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[期刊] 淡水渔业
[作者]
周向红 彭永兴 易乐飞
为了研究热激同源蛋白70(70 kDa heat shock cognate,HSC70)在孔雀鱼(Poecilia reticulata Peters)对环境适应中的作用,采用电子克隆与传统实验克隆相结合的技术,分析了孔雀鱼的一个HSC70基因(命名为PrHSC70)。PrHSC70基因包含一个长1941 bp的完整编码区,含有8个内含子。PrHSC70蛋白具有HSP70蛋白家族的特征序列,且与其他动物HSC70和HSP70都高度相似。在进化树上PrHSC70与所有鱼类HSC70聚为一簇,与它们的氨基酸序列一致性为93.2%～98.9%。
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
单红 周国勤 张其中
采用RT-PCR法和SMARTRACE(rapid amplification of cDNA ends)技术从南方鲇肝脏RNA克隆获得Hsc70基因的全长cDNA(scHsc70 cDNA)。此cDNA全长2384 bp,其中,5′非编码区194 bp,3′非编码区249bp,编码区域(coding sequence,CDS)长度为1941 bp。根据编码序列推导出相应的646个氨基酸,与其他脊椎动物Hsc70序列进行同源性比较,发现南方鲇Hsc70与欧洲银鲫(Carassius auratus gibelio)、鲦鱼(Pimephalespromelas)、人(Homo sapien)和鸡...
关键词：
南方鲇 Hsc70 序列对比 基因结构
[期刊] 海洋渔业
[作者]
贾昌锋 高海霞 祝茜 张雷
采用表达序列标签(EST)和cDNA末端快速扩增技术(RACE)从松江鲈(Trachidermus fasciatus)体内克隆出一个热休克同源蛋白70(即TfHsc70)。其全长2 138 bp,理论分子量为71.1 kDa,等电点为5.27,并由一个1 947 bp的开放阅读框(ORF)、一个78 bp的5′端未翻译区(UTR)和一个95 bp的3′端带有终止密码子(TAA)的UTR组成。通过与多种鱼类、两栖类和爬行类等动物的热休克同源蛋白70(HSC70)对比发现,其具有88.89%～97.09%的相似性。实时荧光定量PCR (quantitative real-time PCR, qRT-PCR)显示,TfHsc70 mRNA在松江鲈的血液、心脏、肝脏、胃、肠、脾脏、肾脏、大脑、鳃中均有表达,但在皮肤中几乎未检测出。使用脂多糖(LPS)刺激发现,皮肤、血液和肝脏中TfHsc70的表达量在2 h时明显增加,鳃和脾脏中略微上调,而在大脑中呈现先减少再增加的趋势。基于对TfHsc70的蛋白序列以及TfHsc70 mRNA的表达分析,表明TfHsc70是热休克蛋白HSP70家族成员,它可能参与了松江鲈的先天免疫。
[期刊] 水产学报
[作者]
甘为 方展强
硬骨鱼类ＣＹＰ１９基因与生物的性别分化和激素调节相关，因此可开发用来探究环境激素污染与基因表达的关系。本研究首次克隆和分析了食蚊鱼ＣＹＰ１９ａ ＣＤＮａ的全系列，为将ＣＹＰ１９基因作为监测环境激素生物标志物的研究提供了全面的实验数据。根据ＣＹＰ１９ａ基因Ｃ ＤＮａ保守区域设计引物，扩增保守区域并测序。采用ＲａＣＥ法扩增食蚊鱼ＣＹＰ１９ａ基因Ｃ ＤＮａ序列全长，对其蛋白序列进行同源性分析，并将序列应用于ＣＹＰ１９ａ ｍＲＮａ转录水平的ＲＴ－ＰＣＲ法检测中。成功克隆食蚊鱼ＣＹＰ１９ａ基因全长，获得ＣＹＰ１９ａ基因总长为２０２０ ｂＰ，ＯＲＦ为２３８～１７９１ ｂＰ，共编码５１８个氨基酸，对其编码的．．．
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
宋小双 赵敏 刘桂丰 王玉成 杨谦
根据报道的10几种真菌漆酶氨基酸序列的保守区域设计了一对简并引物,以北方梭囊孔菌总DNA为模板,通过PCR扩增到一个1201bp的基因片段.将片段序列在NCBI的BLAST软件上进行同源性搜寻,显示99个序列,全部为漆酶基因及其类似基因,因而认为克隆到的片段就是北方梭囊孔菌漆酶基因片段.经过与同源性最高的粗毛革孔菌(laccaselcc1)同一区段编码区序列进行ClustalW比较,其中有6个间隔区,确定为内含子区.去除内含子后,推导的氨基酸序列为286个残基.经与其他几种真菌漆酶的氨基酸序列进行ClustalW比对,同源性均在51%以上.
关键词：
北方梭囊孔菌 漆酶 简并引物 基因克隆
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
韦友传 黄荣俊 陆专灵 陈代建 姬永杰 程光平
运用RT-PCR和快速扩增cDNA末端(rapid amplication ofcDNA Ends,RACE)技术获得草鱼(Ctenopharyngodon idellus)hepcidin基因全长cDNA,为774 bp,包括ORF 282 bp、5'UTR 117 bp和3'UTR 383 bp,3'UTR存在1个多聚腺苷酸加尾信号(AATAAA)和1个mRNA不稳定基序(ATTTA)。推定编码93个氨基酸,与其它鱼类hepcidin的序列同一性为27.9%～51.6%;SignalP 4.0软件预测信号肽位于1～24位。在邻接(neighbor-joining,NJ)法构建的系统进化树中...
关键词：
草鱼 hepcidin 表达 免疫应答
[期刊] 水产学报
[作者]
白俊杰 叶星 李英华 李新辉 简清 罗建仁
采用逆转录 -聚合酶链式反应 (RT PCR)方法 ,从草鱼肝脏的总RNA中扩增出胰岛素样生长因子 I(IGF I)基因序列 ,定向克隆至质粒pUC18。测定了该基因序列 ,推导其编码的蛋白质序列。克隆的cDNA序列编码包括B、C、A、D和E五个区域的 117个氨基酸。与鲤IGF I成熟肽比较 ,核酸序列和氨基酸序列的同源性分别为 93.8%和 97.1%。E区域分析结果表明 ,所克隆的草鱼IGF I序列属于IGF IEa 2亚型
关键词：
草鱼 胰岛素样生长因子I 基因克隆
[期刊] 中国农业科学
[作者]
万嗣宝 张斌 战吉宬 陈建业 尹京苑
【目的】克隆桃果实中的磷脂酶Dα基因,并对其进行序列分析和低温表达模式分析。【方法】采用电子克隆与RT-PCR相结合的方法分离桃果实PLDα基因cDNA全长序列;半定量RT-PCR和Northern杂交检测目的基因在桃果实低温贮藏过程中的表达情况。【结果】成功获得全长为2859bp的桃果实PLDα基因序列,该序列具有完整的开放阅读框架(ORF,172～2604bp),编码810个氨基酸。对ORF进行的RT-PCR验证结果与电子克隆序列一致。序列分析显示,桃果实PLDα基因编码的氨基酸序列与草莓、番茄、葡萄等物种的磷脂酶Dα氨基酸序列之间具有高度的保守性,含有N端C2结构域及两个保守的活性中心。...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
冯政夫 邵明瑜 孙大鹏 张志峰
DMRT家族是一类转录因子,在性别决定与分化、器官形成等早期胚胎发育中起重要的作用。本研究采用简并PCR扩增和cDNA末端快速扩增技术(RACE),从栉孔扇贝(Chlamys farreri)精巢中克隆得到1个全长为2312bp的dmrtcDNA序列,其开放阅读框(Open reading frame,ORF)1110bp,编码369个氨基酸,具有dmrt基因家族共有的DM保守结构域。同源比对和系统进化分析结果显示,其为Cf-dmrt4-like基因。半定量RT-PCR结果显示,该基因从受精卵至匍匐幼虫各发育时期均有表达,卵裂期表达量较高;在雄性成体的鳃和精巢以及雌性成体的外套膜、鳃、肾和闭壳...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
刘庆慧 黄倢 韩文君 王清印
根据已测序的WSSV VAP1全基因序列设计1对引物,经PCR扩增及琼脂糖凝胶电泳分析,扩增出约838bp的特异条带,将其回收后克隆入pGAPZαA载体中,并进行序列测定与分析。结果表明,扩增序列与GeneBank登录序列(GenBankNo AF411634)核苷酸同源性100%。序列分析表明,WSSV VAP1基因编码蛋白无跨膜区域,有多个蛋白激酶C、酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点和糖基化位点,并含有RGD序列,预示其为WSSV浸染中的一个重要蛋白。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
乔新安 杨国宇 朱彦彩 王月影 韩立强 王艳玲
基于电子延伸序列,设计1对克隆引物,从绵羊回肠黏膜组织中提取总RNA,进行RT-PCR,将PCR产物与pMD19-T载体连接后转化E.coliJM109感受态细胞、检测阳性克隆、测序并进行序列分析。克隆的绵羊Granulysin基因与人、牛该基因的同源性分别为56.2%和87.2%,推导的氨基酸序列信号肽为1~22氨基酸,SapB结构域为64~138氨基酸,结构特征与人、牛的一致。结果提示,绵羊Granulysin基因克隆成功。
关键词：
绵羊 颗粒溶解素 克隆 序列分析
[期刊] 林业科学研究
[作者]
陈鸿鹏 朱凤云 吴志华 谢耀坚
甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)是高等植物糖酵解和糖异生反应中的关键酶,是维持生命活动能量形成的最基本酶之一,它氧化甘油醛-3-磷酸生成1,3-二磷酸甘油酸,由此为糖酵解过程提供产生ATP的底物[1-4]。此外,由于该酶基因为管家基因,几乎在所有组织中都高水平表达,在同种细胞或组织中的蛋白质表达量较为恒定,故被广泛用作实时荧光定量PCR的内参基因[5-9]。近年来,随着研究
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
王荣 李晓峰 高飞 黄继昌 周宜君
【目的】克隆盐芥STZ转录因子基因,对其进行序列分析,为进一步研究ThSTZ转录因子在逆境应答中的作用奠定基础。【方法】利用GenBank数据库中盐芥STZ转录因子的EST序列设计特异引物,通过3′RACE技术克隆ThSTZ基因的全长序列,应用生物信息学手段对该基因编码蛋白的结构与功能、亚细胞定位等进行预测,并对其编码氨基酸序列的同源性和系统进化进行分析。【结果】盐芥STZ转录因子基因全长717bp,编码238个氨基酸。其编码蛋白含有2个C2H2型锌指结构域,位于细胞核内,属于C2H2家族转录因子;多重序列比对和系统进化分析表明,盐芥STZ转录因子与拟南芥属植物同源蛋白的相似性最高。【结论】获...
关键词：
盐芥 C2H2型锌指蛋白 转录因子STZ
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
姜维 薛鹏 何永新 陈玉林
【目的】克隆山羊Eda基因CDS区全序列,并对其进行序列分析,研究Eda基因在毛囊生长周期不同阶段皮肤组织中的表达规律。【方法】以太行黑山羊为研究对象,采集其毛囊生长休止期、生长期和退行期背部皮肤组织,采用RT-PCR技术克隆山羊Eda基因,通过在线软件Blastn进行基因cDNA序列分析,用SMART进行氨基酸序列分析,利用SWISS-MODEL软件进行蛋白质结构分析;以β-actin为看家基因,采用实时荧光定量PCR技术对Eda mRNA在毛囊生长不同时期皮肤组织中的表达规律进行分析。【结果】太行黑山羊Eda-A1基因CDS区全长1 176bp,编码391个氨基酸;Eda-A2比Eda-A...
[期刊] 华北农学报
[作者]
王光勇 刘迪秋 李旻 饶健 孙兵召 丁元明
依据火把梨(Pyrus pyrifolia Nakai)14-3-3蛋白的EST序列设计基因特异引物,采用快速扩增cDNA末端技术(Rapid amplification of cDNA ends,RACE),从云南火把梨中克隆一个新的14-3-3基因(Pp14-3-3)的全长cDNA序列。Pp14-3-3全长cDNA为1 107 bp,具有84 bp 5'非编码区(Untranslated Regions,UTR)、786 bp开放读码框(Openreading frame,ORF),以及237 bp 3'UTR,编码含261个氨基酸的蛋白质。Pp14-3-3与其他物种14-3-3蛋白在中间...
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