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[期刊] 中国农业科学
[作者]
王琳 李新凤 徐玉梅 畅引东 王建明
【目的】通过对镰孢菌(Fusarium)ITS、EF-1α和β-tubulin 3个基因序列比较分析,筛选适合于镰孢菌种类鉴定的基因序列,并以此序列分析山西省植物病原镰孢菌种群分布及遗传变异情况。【方法】从2013—2015年在山西省11市28县(区)采集分离的625株镰孢菌菌株中选取形态学清晰的菌株进行ITS、EF-1α和β-tubulin基因序列联合分析,运用Sequencher软件对序列进行拼接和校对,将测序结果与NCBI及FUSARIUM-ID数据库中所有已公布的序列进行BLAST分析,结合下载概
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
傅建敏 索玉静 张嘉嘉 谭晓风
基于柿属植物Diospyros spp.叶绿体全基因组测序结果,开发cpDNA分子标记,并利用16份柿属材料对其在种间及柿种内的可行性进行验证。结果表明:4个cpDNA标记在16份柿属植物中分别检测到31、27、7、25个变异位点,简约信息位点分别为14、5、2、13个。分别对4个标记进行聚类分析表明:CP1标记可以将11份柿品种与5个柿的近缘种完全分离,且柿与油柿距离最近,表明该标记适用于柿属植物种间资源鉴定和遗传变异分析,但不适用于柿种内;CP2、CP3、CP4标记均不能将柿品种与柿近缘种完全区分,但
[期刊] 林业科学
[作者]
李河 李杨 徐建平 周国英
【目的】研究海南省油茶树及其他寄主植物炭疽病菌果生刺盘孢菌群体遗传结构、群体遗传多样性及单倍型地理分布，探索海南地区不同寄主植物炭疽病菌的分子遗传变异规律。【方法】利用单孢分离法对采集自海南省南圣镇、通什镇、枫木林场和澄迈林场４个地区９种不同寄主植物的炭疽病病叶进行炭疽菌分离，并对每个菌株ＩＴＳ，ＣＡＬ和ＧＡＰＤＨ ３个基因进行ＰＣＲ扩增和测序，按顺序对３个基因的序列进行拼接，然后采用Ｇｅｎ ＡＬｅｘ６，ＤｎＡ ＳＰ ５．０，ＴＣＳ１．２１和ＭｅＧＡ６．０软件分别对数据进行分析。【结果】分离、鉴定共获得１２个病菌种群的１０８个果生刺盘孢菌病菌样品，可推导出１８种单倍体型（ＨＡＰＬｏＴｙＰｅ），．．．
[期刊] 华北农学报
[作者]
唐琳 赵辉 高增贵
采用形态学和现代分子生物学方法,对河南省豫西地区农田土壤镰孢菌种群多样性进行了分析。通过鉴定,共得到了9个种的镰孢菌,分别为尖孢镰孢菌、半裸镰孢菌、轮枝镰孢菌、禾谷镰孢菌、层生镰孢菌、锐顶镰孢菌、黄色镰孢菌、木贼镰孢菌和茄腐镰孢菌。系统发育学分析结果表明:镰孢菌属真菌18S rDNA-ITS和EF-1α基因序列均具有一定的同源性和丰富的遗传多态性,其中李瑟组镰孢菌轮枝镰孢菌、层生镰孢菌、黄色镰孢菌种间18S rDNA-ITS基因序列存在着较高的同源性,不能正确地表现镰孢菌属种一级分类单元的特征;而延伸因子EF-1α基因序列却较好地表现出了供试菌株种一级的关系,说明镰孢菌延伸因子EF-1α基因序...
关键词：
镰孢菌 种群多样性 系统发育学
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
孙常青 屈非 王晋 韵晓冬 李新凤
为明确美丽组尖孢镰孢菌和李瑟组镰孢菌种间和种内的差异与亲缘关系,以采自不同寄主的57株镰孢菌(Fusarium)为研究对象,采用ISSR-PCR标记技术对其进行遗传多样性分析,结果表明:利用11条引物对供试的3种菌株进行ISSR-PCR扩增,共扩增出121条条带,其中多态性位点为117个,多态性比例为96.7%,平均每条引物产生条带为11条。说明镰孢菌基因组DNA的SSR区域具有明显的多态性,镰孢菌的遗传多样性采用ISSR技术是可行的分析。聚类分析结果表明:57个菌株间的遗传相似系数为0.568～0.992,当相似系数为0.568时,供试菌株可明显分为两大类群,第一类群IG-I为1～35,全部为美丽组尖孢镰孢菌,第二类群IG-II为36～57,全部为李瑟组镰孢菌;第二类群又可以分为两大亚类群,第一亚类为轮枝镰孢菌,第二亚类为层生镰孢菌。ISSR类群划分与镰孢菌菌种分类之间具有一定的相关性,而与其地理来源无相关性。本研究镰孢菌种间与种内均表现出明显的遗传差异。
[期刊] 水产学报
[作者]
谭杰 孙慧玲 刘萍 杨爱国 燕敬平 刘志鸿 周丽青
运用微卫星DNA技术对仿刺参烟台群体、威海群体、大连群体的3个野生群各20个个体进行了遗传分析。对9个基因位点进行了扩增,共获得了59个等位基因。评估了9对微卫星引物的多态信息含量(PIC),范围在0.5129~0.8794之间。结果表明:3个野生群体的平均杂合度观测值分别为0.6416、0.6595、0.5824,平均杂合度期望值分别为0.7641、0.7161、0.7364;在Hardy-Weinberg平衡条件下,进行了P检验,发现3个群体均有位点发生了显著偏离;对3个群体进行了配对Fst值计算,发现3个群体之间遗传分化较弱。从变异贡献率来看,95.68%的变异来自个体之间,4.32%的...
关键词：
仿刺参 地理群体 遗传变异 微卫星DNA
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
陈新宇 孟景祥 周先清 袁虎威 钮世辉 李悦
【目的】针叶作为松树生命活动的重要器官,其不同地理种群的形态解剖特征与生理指标的关联尚待阐明,两者间联系可以为认识油松适应性变异提供新的视角。【方法】本研究在对来自油松全分布区不同生境的8个地理种群田间对比试验基础上,分析了4年生苗木次生针叶形态解剖指标、蒸腾与光合生理指标变异及两类指标间的相关关系。【结果】(1)针叶粗细、维管束、气孔和树脂道指标在地理群体间存在显著遗传变异;(2)各生理指标在地理种群间有极显著遗传差异;(3)针叶的净光合速率、蒸腾速率和胞间CO_2浓度与形态解剖指标均存在不同紧密程度的正相关;(4)种群的胞间CO_2浓度与产地年降水和1月均温与年降水比值呈显著正相关,气孔限制值与年降水量和1月均温/年降水量成显著负相关;(5)种群针叶的气孔线数与经度成显著正相关,而树脂道数与经度显著负相关,但与海拔成显著正相关;树脂道面积和叶肉面积比值与经度和纬度成显著负相关。【结论】遗传相对稳定的针叶形态解剖指标差异可在一定程度上反映地理种群间的光合生理差异,种群间存在针叶气孔量和调节能力随降水量及其维持力减低而提高趋势,树脂道数量及相对截面积随降水量降低而降低的适应性进化趋势。该发现为认识针叶形态解剖特性与光合生理指标关系,松种的适应性进化以及遗传改良提供了理论参考。
[期刊] 林业科学研究
[作者]
刘宇 郑勇奇 李长红 林富荣 黄平
[目的]本研究旨在分析刀状黑黄檀基因组基本特征，发掘一套多态性好、重现性高的基因组SSR分子标记并用于评估其野生种群遗传变异程度。[方法]利用二代测序（NGS）方法初步评估刀状黑黄檀基因组大小、杂合度和重复序列；利用MISA对基因组上潜在的SSR位点进行检索，解析SSR类型与特征；利用Primer Premier v 5.0设计合成300对引物，通过琼脂糖凝胶电泳、非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳对潜在的SSR位点进行初筛与复筛，最后采用荧光标记毛细管电泳进行SSR位点多态性与种群遗传多样性分析。[结果]刀状黑黄檀基因组特征分析结果显示：其基因组大小约为706.92 Mb，杂合度为1.26%，重复序列比率为55.74%。通过筛选实验，发掘了27个具有良好多态性的SSR标记，并进行了验证。结果显示27个SSR位点共扩增得到117个等位基因，多态性信息含量（PIC）介于0.149～0.803。对3个野生种群遗传多样性分析结果显示：种群水平的平均期望杂合度（H_e）为0.504，遗传分化系数（F_(ST)）为0.034;AMOVA分析显示：种群间变异占比3.46%，种群内变异占比96.54%，这表明遗传变异主要来源于种群内。[结论]刀状黑黄檀基因组属于高杂合、高重复的复杂基因组，研究结果为制定基因组精细组装策略提供了参考依据；发掘与验证的27个SSR标记具有较好的多态性与扩增稳定性；3个野生种群具有中等遗传多样性和较低的遗传分化，本研究为开展刀状黑黄檀的种质资源收集保存与分析评价提供科学依据。
[期刊] 林业科学研究
[作者]
朴春根 Kim Kyung-hee Lee Sang-hyun Lee Seung-kyu Moon Byung-ju
用RAPD方法,对来自韩国、美国和中国的26个栗疫病菌菌株进行了遗传变异分析。使用筛选的12个随机引物,共扩增了115个0.19～3.1 kb大小的扩增片段,其中多态性片段占61.7%。聚类分析结果,相似系数为0.92时,26个菌株分为两大组,一组由21个菌株组成,包括大部分韩国菌株和美国菌株;另一组包括部分韩国菌株和中国菌株。表明美国菌株和大部分韩国菌株的遗传相似性很高,部分韩国菌株有较大的变异,而中国菌株则表现出了遗传上的远缘关系。
关键词：
栗疫病 寄生隐丛赤壳 栗树 遗传变异
[期刊] 华北农学报
[作者]
袁洪波 艾尼江 赵建军 陈天子 杨郁文 刘蔼民 张保龙
从新疆北部石河子棉区分离纯化得到15个棉花黄萎病菌菌系,对其生物学培养特征、致病力、致病类型以及ISSR遗传变异进行了分析。菌株培养特征表明,在供试15个菌株中,菌丝型菌株最多,其次是菌核型,中间型最少,3种类型分别占60%,26.7%,13.3%。以2个棉花品种为寄主,室温人工接种鉴定菌株的致病力,结果表明,供试菌株存在明显的致病力分化,按照平均病情指数将供试菌株划分为强、中、弱3个类型,分别占73.3%,26.7%,0%。特异性引物(ND1/ND2和D1/D2)PCR检测结果显示,供试菌系中落叶型菌系有5个,占33.3%,非落叶型菌系有10个,占66.7%,其中落叶型菌株的平均致病力高于非...
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
贺快快 武文斌 张子杰 胡现铬 韩方旭 钮世辉 李悦
【目的】本研究旨在揭示与阐明北京主要油松人工林种群的遗传多样性、遗传结构与亲缘关系,引种地对种群遗传结构及生长的影响,尝试追溯其可能的种源,为北京地区油松人工林培育与种质遗传管理提供参考。【方法】试验采用7对多态性高且扩增稳定的核基因组EST-SSR引物,以北京地区20世纪营造的油松人工林8个种群和皇家园林的古油松3个种群及山西省五大山系的油松种群为试验对象,分析种群遗传多样性、遗传结构和种群间的遗传距离等。【结果】结果表明:3类种群中,北京人工林种群间遗传结构差异最大(F_(ST)=0.066),山西五山系群体间遗传结构差异次之(F_(ST)=0.033),古油松种群遗传结构差异最小(F_(ST)=0.023);北京油松人工林和古油松种群均偏离Hardy-Weinberg平衡,且呈现杂合子过剩状态,其中古油松种群杂合子过剩更多;在遗传距离0.020处北京人工林、古油松和山西五山系共16个油松种群聚为3类,各种群之间的遗传距离较近,遗传差异较小,相似程度较高;EST-SSR位点J10、J20、J42和J50在北京人工林、古油松和山西五山系中位点扩增频率差别大可用于未知种源的油松种群种源溯源。【结论】北京油松人工林种群较古油松种群有更丰富的遗传多样性和更大的遗传结构差异;外来种质在引入地胁迫生境下的适合度差异导致部分植株被淘汰,因此保留下来的种群遗传结构发生一定程度的改变;试验为后续北京地区油松人工林的评价、培育和种质种源管理打下了基础。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
王果 胡正 张保缺 王成社 张辉
【目的】明确山西省野生大豆的遗传多样性程度及其数量性状多样性的地理分布,为山西省野生大豆种质资源的利用和保护提供依据。【方法】以山西省已编目入库的544份野生大豆为材料,对其质量性状、数量性状及SSR标记进行遗传多样性分析。【结果】研究的8个质量性状,山西省半野生大豆的遗传多样性高于野生大豆;太原材料的遗传多样性高于山西省材料。4个数量性状的研究结果显示,野生大豆的变异程度高于半野生大豆,山西材料的变异程度高于太原材料;初步推断37～38°N、112～113°E经纬小区为山西省野生大豆数量性状的多样性中心。利用30对SSR引物分析了49份山西太原野生大豆材料,共检测到208个等位变异,每个SS...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
马波 姜作发 霍堂斌
下游黑龙江茴鱼(Thymallus tugarinae)为黑龙江水系中国境内茴鱼属(Thymallus)新纪录种,也是黑龙江水系特有的珍稀濒危冷水性鱼类。本研究利用7对微卫星引物,对乌苏里江(WS)、黑龙江上游的呼玛河(HM)和额木尔河(EM)3个下游黑龙江茴鱼地理种群的遗传多样性进行了比较研究,以探讨其种群遗传结构及地理分化水平,并为制定保护管理策略提供遗传学依据。结果显示,WS、HM和EM种群的平均等位基因数(Na)分别为18.1、14.4和11.7,平均杂合度(H)分别为0.8165、0.8072和0.8184,多态信息含量(PIC)分别为0.8913、0.8053和0.7577,种群中...
[期刊] 华北农学报
[作者]
高书晶 李东伟 刘爱萍 闫志坚 王宁 魏云山
为了解内蒙古草原优势害虫亚洲小车蝗(Oedaleus asiaticus)的种群状况,采用线粒体DNA(mtDNA)16SrRNA基因测序技术对7个不同地理种群的亚洲小车蝗的种群结构和遗传变异进行研究。通过对亚洲小车蝗28个个体的线粒体16S rRNA基因进行测序,获得1个长度为289 bp的同源序列,通过编辑,剪切有267 bp的序列基可用于这28个个体的比较。在267 bp的序列中,A+T约占69.9%,A+T含量明显高于G+C含量。其中有20个变异位点,约占所测核苷酸总数的7.49%,密码子第3位点上的变异最多。共检测出18个单倍型。以斑腿蝗科的鼓翅皱膝蝗Angaracris barab...
[期刊] 林业科学
[作者]
王永清 付燕 杨芩 罗楠 邓群仙 严娟 曾建国 阮光伦
采用ISSR技术对41份枇杷属植物材料进行分类和遗传多样性研究。从100条引物中筛选出20条引物共产生436条带,其中多态性带392条,占89.9%。平均有效等位基因数为1.3,平均Nei’s基因多样性指数为0.2085,平均Shannon信息指数为0.3323,表明枇杷属植物中具有较丰富的遗传多样性。发现特异性条带33个,但并未发现春季开花或秋冬开花的特异标记,所用ISSR标记分析枇杷属植物的亲缘关系所得聚类结果表明,开花时期不能作为枇杷属植物的分类依据。相似系数0.722可将41份枇杷属植物分为野生类群和栽培类群,而栽培品种却不能按单一性状进行聚类。对枇杷属植物的分类方法进行讨论。
关键词：
枇杷属 ISSR 分类 遗传多样性
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