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[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
黄发平 张林生 王路平 蒋斌 文建雷
【目的】对小麦类脱水素基因进行克隆与分析,为深入研究植物脱水素的结构及其在耐旱中的可能功能提供理论依据。【方法】利用PEG胁迫处理小麦幼苗,采用RACE方法,从干旱诱导的郑引1号小麦中获得脱水素基因,采用生物信息学方法对该基因进行耐旱功能分析。【结果】获得了小麦脱水素基因新成员WZY2的全长序列,其长度为849 bp,含1个459 bp的开放阅读框,编码152个氨基酸。该氨基酸序列具有明显的脱水素类蛋白特征(K片段),由2个K片段、1个S片段和1个Y片段组成,属于YSK2型脱水素。该脱水素具有较高的亲水性,表明该蛋白在束缚自由水、稳定膜结构方面有一定作用。【结论】从水分胁迫的郑引1号小麦中克隆...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
蒲至恩 龙海 魏育明 颜泽洪 郑有良
【目的】进一步了解斯卑尔脱小麦(Triticum spelta L.)α-醇溶蛋白基因序列信息。【方法】根据已知的普通小麦α-醇溶蛋白基因序列设计引物,采用PCR方法,克隆基因并进行序列分析。【结果】从NGB5149中克隆得到两个α-醇溶蛋白基因序列Gli-Spelt-1和Gli-Spelt-2(GenBank登录号分别为DQ234066和DQ234067)。它们具有α-醇溶蛋白基因的典型结构特征,但Gli-Spelt-1是一个假基因。Spelt-Gli-2编码区全长849bp,编码263个氨基酸。【结轮】氨基酸序列比较显示,Gli-Spelt-1和Gli-Spelt-2与已报道的α-醇溶蛋白...
[期刊] 华北农学报
[作者]
张楠 王海燕 刘大群
根据丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶类催化结构域Ⅰ和Ⅷ氨基酸保守序列设计简并引物,以TcLr19、TcLr35和感病对照Thatcher的cDNA为模板进行抗病基因同源序列的PCR扩增,得到了6条通读的抗病基因同源序列(RGAs)Lr19-RGA1、Lr19-RGA2、Lr19-RGA3、Lr35-RGA1、Lr35-RGA2和TC-RGA。在NCBI中用BLASTp比对发现,Lr19-RGA1、Lr19-RGA2、Lr19-RGA3、Lr35-RGA1和Lr35-RGA2编码的氨基酸序列具有丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(Serine-thre-onine kinase,STK)的催化结构域Ⅱ-Ⅷ。对序列分析...
[期刊] 华北农学报
[作者]
王俊斌 李明 丁博 包曙光 王锐 谢晓东
为获得更多小麦抗逆基因资源,利用RT-PCR方法克隆了磷脂酶D基因(PLD),命名为TaPLDα,并对基因及其蛋白进行了生物信息学分析。结果表明,TaPLDα开放阅读框为2 394 bp,编码812个氨基酸残基,等电点5.30,分子量为92 kDa。序列分析显示,TaPLDα基因编码的氨基酸序列含有N端C2结构域及2个保守的活性中心。预测TaPLDα蛋白是一个亲水性稳定蛋白且定位于细胞质,其二级结构含28.82%的α-螺旋、20.07%的延伸链、6.03%的β-转角和45.07%的不规则卷曲。该蛋白不存在信号肽,无跨膜区。TaPLDα与水稻、玉米和拟南芥的PLDα氨基酸序列之间具有高度的保守性...
关键词：
小麦 磷脂酶Dα 基因克隆 生物信息学
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
郭鹏 邢鑫 张万筠 姜健
以欧美杨为材料，通过ＲＴ－ＰＣＲ方法从欧美杨叶片中克隆到了抗旱脱水素ＤＨＮ２ｂ基因（命名为ＰＤＤＨＮ２ｂ），该基因开放阅读框为１４４０ ｂＰ，编码３７９个氨基酸，绝大多数氨基酸组成属于亲水性氨基酸，无明显跨膜结构域。亚细胞定位表明ＰＤＤＨＮ２ｂ基因定位在细胞质或细胞膜上。荧光定量ＰＣＲ分析表明：该基因在顶端中表达量最高，功能叶、根和茎中则无表达。同时该基因受ＮａＣｌ、ａｂａ和干旱等诱导表达。另外，构建了原核表达载体ＰＥＴＰＤＤＨＮ２ｂ，并在大肠杆菌ｂｌ２１中表达融合蛋白，诱导纯化后免疫小白鼠，制备抗体。ＳＤＳ－ＰａＧＥ电泳结果表明，融合蛋白分子量为５８ｋｕ。最后利用Ｎｉ－ＮＴａ纯化的ＰＤＤＨＮ．．．
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
郭鹏 邢鑫 张万筠 姜健
以欧美杨为材料,通过RT-PCR方法从欧美杨叶片中克隆到了抗旱脱水素DHN2b基因(命名为PdDHN2b),该基因开放阅读框为1440 bp,编码379个氨基酸,绝大多数氨基酸组成属于亲水性氨基酸,无明显跨膜结构域。亚细胞定位表明PdDHN2b基因定位在细胞质或细胞膜上。荧光定量PCR分析表明:该基因在顶端中表达量最高,功能叶、根和茎中则无表达。同时该基因受NaCl、ABA和干旱等诱导表达。另外,构建了原核表达载体pETPdDHN2b,并在大肠杆菌BL21中表达融合蛋白,诱导纯化后免疫小白鼠,制备抗体。SDS-PAGE电泳结果表明,融合蛋白分子量为58ku。最后利用Ni-NTA纯化的PdDHN...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
王颜 王际睿 郑有良 魏育明
【目的】从栽培大麦(Hordeum vulgare)中分离并克隆对植物细胞周期起负调控作用的RBR(retinoblastoma-related),鉴定大麦RBR(HvRBR)分子特征,明确其与同源基因间的亲缘关系和分类地位,为探索动、植物生长发育过程中细胞增殖和分化相关调控途径的研究提供理论依据。【方法】通过对植物RBR生物信息学分析,根据RBR保守区域序列设计通用引物,采用PCR方法从栽培大麦DNA和苗期总cDNA中分别分段克隆,获得特征序列后在DNAMAN软件下进行序列分析、多重序列比对并构建系统树。【结果】从栽培大麦籽粒皱缩突变材料GSHO1854中获得全长为5547bp的大麦HvRB...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
占思远 董尧 李利 仲涛 王林杰 张红平
【目的】克隆获得南江黄羊ＩＧＦＢＰ－２（ＩｎｓｕｌＩｎ－ｌＩｋｅ Ｇｒｏｗｔｈ Ｆａｃｔｏｒ ＢＩｎｄＩｎＧ ＰｒｏｔｅＩｎ－２）基因的ｃｄｓ区全序列，对其进行生物信息学分析，并分析ＩＧＦＢＰ－２的ｍｒｎａ和蛋白组织表达特征，为深入研究该基因在出生后山羊生长和发育过程中的作用以及表达调控提供基础资料。【方法】下载ｎｃＢＩ的Ｇｅｎ Ｂａｎｋ数据库中公布的绵羊（ｏｖＩｓ ａｒＩｅｓ，ｎｍ＿００１００９４３６）和牛（Ｂｏｓ ｔａｕｒｕｓ，ｎｍ＿１７４５５５）的ＩＧＦＢＰ－２基因的ｍｒｎａ序列，经序列比对后采用保守区域序列并利用ＰｒＩｍｅｒ ＰｒｅｍＩｅｒ ６．０软件设计克隆引物，经Ｐｃｒ扩增后采用ｔ．．．
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
王建平 陈吉刚
鱼白细胞介素-2是近年来新发现的一类细胞因子。根据B ird等发表的河豚IL-2基因序列设计一对特异性引物,通过RT-PCR方法扩增和克隆了红鳍东方鲀(Fugu rubripes)白介素-2的核苷酸序列。该cDNA序列由490nt组成,编码由149个氨基酸组成的前体蛋白。序列分析表明,红鳍东方鲀IL-2核苷酸序列和氨基酸序列与目前已知的其它物种IL-2的核苷酸及氨基酸的同源性分别位于34%~44%和24%~43%之间,N端存在长22个氨基酸的信号肽,含有形成2个链内二硫键的4个半胱氨酸。遗传进化分析表明,红鳍东方鲀IL-2在遗传进化上具有其独立性。
关键词：
红鳍东方鲀 白细胞介素-2 克隆
[期刊] 华北农学报
[作者]
欧阳清渊 梁金敏 王郁石 甘翔 胡深强 王继文
旨在根据GenBank公布的人、原鸡、绿头鸭等物种HCRT和HCRTR2基因序列设计特异性引物克隆扩增鹅HCRT和HCRTR2基因编码区序列,并进行生物信息学分析;同时应用RT-qPCR技术检测HCRT和HCRTR2 mRNA在四川白鹅19个组织中的表达情况。成功获得鹅HCRT和HCRTR2基因完整编码区序列,分别为456,1 506 bp,各自编码151,501个氨基酸。其中,HCRT基因编码的前体食欲素蛋白水解后可产生OXA和OXB 2种多肽;序列分析表明,鹅OXA和OXB分别为含34,28个氨基酸的残留肽。序列比对结果显示,鹅OXA、OXB和HCRTR2氨基酸序列在近源物种间呈高度保守,提示OXA、OXB和HCRTR2可能在物种的进化中扮演着重要的角色;但各物种间食欲素蛋白的信号肽保守性较低,暗示其信号肽序列可能对于各物种的功能特性具有重要的意义。进化树分析表明,HCRT和HCRTR2两者进化较为相似,其中,鹅与鸡的亲缘关系最近,而与斑马鱼的亲缘关系最远。RT-qPCR结果显示,鹅HCRT和HCRTR2基因在下丘脑中的表达量均达到最高,且在其他组织中也有不同程度的表达,推测食欲素系统可能通过下丘脑-垂体-性腺轴(HPG)参与动物生殖机能的调节。为进一步研究HCRT和HCRTR2基因在鹅繁殖活动中的作用奠定了基础。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
孙建和 陆苹 蒋静
分别用鸡传染性法氏囊病病毒感染和用ConA免疫刺激健康鸡 ,无菌取处理鸡的脾脏 ,匀浆后用Tr izol抽提细胞总RNA ,应用随机引物反转录获得cDNA ,设计引物 ,经PCR扩增获得鸡白介素 - 6 (ChIL - 6 )基因 ,应用pGEM -T载体克隆该基因 ,经测序 ,表明其与GeneBank中公布的唯一的一个ChIL - 6基因为同源基因。
关键词：
鸡 ChIL-6基因 基因克隆
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
王长康 李昂 仲妍妍 王寿昆 王宏 王光瑛
为探明番鸭的遗传分化,以番鸭脑垂体的总RNA为模板,用反转录—聚合酶链式反应(RT-PCR)方法扩增了含有催乳素(PRL)基因的DNA片段,将其克隆到pMD18-T载体上并进行了序列分析.结果表明,番鸭PRL基因由765 bp组成,编码229个氨基酸;与已报道的北京鸭、马岗鹅、皖西白鹅、莱茵鹅、家鸡、火鸡、鹌鹑等禽类PRL基因相比,PRL基因的核苷酸和氨基酸序列同源性为91.0%-99.0%和98.3%-99.1%.说明PRL基因在进化过程中相当保守.番鸭PRL基因氨基酸序列与北京鸭比较两者并没有太大差别,仅在第9(K/E)、176(V/I)、194位(K/I)各有一个突变,可以推测这两者之间...
[期刊] 华北农学报
[作者]
李富强 张小丽 马小军 罗秀刚 岳燕 姜力飞 王恩丽 时帅峰
运用RT-PCR和PCR技术克隆基因,应用DNAStar对获得的cDNA及推测的氨基酸序列进行分析。从合作猪脾脏组织中克隆IFN-γcDNA ORF全长501 bp,共编码166个氨基酸,N端具有由23个氨基酸组成的信号肽,该蛋白预测的分子质量为19.418 5 kDa,等电点为9.54,合作猪IFN-γ核苷酸序列上共发现9个磷酸化位点,分别为Ser(7)、Thr(1)、Tyr(1);2个N-糖基化位点,分别在第39位和第106位Asn处。序列比较结果表明,合作猪IFN-γ基因序列与藏猪、印度猪种、内江猪、牛、狗的同源性较高,与人类和鸡的同源性较低。对于小分子蛋白质和多肽,有义突变和无义突变对...
关键词：
合作猪 IFN-γ 克隆 序列分析
[期刊] 林业科学研究
[作者]
陈鸿鹏 朱凤云 吴志华 谢耀坚
甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)是高等植物糖酵解和糖异生反应中的关键酶,是维持生命活动能量形成的最基本酶之一,它氧化甘油醛-3-磷酸生成1,3-二磷酸甘油酸,由此为糖酵解过程提供产生ATP的底物[1-4]。此外,由于该酶基因为管家基因,几乎在所有组织中都高水平表达,在同种细胞或组织中的蛋白质表达量较为恒定,故被广泛用作实时荧光定量PCR的内参基因[5-9]。近年来,随着研究
[期刊] 华北农学报
[作者]
梁春年 王宏博 吴晓云 褚敏 郭宪 阎萍
为研究牦牛胰岛素样生长因子1受体基因(IGF-IR)的结构和功能,采用同源克隆和RT-PCR方法分段扩增牦牛IGF-IR,拼接获得全长序列,利用生物学软件进行分析。结果表明,牦牛IGF-IR基因ORF长约4 104 bp,编码1 367个氨基酸;理论分子量约154. 95 ku,等电点p I值约5. 71。与黄牛IGF-IR比较,牦牛IGF-IR基因序列有20处碱基改变,其中G到T碱基颠换2次,G到A碱基转换2次,C到T碱基转换7次,A到G碱基转换3次,T到C碱基转换6次,以及3个位点氨基酸改变(G6R、T29I和S30I)。系统进化分析表明,牦牛与黄牛、猪、人、狗、小鼠、猩猩等物种IGF-IR氨基酸相似性均大于92%,处于同一进化分支,具有高度同源性。蛋白结构预测表明,牦牛IGF-IR包含半胱氨酸富集区(FU)、纤连蛋白Ⅲ型结构域(FN3)、跨膜结构域(TM)及酪氨酸蛋白激酶区(Tyr Kc),具有该受体家族的特征结构域。同源建模表明,其成熟区段氨基酸序列与人的IGF-IR有98. 68%的相似性。为后续牦牛IGF-IR基因的功能研究奠定了基础。
关键词：
牦牛 IGF-IR基因 克隆 序列分析
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