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[期刊] 西南农业学报
[作者]
陶虎 何雷 熊琪 张年 刘洋 陈明新
【目的】本文对山羊卵泡差异表达的环状RNA circ_ZCCHC24进行了成环鉴定和表达定位分析。【方法】分别采用生物信息学技术、Sanger测序技术、实时荧光定量PCR和荧光原位杂交技术,研究了circ_ZCCHC24的序列和结构组成、接头序列中的环化位点和表达定位情况。【结果】circ_ZCCHC24是由山羊ZCCHC24基因的部分第1内含子和第2外显子环化而成,sanger测序结果也证明了这一结果;circ_ZCCHC24在麻城黑山羊卵泡中的表达量显著高于波尔山羊卵泡(P<0.01)。circ_ZCCHC24表达具有组织特异性,在波尔山羊肾脏高表达,卵泡中低表达;circ_ZCCHC24定位于山羊卵泡颗粒细胞的胞质中,发挥"miRNA吸附海绵"的功能。【结论】本研究为进一步研究circ_ZCCHC24调控母羊卵泡发育的分子机理,挖掘出高产母羊的特有调控通路奠定了基础,也为高繁殖力山羊品种的培育提供新靶点。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
郭睿 陈华枝 熊翠玲 郑燕珍 付中民 徐国钧 杜宇 王海朋 耿四海 周丁丁 刘思亚 陈大福
【目的】环状RNA(circular RNA,circRNA)在可变剪接、转录调控和来源基因的表达调控等方面具有重要功能。本研究旨在探究意大利蜜蜂(Apis mellifera ligustica,简称意蜂)工蜂中肠发育过程中circRNA的表达谱及其发育过程中的差异表达circRNA(differentially expressed circRNA,DEcircRNA),进而在转录组水平探究DEcircRNA在中肠发育中的作用。【方法】基于前期获得的意蜂7和10日龄工蜂中肠样品(Am7和Am10)的全转录组数据,利用find_circ软件从质控后的数据中预测circRNA。采用RPM算法归一化处理得到circ RNA的表达量。利用DEGseq软件对circ RNA进行差异分析,按照差异倍数(fold change)≥2、P
[期刊] 中国农业科学
[作者]
李文杨 刘远 吴贤锋 高承芳 黄勤楼
【目的】研究福清山羊与努比亚黑山羊发情期卵巢组织转录组差异表达水平,一方面为山羊繁殖性状形成的分子机制提供理论依据,另一方面为利用努比亚黑山羊杂交改良福清山羊提供可加快遗传进展的分子标记。【方法】利用转录组测序方法对福清山羊和努比亚黑山羊发情期卵巢组织进行研究,筛选品种间的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),并对DEGs功能进行注释和若干基因荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qRT-PCR)验证;同时通过与参考基因组比对,分析和筛选测序样品中存在的SNP/InDel。【结果】6个样品共得到46.68Gb Clean Data,DESeq分析发现了福清山羊和努比亚黑山羊发情期卵巢组织的DEGs149个(包含25个新转录本),其中表达上调53个,表达下调96个;初步认为输卵管素基因(oviductin,OVN)、类固醇合成快速调节蛋白基因(steroidogenic acute regulatory protein,STAR)、早期生长应答1基因(early growth response 1,EGR1)可作为福清山羊繁殖性能的候选基因。149个DEGs中的108个基因能被GO(gene ontology)数据库注释,30个DEGs能够被COG(Cluster of Orthologous Groups of proteins)数据库注释,91个DEGs能够被KEGG(kyoto encyclopediaof genes and genomes)数据库注释。KEGG通路分析表明DEGs共富集到21条信号通路中,6条通路显著富集。经过进一步的与参考基因组序列比对分析,共发掘1 506个新转录本。经qRT-PCR验证,所选基因(转录本)表达变化模式与转录组测序结果一致,表明测序结果可靠。【结论】在转录组水平上筛选出了福清山羊和努比亚黑山羊发情期卵巢组织的149个DEGs,发掘了1 506个新转录本,初步揭示了OVN、STAR和EGR1在山羊繁殖过程中可能发挥重要作用,为进一步探索山羊繁殖性状相关机理提供参考依据。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
蒋婧 屈明好 孙晓燕 李杰 陈灿灿 李世勇 任航行
【目的】通过RNA-Seq技术筛选不同颜色山羊嘴唇色素代谢相关的候选基因，初步揭示山羊嘴唇黏膜颜色差异形成的分子机理，为动物黏膜色素代谢研究提供理论依据。【方法】以嘴唇等面部可视黏膜颜色存在差异的酉州乌羊（乌黑色）和板角山羊（粉色）为研究对象，采用Illumina Hiseq 2000测序平台对嘴唇黏膜组织进行转录组测序，所得序列经质控、组装后，以|log2(Fold Change)| > 1，qvalue< 0.05为标准筛选差异表达基因，并对差异表达基因进行功能注释和富集分析。【结果】利用RNA-Seq技术共筛选出249个基因差异表达，其中与粉色嘴唇黏膜组织相比，乌黑色嘴唇黏膜组织中上调基因有218个，下调基因有31个。23个差异表达基因被划分在9种TFs家族中，其中14个基因属于含有锌指结构域的转录因子家族。GO功能富集分析结果显示，差异表达基因主要参与离子转运相关生物学过程和分子功能。KEGG代谢通路富集结果显示，差异表达基因显著富集于催产素、钙、cGMP-PKG信号通路，以及肥厚性心肌病、心脏肌肉收缩等7个与肌肉组织功能相关的信号通路，其中钙和cGMP-PKG信号通路与色素代谢密切相关；此外，ASIP等12个基因富集到MAPK信号通路、cAMP信号通路、黑色素合成信号通路（Melanogenesis）等色素代谢核心通路中；CALML6、OXTR、ATP1A2、ATP1B4等4个差异表达基因同时富集到多条与色素代谢相关的通路。qRT-PCR结果与测序结果一致，表明测序结果可靠。【结论】初步确定ASIP基因为山羊嘴唇色素代谢的候选基因，CALML6、OXTR、ATP1A2、ATP1B4等4个基因参与了山羊嘴唇黏膜色素沉积过程，为研究山羊黏膜色素代谢的分子机制提供理论基础，也为探究人类黏膜异常着色的分子机制提供参考。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
熊琪 张年 李小姗 李晓锋 索效军 杨前平 陶虎 陈明新
为研究SKIP基因对山羊生长发育的影响,并寻找与山羊生长性状相关的分子标记,利用绵羊与牛SKIP基因的同源序列设计引物,RT-PCR扩增得到一段长1 350bp的山羊SKIP基因表达序列,包括其完整编码区序列,编码449个氨基酸的蛋白。通过序列Blast比较和系统发育树的构建,发现山羊SKIP与绵羊SKIP序列相似性最高(99.52%)。利用生物信息学分析SKIP蛋白的理化性质,预测SKIP蛋白分子质量为52ku,等电点为5.18,包含典型的疏水区域和磷脂酰肌醇5-磷酸磷酸酶结构域,定位在细胞质(60.9
[期刊] 中国农业科学
[作者]
苏鲁方 彭学强 蒋曹德
【目的】克隆大足黑山羊PHLDA2(pleckstrin homology-like domain,family A,member 2)基因序列,分析其组织表达特征、印记状况以及与胎盘性状的关系,为深入研究该基因在山羊胎盘中的功能积累数据。【方法】根据人、牛和猪PHLDA2的保守区域设计引物以RT-PCR方法扩增大足黑山羊该基因部分c DNA序列,进一步利用5′-和3′-RACE技术获得全长c DNA序列;利用ORF Finder和Prot Param等在线工具分析PHLDA2基因序列特征;采用Real-time PCR方法分析PHLDA2在大足黑山羊心、肝、脾、肺、肾、大脑、肌肉、脂肪、舌和...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
姜维 薛鹏 何永新 陈玉林
【目的】克隆山羊Eda基因CDS区全序列,并对其进行序列分析,研究Eda基因在毛囊生长周期不同阶段皮肤组织中的表达规律。【方法】以太行黑山羊为研究对象,采集其毛囊生长休止期、生长期和退行期背部皮肤组织,采用RT-PCR技术克隆山羊Eda基因,通过在线软件Blastn进行基因cDNA序列分析,用SMART进行氨基酸序列分析,利用SWISS-MODEL软件进行蛋白质结构分析;以β-actin为看家基因,采用实时荧光定量PCR技术对Eda mRNA在毛囊生长不同时期皮肤组织中的表达规律进行分析。【结果】太行黑山羊Eda-A1基因CDS区全长1 176bp,编码391个氨基酸;Eda-A2比Eda-A...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
陈明洁 罗立廷 刘勇 何勇刚 何光源
puroindoline a(Pin a)和puroindoline b(Pin b)是控制小麦籽粒硬度的主效基因。根据已报道的小麦Pin a基因的保守序列,设计合成了1对特异性引物ForA1和RevA1,对六倍体牡山羊草Aegilops juvenalis(UUMMDD)的基因组DNA和胚乳cDNA进行Pin a基因扩增、克隆、序列测定和表达分析,发现了1个新型Pin a(Pin a-allele),其ORF长447 bp,编码148个氨基酸残基,具有麦类作物Pin a基因特有的28个氨基酸的信号肽序列和WRWWKWWK的色氨酸结构域基因序列,与软粒小麦cv.capitole的Pina-D1...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
娜日苏 刘广 向阳 赵海林 吴亭 赵金红 李凡 黄选洋 孙晓卫 郑姣 张家骅
【目的】探讨山羊卵巢中富集的miR-100及预测的靶基因与山羊卵巢功能及卵泡发育的潜在关系,为山羊繁殖机理研究提供数据。【方法】以山羊卵巢组织为材料,通过miRNA的分离、克隆及测序得到山羊卵巢中表达的miR-100,采用RT-qPCR进行表达检测,用生物信息学方法预测miR-100的靶基因及其功能。【结果】①山羊卵巢的测序结果中,一段成熟体为21nt的序列与果蝇dan-miR-100高度同源,将其命名为chi-miR-100f-5p,其前体位于基因组负(-)链上,长度为59 bp,定位于山羊CM000899.1:33 997 894—33 997 914序列;②chi-miR-100f-5p...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
刘桂琼 杨利国 姜勋平 丁家桐 赵文魁 沈为民
用 16 8头波尔种羊及其 345头后裔资料计算波尔山羊初生重、 1月龄和 2月龄体重的主效基因指数 ,并对其中 12头公羊的 2 5 6头后裔的窝产羔数、羔羊初生重、 1月龄和 2月龄体重进行遗传分析。结果窝产羔数、羔羊初生重、 1月龄和 2月龄体重的遗传力分别为 0 15 ,0 4 3,0 39和 0 35。产羔数与羔羊初生重、 1月龄和 2月龄体重间的表型相关系数分别为 0 32 ,0 4 5和 0 4 6 ;遗传相关系数分别为 - 0 34,- 0 36和 - 0 4 1。羔羊初生重与 1月龄和 2月龄体重间的表型相关系数分别为 0 5 9和 0 6 2 ;遗传...
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
刘海静 刘海英 杨桂芹 董维国
为研究不同剂量ＬｉＣＬ对绒山羊毛囊生长和β－连环蛋白（β－Ｃａｔｅｎｉｎ）ｍ Ｒｎａ表达的影响，将分离的绒山羊初级毛囊随机分为５组，每组２４个重复，对照组为ＷｉＬＬｉａｍ＇ｅ基础培养液。试验组在基础培养液中依次添加２，５，１０和２０ｍｍｏＬ·Ｌ～（－１）的ＬｉＣＬ，培养期为７ｄ，每日测量毛囊生长长度。运用荧光定量ＰＣＲ技术测定各组β－Ｃａｔｅｎｉｎｍ Ｒｎａ表达水平。结果表明：２～１０ ｍｍｏＬ·Ｌ～（－１）ＬｉＣＬ组的β－Ｃａｔｅｎｉｎ ｍ Ｒｎａ表达水平和生长长度极显著高于对照组（Ｐ
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
张子军 程箫 刘洪瑜 储明星 任春环 章孝荣
【目的】克隆山羊黑素皮质素受体4(Melanocortin receptor 4)基因(MC4R)的cDNA编码区和部分5′、3′非编码区序列,分析其在不同组织中的表达规律。【方法】以安徽白山羊的心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、肌肉、大肠、小肠、瘤胃、子宫等组织为材料,运用同源序列克隆技术并结合RT-PCR方法,对其MC4R基因cDNA进行克隆,并对其进行了组织表达和生物信息学分析。【结果】克隆得到了山羊MC4R基因全长,包含999bp的完整CDS编码区,共编码332个氨基酸。山羊MC4R基因与绵羊同源性最高(96.9%),其次为牛(93.5%)。山羊MC4R基因在心脏、肝脏等10种组织中均有表...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
李杰 任航行 王高富 蒋婧 孙晓燕 周鹏
【目的】为阐明同一个miRNA簇基因(miR-665,miR-127-5p,miR-136-3p,miR-136-5p,miR-432-5p,miR-432-3p和miR-433)在不同组织山羊表达特征和成肌细胞中表达水平。【方法】本研究采用qRT-PCR方法检测miRNA簇基因在山羊组织以及C2C12细胞不同生肌时间点的动态表达模式。【结果】miRNA簇基因(miR-665,miR-127-5p,miR-136-3p,miR-136-5p,miR-432-5p,miR-432-3p和miR-433)在不同波尔山羊组织中均广泛表达。miR-127-5p,miR-136-3p, miR-432-5p,miR-432-3p和miR-433在山羊肌肉中高表达,miR-136-5p和miR-665在肌肉表达量低。miR-136-3p表达量随肌细胞增殖和分化逐渐升高;miR-127-5p,miR-432-3p,miR-432-5p,miR-433和miR-136-5p表达量呈现先升高后降低的趋势;miR-665在随C2C12细胞增殖和分化表达逐渐降低。【结论】本研究结果为进一步阐明miRNA簇基因调控骨骼肌的生长发育的调控功能奠定了理论基础。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
王慧 罗军 胡仕良 席利萌 张犁苹 李芳 孙雨婷
【目的】克隆西农萨能奶山羊胰岛素诱导基因1(INSIG-1)编码区,并对其进行序列特征分析和组织表达规律研究。【方法】提取西农萨能奶山羊总RNA,反转录cDNA后进行PCR反应,对克隆得到的INSIG-1序列进行生物信息学分析。用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测INSIG-1在皮下脂肪、胸部肌肉、乳腺、肝脏、肾脏、心脏、肺、脾脏、瘤胃、小肠10个组织中的表达情况。【结果】获得西农萨能奶山羊INSIG-1基因1 014bp序列(Gen-Bank登录号JQ665439),其中编码区序列长度为831bp,编码276个氨基酸。西农萨能奶山羊INSIG-1编码区与牛(GenBank登录号NM_0...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
张亚楠 王永 朱江江 许晴 林亚秋
[目的]本研究旨在克隆获得藏山羊AQP7基因序列,并构建组织表达谱。[方法]利用RT-PCR技术克隆藏山羊AQP7基因序列,利用相关生物学软件进行生物信息学分析,同时利用qPCR检测AQP7在藏山羊各组织中的表达差异。[结果]克隆获得藏山羊AQP7基因序列长度为1119 bp,其中CDS区为993 bp,编码330个氨基酸。组织表达谱显示AQP7在藏山羊各组织中均有表达,其中在脂肪和肾脏组织中表达量最高,极显著高于其他组织(P<0.01)。[结论]本试验研究结果为藏山羊肌内脂肪研究提供了分子理论基础。
关键词：
藏山羊 AQP7 克隆 组织表达
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