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[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
王艺儒 索玉静 傅建敏
[目的]对小果甜柿果实转录组中的SSR、SNP和InDel位点进行分析,为开发中国甜柿特异性分子标记、早期鉴定和遗传多样性分析奠定基础。[方法]以中国甜柿传统小果类型种质为材料,在果实发育的5个时期采样,抽提RNA,采用MISA和GATK3软件对小果甜柿果实转录组进行SSR、SNP和InDel位点特征分析。[结果]在小果甜柿果实转录组中共发现42 427个SSR位点,分布于26 928条unigenes上,发生频率为31.52%;在重复基元类型中,单碱基重复数量最多,六碱基重复最少,其中出现频率最高的基元为A/T,占总SSR数量的40.91%;各类型重复基元的重复次数集中在5～20次,SSR序列长度介于10～74 bp。共检测到1 070 614个SNP位点和167 924个InDel位点,其中SNP位点平均每kb出现11.46个,InDel位点平均0.556 kb出现1个,且均以含1个位点的unigenes数最多。[结论]小果甜柿转录组中SSR、SNP和InDel位点丰富,具有潜在较高的多态性,有助于后续中国甜柿特异性分子标记的开发。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
杜改改 孙鹏 索玉静 韩卫娟 刁松锋 傅建敏 李芳东
为深入开发柿SSR和SNP分子标记,进而推动柿品种鉴定和遗传多样性等研究,以‘禅寺丸’柿的雌雄花芽转录组序列为基础,对SSR和SNP位点进行发掘。结果表明:转录组测序获得了154 741条unigene,其中有38.49%unigene在数据库中得到注释。利用MISA软件进行SSR位点的搜索,共得到44 304个SSR,包含83种重复基元,其中以A/T类型为主的单核苷酸重复所占的比例最高(20 006个,占47.63%),其次是以AG/CT类型为主的二核苷酸重复(16 055个,占38.23%),再次是以
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
刘玉林 李伟 董树斌 沐先运 张志翔
【目的】利用高通量测序技术分析文冠果转录组中SSR位点分布类型与特征,并设计开发EST-SSR标记,为文冠果的遗传多样性分析提供标记资源。【方法】利用MISA软件筛选文冠果51 867条unigenes中的SSR(26bp)位点,统计分析SSR位点的分布特征、发生频率和平均分布距离。利用Prime 3在线软件随机设计合成60对EST-SSR标记,用我国7个省份的16份文冠果材料对所设计的标记进行多态性筛选;用Popgene 32软件分析标记的等位基因数(NA)、观测杂合度(HO)、期望杂合度(HE)和多态
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
李树战 王艺儒 孙鹏 李华威 傅建敏
【目的】旨在了解雄全同株性别类型‘龙岩野柿1号’雄花和两性花花芽转录组中的SSR位点及序列特征，为SSR分子标记开发提供理论依据。【方法】基于雄全同株种质‘龙岩野柿1号’花芽分化的两个形态学关键时期的雄花和两性花花芽转录组序列，运用MISA软件的默认参数即单碱基类型SSR重复数≥10、双碱基类型重复数≥6和三、四、五、六碱基类型重复数≥5对转录组获得的unigenes序列中的SSR位点进行搜索，分析SSR位点的序列特征。【结果】对‘龙岩野柿1号’转录组的82 910条unigenes进行搜索，共在25 349条unigenes上获得了38 751条SSR序列，发生频率为30.57%，出现频率为46.74%，平均每2.94 kb会出现1个SSR序列；双碱基重复类型SSR位点数目最多，占总SSR数的50.59%，单碱基重复类型SSR数目次之，占比24.59%；单碱基重复至三碱基重复类型的优势重复基元分别为A/T、AG/CT和AAG/CTT，分别占比22.8%、35.15%和7.77%，四碱基重复至六碱基重复类型的优势重复基元分别为AAAG/CTTT、AAAAG/CTTTT和AGGGCG/CCCTCG，占比分别为0.45%、0.09%和0.05%;SSR位点的基元重复次数以5～20为主，序列长度变化范围较大，为10～94 bp，共有11 731个SSR位点的序列长度≥20 bp，占比为30.27%。【结论】‘龙岩野柿1号’花芽的转录组中SSR位点丰富，具有较高的多态性，在柿属植物性别类型相关的分子标记开发、分子标记辅助育种和遗传多样性分析中具有较大的应用潜力。
[期刊] 草业科学
[作者]
张婷婷 张鹤山 宋康杰 赵泽宇 许本波 刘洋
本研究旨在了解白三叶(Trifolium repens) SSR位点信息和序列特征,开发多态性SSR引物,区分20份白三叶材料。对白三叶不同颜色的花瓣进行转录组(RNA-seq)测序,并根据转录组测序结果中的SSR位点批量设计引物,随机选择60对引物进行多态性验证,选择多态性高的引物指纹图谱构建。结果表明,白三叶转录组中含有SSR位点的序列有24 960个,出现频率为13.25%,平均约5.29 kb出现1个SSR位点;白三叶转录组SSR重复碱基类型有6种,其中三碱基重复占比最高(33.70%),其次为双碱基(28.26%)和单碱基重复(25.02%),其他碱基重复类型较低,仅占总SSR的9.01%。A/T (24.85%)、AG/CT (16.48%)和AAG/CTT (8.89%)分别为单碱基到三碱基的优势重复单元;单碱基至六碱基各基元重复次数集中在4～21次,占总数量的98.11%;序列长度变化在12～35 bp,占总数的96.43%;根据SSR位点序列设计出18 594对引物,占总SSR的74.50%;60对随机引物中能扩增出条带的有52对,多态性引物17对,分别占86.7%和32.7%;以多态性较高的5对引物构建的白三叶指纹图谱,能够有效地将20个不同白三叶品种区分开。本研究中白三叶转录组SSR位点分布频率高,类型丰富,具有较高的多态性,在白三叶遗传多样性分析、分子标记辅助育种和指纹图谱构建中具有较大的应用潜力。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
申璐 沈火林 柴敏 王银磊 杨文才
番茄(Solanum lycopersicum L.)基因组序列的出现为开发InDel标记提供了基础。本研究选用18个InDel和22个SSR标记对我国的59个和美国的23个鲜食番茄品种的基因组DNA多态性进行比较分析,以探讨InDel标记在分子育种中应用的可行性。结果表明:在82个品种中InDel标记比SSR标记的多态性低;InDel与SSR标记扩增到的条带数在我国的品种中差异显著,但在美国的品种中差异不显著;InDel标记扩增到的条带数在我国的品种和美国的品种间差异极显著。聚类分析发现我国育成的番茄品种间遗传差异非常小,而我国品种与国外品种间遗传差异较大。
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
尹跃 安巍 赵建华 王亚军 樊云芳 曹有龙
分析黑果枸杞Lycium ruthenicum转录组中简单重复序列(SSR)位点信息,开发SSR分子标记。采用MISA软件在黑果枸杞转录组中共检测到73 896个SSR位点,分布于56 170条单基因簇(unigenes)中,出现频率为26.36%,平均分布距离为3.55 kb。优势重复基序为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸,分别占总SSR位点的74.33%, 13.30%和11.81%;共发现84种重复基序,重复次数为5～33次,其中出现频率最高的基序为A/T, AG/CT, AT/AT, C/G和AAC/GTT。针对SSR位点设计了12 674对引物,随机挑选128对引物进行多态性验证,其中74对(57.8%)得到清晰的扩增产物;用其中的28对高多态性引物对24份枸杞种质进行扩增,共检测到等位基因256个,平均为9.1个。平均主效等位基因频率、观察杂合度、期望杂合度和多态信息量分别为0.432, 0.439, 0.712和0.678。以上结果表明:基于黑果枸杞转录组测序得到的Unigene信息可作为开发SSR标记的有效来源,获得的大批量SSR标记可为枸杞遗传多样性分析和遗传图谱构建提供可靠的标记选择。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
乌日娜 徐舶 石凤翎
[目的]对直立型扁蓿豆转录组简单重复序列(SSR)特征进行分析,为开发扁蓿豆新的分子标记奠定基础。[方法]以直立型扁蓿豆叶片为材料,通过Illumina HiSeq X Ten测序平台进行高通量测序,利用MISA软件对转录组数据进行SSR位点搜索,并对SSR位点的分布及其序列特征进行分析。[结果]在直立型扁蓿豆中得到308449条参考序列(Unigene),从中挖掘到89 688个SSR位点,SSR出现频率为29.08%,平均分布距离3.17 kb。SSR重复基元数量以单核苷酸为主(53 710个SSR,占比59.89%),三核苷酸(18 586个SSR,占比20.72%)、二核苷酸(15 446个SSR,占比17.22%)次之。在159种重复基元中,单核苷酸A/T类型占比最高(58.50%),其次为二核苷酸AG/CT基元(8.29%)。直立型扁蓿豆转录组SSR以6～15次重复为主,6种核苷酸重复类型数量总体表现为随着基元重复次数的增加而减少。SSR长度主要集中在12～120 bp,此长度范围SSR数量占SSR总数的41.62%,具有较高多态性潜能的SSR(长度>20 bp)位点数为20 557,占比22.92%。[结论]直立型扁蓿豆SSR位点出现频率高、基元重复类型丰富、多态性潜能高,在扁蓿豆遗传多样性与品种分子鉴定及新的分子标记开发等方面具有较大的应用价值。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
乔雨 石凤翎 张雨桐 钱亚斯 闫伟 伊风艳
[目的]对蒙农红豆草花瓣转录组微卫星SSR特征进行分析,为开发新的分子标记及探明各类性状的遗传机制研究奠定基础。[方法]以蒙农红豆草突变群体中浅色花瓣和紫红色花瓣(对照)为试验材料,通过Illumina HiSeq~(TM) 2000对其进行高通量测序和组装,利用MISA软件对其所有Unigene进行SSR搜索,并对SSR分布及其序列特征进行分析。[结果]在蒙农红豆草转录组数据中共获得53 009条Unigene,其中6 202条Unigene上分布了8 175个SSR位点,每5.86 kb就有1个SSR位点;重复基元数量以三核苷酸为主(49.13%),二核苷酸次之(22.07%);在284种重复基元中以AG/CT类型最高(16.16%),其次为AAG/CTT(14.30%);三核苷酸基元重复次数种类最多(11种),二核苷酸次之(10种)。随着基元重复次数的增加,核苷酸数量减少。蒙农红豆草SSR长度为12～441 bp,主要集中在12～24 bp,其中具有高度多态性潜能的SSR(长度≥20 bp)有3 130条(38.29%)。[结论]蒙农红豆草SSR位点出现频率高、基元类型丰富、分布密度大、多态性潜能高,在红豆草基因定位和分子标记辅助育种等方面具有较大的应用价值。
关键词：
蒙农红豆草 花瓣转录组 微卫星SSR
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
于爱清 施永海 徐嘉波 陆根海 张海明 谢永德 刘永士
本研究利用MISA软件挖掘长江刀鲚(Coilia ectenes)肌肉和肝脏转录组中的微卫星标记,为刀鲚选育群体的种质资源评估和分子标记辅助育种奠定基础。结果显示,从71869条Unigenes中共获得33896条重复单元长度为1～6碱基的微卫星序列;刀鲚转录组中不同类型微卫星的重复基序具有不同的分布特征,其中,单核苷酸重复、二核苷酸重复和三核苷酸重复为主要的微卫星重复类型,分别占总微卫星数目的 34.94%、49.47%和13.34%;不同微卫星重复类型的优势重复基序亦有所不同,其中,A/T为单核苷酸重复基序的优势重复基序占86.25%,AC/GT为二核苷酸重复基序的为优势重复基序占75.25%,AGG/CCT为三核苷酸重复基序的优势重复基序占28.57%;不同微卫星重复基序核苷酸的数量和重复次数亦有所不同,重复次数伴随着重复单元中核苷酸数量的增加而呈现降低的趋势;从100对四核苷酸重复的SSR引物中筛选获得了16对多态性微卫星标记,并以此为基础,对长江刀鲚选育群体(F_3)的遗传学特征进行了初步评估,结果显示,长江刀鲚选育群体F3的平均有效等位基因数(N_e)、平均观测杂合度(H_o)、平均期望杂合度(H_e)和Shannon多样性指数I分别为1.7580、0.3414、0.3977和0.6278。以上结果表明,基于刀鲚转录组数据批量开发微卫星是切实可行的,所开发的多态性微卫星标记能够应用于长江刀鲚选育群体的遗传背景评估和进一步的遗传育种研究。
关键词：
刀鲚 转录组 微卫星 分子标记
[期刊] 林业科学研究
[作者]
雷淑芸 张发起 Khan Gulzar 王久利 刘海瑞 陈世龙
利用Illumina Hi SeqTM2000平台对采自青海玉树的青杨进行高通量测序,SSR分析共获得7 067条SSR序列,复合型SSR共525条,发生频率0.149,平均跨度4 531.87 bp。SSR重复类型中,单核苷酸重复类型最多(33.96%);三核苷酸重复类型次之(31.00%);二核苷酸重复类型位居第三(27.69%);四核苷酸、五核苷酸、六核苷酸重复类型SSR含量很少(<8%)。二核苷酸重复类型中,AG重复类型所占比例最高,GA次之,CT、TC则紧随其后;三核苷酸重复类型中,AAG重复类型所占比例最高,GAA次之,TTC、AGA、GAG、CAG、TCT、TGG等重复类型数量相...
[期刊] 华北农学报
[作者]
国钰环 YAMAMOTO Naoki 彭正松 廖明莉 魏淑红 吴一超 杨在君
为了进一步定位Pis1基因,加快小麦的分子标记辅助育种工作,获得高质、高产、稳产的小麦品种。以川麦28(CM28)与其三雌蕊近等基因系CM28TP为研究材料,对CM28和CM28TP幼穗的3个阶段(幼穗长度为0.2～0.5 cm, 0.5～0.7 cm, 0.7～1.0 cm)进行转录组测序,然后通过GO数据库对变异位点所在的基因进行分类分析,并选取4个位于Pis1基因附近的SNP标记进行验证。结果表明,CM28TP和CM28幼穗3个阶段共有的SNP/InDel位点为5 310个,其中SNP位点5 024个,InDel位点286个。SNP位点中转换类型(63.33%)多于颠换类型(31.28%),两者的比值达到了2.02;InDel位点中插入类型(152个)多于缺失类型(134个);SNP/InDel位点在A基因组上分布最多、其次是B基因组、D基因组上最少。对SNP/InDel所在的基因进行GO分类注释表明,生物学进程中基因的占比最高,其次是细胞组分和分子功能。SNP/InDel位点对蛋白质功能的影响预测表明,有36个变异位点会严重影响蛋白质功能,中度影响蛋白质功能的位点有1 279个。从Pis1基因的定位区间附近筛选了4个SNP位点进行PCR扩增和测序验证,发现这4个位点与RNA-Seq分析结果一致,这表明挖掘出的SNP/InDel位点是准确的。本研究丰富了小麦中的SNP/InDel标记,为小麦高密度遗传图谱构建、基因定位和分子标记辅助选择育种奠定了基础,同时开发出的4个位于Pis1基因附近的SNP标记,为图位克隆该基因提供了可能。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
宋少华 刘勤 陈卫平 孙超 王磊彬 渠慎春
［目的］通过研究果园土壤养分对‘阳丰’果实品质的影响，提出生产优质甜柿果品的土壤养分含量优化方案，为甜柿果园科学合理配方施肥，提高肥效提供理论参考。［方法］应用典型相关分析和多元线性回归等方法对陕西省眉县甜柿种植果园土壤养分含量和果实品质进行分析，筛选出影响甜柿果实品质的主要土壤养分因子，获得阳丰甜柿优质土壤养分含量优化方案。［结果］优质甜柿果园土壤养分含量优化方案为：有机质１９．９～３２．４ ｇ·ｋｇ－１，碱解氮５０．０～１７７．３ ｍｇ·ｋｇ－１，速效磷５～３０ ｍｇ·ｋｇ－１，速效钾３１９～６００ ｍｇ·ｋｇ－１，有效钙２００ ｍｇ·ｋｇ－１，有效镁１００～２００ ｍｇ·ｋｇ－１，有效铁．．．
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
宋少华1 刘勤2 陈卫平3 孙超1 王磊彬1 渠慎春1*
摘要：[目的]通过研究果园土壤养分对‘阳丰’果实品质的影响，提出生产优质甜柿果品的土壤养分含量优化方案，为甜柿果园科学合理配方施肥，提高肥效提供理论参考。[方法]应用典型相关分析和多元线性回归等方法对陕西省眉县甜柿种植果园土壤养分含量和果实品质进行分析，筛选出影响甜柿果实品质的主要土壤养分因子，获得阳丰甜柿优质土壤养分含量优化方案。[结果]优质甜柿园土壤养分含量优化方案为：有机质19.9~32.4 g?kg-1，碱解氮50~177.32 mg?kg-1，速效磷 5~30 mg?kg-1，速效钾 319~600 mg?kg-1，有效钙200 mg?kg-1，有效镁 100~200 mg?kg-1...
[期刊] 林业科学
[作者]
张振 张含国 莫迟 张磊
【目的】红松已开发的分子标记缺乏共显性的遗传标记,尚不能满足分子标记辅助育种的需要。利用转录组数据开发SSR标记目前仍然是较为经济高效的DNA分子标记开发策略,本研究利用高通量测序技术开发红松EST-SSR标记,掌握其在转录组序列中的分布类型及特征,为红松的SSR多样性分析及变异分析提供基础。【方法】利用SSR检索程序从红松转录组41 476条Unigenes中筛选得到1 757个SSR位点,并对SSR位点的数量、分布特征进行统计分析。设计合成101对SSR引物,采用琼脂糖电泳初步检查和聚丙烯酰胺凝胶电泳分离检测方法确定引物的多态性,并收集扩增产物,送测序验证,最终开发出16对SSR引物。合成...
关键词：
红松 转录组 EST-SSR 遗传多样性
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