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[期刊] 西南农业学报  [作者] 李文红  向立刚  郑苹  李凤良  汪汉成  余知和  
【目的】探究溴氰虫酰胺胁迫对小菜蛾肠道酶活、微生物菌群、相关功能基因及抗性基因的影响,为双酰胺类杀虫剂处理小菜蛾肠道微生物的结构和功能研究提供参考。【方法】采用宏基因组测序技术研究浓度为0.15 mg/L溴氰虫酰胺浸叶饲喂小菜蛾后其肠道微生物群落结构及其功能的变化情况。【结果】溴氰虫酰胺浸叶饲喂后小菜蛾肠道中羧酸酯酶和谷胱甘肽-S-转移酶活性显著增高,而多功能氧化酶活性显著降低。溴氰虫酰胺未处理与处理小菜蛾肠道的微生物分别注释到34和35个门、66和64个纲、120和125个目、200和214个科、261和294个属、347和401个种,其中微孢子门(Microsporidia)、厚壁菌门(Firmicutes)为处理与对照组的共有优势菌门,小孢子虫属(Nosema)、肠球菌属(Enterococcus)为处理组与对照组的共有优势菌属,但溴氰虫酰胺处理后2种优势菌属的相对丰度均有降低。小菜蛾肠道微生物在eggNOG与KEGG数据库中分别注释到11682和6437个功能基因,分布于水化合物转运与代谢、翻译后修饰、蛋白质翻转、遗传信息处理等功能类群;在CAZy和CARD数据库中分别注释到410个碳水化合物活性酶基因及18类311个抗生素耐药性本体。溴氰虫酰胺处理改变了肠道微生物菌群的代谢功能,其在eggNOG与KEGG数据库、CAZy数据库中及CARD数据库中可注释的功能基因均增加,分别为15432和8591个功能基因、577个碳水化合物活性酶基因及22类419个抗生素耐药性本体。【结论】溴氰虫酰胺浸叶处理增加小菜蛾肠道羧酸酯酶和谷胱甘肽-S-转移酶活性、降低多功能氧化酶活性,降低肠道优势细菌的相对丰度,但增加碳水化合物活性酶基因、抗生素耐药性等功能基因的数量。
[期刊] 中国农业大学学报  [作者] 段嘉  程功  胡永飞  李晶  律娜  朱宝利  
利用宏基因组学方法,以人肠道微生物样品为原材料,构建了1个约30 000个克隆的fosmid文库。以三丁酸甘油酯为底物,通过功能筛选,获得1个酯解酶阳性克隆。对该阳性克隆构建亚克隆,挑选具有酯解酶活性的阳性亚克隆进行测序分析,最终获得1个肠道微生物来源的酯解酶基因(GenBank登录号:JQ972699)。结果表明,文库克隆的平均插入片段约为40kb,没有重复插入片段克隆。获得的酯解酶基因推演蛋白与Pyramidobacterpiscolens W5455的patatin样磷脂酶同源性最高,氨基酸一致性为95%。生物信息学分析结果表明该基因可能通过Vd型分泌方式进行分泌并发挥功能。本研究是通过...
[期刊] 中国农业科学  [作者] 王成花  孙诗晴  徐巨龙  赵小龙  薛超彬  
【目的】随着氟苯虫酰胺等双酰胺类杀虫剂的广泛应用,小菜蛾(Plutella xylostella)对该类药剂的抗性愈发突出。研究旨在从转录组水平研究小菜蛾对氟苯虫酰胺的抗性机制,明确小菜蛾对氟苯虫酰胺产生抗性的关键基因及通路,为揭示小菜蛾对氟苯虫酰胺的抗性机制打下基础。【方法】以室内筛选的小菜蛾抗氟苯虫酰胺品系(Rh28)、田间抗性种群(Rz36)和敏感品系(S)为材料,通过转录组测序技术(RNA-Seq),获得抗性小菜蛾品系/种群在转录水平上的差异表达基因及抗性显著上调表达基因,采用基因本体(GO)显著性富集分析及京都基因与基因组百科全书数据库(KEGG)富集分析,确定差异表达基因具有的主要生物学功能及其参与的主要生化代谢和信号转导途径。【结果】通过将不同抗性品系/种群与敏感品系的RNA-Seq数据对比,获得数量不等的差异表达基因。将差异基因富集的生物学过程(biological process)和信号通路(pathway)进行GO分析,发现其主要集中于对刺激物的反应(response to stimulus)、催化活性(catalytic activity)和代谢过程(metabolic process)等条目中;而KEGG分析发现,差异基因主要集中于代谢通路(metabolic pathway)中,基因数量占比最高,为17.84%。通过统计分析进一步获得了抗性显著上调表达基因,并对其中218个基因开展了GO分析,其仍然主要集中在代谢过程、对刺激物的反应和生物调节(biological regulation)等条目中;通过对抗性显著上调基因进行KEGG分析,发现其仍主要集中在代谢通路中,其中谷胱甘肽-S-转移酶、细胞色素P450解毒酶及参与昆虫多种生理反应的热激蛋白(Hsp)超基因家族等基因的表达量均显著上调。通过聚类热图分析发现,显著表达上调的基因较多集中在内质网上蛋白质的加工(protein processing in endoplasmic reticulum)、酪氨酸代谢(tyrosine metabolism)、咖啡因代谢(caffeine metabolism)和Wnt信号通路(Wnt signaling pathway)中。【结论】获得了小菜蛾抗氟苯虫酰胺差异表达基因及抗性显著上调表达基因,其主要富集于代谢过程、应激反应及对刺激物的反应等条目中,这些基因的相互协同调控是小菜蛾对氟苯虫酰胺产生抗性的重要机制。
[期刊] 中国农业科学  [作者] 尹飞  李振宇  SAMINA Shabbir  林庆胜  
【目的】以十字花科蔬菜害虫小菜蛾(Plutella xylostella)为研究对象,筛选参与小菜蛾代谢氯虫苯甲酰胺的主要细胞色素P450解毒基因,为阐明不同抗性水平小菜蛾对氯虫苯甲酰胺的抗性机理提供依据。【方法】利用叶片药膜法测定不同小菜蛾种群3龄幼虫对氯虫苯甲酰的抗性水平,通过转录组测序、insectbase数据库和小菜蛾基因组数据库筛选得到52个细胞色素P450基因。应用MEGA5.10软件对52个细胞色素P450基因进行进化分析,获得与抗药性密切相关的CYP3和CYP4家族P450基因。利用实时荧光定量PCR方法分析目的基因在小菜蛾室内筛选种群(HZY)和田间抗性种群惠州种群(HZ)、连州种群(LZ)、东升种群(DS)、钟落潭种群(ZLT)中的表达量,选用RNA干扰技术,采用注射法,验证在抗性种群中显著上调表达的CYP6BF1V4在小菜蛾抗氯虫苯甲酰胺中的功能。【结果】抗药性测定结果表明,LZ和HZ小菜蛾种群为中等水平抗性,ZLT、DS和HZY小菜蛾种群为高水平抗性。对52个细胞色素P450基因的系统发育树分析发现,小菜蛾拥有10个CYP4家族基因,28个CYP3家族基因,其中2个CYP4家族基因在HZ和HZY种群中的表达量显著高于敏感种群,4个CYP3家族基因表达量与小菜蛾抗性呈正相关,8个基因在中等水平抗性小菜蛾体内的表达量高于在高水平抗性小菜蛾体内的表达量。对田间种群进一步筛选得到6个与小菜蛾抗氯虫苯甲酰胺密切相关,在不同抗性种群中均上调表达的细胞色素P450基因,其中4个为CYP6家族基因(CYP6BF1V4、CYP6BF1V3、CYP6f1和CYP6B6),2个为CYP9家族基因(CYP9G2.1和CYP9G2.2),以CYP6BF1V4的表达量最高,其在抗性种群中的表达量是在敏感种群中表达量的3.5—6.3倍。RNA干扰结果显示,沉默CYP6BF1V4能够显著提高小菜蛾对氯虫苯甲酰胺的敏感性。【结论】CYP6BF1V4、CYP6BF1V3、CYP6f1、CYP6B6、CYP9G2.1和CYP9G2.2可能在小菜蛾体内协同调控多功能氧化酶的表达,从而加快小菜蛾代谢氯虫苯甲酰胺的速度,提高小菜蛾对氯虫苯甲酰胺的抗性。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)  [作者] 庄华梅  荆玉谱  张林杰  汪宽福  李晓辉  陈建丽  吴刚  
研究了不同温度下不同时间处理对小菜蛾caspase-9蛋白酶活性和基因组DNA的影响.结果表明,40、42、45、47℃4个温度处理均能在短时间内使caspase-9蛋白酶活性显著增强;此外,33.5和40℃处理72 h可导致小菜蛾基因组DNA显著降解,电泳时呈现细胞凋亡的特征条带.高温能够诱导小菜蛾细胞凋亡.
[期刊] 中国农业科学  [作者] 丁金凤  徐春梅  张正群  赵云贺  刘峰  慕卫  
【目的】研究低剂量的溴氰虫酰胺对双委夜蛾(Athetis dissimilis)生长发育、繁殖和营养利用的影响,明确溴氰虫酰胺对双委夜蛾的控制作用。【方法】采用人工饲料混毒法测定溴氰虫酰胺对双委夜蛾4龄幼虫的毒力;利用LC_5、LC_(25)和LC_(50)剂量的溴氰虫酰胺处理双委夜蛾4龄幼虫,观察其对亲代幼虫和蛹的发育历期、成虫寿命、产卵量、化蛹率和羽化率等生长发育指标的影响;测定溴氰虫酰胺处理72 h后对幼虫的近似消化率(AD)、相对取食量(RCR)、相对生长量(RGR)、摄入食物转化效率(ECI)、
[期刊] 中国农业大学学报  [作者] 熊翠玲  王海朋  郑燕珍  付中民  徐国钧  童新宇  赵红霞  陈大福  郭睿  
利用前期获得的中华蜜蜂(Apis cerana cerana)幼虫肠道转录组数据对东方蜜蜂(Apis cerana)基因组的已注释基因进行结构优化、对未注释的新基因进行预测、分析和鉴定:利用Cufflink软件对reads进行转录本重构,通过与参考转录本序列进行比较,共对3 366个东方蜜蜂的基因结构进行了优化;利用Cuffcompare软件将重构转录本与参考基因组进行比对,共预测出527个东方蜜蜂的新基因,其中234个新基因在Nr数据库中存在注释信息;随机选取12个新基因进行PCR鉴定,有11个能够扩增出符合预期的目的片段,表明多数预测出的新基因真实存在;GO分类和KEGG代谢通路分析结果显示上述新基因可能在东方蜜蜂的生长发育、物质代谢、遗传信息传递等方面具有重要功能。本研究结果丰富和完善了东方蜜蜂基因组的基因结构与功能注释信息,也为新基因的功能研究打下基础。
[期刊] 海洋渔业  [作者] 茹文红  郑晓婷  段亚飞  董宏标  刘青松  张家松  
采用Illumina MiSep高通量测序技术,比较室内养殖条件下巴里坤卤虫(Artemia parthenogenetica)在无节幼虫期(S1)、后无节幼虫期(S2)、拟成虫期(S3)和成虫期(S4)的肠道菌群结构特征。结果显示:1)在门水平上,变形菌门和厚壁菌门为各发育时期优势菌群,拟杆菌门和放线菌门相对丰度随发育进行逐渐增加。2)在纲水平上,无节幼虫期优势菌群为α-变形菌纲,而后无节幼虫期、拟成虫期和成虫期为γ-变形菌纲。3)在属水平上,假单胞菌属相对丰度随发育进行呈递增趋势,而微小杆菌属相对丰度处于波动状态。结果表明,巴里坤卤虫不同发育时期的肠道菌群结构存在明显差异。
[期刊] 渔业科学进展  [作者] 段健诚  胡吉卉  沈宇航  邓高威  高威  牟华  张庆起  高焕  
为探究虾肝肠胞虫(Enterocytozoon hepatopenaei, EHP)感染对脊尾白虾(Exopalaemon carinicauda)肠道菌群的影响,本研究基于16S rRNA基因的测序结果,对感染EHP的脊尾白虾肠道菌群进行了分析。结果显示,感染虾与健康虾肠道菌群差异较大,且其肠道菌群结构多样性显著低于健康虾。研究发现,病虾中归属于变形菌门(Proteobacteria)的脱硫弧菌科(Desulfovibrionaceae)、弧菌科(Vibrionaceae)、未分类蓝细菌科(unidentified_Cyanobacteria)、支原体科(Mycoplasmataceae)和未分类α变形菌科(unidentified_Alphaproteobacteria)为优势菌,而归属于厚壁菌门(Firmicutes)的乳杆菌科(Lactobacillaceae)、双歧杆菌科(Bifidobacteriaceae)、芽孢杆菌科(Bacillaceae)及噬几丁质杆菌科(Chitinophagaceae)细菌在健康虾中占据优势地位。EHP侵蚀导致感染虾肠道内潜在致病菌显著增加(P<0.05),增加了其他疾病的易感性。此外,通过Tax4Fun功能预测,发现感染虾肠道菌群主要用于新陈代谢,从而抵抗EHP侵染,维持机体正常功能;健康虾肠道菌群则多用于个体生长与环境信息处理,进而保证生长与存活。本研究从虾肠道菌群结构方面入手,进一步探究了EHP感染对脊尾白虾肠道菌群的影响,以期为EHP的防治提供帮助。
[期刊] 中国水产科学  [作者] 吴振聪  张莎莎  杨转  熊何健  马英  
利用PCR-DGGE和Illumina测序技术研究了罗非鱼(Oreochromisniloticus)肠道菌群结构及饲喂鲍内脏多糖后罗非鱼肠道菌群的动态变化。在罗非鱼肠道中检测到13个门的细菌,其中梭杆菌门(Fusobacteria,77.84%)为优势菌门,拟杆菌门(Bacteroidetes, 8.59%)、衣原体门(Chlamydiae, 6.18%)、变形菌门(Proteobacteria, 5.84%)和放线菌门(Actinobacteria, 1.20%)为次优势菌门,还检测到Saccharibacteria等8个菌门和一些未知类群。在属的水平上,优势菌属为鲸杆菌属(Cetobacterium)、Neochlamydia、邻单胞菌属(Plesiomonas)和不动杆菌属(Acinetobacter),分别占77.84%、5.796%、2.64%和1.13%,还有一个紫单胞菌科(Porphyromonadaceae)的未知属,占8.29%。此外还有分枝杆菌属(Mycobacterium)等6个菌属和一些未知属。投喂添加鲍多糖的饲料对罗非鱼肠道微生物的构成造成了明显影响,饲喂鲍多糖的处理组和饲喂普通饲料的对照组样品分别聚为两大类。投喂添加鲍多糖饲料后,放线菌门、Saccharibacteria、疣微菌门和TM6_Dependentiae的丰度显著下调;在属的水平上,邻单胞菌属、鲸杆菌属的丰度上调;Neochlamydia、不动杆菌属、分枝杆菌属、Alsobacter、Aquicella、假单胞菌属、气单胞菌属、Alpinimonas等属的丰度下调。其中分枝杆菌属、Alsobacter、Aquicella和邻单胞菌属的丰度与对照差异显著(P<0.05),而鲸杆菌属等有益菌的丰度上调。本研究从肠道微生物的角度来研究鲍内脏多糖对宿主的影响,为海洋生物活性物质的功效评价提供了新思路,也为鲍内脏活性物质的开发利用、益生元的研制等奠定理论基础。
[期刊] 中国农业科学  [作者] 倪学勤  Joshua Gong  Hai Yu  Shayan Sharif  曾东  
【目的】研究蛋鸡MHC(Major Histocompatibility Complex,主要组织相容性复合物)基因对不同周龄和不同部位肠道细菌种群结构的影响。【方法】使用基于16S rDNA的PCR-DGGE技术,结合特异性和共性条带割胶回收DNA进行克隆和测序,对2,4,6和8周龄商品蛋鸡和15I5系蛋鸡嗉囊、十二指肠、空肠、回肠和盲肠内含物细菌群落的结构和多样性进行比较,鉴定8周龄蛋鸡部分特异性和共性群落成员。【结果】商品蛋鸡和15I5系蛋鸡盲肠细菌的多样性最高,其次是回肠和空肠,嗉囊和十二指肠的细菌多样性比较低,且随着蛋鸡周龄增加,各肠段细菌多样性呈上升趋势,MHC基因对细菌多样性无显...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)  [作者] 刘玉娣  赵士熙  吴刚  
不同虫龄小菜蛾对抑太保的敏感性差异较大 ,其中 4龄是 1龄的 1 1 .6倍 .不同温度下抑太保对 3龄幼虫的 LC50 随温度的升高而迅速下降 ,1 0℃时为 1 2 43 .94mg·L- 1 ,3 5℃时则下降到 5 .0 6mg·L- 1 .酰胺酶的米氏常数 (Km)为 3 .65× 1 0 - 5nmol,最大反应速度 (Vm ax)为 0 .1 465 nmol· mg- 1 ·min- 1 .4龄幼虫酰胺酶的比活力和总活力随温度的升高而增大 .4℃饲养 1 5 d、1 0℃饲养 1 0 d及 2 5℃饲养条件下 ,4龄幼虫酰胺酶的比活力差异不大 ;但 3 5℃饲养 2 d与前 ...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)  [作者] 时云朵  孙豪  
采用PCR–DGGE和Q–PCR技术,分析黑眉锦蛇空肠、回肠和直肠中菌群的结构。结果显示:黑眉锦蛇空肠、回肠和直肠中菌群的多样性指数分别为2.84、3.14、2.69,均匀度分别为0.78、0.86、0.74,丰富度分别为17.20、23.40、14.80,且各肠段中均以厚壁菌门细菌和拟杆菌门细菌居多,总菌和厚壁菌门细菌、拟杆菌门细菌的丰度分别达10(8.07)、10(6.82)和10(6.30) CFU/g以上,梭菌属细菌、乳酸菌属细菌和Akkermansia细菌的丰度均达10(5.05)CFU/g以上
[期刊] 华中农业大学学报  [作者] 石焱  马徐发  吴志新  任雨薇  陈孝煊  
通过大规模养殖试验,研究人工浮床水培水雍菜对鱼塘养殖废水中氮磷的去除能力,并采用高通量测序方法研究养殖前后和不同处理组黄颡鱼肠道的微生物菌群结构,并分析了它们之间的相关性。结果表明:人工浮床水培水雍菜对鱼塘养殖废水中氨氮、总氮和总磷有良好的去除作用。养殖前后黄颡鱼肠道细菌多样性有明显差异;不同处理组之间的黄颡鱼肠道细菌种类多样性存在一定的差异,但优势菌群的组成并没有明显的结构差异,优势菌种的构成相似。在养殖前期黄颡鱼肠道中变形菌门(88.56%)占主要优势,末期对照组(无浮床)以厚壁菌门(48.4%)、梭杆菌门(32.52%)和变形菌门(14.56%)为主,试验组(有浮床)以变形菌门(36.7...
[期刊] 中国农业科学  [作者] 朱迎春  王洋  樊晓盼  马俪珍  王凯丽  
【目的】分析鲶鱼肉片贮藏过程中微生物多样性和菌群动态变化,探究天然保鲜剂对鲶鱼肉片菌相及菌落组成的影响。【方法】试验分8组,即新鲜鲶鱼片(CK0);空气包装(air-package,AP)鲶鱼片低温贮藏(4±1)℃第4、7天(AP4和AP7)样品;气调包装(modified atmosphere package,MAP,60%CO_2/40%N_2)鲶鱼片冰温贮藏(-0.7±0.02℃)第10、30天(MAP10和MAP30)样品;添加5%天然保鲜液(由壳聚糖、蜂胶、溶菌酶、Nisin和茶多酚复配而成)M
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