【目的】利用山核桃全基因组测序数据，为山核桃开发一些寡核苷酸类型的染色体物理标记，并建立起山核桃寡核苷酸探针开发方法，以期为其他山核桃品种相关研究提供参考。【方法】以山核桃、湖南山核桃、云南山核桃、大别山山核桃、贵州山核桃、薄壳山核桃及喙核桃为材料，利用Tandem Repeat Finder软件分析山核桃基因组中的重复序列，按照Period size> 4,Copy number> 100，且Period size*Copy number> 3 000的筛选条件对重复序列进行筛选，根据筛选结果合成了约60条寡核苷酸探针，利用荧光原位杂交技术对这些探针进行筛选。【结果】1)sht-2、sht-3、sht-4、sht-5、sht-5S及sht-45S均可在山核桃染色体上产生相应的荧光信号，且sht-2、sht-3、sht-4及sht-5在山核桃染色体上的分布模式相同，有2对强弱不同的信号存在，sht-45S在山核桃染色体上有1对信号存在，sht-5S仅在山核桃单条染色体上有1个信号位点分布，这些探针均位于染色体的近着丝粒区域。2)sht-5的2对信号位点中，其中较强的1对位点与sht-45S的信号位点在山核桃染色体上分布位置完全重叠。3)45SrDNA与sht-45S在山核桃染色体上分布位置完全重叠，5SrDNA与sht-5S在山核桃染色体上的分布位置也完全重叠。4)sht-5在湖南山核桃、云南山核桃、大别山山核桃及贵州山核桃染色体上均有信号分布，且与山核桃分布模式相似，但sht-5在喙核桃及薄壳山核桃染色体上没有信号。5)sht-5S及sht-45S在湖南山核桃、云南山核桃、大别山山核桃、贵州山核桃及薄壳山核桃染色体上均有信号分布，但在喙核桃染色体上没有信号分布。6)sht-45S在湖南山核桃、大别山山核桃及贵州山核桃染色体上的分布模式相似，均只有1对位点存在，sht-45S在薄壳山核桃染色体上有2对位点存在，位于2对同源染色体的近着丝粒区域。7)sht-5S在云南山核桃、贵州山核桃、大别山山核桃及薄壳山核桃4个山核桃种染色体上的分布模式相似，均只有1对信号位点存在，位于1对同源染色体上的近着丝粒区域，在湖南山核桃染色体上有2种不同的分布模式，第一种分布模式具有1个单独的信号位点，第二种分布模式中，具有2个强弱不同的荧光信号，均位于染色体的近着丝粒区域。【结论】1)sht-2/3/4/5、sht-5S及sht-45S可作为分析山核桃、湖南山核桃、云南山核桃、大别山山核桃及贵州山核桃染色体的物理标记。2)sht-5S及sht-45S可代替质粒45SrDNA和5SrDNA，用来对山核桃、湖南山核桃、云南山核桃、大别山山核桃、薄壳山核桃及贵州山核桃染色体进行分析。

【目的】开发纤毛鹅观草特异的寡核苷酸（oligonucleotide，oligo）探针，进一步完善纤毛鹅观草染色体鉴定技术。【方法】利用前期选育的普通小麦-纤毛鹅观草异附加系DA2S~(c)L和DA6S~(c)，通过流式分拣和基因组二代测序获得纤毛鹅观草染色体6S~(c)和染色体臂2S~(c)长臂的基因组序列，利用Reapeatexplorer2/TAREAN软件从中鉴定出卫星重复序列并设计成oligo探针，通过荧光原位杂交（Fluorescence in situ hybridization，FISH）分析所开发oligo探针的应用价值。【结果】本研究从6S~(c)和2S~(c)L 基因组序列中共鉴定出11个卫星重复序列并开发成11个oligo探针，oligo-FISH结果表明，其中6个探针可以在纤毛鹅观草染色体上产生明显杂交信号，而在小麦染色体上未产生明显杂交信号，可用于特异鉴定小麦背景中的纤毛鹅观草染色体或片段；对一套普通小麦-纤毛鹅观草异附加系oligo-FISH分析发现，oligo-2S~(c)L-163和oligo-6S~(c)-111仅在S~(c)基因组染色体上产生明显信号，可作为纤毛鹅观草S~(c)组特异探针；将oligo-2S~(c)L-161和oligo-2S~(c)L-163组合，对一整套二体异附加系进行双色oligo-FISH，构建了纤毛鹅观草染色体的oligo-FISH核型。【结论】本研究首次提供了纤毛鹅观草重复序列组成的初步信息，开发的探针对于特异鉴定纤毛鹅观草染色体、阐明纤毛鹅观草两个基因组的来源和分化、推动纤毛鹅观草优异基因的转移和利用有重要意义。

研究了用生物素标记的寡核苷酸ＤＮＡ探针快速检测鱼传染性胰脏坏死病病毒ＩＰＮＶ，取得了较好的结果。对探针的灵敏度、特异性进行了测定，并与其它快速检测技术作了比较。

采用寡核苷酸生物素探针进行了斑点杂交试验。结果表明,12株单核细胞增多症李氏菌均与探针呈杂交阳性,其它种李氏菌和细菌无一与探针杂交。探针检测靶DNA的敏感性为10ng,过夜增菌培养,可提高敏感性10~3～10~4倍,测出样品中少至150个细菌,探针法检测市售猪肉和牛奶的阳性率高于分离培养法,具有推广应用价值。

在首先确定胚胎11日龄海兰鸡腿肌成肌细胞培养条件的基础上,利用RNA structure3.7软件中的步移法自行设计了反义MSTN寡核苷酸序列,全硫代修饰,利用脂质体2000成功地将其转染到体外培养的成肌细胞中。结果表明:反义寡核苷酸可以抑制MSTN基因在成肌细胞中的表达,促进成肌细胞增殖与分化,且2.0μmol.L-1为最佳浓度。

利用Agilent棉花寡核苷酸表达谱芯片,以2个同核异质的红麻材料P3A和P3B为试材,分析了棉花表达谱芯片应用于红麻表达谱研究的可行性。结果表明:芯片杂交扫描图像信号清晰,信噪比较高,整体背景较低,各阳性质控点信号均匀一致,空白点和阴性质控点信号低。P3A在棉花的寡核苷酸芯片上共检测到37 640个表达位点,占芯片总位点的85.93%;P3B在棉花的寡核苷酸芯片上共检测到37 629个表达位点,占芯片总位点的85.90%。34 290个探针在不育系和保持系中均具有显著的杂交信号,占总探针数43 803的78.28%。表明红麻花药cRNA与棉花表达谱芯片上寡核苷酸探针之间的远缘杂交非常有效,用...

单核苷酸多态性(SNP)分子标记结合二代测序技术是研究群体遗传学强有力的工具,同时也是界定物种的最佳方法之一。与以往获取SNPs数据的常用方法相比,靶基因富集的方法可以用来富集不同物种的同源片段,甚至可以用于部分降解的DNA。本研究应用一套通用的脊椎动物单拷贝核基因标记,通过基因富集和Illumina测序获取鲱形目鲚属数千个SNPs位点。样本取自靠近长江入海口的沿海地区、长江干流和洞庭湖。用STRUCTURE和Bayes factor delimitation(*with genomic data,BFD

我国山核桃(CaryacathayensisSarg.)具有营养价值高、易栽培、经济效益好等特点,因受立地环境的控制,仅分布在浙西、皖南的部分地区。本文在介绍山核桃的经济价值、资源的地理分布基础上,分析了立地环境和生产、加工中存在的问题;针对市场需求提出了加快山核桃的异地引种、推广高产稳产的栽培技术,加强山核桃生产的规范化管理、系列产品的开发和副产品的综合利用等措施,使资源得以可持续利用。

基于山核桃Carya cathayensis脂肪代谢相关cDNA文库的部分测序结果,发现43条cDNA序列具有简单重复序列(SSR)碱基重复特点,用Primer Premier 5设计了34对表达序列标签-简单重复序列(EST-SSR)引物;建立了适用于山核桃的SSR分析体系,并用设计的SSR引物对对天然群体山核桃40个样品进行了初步的应用性试验。结果表明:34对引物中有4对无扩增产物,3对引物的扩增产物超过了设计范围,27对引物在供试的40个山核桃材料中有较清晰且稳定的目标扩增产物,其中有18对引物的扩增产生了22个多态性位点,占总扩增位点数的47.8%。将SSR标记分析结果与山核桃已有的显...

将薄壳山核桃的完整种子与去壳种子在不同温度条件下进行发芽试验,并测定了温度对淀粉酶活性的影响,菜豆素(淀粉酶抑制剂)对完整种子萌发的影响,以及不同温度对种子萌发初期中,淀粉、可溶性糖、粗脂肪、可溶性蛋白和游离氨基酸变化的影响。结果表明:薄壳山核桃种子在30、35℃条件下,种子萌发率分别为84%、82%,显著高于15、25和40℃3个温度下的情况,且所需的萌发时间较15、25℃条件下更短;因此薄壳山核桃种子适宜的萌发温度为3035℃的高温条件,而超过该温度区间容易对种子造成伤害。同时,生理研究的结果显示,1

单核苷酸多态性(SNPs)是广泛存在于基因组中的一类由单个碱基转换或颠换引起的DNA序列多态性。它是继限制性片段长度多态性(RFLP)、微卫星标记(SSR)之后的新一代分子标记,已广泛应用于构建遗传连锁图谱、QTL定位、关联分析及研究群体遗传结构与亲缘关系等方面。本文主要介绍了SNPs的概念、特点及检测SNPs的主要方法,综述了SNPs在水产动物遗传育种中的研究进展,以期将SNPs更广泛地应用于水产动物群体遗传、分子标记辅助育种和生物进化等研究领域。

高粱在粮食安全、人类健康和生物能源的开发上具有非常重要的作用,其被认为是二倍体模式化作物和多倍体能源作物甘蔗和芒草类的参考植物,开发高粱多态性分子标记对促进分子遗传学发展及高粱分子标记辅助育种意义重大。以甜高粱与粒用高粱杂交的F2遗传群体作为研究材料,对其全基因组DNA进行酶切,然后用高通量测序法开发SLAF(Specific-locus amplified fragment sequencing)标签,并经过分析筛选多态性SNP标记。试验过程中测序的reads数达到43 528 021个,母本2 598 472个,父本3 134 524个,子代的reads数为205 083~454 258个,平均为290 732.5个。通过原始数据的评估、聚类和纠错开发的SLAF标签数,父母本分别为44 895,42 100个。测序深度分别为19.78和16.22,F2群体每个个体的SLAF标签为26 737~39 291个,平均为33 445.06个,测序深度2.24~3.72,平均为2.79。通过对聚类群中高深度片段的潜在基因型分析,得到了6 353个多态性SNP标记,其中5 829个标记成功分型,占多态性SNP标记的91.75%,剔除不适宜作图的标记,剩余有效的SNP标记2 246个,占有效标记百分比100%,F2个体的各样品完整度平均为94.99%。所以,对基因组DNA进行酶切和高通量测序,从庞大的reads中获得SLAF标签是得到全基因组SNP标记的有效途径。为高粱高密度图谱构建和QTL定位研究,以及分子标记辅助育种奠定了基础。

【目的】磷脂酸(PA)是甘油脂生物合成的前体，又是参与植物生长发育调节和各种逆境响应的重要信使物质，然而目前对植物细胞中PA动态变化的了解十分有限。本研究试图构建一种能有效监测植物细胞PA变化的荧光探针，并用之测定盐碱胁迫过程中胞内PA含量的变化。【方法】将Spo20p蛋白中高度专一的PA结合域相对应的核苷酸序列与绿色荧光蛋白基因融合，经遗传转化获得携带该融合基因的转基因拟南芥Arabidopsis thaliana株系，其表达受组成型启动子UBQ10驱动，产生的融合蛋白成为专一结合PA的荧光探针。随后，运用该荧光探针监测盐碱胁迫下胞内PA含量的变化。【结果】构建获得7个不同的纯合、单插入位点转基因拟南芥株系。实时荧光定量PCR (RT-qPCR)分析显示：不同株系中融合基因的表达量存在差异。不同浓度外源PA处理试验显示：随着表达量的升高，PA探针可有效监测到2μmol·L-1 PA处理根尖10 min后细胞中PA含量的变化；而当PA探针表达量较低时，对PA监测灵敏度显著下降，表明在一定程度上荧光探针对PA监测的灵敏度与其表达量相关联。运用PA荧光探针发现：盐碱胁迫处理根尖5 min即可诱导质膜上或胞内PA的积累，暗示PA在植物早期盐碱胁迫响应中可能产生重要作用。【结论】本研究构建了一种可对细胞内PA含量进行有效监测的荧光探针，该探针可用于监测植物盐碱胁迫早期响应过程中胞内PA水平的变化，从而为早期逆境响应研究提供新工具。图7表1参36

[目的]不同组植原体检测和鉴别的特异性探针已有报道,为了筛选出适合于我国不同组植原体检测和鉴别的特异性探针,建立管芯片检测和鉴别植原体技术,并对我国发生的疑似植原体病害进行鉴别。[方法]通过PCR扩增结合管芯片杂交技术,对收集到的15种植原体侵染的植物样品及其健康对照进行检测和鉴别。[结果]建立了管芯片检测和鉴别植原体技术体系。15种病害样品中,13种获得显著的阳性杂交信号,并且所有的健康对照都呈现为阴性。13种植原体病害依16Sr DNA直接测序可分为16SrⅠ、Ⅱ、Ⅴ、XIX四组植原体。在所有探针中,

为开发常见鲑鳟养殖物种通用的遗传分析工具,本研究利用Affymetrix虹鳟(Oncorhynchus mykiss)57K高通量单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)芯片,对国内代表性鲑鳟养殖群体开展了分型检测,包括山女鳟(Oncorhynchus masou masou)、银鲑(Oncorhynchus kisutch)、美洲红点鲑(Salvelinus fontinalis)、白斑红点鲑(Salvelinus leucomaenis)等4个物种,从57