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[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
曹谨玲 陈剑杰 吴婷婷
利用生物信息学的方法对DMRT1基因推导的氨基酸序列进行结构特征和功能域预测分析,探讨了DMRT1的信号肽、亲/疏水性、跨膜拓扑结构、卷曲螺旋结构、基序、功能域及高级结构。结果表明:DMRT1基因推导蛋白不含螺旋卷曲区域,没有信号肽,是一个非跨膜的亲水性稳定蛋白,该蛋白以游离形式存在于细胞质内,不会发生跨膜运动。DMRT1基因推导蛋白包含两个相同的保守的功能结构域,分别行使性别调控,使DNA形成二聚体和结合回纹结构的功能。DMRT1基因推导蛋白含有多个磷酸化位点,推测它可能在细胞信号传导中发挥作用,且其生物活性可能接受信号途径中多种信号的调控。DMRT1的高级结构中含有两个α-螺旋区域。以上结...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
胡乔木 王凯琳 陈松林
通过分析半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)Dmrt1重组蛋白注射卵巢后基因表达调控,探讨Dmrt1在半滑舌鳎性别决定与分化中的功能。实验利用原核表达系统(Pet-32a)对半滑舌鳎Dmrt1基因进行重组表达,并通过亲和层析纯化获得了重组目的蛋白(Pet-32-dmrt1)。重组蛋白注射卵巢后实时定量PCR分析结果显示,Cyp19a和Foxl2在6~24 h内两基因表达量均显著下调,Sox9a基因表达量在6~24 h内有显著上调,但48 h后3个基因的表达量逐渐恢复正常表达水平。研究结果证实,Dmrt1重组蛋白具有生物活性,且对性别相关基因表达调控具有一定的影响,在性别决定...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
潘锋 胡玫 王和海
本文通过对奥利亚(Oreochromis aureus)、莫桑比克(Oreochromis mossambicus)和尼罗(Oreochromis niloticus)三种罗非鱼血清蛋白和心脏、眼睛、脑、骨骼肌和肝脏五种组织的乳酸脱氢酶(LDH),苹果酸脱氢酸(MDH)及酯酶(EST)三种同工酶电泳图谱的对比,比较了三种罗非鱼种和组织的特异性,找出了奥利亚罗非鱼的特异蛋白和特异酶带为种的鉴别及生化、遗传的研究提供了依据。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
卢中华 俞菊华 李红霞 李建林 唐永凯 阮瑞霞 杨光
采用RT-PCR和RACE法,分离了奥利亚罗非鱼(Oreochromis aureus)、尼罗罗非鱼(O.niloticus)MyoD1和MyoD2基因全长cDNA。结果显示,2种罗非鱼MyoD1全长均为1090bp,包括5′非翻译区(UTR)137bp,3′UTR50bp,开放阅读框(ORF)903bp,编码300个氨基酸,其中第110～161个氨基酸为bHLH结构,第233～249个氨基酸为helixIII结构;MyoD2全长均为1478bp,包括5′UTR215bp,3′UTR471bp,ORF792bp,编码263个氨基酸,其中第91～142个氨基酸为bHLH结构,第212～228个氨...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
沈丽红 熊良伟 唐永凯 王帅兵
通过PCR法从奥利亚罗非鱼DNA中扩增出MSTN基因。该序列全长1 957 bp,含有3个外显子,2个内含子。外显子Ⅰ379 bp,外显子Ⅱ371 bp,部分外显子Ⅲ145 bp,内含子Ⅰ305 bp,内含子Ⅱ751 bp,编码区895 bp,共翻译298个氨基酸。通过随机测序法筛选SNPs,获得了6个突变位点,外显子Ⅰ、Ⅱ各有一个,而内含子Ⅱ则含有4个突变位点。外显子Ⅰ、Ⅱ的突变位点均导致翻译的氨基酸序列发生改变,为错义突变。研究结果为SNPs位点与奥利亚罗非鱼生长性能关联分析奠定了基础。
关键词：
奥利亚罗非鱼 MSTN基因 SNPs
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
詹湉湉 樊倩 张杰 许丽惠 王全溪 高玉云 王长康
采用分子克隆技术克隆了黄羽肉鸡胰蛋白酶原（ＴＲＹ）基因，并运用多种生物信息学软件对ＴＲＹ蛋白质结构和功能进行了分析和预测，研究ＴＲＹ在禽类消化过程中的作用．结果表明：黄羽肉鸡ＴＲＹ基因的开放阅读框全长７４７ ｂｐ，由２４８个氨基酸残基组成，其中包含１５个氨基酸的信号肽（ＭＫＦＬＶＬＶＡＦＬＧＶＡＶＡ）和１０个氨基酸的激活肽（ＦｐＩＳＤＥＤＤＤＫ）；该蛋白分子质量为２６．１ Ｋｕ，含有信号肽，不含有糖基化位点，有１１个磷酸化位点；此外，该蛋白属于疏水性蛋白，但不存在跨膜区．氨基酸序列比对的结果表明：黄羽肉鸡ＴＲＹ具有丝氨酸蛋白酶的保守结构特征，如含有催化三联体氨基酸（组氨酸－６４、天冬氨酸－１１．．．
[期刊] 中国农业科学
[作者]
袁亚男 刘文忠 刘建华 乔利英 武建亮
【目的】检测两个绵羊群体中解偶联蛋白1(uncoupling protein 1,UCP1)基因的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP),预测和分析碱基改变对蛋白结构和功能的影响。【方法】利用PCR-SSCP结合测序的方法检测UCP1基因编码区的SNPs,用生物信息学方法分析UCP1蛋白的理化性质和结构。【结果】UCP1基因编码区存在4个SNPs,其中c.214G>A(Val72Met)和c.273C>T位于外显子2,c.624C>T和c.757G>A(Ala253Thr)位于外显子5。进一步分析导致氨基酸改变的c.214G>A和c.757 G>...
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
唐永凯 李建林 陈文华 俞菊华
采用RT-PCR和RACE(Rapid Amplification of cDNA Ends)法分离出奥利亚罗非鱼卵巢芳香化酶(P450aromA)的全序列,得到1784 bp的全长cDNA,包括38 bp 5’非翻译区,1566 bp阅读框以及含Poly(A)信号(AATAAA)的167 bp 3’非翻译区[不包括Poly(A)]。阅读框共编码521个氨基酸,计算的蛋白质分子量为59 ku。同源性分析显示,奥利亚罗非鱼P450aromA的氨基酸序列与其它鱼性腺P450arom具有70%以上的同源性,与其它鱼脑P450arom为60%左右同源,但芳香化酶高保守区包括I-螺旋区,芳香化酶特异保守...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
龙华
用DNAClub分析软件推导出鲫血清转铁蛋白序列 ,并对该序列进行分析。推导的蛋白质长度为80 7个氨基酸 ,MW约为 90kD。其中半胱氨酸 4 3个 ,可以组成 2 1对二硫键。疏水性和二级结构几率分析表明 :有 2个非常相似的结构域分别存在于 1～ 390和 390～ 80 7区域。旋管结构和螺旋结构的分布区域 ,均分别集中在上述 2个区段中 ,同样位于 2个结构域中 ,结构也非常类似。证实了Tf由 2个同源性较高的结构域 (N结构域和C结构域 )组成。Tf的三级结构呈“V”字形 ,每个结构域又各自分为 3个小的结构小区 (即N1、N2 、N3和C1、C2 、C3 )。 2个糖基位于N1...
关键词：
鲫 转铁蛋白 序列分析 空间结构
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
胡海彦 贾永义 唐永凯
β-actin在真核细胞的生理过程中起着重要作用,其序列具有高度保守性,是一种管家基因。通过RT-PCR方法克隆出奥利亚罗非鱼(Oreochromis aureus)β-actin的部分cDNA序列,其长度为424 bp,翻译成138个氨基酸,计算的蛋白质分子量为15.5 ku。氨基酸同源性分析显示,奥利亚罗非鱼β-actin与真鲷(Pagrus major)、斑马鱼(Danio rerio)、青鳉(Oryzias latipes)、龙溪鳉(Rivulus marmoratus)的相似性最高,为99.3%;与鲫(Carassius auratus)、红鳍东方鲀(Takifugu rubripe...
关键词：
奥利亚罗非鱼 β-actin 克隆
[期刊] 水产学报
[作者]
唐永凯 李建林 俞菊华
抗缪勒氏管激素(anti-Mullerian hormone,AMH),也称缪勒氏管抑制物质(mullerianinhibiting substance,MIS),为肽类生长因子,属于TGF-β生长和分化因子家族。应用RT-PCR和RACE法,从奥利亚罗非鱼精巢组织中分离出AMH的cDNA。分离到3′UTR长为621 bp和168 bp的两条cDNA,除了长度不一,两者之间只存在两个碱基的差别。5′UTR为27 bp,阅读框为1 545 bp,翻译成514个氨基酸,其中,AMH-N域237个氨基酸,TGF-β域93个氨基酸。同源性分析显示,AMH保守性偏低,奥利亚罗非鱼与其它鱼类的相似性为32...
[期刊] 水产学报
[作者]
曹谨玲 俞菊华 曹哲民 李建琳 吴婷婷
采用荧光定量RT-PCR方法对奥利亚罗非鱼DMO和DMT基因的时空表达进行了研究。结果发现,这两个基因均从原肠胚早期开始转录,一直到出膜,都维持着较高的表达水平,但DMO表达量明显高于DMT。从鱼苗孵化出膜的第1天开始,随着日龄的增加,DMO和DMT基因的表达量均增加,但DMO在性腺和脑中都能表达,而DMT则仅在精巢中专一性表达。鱼苗性腺分化时期,也可影响DMO和DMT基因的表达量,提示它们可能与激素调控有关。在雌、雄鱼的肝和肾等5种组织中均检测不到这两个基因转录本的存在;在脑中仅可检测到DMO基因不同强弱的转录本,呈现出很强的中枢神经系统的表达特异性。此外,在成体的卵巢和精巢中分别只可检测到...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
杜怡芳 朱信超 李贤慧 曲宪成
为深入研究黄鳝Dmrt1基因5′端侧翼序列在性别决定与分化中细胞通路之间的转录调控作用。本研究以黄鳝基因组DNA为模板，PCR扩增出Dmrt1基因5′端侧翼序列，并对该序列进行了生物信息学分析，然后将克隆获得的Dmrt1基因5′端侧翼序列构建到PGL3-enhancer载体中，命名为pGL3-enhancer-Dmrt1,最后将pGL3-enhancer-Dmrt1和内参质粒pRL-TK共转染至HEK293细胞，采用双荧光素酶检测系统对Dmrt1基因5′端侧翼的启动活性进行了检测。实验结果显示：克隆获得的Dmrt1基因5′端侧翼序列为1 519 bp;利用TESS-Transcription Element Search System转录因子结合位点在线预测数据库对黄鳝Dmrt1基因5′端侧翼序列进行预测分析结果表明，该序列存在AP-1、Oct-1、C/EBPa和GATAx等真核生物通用的转录因子结合位点以及与性别相关基因的蛋白结合位点，如SRY、Sox3和Sox5等；双荧光素酶检测结果显示，该5′端侧翼序列具有启动活性。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
张博文 赵丽雯 徐璐 李盼 曾凡力 孟亚南 董金皋
【目的】Cks1(cyclin-dependent kinase subunit 1)是细胞周期蛋白依赖性激酶复合体CDK(cyclin-dependent kinase)的结构亚基，是细胞周期调控过程中的关键基因。论文旨在鉴定玉米大斑病菌（Setosphaeria turcica）StCks1，分析玉米大斑病菌附着胞发育过程中StCks1表达量差异及其互作蛋白，为进一步研究StCks1在附着胞发育中的作用打下基础。【方法】通过对玉米大斑病菌野生型菌株01-23全基因组数据分析，获取StCks1蛋白序列；利用软件MEGA 5.0和在线数据库Pfam、SMART对酿酒酵母、裂殖酵母和拟南芥等物种Cks1蛋白进行系统发育树构建和保守结构域分析；收集玉米大斑病菌附着胞发育不同时期样品进行转录组测序以及表达量分析。利用原核诱导表达系统，构建原核表达载体pGEX-6p-3-StCks1，并转化大肠杆菌表达菌株BL21，对重组蛋白GST-StCks1诱导表达纯化；通过GST pull-down、Western blot技术和酵母双杂交试验，鉴定StCks1的互作蛋白。【结果】玉米大斑病菌全基因组中鉴定到唯一StCks1蛋白编码基因，该蛋白由130个氨基酸组成；其三级结构主要由4股β折叠和3个α螺旋构成，含有HxPEPH(His-anyPro-Glu-Pro-His)保守位点和Cks保守结构域；通过转录组测序和表达量分析发现，StCks1在附着胞发育不同时期表达量显著上调；重组蛋白GST-StCks1在1 mmol·L-1 IPTG,30℃诱导2 h可获得大量可溶性蛋白；通过GST pull-down技术获取大量互作蛋白并进行质谱鉴定，通过Western blot和酵母双杂交试验，验证StCks1与细胞周期蛋白依赖性激酶CDK1存在互作。【结论】玉米大斑病菌中含有唯一的StCks1，通过与细胞周期蛋白依赖性激酶CDK1互作调控附着胞的发育。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
朱华平 刘玉姣 刘志刚 卢迈新 高风英 可小丽 黄樟翰
以经过连续多代抗寒选育获得的尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)耐寒品系为实验材料,克隆了尼罗罗非鱼水通道蛋白基因(AQP1)的c DNA序列,并采用实时荧光定量PCR分析方法探讨了低温胁迫对罗非鱼AQP1基因表达水平的影响。序列分析结果显示,尼罗罗非鱼AQP1 c DNA长度为1 098 bp,包含36 bp的5′端非翻译区序列、783 bp开放阅读框(ORF)和279 bp的3′非翻译区序列,编码261个氨基酸。氨基酸序列比对表明,各物种间AQP1序列的同源性较高(96%~59%)。聚类分析表明,尼罗罗非鱼首先与同属鲈形目丽鱼科的斑马拟丽鱼(Maylandia zebr...
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