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[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
胡海彦 贾永义 唐永凯
β-actin在真核细胞的生理过程中起着重要作用,其序列具有高度保守性,是一种管家基因。通过RT-PCR方法克隆出奥利亚罗非鱼(Oreochromis aureus)β-actin的部分cDNA序列,其长度为424 bp,翻译成138个氨基酸,计算的蛋白质分子量为15.5 ku。氨基酸同源性分析显示,奥利亚罗非鱼β-actin与真鲷(Pagrus major)、斑马鱼(Danio rerio)、青鳉(Oryzias latipes)、龙溪鳉(Rivulus marmoratus)的相似性最高,为99.3%;与鲫(Carassius auratus)、红鳍东方鲀(Takifugu rubripe...
关键词：
奥利亚罗非鱼 β-actin 克隆
[期刊] 中国水产科学
[作者]
曹谨玲 俞菊华 李建林 王光花 吴婷婷
利用RT-PCR和cDNA末端快速扩增法(RACE)分离、克隆奥利亚罗非鱼(Oreochromis aurea)睾丸DMT(DM-do-main gene in testis)基因,并进行序列测定与分析。结果表明,该基因cDNA序列全长1 260 bp,包括74 bp 5’非翻译区,879 bp阅读框以及含poly(A)信号AATAAA的307 bp 3’非翻译区,阅读框共编码292个氨基酸。序列同源性分析表明,不同进化地位动物的DMRT1基因DM域编码序列存在高度同源性,显示DMRT1基因在系统进化上高度保守。生物信息学分析表明:DMT基因编码蛋白无信号肽,无跨膜区域,有多个蛋白激酶C、酪蛋...
关键词：
奥利亚罗非鱼 DMT 克隆 序列分析
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
曹丽萍 俞菊华 殷国俊 李建林 丁炜东
SOX9基因是重要的转录调控因子,与性别分化形成密切相关。以奥利亚罗非鱼(Oreochromis aurea)为研究材料,使用RT-PCR和RACE法分离和克隆了奥利亚罗非鱼卵巢中SOX9基因cDNA的全长序列。序列全长1 582 bp,其中5’端非翻译区长71 bp,3’端非翻译区长75 bp,开放性阅读框长1 437 bp,编码478个氨基酸。其中第98位开始共81个氨基酸为HMG保守盒。将奥利亚罗非鱼SOX9基因与虹鳟等八种动物的氨基酸序列相比较发现,它们同源性达75%左右,表明SOX9基因在进化中较保守。
关键词：
奥利亚罗非鱼 SOX9 RT-PCR
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
唐永凯 李建林 陈文华 俞菊华
采用RT-PCR和RACE(Rapid Amplification of cDNA Ends)法分离出奥利亚罗非鱼卵巢芳香化酶(P450aromA)的全序列,得到1784 bp的全长cDNA,包括38 bp 5’非翻译区,1566 bp阅读框以及含Poly(A)信号(AATAAA)的167 bp 3’非翻译区[不包括Poly(A)]。阅读框共编码521个氨基酸,计算的蛋白质分子量为59 ku。同源性分析显示,奥利亚罗非鱼P450aromA的氨基酸序列与其它鱼性腺P450arom具有70%以上的同源性,与其它鱼脑P450arom为60%左右同源,但芳香化酶高保守区包括I-螺旋区,芳香化酶特异保守...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
瞿春梅 梁旭方 沈丹 何珊 白小丽
通过RT-PCR法和RACE法,分别从奥利亚罗非鱼(Oreochromisco aureus)肝脏获得alpha、rho1、rho2型GST(GSTA、GSTR1、GSTR2)基因cDNA全序列,从尼罗罗非鱼(Oreochromis nilotica)肝脏获得GSTR1、GSTR2基因cDNA全序列。结果表明:奥利亚罗非鱼GSTA基因cDNA全序列为933bp,5′非翻译区(5′-UTR)为98bp,3′非翻译区(3′-UTR)为166bp,开放阅读框(ORF)为669bp,编码222个氨基酸。奥利亚、尼罗罗非鱼GSTR1基因ORF均为681bp、均编码226个氨基酸;奥利亚、尼罗罗非鱼GST...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
施志仪 程千千 宋佳坤
采用同源克隆和RACE技术获得西伯利亚鲟(Acipenser baerii)β-actin基因cDNA全长,序列分析表明西伯利亚鲟β-actin基因cDNA全长1322bp,其包括的137bp的5′端非翻译区,57bp的3′端非翻译区和编码375个氨基酸残基的1128bp开放阅读框。与其他物种比对,该基因具极高的保守性。同时也利用同源克隆技术获得了西伯利亚鲟Sox2基因的同源保守区,该序列长768bp,编码256个氨基酸,也具较高的保守性,与其他物种的相似性在70%以上。以β-actin作为内参基因,对Sox2基因在西伯利亚鲟成鱼各组织及胚胎发育各时期进行实时荧光定量PCR检测,发现Sox2基...
[期刊] 水产学报
[作者]
唐永凯 俞菊华 夏德全 王光花 李建林 吴婷婷
采用RTPCR和RACE法分离和测定了奥利亚罗非鱼DMOcDNA的全序列。得到1571bp[不含poly(A)]的全长cDNA,包括148bp5’非翻译区,1230bp阅读框以及含Poly(A)信号AATAAA的193bp3’非翻译区[不包括Poly(A)]。阅读框共编码409氨基酸,与尼罗罗非鱼DMO编码的氨基酸序列进行比较,同源性为96.3%,表明DMO在同一物种中差别较小。而与尼罗罗非鱼,红鳍东方豚,虹鳟,青鱼将,鼠,人等动物的DMRT1编码的氨基酸序列进行比较,同源性分别为:25.7%,25.8%,24.3%,29.7%,22.5%,22.0%,这说明DMO和DMRT1可能是两个不同的...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
唐永凯 李建林 陈文华 俞菊华
采用RT-PCR和快速扩增cDNA末端(Rapid amplification of cDNAends,RACE)法分离出奥利亚罗非鱼(Oreochromis aureus)卵巢芳香化酶(P450aromA)的全序列,得到1784bp的全长cDNA,包括38bp5′非翻译区,1566bp阅读框以及含Poly(A)信号(AATAAA)的167bp3′非翻译区[不包括Poly(A)]。阅读框共编码521个氨基酸,推算的蛋白质分子量为59kD。同源性分析显示,奥利亚罗非鱼P450aromA的氨基酸序列与其他鱼类性腺芳香化酶(P450arom)具有70%以上的同源性,与其他鱼类脑P450arom有60...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
练冬梅 赵志祥 陈绵才 王会芳
采用RT-PCR、cDNA末端快速扩增法(RACE),克隆了象耳豆根结线虫生长发育关键基因actin的全长cDNA序列(登录号:KF534787),并与NCBI核酸数据库进行序列比对,结果表明:序列全长1298 bp,包含一个全长1125 bp的开放阅读框ORF,编码375个氨基酸,起始密码子在82位,终止密码子在1207位,与已知的其它物种的actin具有高度的保守性,与马铃薯腐败线虫和松才线虫actin的同源性分别为99.20%和98.67%,与秀丽隐杆线虫、人类相似性分别达到98.67%和97.33%。系统发育分析表明,象耳豆根结线虫actin可能是β-actin,同时也发现了象耳豆根结...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
沈丽红 熊良伟 唐永凯 王帅兵
通过PCR法从奥利亚罗非鱼DNA中扩增出MSTN基因。该序列全长1 957 bp,含有3个外显子,2个内含子。外显子Ⅰ379 bp,外显子Ⅱ371 bp,部分外显子Ⅲ145 bp,内含子Ⅰ305 bp,内含子Ⅱ751 bp,编码区895 bp,共翻译298个氨基酸。通过随机测序法筛选SNPs,获得了6个突变位点,外显子Ⅰ、Ⅱ各有一个,而内含子Ⅱ则含有4个突变位点。外显子Ⅰ、Ⅱ的突变位点均导致翻译的氨基酸序列发生改变,为错义突变。研究结果为SNPs位点与奥利亚罗非鱼生长性能关联分析奠定了基础。
关键词：
奥利亚罗非鱼 MSTN基因 SNPs
[期刊] 林业科学
[作者]
峥嵘 王琚钢 邰丽华 白淑兰 牛艳芳
以油松的优良外生菌根真菌即浅黄根须腹菌为对象,用简并PCR法和RACE技术分离其γ-肌动蛋白基因(Rl-act)的全长cDNA序列。该全长序列为1 339 bp,包含一个1 128 bp的开放阅读框(ORF),编码375个氨基酸,5'端非翻译区(5'UTR)95 bp,3'UTR长度116 bp。Port Param软件在线分析结果表明,该cDNA所编码的蛋白质理论等电点为5.01,相对分子质量为94.929 kD,具有真菌γ-actin基因3个保守特征序列。Blast同源性检索结果表明,Rl-act序列与12种担子菌actin序列同源性均在97%以上,与同为外生菌根真菌的双色蜡蘑actin的...
[期刊] 草业科学
[作者]
郭欢 崔彦农 吴凡 张乐 许香玉 包爱科
在研究植物功能基因表达模式中肌动蛋白(Actin)编码基因是最常用的内参基因之一。本研究根据藜科植物Actin基因编码区保守序列设计一对简并引物,以盐生植物四翅滨藜(Atriplex canescens)4周龄幼苗叶片的总RNA为模板,采用逆转录PCR(reverse transcription PCR,RT-PCR)方法扩增出Actin基因片段并连接到pMD19-T载体上,所得阳性克隆经PCR检测后进行测序。序列分析结果表明,该基因片段长度为598bp,编码198个氨基酸;该序列与Genbank中登录的
[期刊] 水产学报
[作者]
曹谨玲 俞菊华 曹哲民 李建琳 吴婷婷
采用荧光定量RT-PCR方法对奥利亚罗非鱼DMO和DMT基因的时空表达进行了研究。结果发现,这两个基因均从原肠胚早期开始转录,一直到出膜,都维持着较高的表达水平,但DMO表达量明显高于DMT。从鱼苗孵化出膜的第1天开始,随着日龄的增加,DMO和DMT基因的表达量均增加,但DMO在性腺和脑中都能表达,而DMT则仅在精巢中专一性表达。鱼苗性腺分化时期,也可影响DMO和DMT基因的表达量,提示它们可能与激素调控有关。在雌、雄鱼的肝和肾等5种组织中均检测不到这两个基因转录本的存在;在脑中仅可检测到DMO基因不同强弱的转录本,呈现出很强的中枢神经系统的表达特异性。此外,在成体的卵巢和精巢中分别只可检测到...
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
曹丽萍 丁炜东
促性腺激素释放激素(gonadotropin-releasing hormone,GnRH)是下丘脑分泌产生的神经激素,对脊椎动物生殖的调控起重要作用。本研究通过RT-PCR方法从奥利亚罗非鱼丘脑中扩增出长约400 bp的目的序列GnRH,并将其克隆到T载体中,经酶切鉴定、序列测定分析后表明其与尼罗罗非鱼和乌颊海鲷具有较高的同源性,处于同一个进化分支上;而与日本青、金鱼、拟鲤、壁虎等的同源性较低。将此cDNA片段定向克隆到表达载体pMAL-c2x中构建重组表达质粒pMAL-GnRH,转化到大肠杆菌TB1中,0.3M IPTG诱导4 h后成功表达出与预期大小相符的约56 kD的融合蛋白。表明大肠...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
王玉红 尹晓雪 丁明媚 付胜利 陈萌 郭政 叶剑敏
为了了解尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)细胞转录因子Xbp1-S(On Xbp1-S)的基因序列特征及其在无乳链球菌(Streptococcus alactolyticus)应激和在B细胞分化中的作用,应用RACE克隆技术获得的On Xbp1-S基因全长1380 bp,包括开放阅读框ORF为1155 bp,5?端非编码区(5?UTR)长127 bp,3?端非编码区(3'UTR)长98 bp。On Xbp1-S序列分析推测该基因编码384个氨基酸,分子量为41.32 k Da,理论等
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