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[期刊] 西南农业学报
[作者]
杜周和 刘俊凤 刘彬斌 吴建梅 陈义安 张剑飞 鲁成
用生物信息学方法分析了家蚕α-淀粉酶基因的系统发育关系,发现Bmamy2是一个起源较早、变异丰富的基因。以之为标记基因,采用DNA序列分析法,对60个家蚕地方品种进行了遗传多样性检测,结果表明,Bmamy2基因组序列中碱基突变频率5.6%,单倍型多样度Hd=0.8294,核苷酸多样度π=0.02362±0.00122。Bmamy2是家蚕品种资源多样性分析中一个较好的标记基因。
关键词：
家蚕 淀粉酶基因 系统发育 遗传多样性
[期刊] 中国农业科学
[作者]
黄健华 贾世海 张勇 李木旺 刘文彬 苗雪霞 黄勇平
【目的】从分子水平研究不同家蚕品种间淀粉酶基因多态性差异,为家蚕的育种选择和遗传进化研究提供有力的证据。【方法】根据网上基因数据库中的家蚕α淀粉酶基因序列(序列号:U07847),在第4和第5外显子区设计了一对特异性引物,在1个镇江野蚕和6个不同的家蚕品种基因组内进行PCR扩增,发现了该基因区域在不同品种间的多态现象。【结果】根据所得基因测序结果信息,用Clustalx软件进行分析并构建了分子系统树。其聚类结果在一定程度上也比较符合家蚕地理和化性的分布,而且镇江野蚕和家蚕品种距离较远。【结论】家蚕淀粉酶是一个为家蚕的起源和进化密切相关的分子标记基因,值得更深入的研究和探讨。
关键词：
家蚕 淀粉酶基因 分子系统树
[期刊] 中国农业科学
[作者]
姜晓东 郭刚刚 张京
【目的】了解中国大麦地方品种的遗传多样性,为大麦α-淀粉酶活性基因寻找有效的分子标记。【方法】利用覆盖全基因组的41对简单重复序列(SSR)标记引物,对257份中国大麦地方品种进行PCR扩增;采用Nei’s遗传距离和邻接(neighbour-joining)法进行聚类分析;在对群体结构和连锁不平衡分析的基础上,进行基于全基因组的表型与基因型的关联分析。【结果】共鉴定出709个等位变异,平均每个位点的等位变异数为17个。41个SSR标记位点的多态性信息指数(PI)变化范围为0.23(Bmag 0385)—0.94(Bmac0032),平均为0.6385。257个中国大麦地方品种聚合成9个不同的结...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
姜晓东 张京 郭刚刚
【目的】通过对Amy32b遗传多样性研究,发掘与α-淀粉酶活性相关的等位变异。【方法】设计能够覆盖Amy32b序列的特异引物,研究该基因在中国大麦的等位变异类型:单核苷酸多态性位点(SNP)及插入(insert)、缺失(delete)等。利用RT-PCR获得Amy32b的全长cDNA序列,分别将携带等位变异的全长cDNA和截短cDNA连入表达载体pET-28a(+),并对表达产物进行纯化、活力测定及比较研究。【结果】根据对已公布的Amy32b(x05166)的扩增,发现在基因编码区有一多态性位点G/A(cSNP)和1个A碱基的插入/缺失突变。分别位于Amy32b的碱基序列2 269 bp和2 ...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
马朋 刘萍 李健 李吉涛 陈萍
采用PCR扩增技术对脊尾白虾的莱州湾、海洲湾、象山湾的3个野生群体共计62个个体的线粒体COI基因片段进行扩增和测序,获得长度为658bp核苷酸序列。62条序列T、C、A、G和A+T的平均含量分别为31.53%、22.63%、27.30%、18.53%和58.83%,A+T含量显著高于G+C含量,这一结果与甲壳类、双壳贝类等的COI线粒体基因片段中的观察结果相似。通过统计变异位点、核苷酸多样性指数和平均核苷酸差异数进行基因序列变异分析。AMOVA分析表明,3群体间总遗传分化系数Fst=0.3611(P<0.01),群体间存在较高的遗传分化,其中象山湾群体与莱州湾群体之间的遗传分化系数最高,莱州...
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
钱荷英 徐安英 张月华 孙平江 赵云坡
利用微卫星(SSR)标记,在DNA分子水平上对不同地理系统和化性的家蚕品种之间的遗传差异进行了研究。结果表明:在11对引物中均出现稳定的扩增带,扩增带总数为106条,最多的有16条,最少有4条,平均每个引物9.6条。利用单匹配相似系数和UPGMA聚类法对结果进行分析,发现其SSR不但具有品种特异性,而且具有系统特异性,证明不同化性及地理系统的家蚕在进化上属有显著差异的类群。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
朱彭玲 杜秉海 丁延芹 杜志兵 于素芳 陈强
【目的】了解中国新疆地区铁载体产生菌的遗传多样性和系统发育,为筛选高效铁载体产生菌提供依据。【方法】采用BOXAIR-PCR、16S rRNA PCR-RFLP和16SrDNA全序列分析方法对分离自新疆地区棉花根际土壤的铁载体产生菌的遗传多样性进行分析。【结果】在BOXAIR-PCR分析中,68株供试菌分为11个遗传群;在16SrRNAPCR-RFLP分析中,68株供试菌分10个遗传群;代表菌株的16SrDNA全序列分析表明,供试菌分属于假单胞菌属(Pseudomonas)、肠杆菌属(Enterobacter)、不动细菌属(Acinetobacter)、芽孢杆菌属(Bacillus)、产碱杆菌...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
李霞 于汉寿 回丽静 刘淑园 阮康勤 陈永萱
利用系统发育分析和RAPD技术对我国南京及周边地区的20株昆虫和植物花螺原体的分类地位和遗传多样性进行分析。结果表明:大多数菌株与Spiroplasma melliferum聚类,位于以16S rDNA序列构建的螺原体系统发育树的Citri-Chry-sopicola-Mirum类群;菌株ZHUF0901和MF0905位于Apis群内,但二者又分为2个不同的分支。利用筛选的34条RAPD引物共检测出664个位点,其中多态性位点数644个,多态性比率为96.99%。UPGMA聚类分析表明,在相似性系数达到0.6时,与Spiroplasma melliferum聚类的18株菌可根据螺原体宿主的不同...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
温文婷 贾定洪 郭勇 孙群 杨志荣 彭卫红
【目的】了解中国主栽银耳配对香灰菌的分类地位及遗传多样性,为香灰菌资源利用和育种提供分子生物学依据。【方法】采用18S-28S rDNA间隔区(ITS4/ITS5)的PCR扩增和内部简单重复序列多态性(ISSR)分子标记,对中国主栽银耳配对香灰菌的遗传多样性进行分析。【结果】16株供试菌株ITS序列分析表明,供试菌株与Annulohypoxylon stygium关系最为接近,同源性高达99%。从70个ISSR引物中筛选出了11个多态性好的引物,共获得62条ISSR标记。以相关系数0.7为阈值,将16株菌划为5个遗传组,菌株间遗传差异较大,遗传多样性较高。【结论】中国主栽银耳地区的香灰菌遗传资...
关键词：
银耳 伴生菌 遗传多样性 聚类分析
[期刊] 华北农学报
[作者]
张丽 滚双宝 雷天云 刘丽霞 秦大伟 赵世峰
为了在分子水平上探讨马鹿的遗传多样性和系统发育,对我国5个马鹿群体43头马鹿mtDNA Cytb基因全序列进行了分析。结果表明:5个马鹿群体mtDNA Cytb基因全序列中A、T、G、C含量没有明显差别;多态位点占分析位点的7.63%,天山马鹿和塔里木马鹿的单倍型比例分别为100%,50%,单倍型多样度(Hd)分别为(1.000±0.218),(0.700±0.096),核苷酸多样度(Pi)分别为0.00333,0.00544,平均核苷酸差异数值(K)分别为3.800,6.200,其遗传多样性较丰富。对13个马鹿单倍型序列的系统发生分析表明,我国马鹿有2个母系起源。从GenBank获得33个马...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
魏旭东 刘瑞林 李瑞哲 张卫忠 王启辉 赵海明 郭卫兴 许正全 尕藏当周 韩赟 雷初朝 马志杰
【目的】从全线粒体基因组水平探究柴达木牛的母系遗传多样性、群体结构及与其他黄牛品种间的遗传关系。【方法】采用全基因组重测序技术对60头柴达木牛进行重测序,获取每个个体的线粒体全基因组全序列,并从Gen Bank下载已公布的我国5个北方黄牛品种(即蒙古牛、西藏牛、哈萨克牛、延边牛和安西牛)和2个国外培育品种(荷斯坦牛和日本和牛)的共129条线粒体全基因组相应序列进行综合分析,以揭示柴达木牛线粒体基因组遗传变异,明确其母系遗传多样性水平、群体遗传结构组成、母系遗传背景及与我国北方部分地方黄牛品种、国外培育品种间的遗传关系。【结果】(1)60头柴达木牛线粒体全基因组序列比对分析共发现346个多态位点,其中单一多态位点51个,简约信息位点295个;根据序列间核苷酸变异共确定37种单倍型(H1～H37)。遗传多样性分析显示,柴达木牛线粒体基因组单倍型多样度为(0.981 0±0.006 0),核苷酸多样度为(0.003 3±0.000 2),提示其拥有丰富的母系遗传多样性。(2)系统发育分析表明,柴达木牛拥有普通牛和瘤牛2大母系支系,且以普通牛T支系为主,拥有T1、T2、T3、T4、I1和I2共6种亚单倍型组,提示柴达木牛拥有普通牛和瘤牛血统,有两个母系起源。(3)群体遗传分化分析表明,柴达木牛与蒙古牛、西藏牛、哈萨克牛、延边牛、日本和牛遗传分化程度均很弱,而与安西牛、荷斯坦牛达到中等遗传分化程度。(4)聚类分析显示,柴达木牛与蒙古牛聚类关系最近,与西藏牛、哈萨克牛、安西牛、延边牛聚类关系相对较近,与日本和牛、荷斯坦牛聚类关系较远,其聚类结果与分化程度基本一致。【结论】柴达木牛拥有丰富的母系遗传多样性,由普通牛和瘤牛两个母系支系组成,含有T1、T2、T3、T4、I1和I2共6种亚单倍型组,推测其有2个母系起源。柴达木牛与蒙古牛亲缘关系最近,与西藏牛、哈萨克牛、延边牛、安西牛遗传关系较近,而与日本和牛、荷斯坦牛遗传关系较远。
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
任喜波 戴希尧 司峻宇 姚太梅 刘畅
以大青皮萝卜(P1)、青萝卜(P2)、灯笼红(P3)、满堂红(P4)和浙大长(P5)为杂交亲本,按5×5完全双列交配设计,对萝卜淀粉酶活性进行了配合力分析和遗传参数的估算。结果表明:亲本P3和P5的淀粉酶总活性一般配合力较高,分别为9.243和0.829,为优良亲本可直接利用;杂交组合P2×P4、P5×P3、P1×P2和P4×P5的总酶活性特殊配合力较高,分别为11.983,7.250,3.983和1.343,有增加淀粉酶活性的潜力。α-淀粉酶活性、β-淀粉酶活性和总酶活性狭义遗传力分别为23.85%、44.27%和38.47%,β-淀粉酶活性和总酶活性遗传力较高,可在早代开始选择;而α-淀粉...
[期刊] 水产学报
[作者]
周志雄 刘波 宫杰 白玉麟 阳俊逸 徐鹏
为了细致探究东方鲀属内系统发育关系，本研究首次基于群体尺度对东方鲀属物种进行系统发育分析。利用线粒体基因组，在包含10个种的124尾东方鲀中，挖掘了1 488个单核苷酸多态性（SNP）位点和4个插入缺失（INDEL），使用这些遗传变异位点进行了系统发育及群体遗传学分析。发现网纹东方鲀与铅点东方鲀可能是同种异名，且二者形成的姊妹群位于东方鲀属基部；暗纹东方鲀与红鳍东方鲀、菊黄东方鲀与双斑东方鲀各自亲缘关系较近。此外，实验发现了4尾可疑的双斑东方鲀和菊黄东方鲀杂交个体，以及2尾可疑的横纹东方鲀杂交个体。遗传多样性方面，弓斑东方鲀遗传多样性最低。此外，实验在10种东方鲀中共找到595个种间特异性SNP位点。Ka/Ks分析表明，nd6基因的Ka/Ks最高（平均为1.19），说明在东方鲀属中nd6可能经历了正选择，而ATP合成酶基因可能在东方鲀适应淡水环境中受到选择。研究表明，东方鲀属内系统发育关系较为复杂，且在野生环境下东方鲀物种间广泛存在自然杂交现象，该研究为东方鲀物种快速鉴定提供可靠的分子标记，加速东方鲀属系统发育研究进展，并为东方鲀野生种质资源保护提供了理论依据。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
许莎莎 唐峰华 任慧敏 李治洪 何利军
通过测定东印度洋北部、赤道、南部3个鸢乌贼(Sthenoteuthis oualaniensis)群体的线粒体DNA细胞色素b(Cytb)基因序列,分析了东印度洋鸢乌贼的系统发育关系。研究表明,东印度洋鸢乌贼整体具有高单倍型多样性(h=0.939)和高核苷酸多样性(π=0.015)。3个鸢乌贼群体间的F_(st)值为0.661,群体间遗传分化水平很高,具有明显的遗传分化现象,可分为以东印度洋北部群体为主的谱系1(东印度洋北部谱系)和主要由东印度洋赤道与南部群体组成的谱系2(东印度洋南部谱系),且谱系2经历过群体扩张。东印度洋巨大的南北水文差异可能是鸢乌贼产生南北谱系分化的原因,在东印度洋鸢乌贼资源的利用和管理方面应考虑南北谱系的差异和特点。
[期刊] 海洋渔业
[作者]
唐小红 樊佳佳 白俊杰
为获知α-淀粉酶(α-amylase,AMY)在鱼体内的组织分布以及在鱼类早期发育过程中的特征,从消化酶的角度阐明鱼类对糖的利用机理,实验在获得草鱼(Ctenopharyngodon idellus)α-淀粉酶基因编码区序列的基础上,应用实时定量PCR(real-time PCR)检测了草鱼α-淀粉酶基因在不同组织和早期发育不同时期的相对表达量。序列分析结果显示:草鱼的α-淀粉酶的ORF框长1 539 bp,编码512个氨基酸,氨基酸同源性比对发现草鱼α-淀粉酶与其它物种的同源性很高,且在关键活性位点处均保守,其中与斑马鱼(Danio rerio)α-淀粉酶氨基酸的同源性最高,为92%,与人的...
关键词：
α-淀粉酶 草鱼 组织表达 早期发育
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