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[期刊] 华中农业大学学报  [作者] 聂燕芳  周淦  黄嘉瑶  王振中  李云锋  
利用Signal P、Wo lF PSoRT、TMHMM、big-Pi PRedicToR、TaRgeT P和SecReToMe P等软件,对尖孢镰刀菌甜瓜专化型(FuSaRiuM oxySPoRuM F.SP.MeloniS,FoM)全基因组26 811条蛋白质氨基酸序列进行了分泌蛋白的预测分析。结果表明,FoM全基因组编码蛋白中有1 145个经典分泌蛋白,占编码蛋白总数的4.3%;有8 471个非经典分泌蛋白,占编码蛋白总数的31.6%。对经典分泌蛋白特征进行分析,发现其氨基酸长度集中在100~600个氨基酸,信号肽长度集中在17~22个氨基酸。对经典分泌蛋白的功能预测分析表明,有605个...
[期刊] 中国农业科学  [作者] 郝文雅  冉炜  沈其荣  任丽轩  
【目的】探讨西瓜、水稻根分泌物及其中的酚酸类物质对西瓜专化型尖孢镰刀菌(Fusarium oxysporum f.sp.niveum,FON)的影响,阐释西瓜枯萎病的发生和西瓜/旱作水稻间作系统改善西瓜连作枯萎病的机理。【方法】营养液培养法收集西瓜根分泌物(REW)和水稻根分泌物(RER),研究其对FON生长的影响;HPLC法分离鉴定REW和RER中的酚酸类物质,并通过外源添加法研究该类物质对FON生长的影响。【结果】REW能显著促进FON孢子萌发和产孢,与对照相比,1.0 mL和5.0 mL的REW对FON孢子萌发的促进率分别为46.9%和59.2%;在0.1 mL至2.0 mL范围内,RE...
[期刊] 南京农业大学学报  [作者] 苏世鸣  任丽轩  杨兴明  徐阳春  周俊  沈其荣  
利用尖孢镰刀菌选择性培养基从西瓜枯萎病发病部位分离出病原菌,通过Booth′s镰刀菌分类鉴定标准和专化型试验,确定该菌株为西瓜专化型尖孢镰刀菌(Fusarium oxysporum f.sp. niveum)。以该菌株为材料,研究水稻根系分泌物对其生长的影响。结果表明,2个水稻品种ELIO和4007的根系分泌物均能显著抑制其孢子萌发和孢子产生。当根系分泌物的加入量为1.5 mL时,ELIO和4007对孢子萌发的抑制率分别为37.8%和41.0%;当加入20 mL水稻根系分泌物时,ELIO和4007对孢子产生的抑制率达到96.3%和76.4%。水稻根系分泌物对西瓜尖孢镰刀菌孢子产生过程的抑制作用...
[期刊] 南京农业大学学报  [作者] 董文盼   杨纪潇   杨项明   吕明慧   朱彦泽   蒋春号  
[目的]本文构建了西瓜枯萎病菌—尖孢镰刀菌西瓜专化型(Fusarium oxysporum f. sp. niveum,FON)的重组酶聚合酶扩增技术(recombinase polymerase amplification, RPA)的快速检测体系,以期为田间西瓜枯萎病的快速检测提供技术支持。[方法]从NCBI网站下载包括西瓜枯萎病菌在内的11种病原真菌的基因组序列,利用SeqHunter2软件进行生物信息学分析,经比对得到4个FON的特异性基因片段,并对其进行引物设计和筛选。利用聚合酶链式反应(PCR)验证引物的特异性和灵敏度,而后利用建立的RPA检测体系对引物的特异性和灵敏度进行验证,最后进行人工接种FON的西瓜植株的RPA检测与评价。[结果]本文首次报道了FON的RPA检测体系,并对DNA恒温快速扩增试剂盒的扩增体系进行最佳反应时间(40 min)和最适反应温度(30℃)的摸索,得到其最佳反应体系的检测下限为100 pg/μL。利用DNA恒温快速扩增试剂盒(胶体金试纸条型)进行扩增时,只需在38℃反应12 min,取50 μL稀释20倍的扩增产物用胶体金试纸条进行检测,5 min后即可进行结果的判断,检测下限为100 pg/μL。[结论]本文通过多种检测方法对RPA扩增结果进行检测,均得到一致的结果,且建立的RPA检测体系能够从温室接种FON之后未显症的西瓜植物组织基因组DNA中检测到FON,可为田间西瓜枯萎病早期的快速检测提供技术支持。
[期刊] 中国农业科学  [作者] 陈继圣  郑士琴  郑武  周洁  鲁国东  王宗华  
目的分泌蛋白多为病原微生物与植物受体蛋白起作用的激发子和其它致病因子,深入研究分泌蛋白将有助于明确植物与病原微生物互作的分子机制。利用稻瘟菌基因组学研究成果,结合计算机技术和生物信息学的方法,分析其分泌蛋白组学,将有助于全面掌握其致病因子的结构与功能。方法利用SignalP对稻瘟菌基因库中所有ORF的N-端信号肽存在与否进行预测,再依次通过Protcomp、TMHMM、big-PIPredictor和TargetP预测程序进行验证,寻找出所有可编码信号肽的基因。结果对11108个稻瘟菌的ORF进行分析,最终预测出共有1235个ORF可编码分泌蛋白。结论经验证此预测方法之可靠性较高,这为深入研究...
[期刊] 中国农业科学  [作者] 刘波  胡桂萍  肖荣凤  
【目的】分析不同寄主尖孢镰刀菌脂肪酸生物标记的结构组成和分布特性,建立尖孢镰刀菌寄主专化型脂肪酸生物标记鉴别模型。【方法】通过脂肪酸鉴定系统(Sherlock MIS)对来自于西瓜、香蕉和花生寄主的22株尖孢镰刀菌进行脂肪酸生物标记检测,采用聚类分析方法分析尖孢镰刀菌脂肪酸的同质性,采用主成分分析提取尖孢镰刀菌寄主专化型特征脂肪酸,利用Bayes逐步判别方法,建立尖孢镰刀菌寄主专化型判别模型。【结果】从供试的22个菌株中检测到8种脂肪酸,其中常见脂肪酸有6条,相对含量60%以上的主要脂肪酸有16:0、18:0和18:2 CIS 9,12/18:0a。对常见脂肪酸进行聚类分析,结果表明脂肪酸与尖...
[期刊] 渔业科学进展  [作者] 宁梓健  姜宏波  刘琦  包杰  
分泌蛋白是在细胞内合成后分泌到细胞外起作用的蛋白质,其在许多原生动物寄生虫操纵宿主细胞和影响虫体的毒力中起着重要作用。虾肝肠胞虫(Enterocytozoon hepatopenaei,EHP)是一种可感染多种经济虾类的专性细胞内寄生虫,是近年来影响全球对虾养殖生产较严重的病害之一。本文利用真核生物分泌蛋白预测流程EuSecPred2.0对EHP全基因组的分泌蛋白进行预测,并对分泌蛋白长度、信号肽长度、切割位点处氨基酸分布等信息进行分析,对分泌蛋白功能进行分析。结果表明,分泌蛋白氨基酸长度主要集中在30~400 aa之间;信号肽长度集中在9~32 aa之间;信号肽切割位点处以疏水性氨基酸为主。对信号肽进行基序分析,发现存在基序NV[VT][IK]CA[ED][SA]。对所获蛋白质进行功能注释,发现了多种与微孢子虫黏附侵染、调节细胞周期和免疫反应等相关的关键蛋白。研究结果有助于了解EHP对宿主的侵染机制,同时为进一步明确EHP的致病相关因子提供理论依据。
[期刊] 华北农学报  [作者] 李春阳   侯占铭  
通过对尖孢镰刀菌亚麻专化型Folcdc15基因敲除及敲除突变体互补试验,探究该基因在尖孢镰刀菌亚麻专化型中的功能。对Folcdc15基因进行DNA测序后,使用Split-Marker技术,构建含有潮霉素抗性基因(hph)缺失盒。通过PEG介导法转入野生型原生质体,在含有潮霉素的选择培养基上进行转化子筛选,通过PCR正负筛选确定敲除突变体。利用pZWH1载体构建含有Folcdc15的互补载体pZLY1,将其转入敲除突变体中进行互补测验。与野生型hm相比,敲除突变体ko1菌落生长速率下降了73%,菌丝形态发生了显著改变,菌丝变短且分叉变多,分生孢子隔膜数量增多长度增加,分生孢子数量显著减少。亚麻侵染试验表明,ko1的致病力显著降低。通过互补测验发现,回复突变株ca1恢复了Folcdc15基因缺失带来的分生孢子产量及形态、菌落生长和形态及致病力的缺陷。Folcdc15参与调控尖孢镰刀菌亚麻专化型的分生孢子发生及菌丝生长。
[期刊] 华北农学报  [作者] 郭呈宇  柳俊  李园磊  安睿  李星岩  哈斯阿古拉  
为获得与甜瓜果实成熟相关的基因,选择与乙烯生物合成及信号转导相关的4个基因家族HB(Homeobox)、RIN(Ripening inhibitor)、ETR(Ethylene receptor)、CTR(Constitutive triple reaction),对甜瓜全基因组鉴定,分别获得CmHB家族成员17个、CmRIN家族成员21个、CmETR家族成员3个和CmCTR家族成员20个,通过序列比对和基序分析验证了家族成员鉴定的可靠性。利用转录组测序方法,分析4个基因家族各成员在甜瓜品种河套蜜瓜原种和转反义CmACO1基因的河套蜜瓜品系M9生长期和成熟期果实中的表达量,发现河套蜜瓜原种中13个基因在2个发育时期果实中的表达量存在显著性差异,其中CmHB3、CmHB11生长期的表达量是成熟期的42,9倍,而CmHB4成熟期的表达量是生长期的27倍,其表达量均呈极显著差异。在M9品系中,12个基因在2个发育时期果实中的表达量存在显著差异,其中CmHB3、CmHB11生长期的表达量是成熟期的6,3倍,而CmHB4成熟期的表达量是生长期的41倍,其表达量均呈极显著差异。在生长期,CmHB3、CmHB11的表达量在2个材料中存在极显著差异,CmRIN14、CmRIN15存在显著差异。而在成熟期,CmHB3的表达量在2个材料中存在极显著差异,CmRIN14、CmRIN15存在显著差异。此外,还发现CmRIN14、CmRIN15在2个材料间的表达模式相反,表明其表达模式受CmACO1表达水平的影响。
[期刊] 草业科学  [作者] 许世洋   屈佳欣   方香玲  
为明确有利于尖孢镰刀菌苜蓿专化型(Fusarium oxysporum f. sp. medicaginis,Fom)分生孢子形成及萌发的培养条件,本研究通过十字交叉法测量Fom菌株在PDA、SNA、CMC固体和液体培养基上不同培养时间的菌落直径,镜检法和血球板计数法观测分生孢子产量、比例及萌发率。结果发现,固体培养基中,在CMC培养基上菌株生长最快,大型分生孢子比例最高,为0.85%~4.64%(P<0.05);在PDA培养基上的分生孢子产量最高(P<0.05),呈先增高后降低的趋势,且小型分生孢子比例较高。液体培养基中,菌株在马铃薯葡萄糖培养液(PDB)中的孢子含量最高(P<0.05),达5.01×10~(6)·mL~(-1)~9.49×10~(6)·mL~(-1),且萌发率较高,在培养48 h时达24.98%~35.98%。由此可见,CMC固体培养基有利于Fom菌株生长,其液体培养基诱导菌株产生大型分生孢子效果较好;PDA、SNA、CMC的液体培养基则更有利于分生孢子萌发。本研究为防治苜蓿尖孢镰刀菌根腐病及有关机理研究提供了理论基础。
[期刊] 西南农业学报  [作者] 叶春秀  赵增强  张国丽  于航  庄振刚  谢宗铭  
【目的】本文研究了蛋白激酶类基因在甜瓜白粉病抗性中的抗性机理。【方法】以不同抗性的甜瓜为材料,根据植物蛋白激酶类基的同源序列设计引物,采用RT-PCR方法获得该基因的中间部分序列,通过RACE法获得c DNA完整序列,将其命名为CmPKC。【结果】该基因全长约为2914 bp,开放阅读框为2493 bp,编码831个氨基酸。蛋白序列进化分析表明,CmPKC蛋白与香瓜蛋白激酶同源性最高。实时荧光定量PCR分析表明在不同抗性材料上相对表达量变化趋势不同,在抗性材料上表达丰度出现的时间较感病材料早,且在不同材料上相对表达量变化趋势与已报道的一个甜瓜感病相关MLO家族基因一致,推测所获得的基因也可能与感病相关,且属于早期应答基因;转基因烟草鉴定初步表明该基因可能还参与生长发育过程,具有促进开花的功能。【结论】将为更加深入探索其功能及在白粉病抗性通路中及生长发育过程中所起的作用奠定基础。
[期刊] 西南农业学报  [作者] 石乐娟   史雪叶   唐玲涵   李飞   杨胜俊   杨跃虎   刘晓周  
【目的】探明尖孢镰刀菌胁迫下非洲菊根系基因表达的变化,挖掘非洲菊根系抗病菌胁迫的相关基因及信号通路等分子机制,为非洲菊根腐病防治提供理论参考。【方法】以健康非洲菊根系和被尖孢镰刀菌侵染96 h感病的非洲菊根系为材料,采用转录组测序技术对其进行转录组测序,筛选差异表达基因(DEGs),并进行GO功能注释和KEGG代谢通路富集分析,再通过实时荧光定量PCR验证转录组测序结果的可靠性。【结果】从尖孢镰刀菌侵染非洲菊根系获得10 218个DEGs,其中上调基因7 273个,下调基因2 945个。有3 401个DEGs隶属于72个转录因子家族,其中,数量最多的转录因子为MYB和AP2/EFR家族,其次为C2H2、bHLH、NAC和C3H等家族。GO富集结果显示,DEGs共注释到53个功能组,其中氧化还原过程、胞质溶胶、细胞分裂位点、膜组成成分、金属离子结合等的DEGs较多。KEGG代谢通路富集结果表明,DEGs显著富集在碳水化合物代谢、能量代谢、脂质代谢、氨基酸代谢等生物合成途径。3条碳水化合物代谢途径多数DEGs上调。光合作用途径和光合作用-天线蛋白途径中多数DEGs表现下调。在α-亚麻酸代谢途径中,共有49个差异表达基因被富集,其中4个脂氧合酶(LOX2S)基因和2个氢过氧化物脱水酶(AOS)基因,均下调表达。【结论】MYB、AP2/EFR、C2H2、bHLH、NAC和C3H等转录因子家族成员以及调控光合作用、碳水化合物代谢、脂质代谢等相关差异表达基因,可能在参与响应非洲菊抗根腐病胁迫应答中发挥了重要作用。
[期刊] 西南农业学报  [作者] 杨俊誉  张志超  韩永花  李婕  张彧  黄琼  
应用计算机技术和生物信息学的方法,采用Signal P4.0、liPo P1.0、TargeT P1.0.1、TMHMM2.0蛋白质分析软件对植物病原细菌ralSTonia SolanacearuM Po82质粒基因组的1680个orFS编码的分泌蛋白信号肽氨基酸序列进行预测分析。结果表明,质粒基因组的1680个orFS中有102个orFS所编码的蛋白质具有n-端信号肽序列,包括85个Ⅰ型信号肽,1个Ⅱ型信号肽,15个PrePilin-like信号肽和1个细菌素和信息素信号肽,所有的分泌蛋白中具有rr-MoTiF信号肽结构的有14个,且均为Ⅰ型信号肽。在102个具有可切割信号肽的分泌蛋白中,有...
[期刊] 西南农业学报  [作者] 黄婉  范成明  吴毅歆  何月秋  
利用已公布的玉米黑粉病菌基因组全序列数据及信号肽预测软件SignalP v3.0、亚细胞器中蛋白定位分布预测软件Tar-getP v1.01、跨膜螺旋结构预测软件TMHMMv2.0和膜锚定位点预测软件Big-PI Predictor预测分析了玉米黑粉病菌基因组编码蛋白的作用位点。结果表明,在6522个ORF中,具有分泌功能的有543个,占全基因组基因总数的8.3%;作用位点在线粒体的有1552个,占全基因组基因总数的23.4%;具有跨膜结构的有1269个,占全基因组基因总数的19.5%;锚定在膜上的有56个,占全基因组基因总数的0.9%。
[期刊] 华中农业大学学报  [作者] 韩长志  王娟  
里氏木霉(Trichoderma reesei)QM6a为重要的产纤维素酶工业生产菌株,为明确其内存在的分泌蛋白,对该菌分泌蛋白进行预测,并明确其特征。利用SignalP、ProtComp等5个软件对该菌中9 143条蛋白质序列进行分泌蛋白预测,并对上述分泌蛋白的氨基酸大小分布情况、信号肽长度及其切割位点等性质进行分析。里氏木霉中含有分泌蛋白356个,其氨基酸长度、信号肽长度与其他植物病原菌不同;信号肽切割位点属于A-X-A类型,与其他已经报道的植物病原真菌、细菌以及卵菌中分泌蛋白信号肽切割位点一致。通过
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