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[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
干思宸 师悦 梁立军
【目的】为山麦冬Liriope spicata果实花青素生物合成研究筛选最佳内参基因。【方法】基于山麦冬转录数据，通过变异系数以及变化倍数初步筛选出山麦冬15个候选内参基因。以幼果期和成熟期山麦冬果实为材料，利用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)技术测定候选内参基因的表达，采用ΔCt值法、geNorm、NormFinder和BestKeeper等软件包分析候选基因的表达稳定性，最后选取来自6个基因家族(C4H、CHS、MT、UFGT、MYB和bHLH)的10个目的基因(C4H、CHS-1、CHS-2、MT、UFGT-1、UFGT-2、MYB-1、MYB-2、MYB-3、bHLH)，对所选内参基因组合进行验证。【结果】4种方法分析得出的候选内参排序存在一定差异，需综合4种方法的几何平均值作为综合排序。根据geNorm软件推荐的最适内参数目为4个，即CNNM、GPR107、EF1-α、G6PD-2最稳定，PDP最不稳定。对10个目的基因表达量标准化验证发现：以CNNM、GPR107为内参组合与选用4个基因作为内参组合无显著差异，相关系数可达0.999 9，且选用双内参组合比4个内参组合的可操作性强，而不适合的内参基因(PDP)会对RT-qPCR结果产生严重偏差。【结论】以CNNM、GPR107作为组合是山麦冬果实花青素生物合成研究的最佳内参基因。图6表5参39
[期刊] 华北农学报
[作者]
李珍 刘金兵 刁卫平 王述彬 潘宝贵 戈伟 郭广君
为了明确辣椒花青素生物合成途径中相关基因的表达调控模式,选取3种不同果实颜色的辣椒品系(紫晶、淡紫、水晶)为试材,提取果实不同发育阶段的RNA并反转录成cDNA,利用qRT-PCR技术分析相关基因(CHS、CHI、F3H、F3'5'H、DFR、ANS、UFGT、ANP、GST)在不同辣椒材料果实不同发育阶段的表达情况。结果显示:CHS、CHI在3种材料果实发育过程中表达量都很少且无规律可循,F3H在淡紫、紫晶中表达量较高,且在果实发育的第15~20天时出现较大峰值,与之相比在水晶中的表达量可以忽略不计。F3'5'H、ANP、GST、DFR、UFGT在3种材料中相对表达量随着果实的发育分别呈现同...
关键词：
辣椒 花青素 生物合成 表达分析
[期刊] 华北农学报
[作者]
张之为 范俊臣 康立茹 贾瑞芳 田再民 赵君
为了探索马铃薯小G蛋白StRab5b与花青素合成之间的关系，利用农杆菌介导的遗传转化，将StRab5b基因在马铃薯中超表达后，研究StRab5b基因对马铃薯花青素含量和PAL活性的影响。结果表明，超表达StRab5b基因显著增加了马铃薯叶片、茎段和薯块中的花青素含量。与对照相比，转基因马铃薯植株StRab5b-L2、StRab5b-L3和StRab5b-L5叶片花青素含量分别增加了42%,24%,54%,茎段中花青素含量分别增加了59%,37%,32%,薯块中花青素含量分别增加了118%,82%,105%;同时，StRab5b基因对植物花青素合成关键酶PAL活性也有促进作用，与对照相比，转基因马铃薯植株StRab5b-L2、StRab5b-L3和StRab5b-L5叶片PAL活性分别增加了88%,63%,66%,茎段中PAL活性分别增加了48%,38%,31%,薯块中PAL活性分别增加了98%,78%,64%。综上所述，小G蛋白StRab5b通过调控PAL活性，增加了马铃薯中花青素的含量。
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
曹睿彬 杨俊杰 罗常莎 姜小龙 徐刚标
【目的】对青冈栎原花青素（缩合单宁）合成基因进行鉴定及生物信息学分析，可为青冈栎果实资源开发利用和品种改良奠定分子基础。【方法】基于已公布的青冈栎全基因组测序数据，利用生物信息学方法对原花青素合成基因进行鉴定，并分析其蛋白质序列、染色体定位、种间共线性、基因结构及系统发育关系。【结果】青冈栎中11种原花青素合成基因有42个家族成员，分布在11条染色体上；蛋白质理化性质在具有多拷贝数的QgPAL、QgC4H、Qg4CL、QgF3′H基因家族成员间存在差异；Qg4CL8、Qg4CL14、Qg4CL17、QgF3’H2、QgC4H4蛋白具有2～3个跨膜区域，表明这些蛋白可能在细胞内外信号转导中发挥重要作用；基因家族成员在栎属中进化比较保守，通过栎属古老的全基因组复制及串联重复和片段重复扩张；QgPAL2～QgPAL6和Qg4CL15基因分别与拟南芥中参与原花青素合成的AtPAL1～2和At4CL3聚为同一分支，可能在原花青素生物合成中发挥重要作用；Qg4CL基因家族在系统发育树中进化出新的分支，其家族成员表现出基因结构的多样性，并在4CL基因的高度保守基序中发生氨基酸位点的突变，推测这些基因可能因进化出新功能而被保留下来。【结论】青冈栎原花青素合成基因通过多种复制方式进行扩张，复制基因在栎属中相对保守，在青冈栎中表现出理化性质、蛋白结构和进化模式的多样化。采用生物信息学方法分析了原花青素合成基因的特征和进化模式，这为深入解析栎属植物单宁合成机制奠定了分子基础。
[期刊] 林业科学研究
[作者]
杨英英 赵林姣 杨桂娟 张玉 付鹏跃 胡继文 刘莹 王楠
[目的]筛选不同叶色部位稳定表达的内参基因,为后期开展‘麦缘锦楸’叶色形成的分子机制奠定基础。[方法]以‘麦缘锦楸’不同叶色部位及灰楸对应部位叶片为材料,利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术检测了7个候选基因(CfUBC、CfActin11、CfPP2A、CfMADH、CfGADPH、CfEF-1及CbuActin)的相对表达量,利用GeNorm、NormFinder和BestKeeper等分析软件对内参基因进行了稳定性评价。分析了‘麦缘锦楸’和灰楸不同叶色部位中萜类合成相关基因(CfGES)的表达模式,验证了上述稳定性评价结果的可靠性。[结果]7个候选内参基因在‘麦缘锦楸’和灰楸叶片中均具有作为内参基因的性能,其中,CfMADH和CfEF-1在不同叶色部位的表达量最稳定,CfGADPH和CfActin11次之,CfUBC最差。以萜类合成相关基因CfGES验证内参稳定性发现,单独或组合使用CfEF-1及CfMADH为内参基因时,CfGES的表达差异与转录组数据趋势一致。[结论]单独或组合使用CfMADH和CfEF-1来校准‘麦缘锦楸’不同叶色部位的基因表达量,可显著提高实验结果的可靠性。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
汤睿 雷雨婷 任春梅
以拟南芥Col–0(CK)和酪氨酸降解最后一步缺陷突变体sscd1为试验材料,采用外源尿黑酸处理幼苗,研究尿黑酸对花青素生物合成的影响。结果显示:外源尿黑酸能诱导拟南芥幼苗花青素的积累,而且在sscd1突变体中花青素的积累效果更显著;荧光定量PCR分析发现,尿黑酸处理能促进花青素生物合成基因(包括花青素生物合成的下游基因DFR、LDOX、UF3GT和上游基因PAL、CHI、CHS)的表达,且在sscd1突变体中,这些基因表达上调的幅度更大。以上结果表明,尿黑酸处理能激活花青素生物合成途径,从而促进花青素的积累;酪氨酸降解最后一步缺陷能促进尿黑酸诱导花青素的生物合成。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
唐秀华 孙威江 洪瑶新 谢凤 陈佳佳 陈志丹
采用实时荧光定量PCR技术检测不同叶色茶树嫩梢中花青素合成相关基因的表达水平,并比较各基因表达水平的差异.结果表明,桂皮酸-4-羟化酶(C4H)、类黄酮-3′-羟化酶(F3′H)和花青素合成酶(ANS)等结构基因在紫化茶树品种(系)的相对表达量显著高于白化茶树和常规绿叶茶树.紫化茶树因富含花青素呈紫红色,因此可推测C4H、F3′H和ANS等基因可能正向调控茶树花青素的合成与积累.
关键词：
茶树 花青素 结构基因 表达分析
[期刊] 林业科学研究
[作者]
周琳 袁梦 齐宇 张梦杰 王雁
[目的 ]分析牡丹花青素苷合成关键基因PsDFR启动子的顺式作用元件及活性，为进一步研究PsDFR启动子的功能及其在牡丹花色形成中的调控机制奠定基础。[方法 ]以‘黑花魁’牡丹花瓣中提取的基因组DNA为模板，通过染色体步移法克隆PsDFR的启动子序列。利用生物信息在线软件预测分析启动子序列的顺式作用元件。构建5个不同长度缺失启动子与GUS基因融合的表达载体，并瞬时转化烟草叶片，通过GUS组织化学染色和酶活性检测分析缺失启动子的活性，及其对脱落酸（ABA）、茉莉酸甲酯（MeJA）、光照等不同胁迫处理的响应。[结果 ]克隆得到PsDFR上游1 687 bp的启动子序列。生物信息学分析发现PsDFR启动子含有多个光信号、激素响应、逆境响应及组织特异表达等顺式作用元件，这暗示PsDFR的表达可能受光信号、激素和胁迫等多种信号的共同调节。GUS组织化学染色和酶活性检测表明，随启动子片段的缩短，启动子活性逐渐下降，-1 623至-916区段对于启动子活性具有重要作用。MeJA和黑暗处理对各启动子片段活性均有显著抑制作用，恢复光照可促使启动子活性明显回升，而参与ABA响应的核心调控区域位于-443至-76 bp。[结论 ] PsDFR启动子含有多个光信号、激素响应、逆境响应及组织特异表达等顺式作用元件，其活性受光的正调控以及MeJA的负调控；-1 623至-916 bp间的区域对于启动子活性具有重要作用，-443至-76 bp是响应ABA处理的核心区域。该研究为进一步揭示PsDFR应答环境信号参与牡丹花色形成的分子调控机制提供参考。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
隋哲 程旭 王海燕 余海忠
【目的】以襄麦冬(Liriope spicata var.prolifera Y. T. Ma)为对象，通过转录组学技术筛选、发掘相关功能基因，以期解析襄麦冬块根中甾体皂苷的生物合成。【方法】选取襄麦冬始见期块根样本和膨大期块根样本，使用转录组测序、序列注释分析、RT-qPCR等技术，验证并筛选多个与甾体皂苷合成相关的关键基因。【结果】共获得2个襄麦冬转录组的多条高质量序列(始见期样本59 405 731条；膨大期样本71 478 348条),共88 239条被注册到GO、COG、KOG、KEGG等数据库中。其中，通过GO数据库注释了42 388条拼接序列(分为3大类60个功能亚类),并在2个襄麦冬转录组中发现5563个差异表达基因；通过比对COG/KOG数据库，发现10 077条序列可注释到23个COG类群，8187条序列可注释到25个KOG类群，均与襄麦冬块根的生长及代谢有关。基于KEGG数据库的代谢通路分析表明，26 626条拼接序列可映射到不同的KEGG途径中，1981个差异表达基因被映射到227条KEGG途径；进一步筛选出43个可能参与甾体皂苷生物合成的差异表达基因后，并选取其中8个关键基因进行qRT-PCR验证。8个基因在襄麦冬不同生长时期表现出不同的表达量，与甾体皂苷合成有关的基因表达上调，且表达差异与转录组分析结果一致。该结果进一步验证了甾体皂苷在襄麦冬块茎中的生物合成途径，同时说明甾体皂苷的合成代谢与襄麦冬生长阶段性之间的相关性。【结论】初步揭示与襄麦冬甾体皂苷生物合成有潜在关联的基因和代谢通路，为今后进一步研究襄麦冬甾体皂苷的主要关联基因及代谢通路的功能以阐明其合成机理奠定了基础。
关键词：
襄麦冬 甾体皂苷 合成酶基因 转录组解析
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
解宇洁 薛婧 姜晓东 殷辉 赵晓军 冯铸 李新凤
为筛选藜麦在霜霉病菌胁迫下稳定表达的内参基因，通过实时荧光定量PCR技术以及geNorm、NormFinder、BestKeeper和RefFinder软件分析和评价8个候选内参基因在藜麦霜霉病菌胁迫下的表达稳定性，并通过对CqSGAT基因进行表达分析，进一步验证候选内参基因的稳定性。geNorm、NormFinder、BestKeeper和RefFinder软件分析结果均显示，藜麦在霜霉病菌胁迫下稳定性较好的内参基因为CqEF-1a、CqMON1和CqRPS18；geNorm软件分析结果显示，藜麦在霜霉病菌胁迫下最适候选内参基因为CqEF-1a和CqRPS18；以CqSGAT为目标基因对候选内参基因进行验证，发现CqMON1不适合作为藜麦在霜霉病菌胁迫下的内参基因。综上，藜麦在霜霉病菌胁迫下的最适内参基因为CqEF-1a和CqRPS18。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
解宇洁 薛婧 姜晓东 殷辉 赵晓军 冯铸 李新凤
【目的】筛选藜麦在霜霉病菌胁迫下稳定表达的内参基因，为深入开展藜麦抗霜霉病菌相关基因表达的研究提供依据。【方法】通过实时荧光定量PCR技术以及geNorm、NormFinder、BestKeeper和RefFinder软件分析和评价8个候选内参基因在藜麦霜霉病菌胁迫下的表达稳定性，并通过对CqSGAT基因表达进行分析，进一步验证候选内参基因的稳定性。【结果】geNorm、NormFinder、BestKeeper和RefFinder软件分析结果均显示，藜麦在霜霉病菌胁迫下稳定性较好的内参基因为CqEF-1a、CqMON1和CqRPS18;geNorm软件分析结果显示，藜麦在霜霉病菌胁迫下最适候选内参基因为CqEF-1a和CqRPS18;以CqSGAT为目标基因对候选内参基因进行验证，发现CqMON1不适合作为藜麦在霜霉病菌胁迫下的内参基因。【结论】藜麦在霜霉病菌胁迫下的最适内参基因为CqEF-1a和CqRPS18。
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
赵雨 林琳 王群 张国哲 王杰 尚林雪 洪思丹 马清清 顾翠花
【目的】为黄薇Heimia myrtifolia不同组织及不同干旱胁迫下基因表达分析筛选最适内参基因。【方法】选取黄薇盛花期的根、茎、叶、花，以及5种不同干旱处理的叶片作为实验材料，借助RT-qPCR技术对黄薇转录组数据筛选的9个候选内参基因进行分析，并利用软件geNorm、BestKeeper、NormFinder和RefFinder综合评价候选基因的表达稳定性。最后选取2个与胁迫相关的基因CSLD和SOD，对所选内参基因进行验证。【结果】geNorm、BestKeeper和NormFinder分析得出的候选内参基因排序存在一定差异。利用在线软件RefFinder对上述3个软件的结果综合分析得出：在不同组织中，最稳定的内参基因为GAPDH，最不稳定的内参基因为TUA；在干旱胁迫中，最稳定的内参基因为GAPDH，最不稳定的内参基因为TUB。在全部样本中，最稳定的内参基因为GAPDH，最不稳定的内参基因为18S RNA。对不同组织和干旱胁迫下的CSLD和SOD基因表达模式进行验证表明：上述2个基因与筛选所得内参基因的表达量和变化趋势均较为一致。【结论】在不同组织和干旱处理后，GAPDH是最适合黄薇基因表达的内参基因。图4表4参33
关键词：
黄薇 实时荧光定量PCR 内参基因
[期刊] 中国农业科学
[作者]
贾小云 刘慧 沈洁 李芳 丁娜 孙岩 高昌勇 李润植
【目的】深入解析番茄mi R828的生物学功能,特别是参与番茄缺磷胁迫响应和花青素生物合成的调控作用。【方法】分别利用ps RNATarget和RLM-5′RACE预测和验证mi R828在番茄中的靶基因。用Meg Align和MEGA5对番茄Sl MYB7-like与部分R2R3 MYB转录因子氨基酸序列进行了多重比对和进化树分析。用q RT-PCR分析mi R828及其靶基因Sl Myb7-like在AC、Micro Tom和LA1996 3个不同番茄种质中的表达和mi R828在番茄(AC)中的组织特异性表达模式。以mi R828过表达转基因番茄和野生番茄为材料,设置正常供磷(+Pi,M...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
贾小云 刘慧 沈洁 李芳 丁娜 孙岩 高昌勇 李润植
【目的】深入解析番茄ｍｉ Ｒ８２８的生物学功能，特别是参与番茄缺磷胁迫响应和花青素生物合成的调控作用。【方法】分别利用ｐｓ ＲＮＡＴＡＲｇｅＴ和ＲＬｍ－５′ＲＡＣｅ预测和验证ｍｉ Ｒ８２８在番茄中的靶基因。用ｍｅｇ ＡＬｉｇＮ和ｍｅｇＡ５对番茄ｓＬ ｍＹＢ７－Ｌｉｋｅ与部分Ｒ２Ｒ３ ｍＹＢ转录因子氨基酸序列进行了多重比对和进化树分析。用ｑ ＲＴ－ｐＣＲ分析ｍｉ Ｒ８２８及其靶基因ｓＬ ｍＹＢ７－Ｌｉｋｅ在ＡＣ、ｍｉＣＲｏ Ｔｏｍ和ＬＡ１９９６ ３个不同番茄种质中的表达和ｍｉ Ｒ８２８在番茄（ＡＣ）中的组织特异性表达模式。以ｍｉ Ｒ８２８过表达转基因番茄和野生番茄为材料，设置正常供磷（＋ｐｉ，ｍ．．．
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