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[期刊] 中国农业科学
[作者]
高贵田 陈克平 姚勤 徐家萍 王林玲 陈慧卿
目的克隆家蚕eIF2α全长cDNA,分析家蚕抗BmDNV-Z品系、感性品系eIF2α的点突变。方法利用荧光差异显示技术,在易感浓核病毒中国镇江株(BmDNV-Z)的家蚕品系华八中获得感性特异条带G13-1b650,通过电子延伸,设计特异引物验证。结果克隆了家蚕eIF2α(BmeIF2α)全长cDNA。其全长为1100bp(GenBank登录号:DQ073458),ORF框为999bp,编码332个氨基酸。BmeIF2α蛋白与草地贪夜蛾eIF2α蛋白同源性高达94.3%。具有保守的磷酸化位点S(51)R(52)R(52)R(54)R(56)K(60)R(63)。BmeIF2α有推定的3个蛋白激酶...
[期刊] 林业科学
[作者]
张党权 谭晓风 陈鸿鹏 曾艳玲 蒋瑶 李魏 胡芳名
As a high-grade edible oil tree native in China,tea-oil tree(Camellia oleifera)has the oil-yielded rate of about 55% from its kernel.The recent researches suggested that tea-oil would be one of the best vegetable oils,and even be better than olive oil with its abundant unsaturated fatty acids includ...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
许娟 石云平 韦绍龙 苏祖祥 林茜 桂杰 胡一凤 李小泉
【目的】克隆白及GDP-甘露糖焦磷酸化酶(GDP-mannose pyrophosphorylase)基因(Bs GMP)cDNA全长序列,分析该基因生物学信息,为该基因功能的进一步鉴定提供依据。【方法】基于同源序列克隆GMP基因中间片段,并采用RACE技术扩增GMP基因cDNA全长,用DNAMAN、Tmpred及Softberry等软件进行编码多肽序列、理化性质及亚细胞定位等分析。【结果】从白及叶片中克隆到的GMP基因全长1523 bp,其中包含1086 bp的开放阅读框(ORF),编码361个氨基酸,理论蛋白分子量为39.35 k Da,理论等电点为6.03。进一步分析发现该基因具有跨膜结构,亚细胞定位分析发现该基因主要分布于细胞质和线粒体。蛋白三级结构预测显示,Bs GMP蛋白有11个α螺旋,33个β折叠,46个β转角;该蛋白第1~24个氨基酸含有醛酮还原酶的保守结构域,第256~335个氨基酸含有Lbeta H家族保守区。BLAST多重序列分析表明,Bs GMP氨基酸序列与铁皮石斛、蝴蝶兰的亲缘性最高,分别达到95%和92%。【结论】成功克隆到白及GDP-甘露糖焦磷酸化酶基因(Bs GMP),并进行相关生物信息学分析,为该基因的进一步功能研究奠定了基础。
关键词：
白及 GMP 基因克隆 序列分析
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
郑玉娟 周文化 张党权 陈丽莉 陈容 龚建平
为了克隆分离月月桂AACT(乙酰辅酶A酰基转移酶)全长基因,并研究其基因特征和蛋白结构,以月月桂花瓣RNA为模板,通过反转录PCR及RACCE技术分离克隆AACT全长。再利用NCBI网站及生物信息学软件对其碱基分布、氨基酸组成、亲疏水性、二级结构、保守区及三级结构进行预测和分析,并对10个物种的AACT氨基酸进行多重比对,对基因进行进化分析。分离克隆出AACT基因的cDNA序列长为1580bp,编码405个氨基酸,该蛋白质相对分子质量为41347.89D,等电点为5.66,其中Ala含量最高为14.53%,平均疏水值为0.215,属Cond-enzymes超家族。氨基酸序列比对中,胡黄连、假马...
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
郑玉娟1 2 周文化2 张党权1 陈丽莉1 陈 容1 龚建平3
摘 要：为了克隆分离月月桂 AACT（乙酰辅酶 A 酰基转移酶）全长基因，并研究其基因特征和蛋白结构，以月月桂花瓣 RNA 为模板，通过反转录 PCR 及 RACCE 技术分离克隆 AACT 全长。再利用 NCBI 网站及生物信息学软件对其碱基分布、氨基酸组成、亲疏水性、二级结构、保守区及三级结构进行预测和分析，并对 10 个物种的 AACT 氨基酸进行多重比对，对基因进行进化分析。分离克隆出 AACT 基因的 cDNA 序列长为 1580bp,编码 405 个氨基酸，该蛋白质相对分子质量为 41347.89D，等电点为 5.66，其中 Ala 含量最高为 14.53%，平均疏水值为 0.21...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
吕爱丽 刘洪博 李旭娟 吴才文 刘新龙 曾千春
【目的】独脚金内酯是近年来发现的一种新型激素,能够有效抑制植物分枝(蘖),在其信号转导途径中MAX2/RMS4/D3基因扮演着十分关键的作用。为了研究该基因在甘蔗分蘖性状表现中的功能作用具有重要意义。【方法】本研究利用RT-PCR和RACE技术克隆出其同源基因(ScF-box)的c DNA全长,并对其序列和编码蛋白开展生物信息学分析。【结果】ScF-box基因的c DNA全长为2642 bp(KR870233),具2103 bp的开放阅读框(ORF,1132215 bp),编码700个氨基酸;蛋白质分析表
[期刊] 中国农业科学
[作者]
孙伟 李达 苏锐 马月辉 关伟军 张有法 陈玲 吴文忠 周洪
【目的】克隆绵羊YAP1基因cDNA并分析其序列及其蛋白的遗传特性及其在不同组织中不同程度的表达情况。【方法】以湖羊为研究对象,利用RT-PCR和RACE技术获得绵羊YAP1序列,并结合生物信息学方法对绵羊YAP1的序列进行深入分析。【结果】从湖羊背最长肌中克隆YAP1基因的全长cDNA序列;利用生物信息学技术,对绵羊YAP1基因与其它物种的同源性,蛋白质序列的跨膜区,亚细胞定位,亲水性,潜在信号肽剪切位点,糖基化位点,磷酸化位点,编码产物进行功能预测分析,及其编码蛋白的二级结构,三级结构等进行分析。【结论】克隆获得绵羊YAP1基因序列全长为1 712 bp,包括1 212 bp的编码区序列,...
关键词：
绵羊 YAP1 克隆 生物信息学 表达
[期刊] 中国农业科学
[作者]
金方园 徐红伟 达小强 柏家林 冯玉兰 臧荣鑫 杨具田
【目的】克隆兰州大尾羊过氧化物酶体增殖物激活受体(peroxisome proliferator-activated receptor gamma,PPARG)基因,分析其序列及编码蛋白的生物学特性,阐明PPARG基因在绵羊中的生物学作用,为生产应用提供理论依据。【方法】根据绵羊PPARG基因CDS序列设计特异性引物,利用RACE和RT-PCR技术克隆获得兰州大尾羊PPARG基因序列,结合生物信息学方法分析其生物学特性。【结果】克隆获得兰州大尾羊PPARG cDNA序列全长1 774 bp(GenBank序列号:KF727439),其CDS区片段长1 428 bp,编码475个氨基酸,编码区两...
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
郑玉娟 周文化 张党权 陈丽莉 陈容 龚建平
为了克隆分离月月桂ＡＡＣＴ（乙酰辅酶Ａ酰基转移酶）全长基因，并研究其基因特征和蛋白结构，以月月桂花瓣ＲＮＡ为模板，通过反转录ＰＣＲ及ＲＡＣＣＥ技术分离克隆ＡＡＣＴ全长。再利用ＮＣＢＩ网站及生物信息学软件对其碱基分布、氨基酸组成、亲疏水性、二级结构、保守区及三级结构进行预测和分析，并对１０个物种的ＡＡＣＴ氨基酸进行多重比对，对基因进行进化分析。分离克隆出ＡＡＣＴ基因的ＣＤＮＡ序列长为１５８０ＢＰ，编码４０５个氨基酸，该蛋白质相对分子质量为４１３４７．８９Ｄ，等电点为５．６６，其中ＡｌＡ含量最高为１４．５３％，平均疏水值为０．２１５，属ＣｏＮＤ－ＥＮｚｙｍＥｓ超家族。氨基酸序列比对中，胡黄连、假马．．．
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
王辉 叶晓霞 朱宇林 项文化 周兴文
为深入研究金花茶花瓣类胡萝卜素合成的分子机理,在成功提取金花茶花瓣总RNA的基础上,利用同源克隆和RACE技术克隆得到了异戊烯焦磷酸异构酶基因的cDNA序列全长,命名为CnIPI。碱基序列分析表明:CnIPI基因全长916 bp,包含有一个长度为747 bp编码248个氨基酸的开发阅读框。生物信息学分析表明:该基因编码的CnIPI蛋白质分子量为27.97 kD,为稳定亲水性蛋白,无信号肽;CnIPI蛋白的二级结构以无规则卷曲为主,β-折叠所占比例最少;CnIPI蛋白含有一个典型的异戊烯焦磷酸异构酶结构域。氨基酸序列同源性分析结果表明:CnIPI蛋白与茶、月季、杜鹃等植物IPI蛋白的同源性高于86%。CnIPI基因的克隆使全面理解金花茶花瓣类胡萝卜素合成的分子途径取得了新的突破,为进一步深入研究CnIPI基因的功能及金花茶花瓣类胡萝卜素合成的分子机理奠定了良好的理论基础。
[期刊] 林业科学
[作者]
尹立伟 池玉杰
【目的】克隆猴头菌ＣＢ１锰过氧化物酶（Ｍｎ Ｐ）基因，用于分析Ｈｅ－ＭｎＰ１基因及蛋白序列、基因的结构与功能，为研究猴头菌Ｍｎ Ｐｓ基因功能、转录调控和构建优良工程菌株提供参考。【方法】根据Ｇｅｎ Ｂａｎｋ中已报道的白腐菌Ｍｎ Ｐｓ基因Ｃ Ｄｎａ序列的保守区域设计引物，采用简并ＰＣＲ、逆转录ＲＴ－ＰＣＲ、Ｃ Ｄｎａ末端的快速扩增（ＲａＣｅ）等方法扩增出全长Ｃ Ｄｎａ基因序列，命名为Ｈｅ－ＭｎＰ１（Ｇｅｎ Ｂａｎｋ登录号为ＨＭ１１６８４１．３），并对其猴头菌Ｈｅ－ＭｎＰ１基因进行生物信息学的分析。通过ｎＣＢＩ数据库进行ＢＬａｓＴ同源搜索；ＯＲＦ ＦＩｎＤｅＲ查找该基因的完整开放阅读框（ＯＲＦ）；．．．
[期刊] 林业科学
[作者]
尹立伟 池玉杰
【目的】克隆猴头菌CB1锰过氧化物酶(Mn P)基因,用于分析He-mnp1基因及蛋白序列、基因的结构与功能,为研究猴头菌Mn Ps基因功能、转录调控和构建优良工程菌株提供参考。【方法】根据Gen Bank中已报道的白腐菌Mn Ps基因c DNA序列的保守区域设计引物,采用简并PCR、逆转录RT-PCR、c DNA末端的快速扩增(RACE)等方法扩增出全长c DNA基因序列,命名为He-mnp1(Gen Bank登录号为HM116841.3),并对其猴头菌He-mnp1基因进行生物信息学的分析。通过NCBI数据库进行BLAST同源搜索;ORF Finder查找该基因的完整开放阅读框(ORF);...
[期刊] 华北农学报
[作者]
张梅娟 徐红红 马天意 钱朋智 沙伟
水通道蛋白是一类较小的跨膜蛋白质,在植物抵御非生物胁迫过程中具有非常重要的作用。为了研究砂藓水通道蛋白基因的生物学功能,利用干旱处理转录组测序获得的序列信息,克隆获得1个水通道蛋白家族中质膜内在蛋白基因序列,命名为RcPIP2。生物信息学结果显示,RcPIP2基因全长序列为1 267 bp,包含807 bp的开放阅读框,编码含有268个氨基酸残基的蛋白质。该蛋白质分子质量预测为28.3 ku,理论等电点为6.64,为疏水性较强的稳定性蛋白;无信号肽,为非分泌型蛋白;含有6个跨膜结构域。保守结构域分析发现,RcPIP2具有膜内在蛋白(MIP)家族信号序列、高等植物高度保守序列HINPAVTFG和2个天门冬酰胺-脯氨酸-丙氨酸(NPA)基序。二级结构包括α螺旋(37.31%)、β折叠(20.9%)、无规则卷曲(38.43%)。三级结构预测发现,RcPIP2蛋白质的立体结构为典型的四聚体形式,由4个圆筒状亚基和中间的孔道构成。系统进化树分析表明,RcPIP2与小立碗藓中的PIP2蛋白质亲缘关系较近,聚为一类。由此推测,RcPIP2基因为水通道蛋白家族成员。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
余东亮 汪旭升 徐飞 傅衍
【目的】探索生物信息方法在家蚕基因组snoRNA预测中的应用,了解snoRNA在家蚕基因组的分布和结构特征。【方法】利用已有和自行设计的生物信息工具对家蚕基因组中BoxC/DsnoRNA进行预测和手工校正。【结果】获到家蚕基因组中的70个snoRNA和56个推测的甲基化位点。结构分析发现D′box和末端茎环结构的不保守性;分析snoRNA在基因组上的分布,未发现普遍的成簇分布的现象,且内含子和基因间隔区的snoRNA数目接近;预测得到的家蚕BoxC/DsnoRNA与已报道果蝇BoxC/DsnoRNA进行相似性分析,表明两个物种的BoxC/DsnoRNAs在一级结构上存在较大的差异。【结论】基于...
[期刊] 华北农学报
[作者]
张春兰 满丽莉 向殿军 李旭新 包乌日娜 刘鹏
SnRK2家族基因编码植物体内一类丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶,是ABA通路中影响植物抗逆能力的关键调控基因。基于SnRK2成员c DNA的保守区序列信息,利用RT-PCR与SON-PCR相结合的方法从雪菜中克隆了一个SnRK2全长c DNA序列,命名为BjSnRK2C。测序结果显示,该c DNA序列全长1 380 bp,包含一个137 bp的3’-非翻译区,一个214 bp的5’-非翻译区,一个1 029 bp的完整开放阅读框,编码342个氨基酸,在Gen Bank数据库的登录号为MF983711。BjSnRK2C蛋白激酶理论分子量为38. 2 ku,理论等电点为5. 61,属于亲水性蛋白,存在2个显著跨膜结构域,含有30处磷酸化位点,没有信号肽,最可能定位的位置是在细胞质上。BjSnRK2C蛋白激酶的二级结构具有130个α-螺旋、126个无规则卷曲、59个延伸链和27个β-转角。BjSnRK2C蛋白包含1个丝氨酸/苏氨酸酶活性结构域和1个ATP结合位点,同拟南芥AtSnRK2. 8蛋白激酶亲缘关系最近,处在同一进化分枝。雪菜BjSnRK2C蛋白激酶的三级结构与拟南芥AtSnRK2. 8蛋白激酶极为相似,推测它们具有类似的功能。BjSnRK2C蛋白激酶的C末端仅含有结构域Ⅰ,缺少结构域Ⅱ,暗示雪菜BjSnRK2C基因在参与非生物胁迫过程中很可能也是不依赖ABA调控通路的。研究结果可为今后深入研究BjSnRK2C功能奠定理论基础。
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