA序列进行测定和分子生物学鉴定，也研究了其对盆栽玉米的促生效果.结果表明：菌株FJU3具有一定的溶磷能力，其分泌吲哚乙酸的质量浓度达到了14.2 mg·L~(-1),且显著高于其他菌株；经形态特征和分子生物学鉴定该菌株为解淀粉类芽孢杆菌(Paenibacillus amylolyticus);菌株FJU3在产铁载体、接触酶、解硅酸盐等生理生化特性试验中均为阳性反应；玉米盆栽促生试验结果表明，促生效果比较显著的是地上部鲜质量和株高，与对照组相比，分别增加了76%和41%.

【目的】探究感病羊肚菌[Morchella esculenta (L.) Pers.]内生细菌的多样性、丰度及菌群功能。【方法】以健株羊肚菌为对照，提取感病程度为轻度、中度、重度及完全感病的羊肚菌内生细菌基因组总DNA，进行Illumina Miseq高通量测序，并对测序获得的内生细菌ASVs（Amplicon Sequence Variants）进行生物信息学分析，探究羊肚菌子实体感病过程中内生细菌的群落结构及其多样性。【结果】羊肚菌子实体内生细菌菌群丰度指数为：中度感病组>完全感病组>轻度感病组>重度感病组>健康组；多样性指数为：中度感病组>健康组>轻度感病组>重度感病组>完全感病组；均匀度指数为：健康组>重度感病组>轻度感病组>完全感病组>中度感病组。健株羊肚菌子实体内生细菌主要归类于变形菌门（Proteobacteria）和拟杆菌门（Bacteroidetes），其中假单胞菌属（Pseudomonas）和黄杆菌属（Flavobacterium）为健株羊肚菌内生细菌中的优势属，分别占健株羊肚菌子实体内生细菌总数的46.92%和41.07%。感病羊肚菌子实体中假单胞菌属相对丰度随感病程度增加呈上升趋势，至重度时超过95%，而黄杆菌属相对丰度呈下降趋势，至重度时低于3%。此外，所有感病子实体中均有厚壁菌门（Firmicutes）的内生菌。【结论】对羊肚菌子实体内菌群的平衡调控，如对假单胞菌属内生细菌的抑制及黄杆菌属内生细菌的促生，可能有助于降低羊肚菌大面积病害和减产，保障羊肚菌稳产。

【目的】探究三七不同部位内生细菌群落多样性。【方法】采用高通量测序技术对三七内生细菌16S rRNA基因V5～V7区进行序列测定,并对三七不同部位内生细菌多样性进行生物信息学分析。【结果】在三七的根、茎和叶中分别获得了385、206和226个OTU,3个部位中相同的OTU数为167个,占比19.04%。归类物种分类结果表明,叶部内生细菌种类归属于16门27纲74目134科222属,优势属为Cutibacterium和劳尔氏菌属(Ralstonia),分别占28.70%和14.57%;茎部内生细菌种类归属于12门20纲58目108科178属,优势属为假单胞菌属(Pseudomonas),占45.50%;根部内生细菌种类归属于19门24纲75目137科202属,优势属为Burkholderia-Caballeronia-Paraburkholderia和埃希氏-志贺菌属(Escherichia-Shigella),分别占24.78%和21.94%。从整体结果看,根部物种的丰度高于茎部和叶部。【结论】三七不同部位的内生细菌含有丰富的群落多样性,但不同部位的丰度不同,整体表现为根>叶>茎,且各部位的优势属并不相同,部分优势属细菌具有一定的功能作用,可进一步的开发利用。通过对三七不同部位内生细菌多样性进行研究,为后续筛选生防菌株奠定基础。

采用Ashby和Nfb无氮培养基从巨菌草成熟期根部分离得到1株具有高效固氮性能的内生固氮菌GN02,其在分离的菌落中所占比例最高,且酶活性较高.经16S rDNA序列鉴定,该菌株与克雷伯氏菌属各菌株同源性关系可达99%,结合其形态、生理生化特征,初步鉴定为变栖克雷伯氏菌(Klebsiella variicola).在含氮源的KP培养基中菌株GN02的生长情况明显优于无氮源的Ashby培养基.菌株GN02在KP培养基中的最优培养条件为:温度37.1℃,pH 5.6,蔗糖25.6 g·L~(-1),在此条件下其D_(600 nm)能达到1.48,比优化前提高了22.31%.响应面优化所得到的培养条件重复性好,准确、可靠.

种子是微生物从母本植物到子代植物的传播介质,将有益微生物代代相传。种子传播的微生物存在于植物不同部位,为寄主植物提供了一系列的益处。以往种子微生物研究主要集中于农作物,鲜有关于草地植物的研究。本研究利用Illumina-Miseq DNA测序技术,对青藏高原高山草甸8种优势植物的种子微生物群进行多样性分析。结果表明:8种草地植物的种子中有多种细菌和真菌(115个细菌属和135个真菌属),且细菌和真菌群落均存在显著差异(P <0.05)。8种草地植物的优势种细菌门和真菌门分别为Proteobacteria和Ascomycota。在8种草地植物的种子中均发现了细菌属Pseudomonas、Pantoea和Ochrobactrum及真菌属Botrytis、Bullera和Didymella。另外,在8种草地植物的种子中有其独特的细菌和真菌属。本研究表明,植物的个体特征是塑造种子微生物群落的重要因素,同时还发现了一些有利于寄主植物生长且可用于未来种子微生物组调控的微生物。

【目的】本文研究了不同苎麻品种根际土壤细菌群落组成和多样性的变化。【方法】利用Illumina平台Miseq高通量测序技术结合相关生物信息学对深根型、中根型、浅根型苎麻根际土壤细菌进行高通量测序及分析。【结果】测序共获得230 664个OTUs,257 100条读数,平均读长420 bp。Venn图表明不同处理之间共有的细菌OTU数目为459个,深根型苎麻与中根型苎麻共有的细菌类群最多。深根型苎麻Chao指数显著高于浅根型苎麻13.86%,与中根型苎麻差异不显著。深根型苎麻Shannon指数显著高于中根型

【目的】对半红树药用植物杨叶肖槿（Thespesia populnea）内生真菌的多样性及其抑菌活性进行研究，为开发生态友好型抗菌剂提供参考依据。【方法】采用形态学和分子生物学相结合的方法，对广西北部湾沿海杨叶肖槿茎、叶和树皮组织中的内生真菌进行分离鉴定。选用从柿树、核桃、荔枝中分离的炭疽菌（Colletotrichum）、香蕉枯萎病菌尖孢镰刀菌古巴专化型FOC1(Fusarium oxysporum f. sp. cubense 1）和FOC4（Fusarium oxysporum f. sp. cubense 4)、黄瓜瓜链格孢菌（Alternaria cucumerina）6种植物病原真菌、白骨壤内生真菌链格孢菌（Alternaria alternata）和罗非鱼海豚链球菌（Streptococcus iniae）为指示菌，通过平板对峙法和滤纸片法对杨叶肖槿内生真菌提取物进行抗真菌和抗细菌活性筛选。【结果】从杨叶肖槿中共分离纯化出60株内真生菌，分属于5个属25个种。其中，炭疽菌属（Colletotrichum）和间座壳属（Diaporthe）为优势菌属，分离率为48.33%和26.67%；其余菌属分别是葡萄座腔霉属(Botryosphaeria)、亚隔孢壳属(Didymella)和小隐孢壳属(Cryptosporella)，对应的分离率为15.00%、6.70%和3.33%。从杨叶肖槿树皮组织分离到的菌株最多，共分离到4个属23株菌，占总分离量的38.33%；其次为叶片组织（31.67%）和茎组织（30.00%）。发现12株内生真菌与NCBI数据库已公布ITS rDNA序列相似性低于95.00%，为潜在新种。抑菌结果表明，炭疽菌J1-20对8种指示菌均有较强的抑菌活性，对柿树炭疽菌、核桃炭疽菌、荔枝炭疽菌、香蕉枯萎病菌FOC1和FOC4、黄瓜瓜链格孢菌、白骨壤链格孢菌的抑菌率分别为39.39%、25.00%、19.10%、32.43%、28.20%、89.00%和74.19%，对罗非鱼海豚链球菌的抑菌圈为21.00 mm。【结论】杨叶肖槿内生真菌多样性丰富，分布较均匀。其中J1-20菌株对8种指示菌具有广谱抑菌性，有较好的开发潜力。