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[期刊] 华北农学报
[作者]
张立荣 杨文香 刘大群
利用已克隆植物抗病基因NBS(Nucleotide binding site)序列中的保守结构P-loop和GLPL合成简并引物,以小麦近等基因系TcLr24基因组DNA为模板进行PCR扩增。得到13条具有连续ORF的抗病基因类似物(Resistancegene analogues,RGAs)序列,它们之间相应推测的氨基酸序列间的相似性系数在36.9%～98.3%之间。对甘薯RGAs和4个已克隆植物NBS的氨基酸序列进行结构分析表明,它们包括P-loop、Kinase-2、Kinase-3a、GLPL抗病基因所共有的保守结构。同时对分离的RGAs的氨基酸序列进行系统发育树分析,这些RGAs与X...
关键词：
小麦 NBS 抗病基因类似物
[期刊] 中国农业科学
[作者]
王海燕 杨文香 刘大群
目的拟利用同源序列法分离小麦抗病基因同源片段。方法根据已克隆植物抗病(R)基因NBS-LRR保守区段设计两对引物,采用RT-PCR方法对小麦抗叶锈病近等基因系材料TcLr35的RNA进行扩增。结果获得了3个通读的小麦抗病基因NBS-LRR类抗病基因同源片段PS13-1、PS13-2和S2A2,长度分别为239bp、289bp和539bp,编码78、84和177个氨基酸。核苷酸比较分析表明,PS13-1和PS13-2与已克隆小麦抗白粉病基因PM3b同源性为91%;S2A2与大麦一个来源于mRNA的同源片段同源性为91%;经BLASTp比较,3个片段均含有NB-ARC保守结构域,与已知抗病基因I2...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
史静东 张小娟 黄丽丽 韩德俊 康振生
【目的】利用同源序列法分离小麦NBS-LRR类抗病基因类似片段,并验证其与小麦抗条锈病基因Yr26之间的关系。【方法】根据已克隆R(抗病)基因的保守结构域(NBS-LRR)设计简并引物,采用巢式PCR(NestedPCR)技术对小麦Yr26近等基因系材料Nan137的基因组DNA进行扩增;同时利用中国春缺失系对获得的抗病基因类似片段进行染色体定位分析,利用Yr26载体品种92R137和感病品种Avcoet S(AvS)创制的F2:3后代群体验证获得的片段与小麦抗条锈病基因Yr26的关系。【结果】通过巢式PCR方法,获得了4个通读的小麦抗病基因NBS-LRR类抗病基因同源片段R105、R181、...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
安海山 杨克强
【目的】利用同源序列法分离核桃的NBS(Nucleotide binding site)类抗病基因类似物,为核桃抗炭疽病分子辅助育种及抗病基因的克隆提供基础。【方法】以35个核桃优系为试材,利用接种法鉴定供试材料对炭疽病的抗性;根据已知植物抗病基因的保守结构域P-loop和GLPL设计简并引物,以核桃优系的基因组DNA为模板,通过PCR扩增NBS类抗病基因同源序列片段,并分析所得NBS类抗病基因类似物与核桃优系炭疽病抗性的关系;利用BLASTN/X程序对所得NBS序列在GenBank数据库中进行同源性搜索;利用MEGA 5.2及DNAman 7.0等软件对其进行序列相似性分析和系统进化研究。【...
[期刊] 华北农学报
[作者]
张楠 王海燕 刘大群
根据丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶类催化结构域Ⅰ和Ⅷ氨基酸保守序列设计简并引物,以TcLr19、TcLr35和感病对照Thatcher的cDNA为模板进行抗病基因同源序列的PCR扩增,得到了6条通读的抗病基因同源序列(RGAs)Lr19-RGA1、Lr19-RGA2、Lr19-RGA3、Lr35-RGA1、Lr35-RGA2和TC-RGA。在NCBI中用BLASTp比对发现,Lr19-RGA1、Lr19-RGA2、Lr19-RGA3、Lr35-RGA1和Lr35-RGA2编码的氨基酸序列具有丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(Serine-thre-onine kinase,STK)的催化结构域Ⅱ-Ⅷ。对序列分析...
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
王铎 刘长远 赵奎华 梁春浩 关天舒 王辉
辣椒RGA的分离将为进一步从辣椒中分离功能性抗病基因和抗病机理分析打下基础,为辣椒相关抗病基因的克隆提供依据。根据已知抗病基因保守氨基酸结构域设计简并引物,以高抗辣椒品种88为试材,通过PCR扩增抗病基因同源序列。结果表明:从辣椒基因组DNA中分离出1条辣椒抗病基因同源序列WD1。对其编码的氨基酸序列进行分析表明:该序列同时含有P-环(GGVGKTT)、kinase-2(VLDD)、kinase-3(GSRII)及HD(即GLPLAL)保守域结构,分离的辣椒抗病基因同源序列(RGA)与已报道的辣椒抗病基因同源序列A5和A13都有99%的同源性。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
秦跟基 李万隆 陈佩度
植物抗病基因的克隆一直为植物遗传学家和病理学家所关注。克隆的抗病基因在氨基酸水平上表现出一定程度的相似性， 在一些区段高度保守， 如 Ｎ Ｂ Ｓ、 Ｌ Ｒ Ｒ、激酶、 Ｌ Ｚ等。这些保守序列， 不仅有助于对抗病基因的分类及其作用机理的理解， 而且为抗病基因克隆提供了一条新途径。根据这些保守序列合成 Ｐ Ｃ Ｒ 引物， 在许多植物中已扩增出大量的抗病基因类似序列 （ Ｒ Ｇ Ａ）。遗传作图表明 Ｒ Ｇ Ａ 与抗病性密切相关。对 Ｒ Ｇ Ａ 与 Ｒ 基因的关系及 Ｒ Ｇ Ａ 的基因组分布一并进行了讨论。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
张颖 李峰 刘崇怀 樊秀彩 孙海生 姜建福 张国海
【目的】通过同源克隆法从刺葡萄‘高山2号’叶片中得到抗白腐病基因的同源片段,为筛选葡萄抗白腐病基因奠定基础。【方法】根据已知植物抗病基因NBS-LRR保守区设计简并引物,从高抗葡萄白腐病刺葡萄‘高山2号’的基因组DNA与cDNA上得到抗病基因同源片段(RGAs),并对其表达分析进行检测。【结果】从刺葡萄‘高山2号’上获得了10个NBS-LRR类抗病基因同源片段,10条葡萄RGAs间在氨基酸水平上的同源性表现出丰富的多态性,进一步分析发现,在10条葡萄RGAs中,4个推测所属基因为non-TIR-NBS-LRR类抗病基因,6个所属基因为TIR-NBS-LRR类抗病基因。定量PCR分析表明,NB7...
[期刊] 华北农学报
[作者]
却志群 沈春修 卢其能
根据已知的NBS-LRR类抗病基因结构中氨基酸的保守区域,设计简并引物,通过RT-PCR扩增及克隆,从东乡野生稻(Dongxiang Oryza rufipogon Griff.)中共获得7个新的NBS-LRR类抗病基因同源片段。所有7个抗病基因同源序列均含有NBS-LRR类抗病基因的保守序列,如P-loop、Kinase 2、Kinase 3a以及跨膜区域等。通过氨基酸同源性比较和分析,发现克隆到的抗病基因同源序列与已克隆的水稻白叶枯抗病基因Xa1的相应氨基酸序列存在约40%的同源性,其中的3个NBS抗病基因同源序列还与小麦抗叶锈病基因Lr1存在40%的同源性。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
魏环宇 童文杰 蔺忠龙 莫笑晗 张丽芳 何元胜 郑元仙 王继明 许银莲 陈小龙 钟宇 余磊 邓小鹏
【目的】探索烟草NBS-LRR类基因在烤烟(红花大金元)抗病中的分子作用机制。【方法】利用生物信息学手段,参考已知植物抗病基因的NBS-LRR类保守结构域,筛选并合成简并引物,扩增烟草中的NBS-LRR类抗病基因。【结果】获得4条具有连续阅读框和NBS结构域的抗病基因同源序列(TRGAH:MN027515、MN027516、MN027517、MN027518);BLAST X分析显示,均与已知植物抗病基因的NBS区域具有高度相似性,氨基酸相似性为64%～98.89%;聚类分析结果表明,4条TRGAHs与已知植物R基因P-loop-GLPL区域氨基酸序列相似性为29%～52%,包含了non-TIR-NBS-LRR和TIR-NBS-LRR两大类抗病基因。【结论】该研究利用分子克隆技术获得烟草抗病基因同源序列,为进一步筛选和构建烟草抗病候选基因及抗病品种的选育提供科学依据。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
潘贤辉 周康奇 陈忠 杜雪松 黄姻 覃俊奇 文露婷 潘志忠 邓潜 罗辉 叶华 林勇
利用线粒体D-loop区和COI基因序列分析了全州禾花鲤(Quanzhou Procypris merus)、融水禾花鲤(Rongshui P.merus)和野生鲤鱼群体的遗传多样性和系统进化关系。基于D-loop区序列分析结果表明:序列长度为927～930 bp,共统计变异位点53个;A、T、G、C核苷酸平均含量分别为33.4%、32.9%、14%和19.7%,A+T(66.3%)明显高于G+C(33.7%);总体的单倍型数(h)、单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(π)分别为40个、0.95和0.008 3;遗传分化指数(Fst)为0.224 59。基于COI基因序列分析结果显示:序列长度为897～899 bp,共统计变异位点33个;A、T、G、C核苷酸平均含量分别为26.7%、28.5%、17.8%和27%,且A+T(55.2%)高于G+C(44.8%);总体的h为25个,Hd为0.91,π为0.003 16;Fst值为0.191 43。在3个群体内和群体间遗传距离分别在0.003～0.009和0.003～0.01,远小于种群分类水平0.05。分子方差分析(AMOVA)结果表明,77.54%(D-loop)和80.86%(COI)变异来自群体间变异,22.46%(D-loop)和19.14%(COI)来自群体内变异。单倍型进化树和网络图显示,全州禾花鲤和野鲤群体均存在单独聚为一支的单倍型,而融水群体未出现单独成支现象。研究表明,线粒体D-loop区作为反映3个群体间遗传多样性的灵敏度要高于COI基因,并且3个群体均属于高单倍型多样性和高核苷酸多样性。综上,3个群体间出现了较为明显的分化现象。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
马维 巩振辉 李大伟 贾庆利
【目的】克隆和分析抗、感疫病辣椒材料的抗病基因同源序列,为辣椒抗疫病相关基因的克隆奠定基础。【方法】根据番茄抗叶霉病基因Cf2和Cf9 C端的LRR类保守结构域设计简并引物,对6个不同抗、感疫病的辣椒种质材料基因组DNA进行抗病基因同源序列的PCR扩增。【结果】得到27个抗病基因同源序列(RGAs),其在GenBank中的登录号为EF064260~EF064286。其中,21个RGAs与番茄抗叶霉病基因Cf2和Cf9有较高的相似性。感病材料的辣椒基因组中也存在抗疫病相关RGAs。【结论】上述21个RGAs可能与辣椒抗疫病作用有关,可为辣椒抗疫病相关基因的克隆提供依据。
关键词：
辣椒 LRR 抗病基因克隆 同源序列分析
[期刊] 中国农业科学
[作者]
任鄄胜 肖培村 陈勇 黄湘 王玉平 李仕贵
【目的】明晰水稻抗瘟性表型和抗病基因同源序列多态性之间的关系,了解广谱、持久抗瘟性的分子遗传基础。【方法】利用25个稻瘟病鉴别品种(系)和20个水稻品种(系)在人工接种条件下的对稻瘟病单孢菌株的抗性表型和抗病基因同源序列(resistance gene analogs,RGA)多态性进行聚类比较分析。【结果】以单孢菌株接种的抗性表型聚类,取相似系数0.450,可将45个品种(系)划分为A、B两大类;取相似系数0.618,A、B两大类又分别可分为ⅰ、ⅱ、ⅲ、ⅳ等4个亚类。以抗病基因同源序列多态性聚类,取遗传相似系数0.620,可将45个品种(系)划归Ⅰ,Ⅱ两类,这两类明显地趋向籼粳两亚种划分;取...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
张建军 李祥 侯明生
研究了小麦抗病品种SK-4、SN7859和感病品种8201-69、81-5对梭条斑花叶病毒病的抗病性与其抗病毒(WSSMV)和抗传毒介体禾谷多粘菌(Polymyxa graminis Led.)的能力之间的关系。结果表明:小麦品种的抗病性与它们抗病毒的能力一致;与它们抗传毒介体的能力有一定的相关性,但不尽一致。具体表现为抗病品种SK-4抗病毒和抗介体能力均强,SN7859抗病毒能力强,但抗介体能力较弱;感病品种81-5抗病毒能力弱,但抗介体能力较强,而8201-69则抗病毒和抗介体的能力均弱。
[期刊] 华北农学报
[作者]
吕香玲 卢峰 宋波
抗病基因的分离和克隆对于实施作物抗病基因育种及开展抗病机制的研究具有重要意义。目前植物抗病基因的克隆方法主要有转座子标签技术和图位克隆技术。该法对于未知基因产物或者没有进行精细定位的性状来讲,其应用受到极大限制。近年来,很多研究探索了利用同源序列发掘抗病候选基因的途径。本研究归纳和总结了三条发掘抗病候选基因的方法,旨在对作物抗病基因及其连锁标记的发掘起到一定的指导作用。
关键词：
同源序列 抗病候选基因 抗病基因 克隆
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