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[期刊] 华北农学报
[作者]
兰若林 马文智 张立民 孙博 常玉梅 梁利群
为了深入了解本地日本沼虾的遗传特性,为育种选育提供理论支撑,利用微卫星分子标记技术,对大龙虎泡日本沼虾进行遗传多样性比较分析。结果显示,12个微卫星位点均属于高多态性位点(PIC>0.5);太湖2号养殖群体的等位基因数为4~11,有效等位基因为3.686 4~7.480 5,观测杂合度为0.318 2~0.833 3,期望杂合度为0.744 9~0.884 8;各位点的多态性为0.691 9~0.851 7,属于高遗传多样性的群体。大龙虎泡野生群体等位基因数为1~2,有效等位基因为1.00 0 0~2.000 0,观测杂合度为0.000 0~1.000 0,期望杂合度为0.000 0~0.517 2,各位点的多态性为0.000 0~0.375 0,属于遗传多样性较低的群体。2个群体均有7个位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡,大龙虎泡野生群体另出现3个位点无法进行Hardy-Weinberg平衡检验。太湖2号养殖群体的7个位点表现出来的是杂合子缺失,大龙虎泡野生群体的7个表现的是杂合子过剩。分子方差分析显示,有36.15%(P<0.01)的遗传变异来源于群体间,而63.85%(P<0.01)的变异来源于群体内。与太湖2号养殖群体的遗传相似度为0.276 9,遗传距离为1.284 3,这2个群体遗传相似度低,遗传距离远,存在很大的遗传差异。2个群体的遗传分化指数F_(ST)为0.361 53(P<0.01),遗传分化程度明显。种群遗传结构分析结果显示,最佳K值为3,说明这2个种群有3个可能的祖先。大龙虎泡野生群体遗传多样性水平较低,提示对大龙虎泡野生群体种质资源的保护刻不容缓。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
杨频 陈立侨 王伟 禹娜 宋大祥 刘占江
日本沼虾(Macrobrachium nipponense)是中国分布范围广、经济价值较大的一种重要淡水虾类。随着养殖规模的不断扩大,如何保持养殖群体的遗传品质已引起了人们的重视。但迄今为止,养殖的日本沼虾均来自未经系统遗传选育的野生群体,而养殖病害的日趋严重和养成规格、品质的下降已严重影响到日本沼虾养殖产业的健康发展。研究野生群体的遗传结构和遗传分化,揭示其遗传多样性是制定合理有效的保护和管理策略的前提和基础。ISS(RInter-simple sequence repeats,简单重复序列中间区域)标记技术具有实验重复性好、信息量大、多态性高等优点,是一种理想的检测群体遗传变异的分子标记。...
关键词:
日本沼虾 遗传多样性 ISSR
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
吴滟 傅洪拓 李家乐 龚永生 李明爽
利用随机扩增多态DNA(RAPD)技术对太湖湖区不同水域(无锡、宜兴、苏州及湖州水域)野生日本沼虾群体进行基因组DNA的遗传多样性分析。在事先优化的条件下,试验从选用的50个随机引物中筛选出16个有效引物,共检测到117个清晰稳定的位点,大小为200bp~2000bp,其中92个位点具有多态性。四个群体的多态位点比例分别为49.57%、60.68%、53.85%、57.26%,杂合度为0.2077~0.2163,Shannon信息指数为0.2967~0.3053,群体间遗传分化指数Gst值为0.1644~0..2002。AMOVA分析结果显示,群体的遗传变异有16.67%是由群体间遗传变异引起...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
冯建彬 吴春林 丁怀宇 华雪铭 李应森 李家乐
利用微卫星标记分析了洪泽湖避风港、蒋坝、鲍集等9个日本沼虾(Macrobrachium nipponense)野生群体的遗传多样性。结果表明,8个微卫星位点呈现高度多态性;每个群体中至少有5个位点显示杂合不足,显著偏离了Hardy-Weinberg平衡;9个日本沼虾野生群体均表现出较高的遗传多样性水平,洪泽湖中、东部避风港和蒋坝等群体遗传多样性高于西部鲍集和界集群体。突变-漂移平衡分析表明,洪泽湖日本沼虾群体部分位点杂合显著过剩,表明洪泽湖日本沼虾群体部分位点偏离了突变-漂移平衡,但近期没有经历过瓶颈效应,群体数量也没有下降。群体间F-统计量及AMOVA分析表明,群体遗传分化极显著(F ST=...
关键词:
洪泽湖 日本沼虾 微卫星 遗传多样性
[期刊] 水产学报
[作者]
冯建彬 马克异 李家乐 华雪铭 丁怀宇
采用(CT)15、(CA)15两种生物素标记及磁珠富集法构建了太湖日本沼虾基因组微卫星富集文库。120个微卫星克隆中83个位点的核心序列重复在10个以上,长度介于191~580bp,平均为311bp;重复类型中,(CA/GT)n及(AG/TC)n分别占59.09%及20.45%,还检测到(GC)n、(AAG)n、(ACAA)n和(GGCAGA)n等17种类型,包括25.75%完美型、20.45%非完美型和53.80%复合性。用其中12条微卫星引物扩增吴江、滨湖、宜兴和吴兴4个群体240个个体的基因组DNA,各位点表现出较高的遗传多样性,除Mni86、Mni103和Mni114外,其它群体位点大...
关键词:
日本沼虾 微卫星引物 筛选 遗传多样性
[期刊] 西南农业学报
[作者]
张露 周剑 柯红雨 黄志鹏 赵仲孟 赵瀚 段元亮 牟成艳 李华东 李强
【目的】四川省河流众多,野生日本沼虾资源丰富,为深入了解四川省日本沼虾种质资源现状,开展不同流域日本沼虾遗传多样性评估具有重要意义。【方法】基于线粒体Cytb序列,对四川省巴河(BH)、涪江(FJ)、嘉陵江(JLJ)、岷江(MJ)和思蒙河(SMH)5个日本沼虾野生群体的遗传多样性进行分析。【结果】所有群体的201尾日本沼虾中共检测出36种单倍型,单倍型多样性(H_(d))值在0.345~0.959之间,H_(d)均值为0.802,其中JLJ群体的H_(d)值最高(0.959),而MJ、SMH和BH群体的H_(d)值相对较低,H_(d)值均小于0.5。所有群体的核苷酸多样性(P_(i))值在0.002 25~0.015 47之间,P_(i)均值为0.015 83,其中JLJ群体的P_(i)值最高(0.015 47),BH群体的P_(i)值最低(0.002 25)。日本沼虾的遗传变异主要来自群体间(68.20%),群体间存在显著的遗传分化,系统发育树分析显示所有群体呈现3个较明显分支。单倍型MJ网络图显示所有单倍型也呈现3个明显谱系,其中谱系A包含优势单倍型Hap 14,谱系B包含优势单倍型Hap 16,谱系C包含优势单倍型Hap 1。【结论】日本沼虾群体遗传多样性总体上处于较高水平,但不同流域的群体间遗传多样性水平差异较大,其中MJ、BH和SMH群体的遗传多样性相对较低,对这些流域内日本沼虾种质资源的保护有待进一步加强。本研究为四川省日本沼虾种质资源的保护与合理开发利用提供了参考依据,有利于促进四川省日本沼虾产业的可持续发展。
关键词:
素b 基因 遗传多样性
[期刊] 淡水渔业
[作者]
陈静 宋光同 何吉祥 黄龙 吴本丽 汪翔 武松
为研究安徽省日本沼虾(Macrobrachium nipponense)群体的遗传多样性,利用微卫星标记技术,采用10对微卫星引物对安徽省6个野生群体(女山湖NSH、巢湖CH、姑溪河GXH、南漪湖NYH、长江东至段CJ、升金湖SJH)和4个养殖群体(滁州CZ、太湖1号F2TH1H、当涂DT、养贤YX)的遗传多样性和遗传结构进行了分析。结果显示:所选用的10对微卫星标记均表现为高度多态性(PIC>0.5),各群体均具有较高的遗传多样性水平(期望杂合度He=0.795~0.876)。分子方差分析(AMOVA)显示,遗传变异有3.64%来自群体之间,96.36%来自于群体内部。遗传分化和遗传距离分析显示,群体间遗传分化属于中低水平(Fst
[期刊] 水产学报
[作者]
宋娜 宋林 高天翔 孙希福
基于线粒体DNA控制区序列比较分析了斑尾复虾虎鱼丹东和天津群体的遗传多样性及其遗传结构现状。研究结果显示,在长度为478 bp的线粒体DNA控制区序列上,两群体间存在一定程度的差异。丹东群体的单倍型多样度、核苷酸多样度以及两两序列比较的平均碱基差异数分别为(0.006 3±0.003 8),(0.889 5±0.050 8)和(3.000 0±1.634 3),均大于天津群体。基于控制区单倍型序列构建的邻接关系树可以看出,两群体个体相互混杂,没有明显的分支与之相对应。两个群体之间遗传分化指数FST值为0.239 5(P=0.000),表明两群体之间存在较大的遗传分化,并且确切P检验的结果表明两...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
王军 王清印 孔杰 孟宪红 曹家旺 王明珠 冯亚萍 吕丁
利用微卫星标记技术分析了中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)野生群体(Wild Population,WP)和‘黄海2号’第10代选育群体(Breeding Population,BP)的遗传多样性,以检测累代人工选育对中国对虾群体遗传结构的影响。结果显示,15个微卫星位点共检测到462个等位基因,微卫星位点等位基因数(Na)和有效等位基因数(Ne)分别为344个和229个,多态信息含量(PIC)为0.5180.964。野生群体和选育群体的平均观测杂合度分别为0.852和0.810
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
王军 王清印 孔杰 孟宪红 曹家旺 王明珠 冯亚萍 吕丁
利用微卫星标记技术分析了中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)野生群体(Wild Population,WP)和“黄海2号”第10代选育群体(Breeding Population,BP)的遗传多样性,以检测累代人工选育对中国明对虾群体遗传结构的影响。结果显示,15个微卫星位点共检测到462个等位基因,微卫星位点等位基因数(N_a)和有效等位基因数(N_e)分别为344个和229个,多态信息含量(PIC)为0.5180.964。野生群体和选育群体的平均观测杂合度分别为0.852和0
[期刊] 水产学报
[作者]
宋春妮 李健 刘萍 陈萍 高保全
利用10对微卫星引物对我国大连黑石礁(DL)、莱州湾(LZ)、青岛鳌山湾(QD)、海州湾(HZ)4个日本蟳野生群体的遗传多样性进行了分析。结果表明,不同引物获得的等位基因数从11~17不等,10个位点其平均等位基因数为13.600 0,平均有效等位基因数为8.592 0;各位点的平均观测杂合度(Ho)为0.318 2~0.858 4,平均期望杂合度(He)为0.846 6~0.923 9;平均多态信息含量(PIC)为0.828 0~0.914 0,说明各位点在4个日本蟳野生群体内均表现出很高的遗传多样性水平。各群体间遗传分化较大,基因分化指数(FST)为0.032 74~0.088 03。群体...
关键词:
日本蟳 野生群体 微卫星 遗传多样性
[期刊] 水产学报
[作者]
周晓敏 戴习林
罗氏沼虾因其自身的生长优势,已成为我国重要的养殖虾类,为保证其养殖的持续健康发展,对其进行遗传多样性分析。利用罗氏沼虾性腺组织转录组测序结果,参考NCBI数据库,选取60个SNP位点,以马来西亚野生群体(MW)为样本采用直接测序技术进行位点多态性检测,得到25个(41.7%)具有二等位基因位点。并对罗氏沼虾上海(SH)、浙江(ZJ)、马来西亚养殖群体(MF)、生长快品系选育群体(BG)及MW群体5个群体的150尾个体进行遗传多样性分析,其观测杂合度H_(o)和期望杂合度H_(e)的分布范围分别为0.18~0.30和0.28~0.37,平均多态性信息含量值依次为0.29、0.24、0.21、0.26、0.33,表现为中低等多态水平;群体间的遗传相似性系数和遗传距离变化范围分别为0.659~0.968、0.032~0.417,MF群体和BG群体遗传相似系数最小、遗传距离最大,SH群体和ZJ群体遗传相似系数最大、遗传距离最小;遗传分化指数和基因流的范围分别为0.045~0.363和0.440~5.293,MF群体和MW群体之间出现最高值,SH群体和ZJ群体出现最低值,SH群体和ZJ群体基因流最高,MF群体和MW群体最低;AMOVA分子方差分析显示,遗传变异主要来源于群体内,群体间的变异为26.33%。5个群体近交系数为0.151~0.342,3个养殖群体的平均近交系数均高于野生群体,对25个位点在5个群体中的基因型统计分析,有9个位点处BG群体的基因型与其他3个养殖群体基因型分离方向相反,有14个位点处3个养殖群体较MW群体,杂合个体频数普遍降低。研究结果为进一步开展罗氏沼虾遗传育种研究及保护政策的制定提供了参考。
关键词:
罗氏沼虾 SNP 直接测序法 遗传多样性
[期刊] 中国水产科学
[作者]
张海琪 何中央 徐晓林 李明云 杜建明
采用形态学方法、同工酶电泳技术和DNA分析方法对罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii DeMan)缅甸野生群体(BNP种群)和浙江省养殖群体(ZCP种群)的遗传多样性进行比较分析。结果表明,两种群在外形、体色、生长等方面存在一定的差异;对罗氏沼虾11种酶的25个基因位点进行分析,得出BNP种群和ZCP种群的同工酶分析所得出的多态位点比例及平均杂合度分别为12%和:16%,0.0431和0.0501。根据同工酶的基因频率计算得两种群的遗传相似系数为0.9963,遗传距离为0.0037;22个经筛选的10bp随机引物共检测到139个RAPD位点,BNP种群的多态位点比例和遗...
关键词:
罗氏沼虾 遗传多样性 同工酶 RAPD
[期刊] 华北农学报
[作者]
张林 甘金华 张涛 何力 周剑光
为保护、评估及合理利用罗氏沼虾种质资源,为今后指导育种及养殖提供理论依据,以采自广西及江苏数丰良种场的罗氏沼虾为材料,采用PHA和秋水仙素肌肉注射、精巢或卵巢细胞直接制片法,对罗氏沼虾染色体核型进行了研究。采用聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)电泳技术,分析了罗氏沼虾肌肉或鳃组织乳酸脱氢酶(LDH)、苹果酸脱氢酶(MDH)、酯酶(EST)、醇脱氢酶(ADH)4种同工酶的组织表达模式,并初步分析了其生化遗传学特性及遗传结构。结果表明:罗氏沼虾为二倍体,2N=118=56M+24SM+10ST+28T,臂数(NF)为198。未发现带有随体或次缢痕的染色体及性染色体。4种酶共记录出22个等位基因15个基因位点,位点平均有效等位基因数(Ne)为1.47;4种酶有7个基因频率为0.1500~0.8500的多态位点;多态位点比例P为46.7%;平均期望杂合度(He)值为0.191 7,平均观测杂合度(Ho)值为0.261 1,Hardy-Weinberg遗传偏离指数(D)值为0.379 7,表明其杂合子过剩及缺失现象并存,但杂合子过剩现象更突出,说明该群体遗传变异范围较宽,变异程度较大,群体遗传多样性高,可为今后的人工育种提供良好的亲本。
关键词:
罗氏沼虾 染色体 核型 同工酶 遗传结构
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
杨学明 郭亚芬 蒋钦杨 陈福艳 梁万文 蒋和生
运用PCR方法,扩增罗氏沼虾缅甸原种F1代、广西选育群体和江苏养殖群体的线粒体DNA上的细胞色素氧化酶(Cytochrome oxidase subunit I,COI)基因,在此基础上选用10种限制性内切酶对扩增产物进行限制性片段长度多态(RFLP)分析。三个群体共发现2个多态位点,11种酶切图谱,3种基因型。三群体的多态座位比例、平均杂合度和基因型多样性指数分别为:缅甸原种F122.2%、0.0556、0.0472,广西选育群体22.2%、0.0400、0.0398,江苏养殖群体11.1%、0.0106和0.0083,群体间遗传差异未见显著。根据群体间遗传距离构建UPGMA聚类关系图,显示...
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