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[期刊] 中国水产科学
[作者]
孙航 姜志强 蒋洁兰 温施慧 李幸 暴宁 苏鹏 毛明光
本研究通过克隆首次得到太平洋鳕(Gadus macrocephalus)干扰素调节因子3(interferon regulatory factor 3,IRF3)的部分序列。该序列长1878 bp,包含长1377 bp的完整开放阅读框(open reading frame,ORF),编码459个氨基酸,其编码的蛋白质分子量约为51 k D。经氨基酸序列比对发现,太平洋鳕IRF3的氨基酸序列包括1个含有5个保守色氨酸残基的DNA结合域(DNA binding domain,DBD)和1个保守的C端IRF关联域(IRF association domain,IAD);系统进化树分析表明,太平洋鳕I...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
姜薇 姚琳 江艳华 李风铃 牟海津 刘慧 翟毓秀
通过同源克隆的方法获得太平洋牡蛎(Crassostrea gigas)类FUT2基因的c DNA序列,分析其在牡蛎中的组织表达差异。研究结果表明,太平洋牡蛎类FUT2基因c DNA全长为1941 bp,包含180 bp的5'非翻译区、1086 bp的编码361个氨基酸的开放阅读框及675 bp的3'非翻译区。分子进化聚类分析结果显示,太平洋牡蛎类FUT2基因与家鼠(Mus musculus)等哺乳动物的FUT2基因聚为1个分支。此外,类FUT2基因m RNA在太平洋牡蛎成贝的肝胰脏、闭壳肌、外套膜、唇瓣、鳃等5个组织中均有分布,其中在唇瓣中的表达量最低,在其余4个组织中的表达量差异不显著。本研...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
刘万建 史成银 宋展 耿伟光 李赟 黄倢
本研究克隆了半滑舌鳎干扰素调节因子7(CsIRF-7)cDNA的全长序列,并对该基因进行了结构特征分析,同时还完成了该基因在半滑舌鳎各组织中表达水平的定量分析。结果表明,CsIRF-7基因cDNA全长为1957bp,其中包含48bp的5′-UTR、1302bp的ORF和607bp的3′-UTR。CsIRF-7 cDNA编码一个由433个氨基酸残基组成的多肽。氨基酸序列比对结果表明,CsIRF-7多肽与脊椎动物IRF-7相似,存在高度保守的3个结构域:DNA结合域(DNA binding domain,DBD)、干扰素相关区(IRF associated domain,IAD)和丝氨酸富含区(S...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
孙霞 王秀峰 郑成淑 邢世岩 束怀瑞
【目的】克隆菊花节律钟输出基因GIGANTEA的cDNA全长序列,进行序列信息学分析,研究其mRNA的相对定量表达。【方法】利用多聚酶链式反应(PCR)结合5′RACE、3′RACE技术,克隆节律钟输出基因GIGANTEA的cDNA全长序列,应用生物信息学软件对获得的基因核苷酸序列及编码的蛋白质序列进行分析;通过在线建模软件对蛋白质的三维结构进行建模预测;利用实时荧光定量PCR技术,用2-△△Ct法进行GIGANTEA的mRNA相对定量表达分析。【结果】从菊花品种‘Jinba’中克隆得到节律钟输出基因GIGANTEA的cDNA全长序列,核苷酸序列长度3 461 bp,开放阅读框3 453 bp...
[期刊] 华北农学报
[作者]
孟想想 闫佳萍 刘晓梦 廖咏玲 常杰 许锋
３－羟基－３－甲基戊二酰－ＣｏＡ还原酶（３－ｈｙｄｒｏｘｙ－３－ｍｅｔｈｙｌ ｇｌｕｔＡｒｙｌ Ｃｏｅｎｚｙｍｅ Ａ ｒｅｄｕＣｔＡｓｅ，ｈｍｇｒ）是植物萜类化合物甲羟戊酸合成途径中的关键限速酶。为研究ｈｍｇｒ基因在洋甘菊萜类化合物合成代谢中的功能，根据前期罗马洋甘菊转录组注释ｈｍｇｒ的ｕｎｉｇｅｎｅ序列设计引物，以罗马洋甘菊Ｃ ｄｎＡ为模板，采用ｒｔ－ＰＣｒ方法，从罗马洋甘菊中克隆得到一个长为１ ８５６ ｂＰ的ｈｍｇｒ基因，命名为Ｃｎｈｍｇｒ（ｇｅｎ ｂＡｎｋ登录号为ｋｕ５８９２８２）。Ｃｎｈｍｇｒ基因序列包含１个１ ７４６ ｂＰ长的开放阅读框，编码５８２个氨基酸，生物信息学软件预测蛋白质分．．．
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
武丹阳 杨洋 李慧玉
根据已有的白桦Betula platyphylla茎尖、叶片及木质部等45个转录组信息,获得3条白桦BEE基因的全长c DNA序列,分别命名为BpBEE1,BpBEE2和BpBEE3。对3个BpBEE基因进行了生物信息学分析和实时定量聚合酶链式反应分析,结果表明:3个基因具有典型的结合DNA及特异识别序列E-box和N-box,属于b HLH类转录因子。这3个基因与拟南芥Arabidopsis thaliana中At BEE基因亲缘关系较近,属于b HLH超家族第25亚类。在白桦生长季内,BpBEE1,B
[期刊] 华北农学报
[作者]
贾小平 桑璐曼 王振山 赵渊 张小梅 李剑峰 张博 周俊超
分析谷子成花素基因(Hd3a)在不同光周期条件下的表达规律,旨在揭示成花素基因在光周期调控谷子开花过程中扮演的角色。首先利用生物信息学方法获得位于谷子4号染色体的成花素基因序列(Seita.4G067600),命名为SiHd3a,然后根据基因序列设计1对特异引物,提取谷子农家种黄毛谷总RNA,利用RT-PCR技术克隆得到黄毛谷SiHd3a基因cDNA序列,其长度为792 bp,包含一个537 bp的CDS区,编码178个氨基酸;预测SiHd3a蛋白的分子质量为19.74 ku,等电点为6.82,初步判断其为亲水蛋白;蛋白质的二级结构中无规则卷曲所占比例最高(43.26%),其次为延伸链(β-折叠,29.21%)、α螺旋(16.29%)、β转角(11.24%);亚细胞定位分析发现,SiHd3a蛋白定位在细胞质和细胞间质;基于Hd3a蛋白序列进化分析发现,谷子与野生黍、玉米、高粱之间的亲缘关系比较近,聚在一组,而与水稻亲缘关系较远。半定量PCR发现,SiHd3a基因在短日照条件下表现为昼夜节律性表达,在早晨6:00、中午12:00各有1个表达峰,而在长日照条件下基因24 h内表现稳定表达水平。推测谷子SiHd3a基因长、短日照条件下昼夜表达模式的差异是导致其光周期敏感性的可能原因。
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
高志民 陈段芬 彭镇华
MADS-box基因在植物花发育中具有重要作用。采用RT-PCR和RACE技术,从中国水仙幼嫩花蕾中分离到了一个MADS-box同源基因,命名为NtMADS3(GenBank登记号:EU081900)。该基因cDNA全长980 bp;编码区编码241个氨基酸,具有典型的植物MADS-box基因结构。序列分析表明,NtMADS3编码的蛋白与其他植物的MADS-box蛋白有着较高的一致性,其中与石刁柏的AOM3一致性高达89.2%,与拟南芥的AGL6一致性为60.0%。系统进化树分析表明NtMADS3基因属于E类功能基因。组织表达模式分析显示,NtMADS3基因在中国水仙的开花期各器官及花的各部位...
[期刊] 华北农学报
[作者]
战新梅 管世铭 张玉喜
SPL(SQUAMOSA promoter-binding protein-like)转录因子在植物多个生理过程中发挥重要的生理功能,为了研究其在牡丹花芽休眠进程中的作用机理,采用RACE方法,从牡丹花芽中克隆得到了一个SPL基因。该基因全长cDNA 1 057 bp,完整开放阅读框为549 bp,编码182个氨基酸,Blast分析表明,编码的氨基酸序列中具有SBP-box基因家族所特有的SBP-box保守结构域。与拟南芥已知SPLs蛋白构建进化树结果表明,牡丹SPL蛋白与At SPL3聚为一支,该基因被
[期刊] 华北农学报
[作者]
邬建飞 刘宇 李恒 荆天 卢建远 字向东
旨在探究DNA损伤诱导转录本3(DDIT3)基因序列特征及其在母牦牛组织表达特性。以母牦牛为研究对象,利用RT-PCR技术克隆牦牛DDIT3基因,利用生物信息学软件分析DDIT3蛋白的结构和功能,并利用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测DDIT3基因在牦牛不同组织及不同生理阶段的生殖器官和卵母细胞中的表达特征。结果显示:牦牛DDIT3基因CDS区全长507 bp,共编码168个氨基酸;核苷酸序列比对发现,牦牛与野牛同源性最高,为99.71%,与其他物种的同源性均在88%以上,说明DDIT3基因在进化过程中表现出高度保守性;牦牛DDIT3基因在卵巢中的表达量极显著高于心脏、肝脏、肾脏、脾脏、肺、子宫和输卵管(P<0.01);在卵巢中,妊娠期DDIT3基因的表达水平显著高于卵泡期、黄体期和胎儿期(P<0.05),黄体期的表达量显著高于胎牛期(P<0.05);在子宫中,妊娠期DDIT3基因的表达水平显著高于卵泡期和胎牛期(P<0.05);DDIT3在各时期输卵管中表达水平差异不显著;MⅡ期卵母细胞中DDIT3基因的表达水平显著高于GV期和MⅠ期(P<0.05),MⅡ颗粒细胞DDIT3基因的表达量也显著高于GV期和MⅠ期(P<0.05),GV期、MⅠ期的卵母细胞和颗粒细胞DDIT3表达量差异不显著。综上,牦牛DDIT3基因可能在维持母牦牛卵巢机能与妊娠以及卵泡发育与成熟过程中发挥重要的调控作用。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
李森 何川 胡瑞雪 顾泽茂
为研究Ｐｅｎｔｒａｘｉｎ ３（Ｐｔｘ３）在鱼类中的作用，克隆得到异育银鲫（Ｃａｒａｓｓｉｕｓ ａｕｒａｔｕｓ ｇｉｂｅｌｉｏ）Ｐｔｘ３基因，并对其序列结构特征和表达模式进行分析。异育银鲫Ｐｔｘ３序列由３个外显子和２个内含子构成，编码４５３个氨基酸。异育银鲫Ｐｔｘ３蛋白的前２２ａａ为信号肽，２４１～４５３ａａ为Ｐｔｘ结构域；在Ｐｔｘ结构域有一个非典型的Ｐｅｎｔｒａｘｉｎ信号。同源进化分析发现，异育银鲫Ｐｔｘ３与其他鱼类聚为一支，且与斑马鱼最为相似（７９％）；两栖类和哺乳类各自聚为一支。实时荧光定量ＰＣｒ结果显示，Ｐｔｘ３在异育银鲫的心脏、肝脏、脾脏、头肾、体肾、鳃、脑、肌肉、肠、血液、性腺等１１．．．
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
张梦帆 路建卫 扎老 赵雪 梁春年
【目的】研究牦牛MYL3基因的结构和表达特征,探究其生物学功能及影响牦牛肌肉生长发育的机制。【方法】以美仁牦牛cDNA为模板,PCR扩增MYL3基因编码区序列(CDS),利用MEGA11软件构建系统进化树,利用生物信息学软件对其编码蛋白进行分析。通过实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测MYL3基因在心脏、肝脏、脾脏、肺脏(参照)、睾丸、肌肉和脂肪组织中的相对表达量。【结果】牦牛MYL3基因CDS区长600 bp,共编码199个氨基酸,存在1个碱基突变位点,位于第165位(A>T)。系统进化分析结果显示,牦牛与普通牛的亲缘关系最近,与单峰驼的亲缘关系最远。生物信息学分析结果显示,牦牛MYL3蛋白为不稳定的亲水性蛋白,无信号肽,不存在跨膜结构,主要存在于细胞质内,有8个磷酸化位点和2个N-糖基化位点,蛋白的二级结构以α-螺旋为主,主要与调控肌肉生长发育的相关蛋白相互作用。RT-qPCR结果表明,MYL3基因在心脏中的表达量最高,极显著高于其他组织;肌肉中次之,与除心脏外的其他组织存在极显著差异。【结论】MYL3基因可能与牦牛心脏发育有关,对肌肉的生长发育和肉质有一定影响。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
闫涛涛 姚婷婷 王正兴 马楠 蓝贤勇 周力 王兴平 罗仍卓么
【目的】研究奶牛干扰素调节因子5（Interferonregulatoryfactor5，IRF5）基因在奶牛乳腺组织及乳腺上皮细胞炎症中的表达模式。【方法】利用RT-PCR和测序技术克隆得到IRF5基因的编码区（Codingsequence，CDS）序列，并采用生物信息学方法分析IRF5基因及其特性；利用qPCR技术检测IRF5基因及相关干扰素调节因子3（Interferonregulatoryfactor3，IRF3）和MyD88基因的表达量。【结果】IRF5基因的CDS长度为1500 bp，编码499个氨基酸，存在47个潜在磷酸化位点，氨基酸组成中脯氨酸（Pro）和亮氨酸（Leu）所占的比例较高。IRF5蛋白分子式为C_(2524)H_(3901)N_(671)O_(728)S_(20)，主要存在于细胞核和线粒体，理论等电点为5.38，是碱性亲水且不稳定的非分泌蛋白。蛋白互作分析结果显示，IRF5蛋白可能与骨髓分化初级反应蛋白（MyD88）、白细胞介素-1受体相关激酶1（IRAK1）、C-C基序趋化因子4（CCL4）、组蛋白乙酰转移酶p300（EP300）和核受体共激活因子3异构体X1（NCOA3）等蛋白相互作用，与机体或细胞的炎症反应有关。qPCR结果表明，与健康奶牛相比，IRF5基因在乳房炎奶牛的乳腺组织中的表达量极显著上调（P < 0.01）。在乳腺上皮细胞中，与对照组（0 h）相比，IRF5及其相关的Myd88和IRF3基因在LPS诱导乳腺上皮细胞炎症反应的3、6和12 h的表达量均极显著上调（P < 0.01）。【结论】IRF5基因在奶牛乳房炎过程中表达量上调，可能通过上述基因参与促进奶牛乳房炎症反应。
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
马艳 朱馨蕾 杨长庚 张富春 尹伟伦
为深入研究胡杨的抗盐分子机制,并获得与之相关的抗逆基因,采用SMART技术构建了胡杨盐胁迫处理cDNA文库。经随机测序,得到一个编号为SSL061的EST序列,与欧美杨的脱水素基因有较高相似性,通过PCR快速扩增文库的方法获得了胡杨脱水素基因(Pedhn)。分析表明,该cDNA的长度为813 bp,拥有681 bp的开放读码框,共编码227个氨基酸。该序列包括两个重复的富含赖氨酸的K片段和由7个连续的丝氨酸残基组成的S片段,但是缺乏Y片段。RT-PCR结果表明,胡杨在未受胁迫的情况下脱水素基因的转录水平较低,而随着盐胁迫浓度的升高,脱水素基因的转录水平总体呈上升趋势。
关键词：
胡杨 cDNA文库 脱水素 盐胁迫
[期刊] 水产学报
[作者]
舒妙安 张龙韬 徐宾朋 胡杭娇 郭晓令
采用RT-PCR及RACE技术,从拟穴青蟹眼柄组织中克隆获得14-3-3基因cDNA全序列。序列分析结果表明:拟穴青蟹14-3-3基因全长1 112 bp,开放阅读框长744 bp,编码由247个氨基酸组成的蛋白,分子量为28.086 ku,等电点为4.675。与其他物种14-3-3基因氨基酸序列进行同源性比较分析显示,拟穴青蟹14-3-3基因与斑节对虾14-3-3基因同源性最高(95%),依次为墨吉对虾(93%)、苜蓿切叶蜂(92%)。聚类分析表明,拟穴青蟹14-3-3基因氨基酸序列与斑节对虾、墨吉对虾紧密聚为一支。经荧光定量检测,拟穴青蟹14-3-3基因在肝胰腺和肌肉中的表达量较高,其次为...
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