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[期刊] 中国水产科学
[作者]
孔晓瑜 张留所 喻子牛 刘亚军 王清印
以相应引物经PCR扩增了太平洋牡蛎 (Crassostreagigas)的核糖体转录间区域 (ITS 1和ITS 2 )及线粒体 16SrDNA和COI基因片段。PCR产物经T 载体连接后进行克隆和测序 ,分别得到长度为 5 4 3、791、5 30和 70 0bp的核苷酸序列。 4个DNA片段的A、T、G和C碱基含量分别为 2 3.5 7%、2 0 .0 7%、2 9.4 7%和 2 6 .89% (ITS 1) ,2 7.4 3%、19.2 2 %、2 7.0 5 %和2 6 .30 % (ITS 2 ) ,2 9.2 5 %、2 9.2 5 %、2 3.0 2 %和 18.4 9% (1...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
喻子牛 孔晓瑜 庄志猛 刘亚军 宋林生
以相应引物PCR扩增栉孔扇贝 (Chlamysfarreri)核基因组的核糖体DNA两个转录间隔子 (ITS - 1和ITS - 2 ) ,PCR产物经T载体连接后进行克隆、测序 ,分别得到了 340bp和 510bp的碱基序列 ,序列大小非常适合遗传变异及分子系统学研究。其A、T、G、C含量在ITS - 1分别为 32 .0 6 % ,2 0 .59% ,2 2 .35%和2 5.0 0 % ,在ITS - 2分别为 30 .0 0 % ,2 1.37% 2 4 .12 %和 2 4 .51%。这两个变异性较大的序列在扇贝种群中应用潜力很大 ,可广泛用于种内群体间遗传变异研究、种质鉴别及系统...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
陈琳琳 孔晓瑜 周立石 陈丽梅 喻子牛
以相应引物PCR扩增魁蚶(Scapharcabroughtonii)的核糖体转录间隔子ITS 1和ITS 2片段,测序后得到长度分别为461bp和533bp的核苷酸序列(含引物)。其中A、T、G、C4种碱基的含量分别为21 91%、24 73%、28 20%和25 16%(ITS 1),27 02%、25 52%、25 52%和21 95%(ITS 2)。将这2个片段与其他双壳贝类的相应片段进行比较,发现ITS 1和ITS 2引物在贝类中具有良好的通用性。比较几种贝类的ITS 1片段发现有1～100bp长度不等、弥散状态的插入/缺失;对5种蚶科贝类的ITS 2相应片段进行比较,发现中间有75b...
关键词：
魁蚶 核苷酸序列 ITS1 ITS2
[期刊] 浙江林学院学报
[作者]
桂仁意 金爱武 高培军 曹福亮
为研究银杏Ginkgo biloba种内核糖体DNA内转录间隔(ITS)区序列的多样性,以具有代表性的10个银杏嫩叶样本为材料,提取基因组DNA后用特异性引物进行PCR扩增,并直接测定其ITS区序列。结果表明,银杏ITS区(内含5.8 S)总长度为1 224-1 226 bp,其中ITS-1长度为821-823 bp,5.8 S长度为162 bp,ITS-2长度为241 bp。在全序列范围内,可变位点有28个,占总核苷酸的2.3%,但简约信息位点仅6个,变异量仅有0.5%。银杏的不同样本之间ITS区序列表现出高度一致。图2参13
关键词：
植物学 银杏 内转录间隔 序列测定
[期刊] 中国农业科学
[作者]
王林玲 陈克平 姚勤 高贵田 赵远
目的研究柞蚕微孢子(Nosemaantheraeae)的核糖体基因,转录间隔区(ITS)以及它们的排列顺序,为柞蚕微孢子的分类和系统进化分析提供分子生物学方面的依据。方法采用特异引物进行PCR扩增,克隆和测序。用DNAStar软件,用ClustalW的比对方法得到遗传距离和系统进化树。结果得到柞蚕微孢子的核糖体小亚基rRNA(SSUrRNA),转录间隔区(ITS),5SrRNA的全长,得到核糖体大亚基rRNA(LSUrRNA)的部分序列。结论柞蚕微孢子的核糖体基因排列顺序为LSU-ITS1-SSU-ITS2-5S与Nosemabombycis相同,是一种比较特殊的排列方式。将微孢子SSUrRN...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
牟希东 白俊杰 汪学杰 罗建仁
对金鱼(Carassius auratus)核糖体转录间隔区(ITS-1)进行了克隆测序,并对ITS-1序列进行了分析。结果显示,克隆的金鱼ITS-1区序列长度为294bp,其中A、T、G、C 4种碱基的含量分别为17.0%、14.6%、33.0%、35.4%;与从GenBank中检索到的12种鱼的核糖体DNA序列比较显示,其与12种鱼的ITS-1序列同源性较低,在26.0%~61.6%之间;根据金鱼与其他12种鱼的ITS-1序列的同源性构建进化树,所得的分类结果与传统的分类结果基本一致。
[期刊] 华北农学报
[作者]
郭永军 戴伟 王晓梅 周晓犊
对毛蚶、魁蚶和泥蚶核糖体DNA转录间隔区(ITS区)进行限制性片段长度多态性(RFLP)分析发现,6种限制性内切酶(HaeⅢ,HhaⅠ,HpaⅡ,RsaⅠ,Sse9Ⅰ和TaqⅠ)均能将泥蚶与毛蚶及魁蚶区别开来,但未发现毛蚶和魁蚶间特异性的RFLP标记。对酶切图谱进行的数理分析结果显示,毛蚶与魁蚶之间的净遗传距离Pnet值为0,而泥蚶与毛蚶、泥蚶与魁蚶之间的Pnet值均为0.0797;泥蚶群体内检测到5种酶切复合单倍型,核苷酸多样性指数π值为0.0008外,而毛蚶和魁蚶群体内为相同的1种复合单倍型,π值均为0。
关键词：
毛蚶 魁蚶 泥蚶 ITS区 RFLP
[期刊] 中国水产科学
[作者]
苏天凤 江世贵 朱彩艳 周发林 陈丕茂
采用PCR技术对广西钦洲湾水域的养殖牡蛎(传统上被认为是近江牡蛎CrassotreaariakensisFujita)群体26个个体的线粒体DNA16SrRNA基因片段序列进行扩增,获得了大约500bp的扩增产物。PCR产物经纯化后进行序列测定,经同源排序,得到415bp可供分析的核苷酸片段。26个个体中共检测到18个变异位点,包括1个碱基插入/缺失、11个转换位点及6个颠换位点。共有6种单倍型,这6种单倍型又分为2大类单倍型。运用MEGA软件计算出不同个体间的遗传距离,并构建了UPGMA和NJ系统树。26个个体聚成明显的2支,一支有19个个体,占73 08%;另一支有7个个体,占26 92%...
[期刊] 水产学报
[作者]
刘连为 许强华 陈新军
为准确掌握柔鱼的种群遗传结构,拟通过线粒体DNA的COI和Cytb基因序列分析方法对柔鱼不同产卵季节群体的遗传多样性和遗传结构进行研究。经PCR扩增与测序分别获得600 bp COI与481 bp Cytb基因序列。基于COI基因序列分析得到的单倍型数、单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数及平均核苷酸差异数分别为24、(0.729±0.033)、(0.005 70±0.003 25)和3.421。基于Cytb基因序列分析得到的单倍型数、单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数及平均核苷酸差异数分别为28、(0.852±0.016)、(0.006 45±0.003 73)和3.101。分析认为,北太平洋...
[期刊] 水产学报
[作者]
俞菊华 李红霞 戈贤平 李建林 唐永凯
核糖体DNA通常被选作系统发育研究的分子标记,核糖体DNA中IGS部分序列的变异在一定程度上影响着生物的生长。报道了中华绒螯蟹核糖体DNA全序列的分离和序列特征。中华绒螯蟹核糖体DNA全长11660bp,包括18S(1873bp),ITS1(317bp),5.8S(163bp),ITS2(614bp),28S(4461bp)和IGS(4240bp);不同部分AT含量在40.1%～48.6%之间,低于果蝇(55.8%～80.0%),高于鲤(22.0%～43.7%)。平均100个核苷酸含简单重复序列(SSR)数由高到低依次为ITS2(0.98%),IGS(0.49%),28S(0.38%),ITS...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
张荣 崔晓艳 孙广宇 康振生
采用nested-PCR技术对小麦蓝矮病植原体核糖体蛋白基因片段进行扩增,并对扩增片段进行了序列测定及分析。结果表明,nested-PCR扩增得到约1.2kb的特异片段,经核苷酸序列测定获得小麦蓝矮病植原体核糖体蛋白基因序列(1136bp);小麦蓝矮病植原体(WBD)与16Sr组中的各亚组代表植原体亲缘关系均达到96%以上,其中与三叶草变叶病植原体(CPh株系)亲缘关系最近,核苷酸同源性为99.7%,归为翠菊植原体(CandidatusPhytoplasmaasteris)16Sr-C亚组,该结果与以前报道的利用16SrDNA的分组结果一致,从亚组水平上进一步确定了小麦蓝矮病植原体的分类地位。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
高天翔 吉崎悟朗 渡边精一
首次进行了中华绒螯蟹（ Ｅｒｉｏｃｈｅｉｒ ｓｉｎｅｎｓｉｓ）线粒体 ＤＮＡ １２ＳｒＲＮＡ的序列分析。参考果蝇、蚤状溞序列对中华绒螯蟹线粒体ＤＮＡ １２ＳｒＲＮＡ基因片段做了引物设计、ＰＣＲ扩增及序列测定，结果得到 ４５７ ｂｐ的碱基序列，其Ａ、Ｔ、Ｇ、Ｃ含量分别为 １５９ｂｐ（３４．７９％）、１７７ｂｐ（３８．７３％）、５１ｂｐ（１１．１６％）、７０ｂｐ（ １５． ３２％），与果蝇、蚤状溞的相同基因片段的序列含量基本相似。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
李咏梅 陈秀荔 彭敏 马宁 黎铭 杨春玲 蒋伟明 曾地刚 陈晓汉
【目的】初步了解我国广西钦州湾牡蛎的遗传多样性及其分类和系统进化情况。【方法】以采自广西钦州湾的37个白肉牡蛎和29个红肉牡蛎个体为材料,对其线粒体细胞色素氧化酶亚基I(COI)的部分序列进行PCR扩增和序列比对,检测牡蛎的遗传多样性;计算牡蛎不同单倍型及GenBank中已登载的4种牡蛎间的遗传距离,采用聚类分析方法,构建其NJ和UPGMA系统进化树。【结果】66个白肉牡蛎和红肉牡蛎线粒体COI基因片段的PCR产物大小约为600 bp,扩增产物纯化并去除引物序列后获得约535 bp的核苷酸序列;碱基组成平均为:T 37.5%,C18.2%,A 23.8%,G 20.5%,A+T 60.5%,C...
关键词：
牡蛎 COI基因 线粒体 广西
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
张凤英 马凌波 施兆鸿 夏连军 马春艳
利用通用引物成功扩增了黄鳍鲷和黑鲷的线粒体细胞色素氧化酶I亚基(COI)基因序列。通过序列测定,得到581 bp的基因片段,碱基A、T、G、C平均含量分别为25.8%、32.6%、18.0%和23.6%,序列中的A+T含量明显高于G+C含量,与其他鱼类的COI基因片段研究结果相一致。通过序列分析发现黄鳍鲷和黑鲷两序列共存在14处碱基变异,其中在第19~139 bp之间检测到13个变异位点,是变异频率较高的区段,可以考虑作为鲷属或者种群鉴别的分子标记。与黄鲷、真鲷、三长棘真鲷等鱼类比较,无插入和缺失位点,转换明显高于颠换。序列差异比较结果显示,真鲷与黄鳍鲷的序列差异在这5种鱼类中最大,达到了18...
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
孙玲 王凤成 王秋实 刘彦群 仝振祥 冀万杰 张博 王学英
以22个柞蚕品种(品系)为材料,采用PCR技术分别扩增其线粒体DNA(mtDNA)的细胞色素b基因(Cytb),测定5’端485bp的核苷酸序列,并采用Dnaman软件进行分析,结果表明:供试22个柞蚕品种可分成2组,2组之间只在294bp处有一个差异位点。从GenBank中调取柞蚕豫早1号品种Cytb基因的5’端相应序列(AY242996),与本试验测得的柞蚕青黄1号和青6号对应的核苷酸序列进行了同源性比较,结果表明:青黄1号和青6号的同源性达99.8%,青黄1号和豫早1号的同源性达98.6%,青6号和柞早1号的同源性达98.8%。可见,不同柞蚕品种的表型虽然不同,但在Cytb基因水平上其核...
关键词：
柞蚕 线粒体 细胞色素b基因 序列分析
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