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[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
黄雪玲 冯浩 康振生
【目的】克隆小麦蒜氨酸酶基因CDs区,并对其进行序列特征分析和实时定量表达检测。【方法】采用电子延伸结合RT-PCR方法,从小麦叶片分离出蒜氨酸酶基因,网络资源分析其序列特征,实时定量PCR技术检测其在不同条件下的表达情况。【结果】克隆到1个小麦蒜氨酸酶基因TaAly1,其开放阅读框全长1 023bp,编码340个氨基酸,与水稻和玉米蒜氨酸酶基因的同源性为70%,其基因组DNA序列含有3个内含子;TaAly1在小麦幼苗根部几乎不表达,在叶部表达量最高,其次是茎部;植物激素GA、MeJA、SA处理及条锈菌接种和干旱、低温处理,均能诱导该基因的表达量迅速增加。【结论】成功克隆了小麦TaAly1基因...
关键词：
小麦 蒜氨酸酶 RT-PCR 克隆
[期刊] 华北农学报
[作者]
张沛沛 陈涛 景凡丽 刘媛 马靖福 田甜 王鹏 杨德龙
植物磺化肽激素受体(PSK receptor, PSKR)在促进植物细胞增殖和非生物胁迫中起着重要作用。为了探讨小麦PSKR的序列特征和生物学功能，采用同源克隆技术，从普通小麦品种晋麦47根组织中克隆出TaPSKR1 3个部分同源基因的cDNA序列，因3个基因分别位于6A、6B和6D染色体上，故分别命名为TaPSKR1-6A、TaPSKR1-6B和TaPSKR1-6D。并且利用生物信息学手段对其基因结构、蛋白理化性质、顺式作用元件、功能结构域及系统进化树进行分析，通过qRT-PCR分析TaPSKR1基因在不同组织以及不同逆境胁迫下的表达模式。结果表明，TaPSKR1-6A、TaPSKR1-6B和TaPSKR1-6D均包含一个外显子，其开放阅读框分别为3 153,3 132,3 156 bp,分别编码1 050,1 043,1 051个氨基酸。生物信息学分析结果表明，TaPSKR1定位在细胞膜上，具有信号肽、跨膜结构域和8个LRRs结构域及胞内激酶结构域，属于PSKR家族成员。系统进化显示，TaPSKR1蛋白与小麦近缘物种及水稻亲缘关系较近，处于同一分支上。实时定量PCR分析结果表明，TaPSKR1基因在根、茎、叶片、穗和种子中均有表达，在根中的表达量极高；逆境胁迫分析表明，干旱和盐胁迫处理下，叶片中TaPSKR1的3个部分同源基因的表达急剧上调，推测TaPSKR1可能在小麦抵抗逆境胁迫过程中起重要的调控作用。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
陈玥颖 郭军 代西维 段迎辉 魏国荣 黄丽丽 康振生
【目的】克隆小麦条锈菌产孢相关基因PsCon1,分析其在病菌不同发育时期的表达水平。【方法】利用RT-PCR和PCR技术克隆PsCon1的cDNA序列和基因组序列,采用生物信息学技术预测分析该基因的DNA序列结构及其编码蛋白的保守域等基本特性,运用实时荧光定量RT-PCR技术分析PsCon1在夏孢子,芽管以及不同侵染时间的表达水平。【结果】PsCon1由3个外显子和2个内含子构成,开放阅读框长为252bp,编码83个氨基酸;编码的蛋白PSCON1不含跨膜区,无信号肽,定位在细胞质,具有2个conidiation-specific protein6保守结构域。PsCon1与小麦秆锈菌核苷酸序列的...
[期刊] 华北农学报
[作者]
杜晨阳 李玲莉 刘素君 高宏欢 冯健超 孙婉 王晨阳 卢红芳 马冬云
为了明确小麦查尔酮合成酶(CHS)基因TaCHS的表达规律以及挖掘TaCHS的等位变异,克隆了小麦TaCHS基因,并对其序列特征、表达特性及其在不同品种之间的多态性进行了分析。生物信息学分析表明,TaCHS基因属于多基因家族,编码的蛋白质分子质量为43.15 ku,理论等电点为6.43,属于疏水稳定蛋白,定位于细胞质中。进化分析表明,小麦TaCHS蛋白与二穗短柄草亲缘关系最为密切。TaCHS基因在根、茎、叶、籽粒中均有表达,其中在茎中表达量最高;在灌浆期,籽粒中TaCHS的表达量呈现出先升高后下降再升高的变化趋势,且在花后14 d的表达量达到第一个峰值。通过对119份小麦品种的TaCHS序列分析,发现其在不同小麦品种间的保守性较强,共发现4种变异类型,TaCHS-A1a、TaCHS-A1b、TaCHS-A1c、TaCHS-A1d分别占85.72%,7.56%,3.36%,3.36%。综上,TaCHS-A1a类型为主要的变异类型,而不同小麦品种TaCHS基因在籽粒中的表达可能与类黄酮类物质积累有关。
[期刊] 华北农学报
[作者]
王慧飞 冯雪 张一名 冯立峰 张瑜 陈光 孙艳香
为了深入研究棉花精氨酸酶基因对非生物胁迫的响应以及生理功能,利用电子克隆和RT-PCR技术从棉花中获得了精氨酸酶ORF序列Gh ARG1,盐渍、PEG6000胁迫及ABA、SA和MeJA处理棉花幼苗,并原核表达棉花精氨酸酶基因。生物信息学分析表明,其ORF序列长度为1 023 bp,编码340个氨基酸,具有典型的精氨酸酶保守结构域。q RT-PCR技术分析表明,在叶片中该基因转录水平上受盐渍、PEG6000胁迫及ABA、SA处理的诱导,而对MeJA下调其表达。将Gh ARG1完整的编码序列融合到原核表达载体p Cold-TF中,经过IPTG诱导及SDS-PAGE检测表明,Gh ARG1编码产物的分子量约为37 ku,与预期相符。p Cold-Gh ARG1重组菌粗酶液中精氨酸酶活性是对照菌的6倍。研究表明,棉花内源性精氨酸酶基因Gh ARG1可能通过ABA、SA信号途径参与棉花对盐渍和干旱胁迫的响应,且其克隆表达产物具有精氨酸酶活性,为开展其生理功能研究奠定了基础。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
路文静 李瑞娟 王效颖 李小娟 郭程瑾 谷俊涛 肖凯
【目的】蛋白磷酸化在介导非生物逆境信号的转导中具有重要作用。以笔者在低磷胁迫下鉴定的小麦促分裂原活化蛋白激酶(MAP激酶)基因TaMPK1a-1为基础,开展该基因应答低磷逆境分子特征的研究。【方法】利用cDNA-AFLP技术,鉴定特异上调表达的MAP激酶基因TaMPK1a-1。采用生物信息学技术研究基因结构和编码蛋白特征,采用半定量RT-PCR技术研究TaMPK1a-1应答低磷胁迫逆境的分子特征。【结果】TaMPK1a-1 cDNA长度为2170bp,开放阅读框为1737bp,编码578个氨基酸残基。TaMPK1a-1含有2个参与双重磷酸化作用的TEY和TDY基序。在正常供磷条件下,磷高效品种...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
孙金秋 徐莞媛 马杭柯 高威 欧阳乐飞 高焕 阎斌伦
本研究根据脊尾白虾(Exopalaemon carinicauda)转录组序列,采用c DNA末端快速扩增技术克隆获得了脊尾白虾丝氨酸羟甲基转移酶基因(SHMT)。该基因c DNA全长为1855 bp,其中,开放阅读框为1407 bp,5?端非编码区为39 bp,3?端非编码区为409 bp,共编码468个氨基酸,预测蛋白质的分子质量为152.55 kDa,理论等电点为4.90。同源性分析显示,脊尾白虾SHMT基因与甲壳类动物真宽水蚤(Eurytemora affinis)同源性最高,为96%。荧光定量分析结果显示,SHMT基因在脊尾白虾眼柄、胃、肝胰腺、心脏、鳃、肠、肌肉、腹索神经、皮下脂肪以及卵巢中均有表达,其中,卵巢表达量最高,心脏次之。不同浓度Cd2+胁迫结果显示,其在低浓度(0.0100、0.0175和0.021 mmol/L)Cd2+胁迫中的表达模式基本一致,呈先升高后下降再升高再下降的趋势;而在高浓度(0.0278 mmol/L)Cd2+胁迫中,该基因表达量很低,甚至不表达,说明高浓度Cd2+胁迫可以抑制该基因的表达,具体机制有待进一步研究。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
邓麟 王晓杰 刘新颖 蔡高磊 汤春蕾 魏国荣 黄丽丽 康振生
【目的】克隆受条锈菌诱导的小麦Hin1,研究其在小麦抗条锈病防御反应以及抗非生物胁迫过程中的作用。【方法】通过电子克隆、RT-PCR方法,从条锈菌侵染的小麦水源11中分离出一个编码HIN1的cDNA序列;通过生物信息学工具对DNA序列及其编码的蛋白序列进行分析;利用实时荧光定量PCR分析该基因在小麦不同器官、与条锈菌互作、外源激素处理以及非生物胁迫下的表达情况。【结果】分离得到小麦Hin1,命名为TaHin1,开放阅读框为642bp,编码213个氨基酸,分子量为23.24kD,等电点8.67,具有信号肽和HIN1结构域,可能为分泌蛋白;与高粱和水稻HIN1同源性达80%;表达分析结果表明,Ta...
关键词：
条锈菌 TaHin1 电子克隆 表达特征
[期刊] 华北农学报
[作者]
于月华 张跃强 海热古力·阿不力孜 刘真芳 梁小莉
为了发掘小麦育性基因,采用同源克隆的方法,从小麦花药中克隆了3个与拟南芥AtMS2和水稻OsMS2基因同源的cDNA序列。TaMSR-1、TaMSR-2和TaMSR-3分别具有1 842,1 824,1 830 bp的开放阅读框,各自编码613,607,609个氨基酸。推导的蛋白质序列中包含2个保守区:NAD_binding和Sterile保守功能域。氨基酸序列分析发现,TaMSR与水稻OsMSR2和拟南芥AtMSR2具有较高的相似性。采用基因特异定位引物PCR技术对中国春缺失系材料进行扩增,将TaMSR-1、TaMSR-2和TaMSR-3基因分别定位于4AS、4DL和4BL染色体上。半定量R...
[期刊] 华北农学报
[作者]
景凡丽 张沛沛 苗永平 陈涛 刘媛 杨德龙
为明确磷酸蔗糖磷酸酶基因(SPP)的表达特征和生物学功能，进一步了解SPP参与蔗糖生物合成的调控机制。以小麦抗旱品种晋麦47的cDNA为模板克隆出3个位于第5同源群上的TaSPP同源基因，分别命名为TaSPP-5A、TaSPP-5B和TaSPP-5D。并利用生物信息学对小麦TaSPP的理化性质、基因结构、顺式作用元件、系统进化树和蛋白保守结构域等进行分析，通过qRT-PCR分析基因TaSPP的表达模式。结果表明，TaSPP-5A、TaSPP-5B、TaSPP-5D都包含8个外显子和7个内含子，TaSPP-5A和TaSPP-5D编码422个氨基酸，TaSPP-5B编码413个氨基酸。系统进化分析显示，小麦TaSPP基因与小麦的近缘物种在进化上处于同一分支，相似度较高。qRT-PCR表达分析结果显示，TaSPP基因在根、茎秆、旗叶、叶鞘、颖花、种子中均表达，其中在旗叶和茎秆中表达量较高；ABA、PEG-6000、NaCl和IAA胁迫均能诱导TaSPP基因的表达，表明小麦TaSPP基因可能在逆境胁迫过程中发挥重要作用。
[期刊] 华北农学报
[作者]
丁长欢 孙昭华 李小娟 肖凯
在富集低磷胁迫特异表达基因的小麦根系cDNA差减杂交文库中,鉴定了1个小麦WRKY型转录因子基因(TaWRKY46)。依据该基因的cDNA序列,在石新828中克隆了该基因。TaWRKY46的cDNA长度为872 bp,开放阅读框为669 bp,编码222个氨基酸残基,氨基酸组成上含有保守的WRKY基序和C2H2基序。系统进化分析表明,TaWRKY46与大麦WRKY34可能来自相同的祖先。与对照供磷水平(2 mmol/L Pi)相比,低磷处理(20μmol/L Pi)使根系中TaWRKY46的转录本数量明显增多,表明TaWRK46对低磷胁迫逆境产生了明显应答。此外,TaWRKY46对氮、钾、锌和...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
李小娟 孙昭华 柯忻 路文静 郭程瑾 谷俊涛 肖凯
【目的】在克隆小麦锌指蛋白基因TaZAT6的基础上,深入研究该基因的分子特征和在不同磷水平下的表达特性。【方法】通过对富集石新828不同低磷胁迫时间点特异表达基因的cDNA差减文库克隆测序,获得1锌指蛋白型转录因子基因EST。利用RT-PCR技术,在低磷处理24h的石新828和冀7369根系中克隆了该锌指蛋白基因TaZAT6,并采用该技术进一步研究该基因应答介质中Pi的特征。【结果】TaZAT6开放阅读框为717bp,编码238个氨基酸残基,编码的蛋白质中含有1个保守的核定位区、2个C2H2锌指蛋白域和1个DLN保守盒。系统进化分析表明,TaZAT6可能与另外2个小麦锌指蛋白基因ZAT22和Z...
[期刊] 华北农学报
[作者]
孙丽静 张哲 刘茜 胡梦芸 张颖君 吕亮杰 李辉
细胞分裂素在植物生长发育和抵御盐、干旱等非生物胁迫过程中发挥着重要作用。为了研究小麦细胞分裂素信号转导途径中组氨酸磷酸转运蛋白基因的功能和在植物逆境响应中的分子机制,以电子克隆结合RT-PCR的方法,从小麦中克隆了组氨酸磷酸转运蛋白基因Ta HP4。该基因的开放阅读框为456 bp,编码的蛋白长度为151个氨基酸,推测的蛋白分子量为17.71 ku,等电点为9.09,属于碱性蛋白,具有一个HPt结构域和一个负责磷酸基团传递的保守的组氨酸位点。多序列比对和系统进化树分析表明,Ta HP4与水稻和玉米中不含保守组氨酸位点的Os PHP1-Os PHP3和Zm HP4亲缘关系较近,相似性为62.3%~88.7%;而与小麦中前期已经克隆的Ta HP1-Ta HP3亲缘关系较远,相似性仅为32.2%~34.2%。Ta HP4基因表达模式具有较强的组织特异性,在叶、穗、茎等地上部表达量较高,而在根中则表达量很低。另外,Ta HP4基因受盐、干旱和ABA抑制表达,初步推测该基因可能在小麦抵御逆境胁迫的生物学过程中具有重要作用。
[期刊] 华北农学报
[作者]
周倩怡 黄思杰 田洁
中性/碱性转化酶作为植物蔗糖代谢的关键酶，主要参与植物生长发育、逆境胁迫响应等过程。为探究大蒜AsNI对逆境胁迫的响应模式，以乐都紫皮大蒜为试验材料，克隆得到2个中性/碱性转化酶基因，并进行了生物信息学和表达特性分析。结果表明，AsNI1和AsNI2的开放阅读框分别为522,1 203 bp,编码173,400个氨基酸；AsNI1与AsNI2均为亲水性蛋白，预测定位于细胞质，具有Glyco＿hydro＿100结构域；但二者的氨基酸序列相似性仅为25.75%,AsNI2含有1个糖基化位点，而AsNI1未检测到糖基化位点，二者的亲缘关系较远。蛋白互作网络分析结果表明，AsNI2与AsNI1可能参与不同的生化过程。启动子序列分析发现，AsNI1和AsNI2的启动子区域含有多个与响应相关的顺式作用元件，其中AsNI2启动子的干旱和低温胁迫响应元件个数显著大于AsNI1。通过对启动子转录因子结合位点进行预测发现，二者含有不同种类及数量的结合位点，表明AsNI1和AsNI2可行使不同的基因功能。qRT-PCR检测发现，AsNI的表达具有明显的组织特异性，AsNI1和AsNI2分别在根和鳞茎中表达量最高。同时，逆境胁迫能够诱导AsNI表达，低温和干旱处理下均以AsNI2的响应程度强于AsNI1。其中，低温胁迫以诱导叶片AsNI2的表达为主，干旱胁迫以诱导根系AsNI2的表达为主。通过分析AsNI的序列特征和表达模式，验证了AsNI的抗逆功能。
[期刊] 水产学报
[作者]
彭扣 胡蓓娟 赵大显 王军花 盛军庆 吴娣 史建伍 洪一江
为了解淡水贝类是否存在组织蛋白酶Ｌ的亚型及其亚型的免疫相关作用，本实验利用已构建的池蝶蚌血细胞全长ｃ ＤＮＡ文库，筛选获得与之同源的ＥＳＴ序列，结合ＲＡｃＥ技术进一步克隆了池蝶蚌一个新的组织蛋白酶Ｌ基因的ｃ ＤＮＡ全长，命名为ＨＳ ｃＴＳ Ｌ１－ＬｉｋＥ基因（ＧＥＮ ＢＡＮｋ登录号为ｋＦ０１５２７３）。该序列全长为１２８０ Ｂｐ，５′－非翻译区（５′ＵＴＲ）为３１ Ｂｐ，３′－非翻译区（３′ＵＴＲ）为２５６ Ｂｐ，开放阅读框区（ＯＲＦ）为９９３ Ｂｐ，编码３３０个氨基酸，预测蛋白相对分子量为３６．８６ ｋＵ，理论等电点为６．２３。序列分析结果显示，ＨＳ ｃＴＳ Ｌ１－ＬｉｋＥ与其他软体动物相对．．．
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