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[期刊] 水产学报
[作者]
曹谨玲 俞菊华 曹哲民 李建琳 吴婷婷
采用荧光定量RT-PCR方法对奥利亚罗非鱼DMO和DMT基因的时空表达进行了研究。结果发现,这两个基因均从原肠胚早期开始转录,一直到出膜,都维持着较高的表达水平,但DMO表达量明显高于DMT。从鱼苗孵化出膜的第1天开始,随着日龄的增加,DMO和DMT基因的表达量均增加,但DMO在性腺和脑中都能表达,而DMT则仅在精巢中专一性表达。鱼苗性腺分化时期,也可影响DMO和DMT基因的表达量,提示它们可能与激素调控有关。在雌、雄鱼的肝和肾等5种组织中均检测不到这两个基因转录本的存在;在脑中仅可检测到DMO基因不同强弱的转录本,呈现出很强的中枢神经系统的表达特异性。此外,在成体的卵巢和精巢中分别只可检测到...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
曹谨玲 俞菊华 李建林 王光花 吴婷婷
利用RT-PCR和cDNA末端快速扩增法(RACE)分离、克隆奥利亚罗非鱼(Oreochromis aurea)睾丸DMT(DM-do-main gene in testis)基因,并进行序列测定与分析。结果表明,该基因cDNA序列全长1 260 bp,包括74 bp 5’非翻译区,879 bp阅读框以及含poly(A)信号AATAAA的307 bp 3’非翻译区,阅读框共编码292个氨基酸。序列同源性分析表明,不同进化地位动物的DMRT1基因DM域编码序列存在高度同源性,显示DMRT1基因在系统进化上高度保守。生物信息学分析表明:DMT基因编码蛋白无信号肽,无跨膜区域,有多个蛋白激酶C、酪蛋...
关键词：
奥利亚罗非鱼 DMT 克隆 序列分析
[期刊] 水产学报
[作者]
唐永凯 李建林 俞菊华
抗缪勒氏管激素(anti-Mullerian hormone,AMH),也称缪勒氏管抑制物质(mullerianinhibiting substance,MIS),为肽类生长因子,属于TGF-β生长和分化因子家族。应用RT-PCR和RACE法,从奥利亚罗非鱼精巢组织中分离出AMH的cDNA。分离到3′UTR长为621 bp和168 bp的两条cDNA,除了长度不一,两者之间只存在两个碱基的差别。5′UTR为27 bp,阅读框为1 545 bp,翻译成514个氨基酸,其中,AMH-N域237个氨基酸,TGF-β域93个氨基酸。同源性分析显示,AMH保守性偏低,奥利亚罗非鱼与其它鱼类的相似性为32...
[期刊] 水产学报
[作者]
唐永凯 俞菊华 夏德全 王光花 李建林 吴婷婷
采用RTPCR和RACE法分离和测定了奥利亚罗非鱼DMOcDNA的全序列。得到1571bp[不含poly(A)]的全长cDNA,包括148bp5’非翻译区,1230bp阅读框以及含Poly(A)信号AATAAA的193bp3’非翻译区[不包括Poly(A)]。阅读框共编码409氨基酸,与尼罗罗非鱼DMO编码的氨基酸序列进行比较,同源性为96.3%,表明DMO在同一物种中差别较小。而与尼罗罗非鱼,红鳍东方豚,虹鳟,青鱼将,鼠,人等动物的DMRT1编码的氨基酸序列进行比较,同源性分别为:25.7%,25.8%,24.3%,29.7%,22.5%,22.0%,这说明DMO和DMRT1可能是两个不同的...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
卢中华 俞菊华 李红霞 李建林 唐永凯 阮瑞霞 杨光
采用RT-PCR和RACE法,分离了奥利亚罗非鱼(Oreochromis aureus)、尼罗罗非鱼(O.niloticus)MyoD1和MyoD2基因全长cDNA。结果显示,2种罗非鱼MyoD1全长均为1090bp,包括5′非翻译区(UTR)137bp,3′UTR50bp,开放阅读框(ORF)903bp,编码300个氨基酸,其中第110～161个氨基酸为bHLH结构,第233～249个氨基酸为helixIII结构;MyoD2全长均为1478bp,包括5′UTR215bp,3′UTR471bp,ORF792bp,编码263个氨基酸,其中第91～142个氨基酸为bHLH结构,第212～228个氨...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
唐永凯 李建林 陈文华 俞菊华
采用RT-PCR和快速扩增cDNA末端(Rapid amplification of cDNAends,RACE)法分离出奥利亚罗非鱼(Oreochromis aureus)卵巢芳香化酶(P450aromA)的全序列,得到1784bp的全长cDNA,包括38bp5′非翻译区,1566bp阅读框以及含Poly(A)信号(AATAAA)的167bp3′非翻译区[不包括Poly(A)]。阅读框共编码521个氨基酸,推算的蛋白质分子量为59kD。同源性分析显示,奥利亚罗非鱼P450aromA的氨基酸序列与其他鱼类性腺芳香化酶(P450arom)具有70%以上的同源性,与其他鱼类脑P450arom有60...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
仲旭晴 阮瑞 李勇智 岳华梅 叶欢 李忠 李创举
[目的]克隆黄鳝csf1r基因,并对其时空表达特性进行分析,为探明csf1r基因在黄鳝不同体色形成中的作用奠定基础。[方法]采用RACEs(Rapid-amplification of cDNA ends)技术从黄鳝皮肤cDNAs中克隆得到csf1r基因的全长cDNA序列,对其编码蛋白进行生物信息学分析。采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)方法检测csf1r基因在黄鳝不同组织、不同发育时期胚胎或个体及3种体色黄鳝(黄黑斑鳝、碎花斑鳝和隐花斑鳝)皮肤和肾脏中的相对表达量,分析该基因的表达特征。测定3种体色黄鳝肝脏中的碱性磷酸酶(AKP)、超氧化物歧化酶(SOD)活性和总抗氧化能力(T-AOC)。[结果]黄鳝csf1r cDNA序列全长为4 430 bp(GenBank收录号:OP589303),其编码区长度为2 937 bp,编码978个氨基酸,存在免疫球蛋白结构域和蛋白激酶催化结构域2个保守结构域。荧光定量PCR结果表明,csf1r基因在黄鳝脑、精巢、卵巢、肠、心脏、肾脏、肝脏、肌肉、皮肤和脾脏等组织中均有表达,在脾脏和心脏中表达量较高,其次是肾脏、皮肤和肌肉,卵巢中表达量最低;csf1r在胚胎眼晶体形成期开始大量表达,显微观察发现该时期胚胎的躯干上开始有色素颗粒出现。在3种体色黄鳝皮肤和肾脏中,csf1r基因在黄黑斑鳝的皮肤中表达量最低,而在其肾脏中表达量最高。3种体色黄鳝肝脏氧化应激指标测定结果发现,黄黑斑鳝肝脏中的碱性磷酸酶(AKP)、超氧化物歧化酶(SOD))活性和总抗氧化能力(T-AOC)比其他2种体色黄鳝高,但是差异未达显著水平。[结论]csf1r基因可能不仅参与了黄鳝体色的形成,还与黄鳝非特异性免疫相关。
关键词：
黄鳝 csf1r 时空表达分析 体色
[期刊] 水产学报
[作者]
姚韩韩 董迎辉 姚彬彬 包永波 林志华
为探索贝类乙二醛酶Ⅰ基因的结构及功能特征,实验利用RACE技术首次克隆获得泥蚶乙二醛Ⅰ基因(Tg-GLOI)的cDNA全长序列,并对其氨基酸序列特征及时空表达特征进行了研究。结果发现,Tg-GLOI基因的cDNA全长序列为1 807 bp,开放阅读框为540 bp,编码180个氨基酸,在27~169 aa处具有典型的乙二醛酶系保守序列;成熟的乙二醛酶Ⅰ由2个相同的亚基组成,每个亚基由乙二醛Ⅰ基因编码,其二级结构由18个α-螺旋、20个β-折叠片和36个转角组成,每个亚基各含1个Zn2+;氨基酸序列比对发现,Tg-GLOI氨基酸序列与太平洋牡蛎的同源性达到86.1%,与其他脊椎动物的同源性也都在...
[期刊] 华北农学报
[作者]
谢光杰 杜宇 许晴 马洁琼 邱翔 林亚秋
为阐明KLF5在山羊不同组织和不同诱导分化阶段的肌内脂肪细胞中的表达特性,利用降落PCR克隆山羊KLF5基因cDNA序列,通过各种在线工具分析山羊KLF5基因的生物学特征,利用实时荧光定量PCR技术分析KLF5基因在山羊不同组织和不同诱导分化阶段的肌内脂肪细胞中的表达水平。结果表明,克隆获得山羊KLF5基因序列1 735 bp,其中包括1 365 bp完整的开放阅读框(ORF)、8 bp的5′非翻译区(UTR)和362 bp的3′UTR。蛋白预测显示,山羊KLF5编码454个氨基酸,合成不具有跨膜结构和信号肽的不稳定的亲水性蛋白。组织表达谱显示KLF5基因在山羊心、肝、脾、肺、肾、背最长肌、皮下脂肪和腹间脂肪等组织中均有表达,但在肺组织中的表达量较高,显著高于除腹间脂肪外的其他组织中的表达(P<0.05)。同时,细胞时序表达谱表明KLF5在分化的山羊肌内脂肪细胞中的表达水平均高于肌内前体脂肪细胞中的表达水平,且在诱导分化第5天时的表达量最高,显著高于第0天的表达量(P<0.05)。研究结果发现,具有3个锌指结构域等复杂结构的KLF5蛋白可能在山羊肌内脂肪细胞分化后期发挥正向的调控作用,并促进山羊肌内脂肪沉积。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
瞿春梅 梁旭方 沈丹 何珊 白小丽
通过RT-PCR法和RACE法,分别从奥利亚罗非鱼(Oreochromisco aureus)肝脏获得alpha、rho1、rho2型GST(GSTA、GSTR1、GSTR2)基因cDNA全序列,从尼罗罗非鱼(Oreochromis nilotica)肝脏获得GSTR1、GSTR2基因cDNA全序列。结果表明:奥利亚罗非鱼GSTA基因cDNA全序列为933bp,5′非翻译区(5′-UTR)为98bp,3′非翻译区(3′-UTR)为166bp,开放阅读框(ORF)为669bp,编码222个氨基酸。奥利亚、尼罗罗非鱼GSTR1基因ORF均为681bp、均编码226个氨基酸;奥利亚、尼罗罗非鱼GST...
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
曹丽萍 俞菊华 殷国俊 李建林 丁炜东
SOX9基因是重要的转录调控因子,与性别分化形成密切相关。以奥利亚罗非鱼(Oreochromis aurea)为研究材料,使用RT-PCR和RACE法分离和克隆了奥利亚罗非鱼卵巢中SOX9基因cDNA的全长序列。序列全长1 582 bp,其中5’端非翻译区长71 bp,3’端非翻译区长75 bp,开放性阅读框长1 437 bp,编码478个氨基酸。其中第98位开始共81个氨基酸为HMG保守盒。将奥利亚罗非鱼SOX9基因与虹鳟等八种动物的氨基酸序列相比较发现,它们同源性达75%左右,表明SOX9基因在进化中较保守。
关键词：
奥利亚罗非鱼 SOX9 RT-PCR
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
胡海彦 贾永义 唐永凯
β-actin在真核细胞的生理过程中起着重要作用,其序列具有高度保守性,是一种管家基因。通过RT-PCR方法克隆出奥利亚罗非鱼(Oreochromis aureus)β-actin的部分cDNA序列,其长度为424 bp,翻译成138个氨基酸,计算的蛋白质分子量为15.5 ku。氨基酸同源性分析显示,奥利亚罗非鱼β-actin与真鲷(Pagrus major)、斑马鱼(Danio rerio)、青鳉(Oryzias latipes)、龙溪鳉(Rivulus marmoratus)的相似性最高,为99.3%;与鲫(Carassius auratus)、红鳍东方鲀(Takifugu rubripe...
关键词：
奥利亚罗非鱼 β-actin 克隆
[期刊] 水产学报
[作者]
吴冰 刘逸尘 张亦陈 耿绪云 孙金生
为了探讨凡纳滨对虾转录因子AP-1在病毒引发的免疫应答过程中的潜在作用,实验根据前期的转录组和表达谱结果提示信息,首次克隆了凡纳滨对虾AP-1基因(LvAP-1,GenBank注册号:KF999956),利用在线软件进行了生物信息学分析,运用半定量的方法进行了组织表达分析,并利用实时荧光定量PCR(qPCR)技术分析了该基因在白斑杆状病毒(WSSV)侵染过程中的表达变化特征。结果显示,AP-1基因ORF区全长882 bp,编码293个氨基酸。预测分析显示该基因编码的蛋白质含有1个Jun结构域和1个高度保守的亮氨酸拉链结构域(bZIP),其中Jun结构域在非脊椎动物中保守性不高。组织表达分析表明...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
庞连慧 罗双双 石林林 陈天圣 刘红 王焕岭
为研究鱼类细胞分裂周期蛋白20基因（cell division cycle 20 homolog,cdc20）的功能，以团头鲂为试验对象，经PCR扩增获得了团头鲂cdc20基因的CDS，基于多序列比对和系统进化树分析该基因的结构和不同物种间的进化关系，采用半定量PCR(semi-quantitative reverse transcription PCR,sqRT-PCR)、荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qRT-PCR)和切片原位杂交的方法检测了该基因的时空表达模式。结果显示，该基因编码区所包含的序列长度为1 482 bp，编码493 aa。团头鲂Cdc20氨基酸序列在进化上十分保守，具有7个WD40基序形成的稳定7叶β螺旋桨状结构，与鲤和斑马鱼的相似性最高。qRT-PCR结果显示团头鲂cdc20基因在早期胚胎中的表达量最高，随后呈下降趋势。sqRT-PCR检测发现cdc20基因主要在性腺中表达。性腺切片原位杂交结果显示cdc20在团头鲂各时期卵母细胞中均有表达，主要集中在Ⅱ期卵母细胞的胞质和Ⅲ、Ⅵ期卵母细胞的卵黄颗粒中；另外也发现该基因在精巢的精原细胞和生精小管的生殖上皮中表达量最高，在精子中的表达较低。以上结果表明团头鲂cdc20基因是一个母源基因，可能参与生殖细胞的发育。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
胡欣欣 曹建萌 卢迈新 陈琼 陈昆平
为了探究补体C9在尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)免疫中发挥的作用,本研究克隆并分析了尼罗罗非鱼补体C9基因(OnC9)。结果显示:OnC9的cDNA序列全长2 502 bp,包含1 761 bp的开放阅读框(ORF),编码586个氨基酸。氨基酸序列同源性分析表明,OnC9与牙鲆(Paralichthys olivaceus)补体C9氨基酸相似性最高,达73.0%,与其他鱼类补体C9的相似性介于49.3%71.4%之间。实时荧光定量PCR检测结果表明,OnC9基因在所检测的各个组织
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