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[期刊] 渔业科学进展
[作者]
董小敬 薛良义
Myostatin基因属于TGF-β超家族,是动物骨骼肌生长发育的负调控因子。在已克隆大黄鱼Myostatin-1基因编码序列的基础上,采用基因组步移的方法,首次克隆到约1kbp的大黄鱼Myostatin-1启动子序列。该启动子序列与已报道的金鲷和大口黑鲈相应序列的相似度分别为90%和75%。该序列具有1个TATAbox、1个CAATbox、5个E-box位点,此外还具有MyoD,USF,MEF2,SP1,NF-Y等多种转录因子结合位点。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
刘蒙蒙 王晶 高金宁 马丽曼 张全启
以牙鲆为研究对象，利用染色体步移（Ｇｅｎｏｍｅ ｗａｌｋｉｎＧ）获得了ａｃｔｉｖｉｎ两个β亚基基因的上游部分启动子序列，并对其进行了转录调控元件的生物信息学预测分析。获得了ａｃｔｉｖｉｎβａ和βＢ两个亚基的启动子部分序列，长度分别约为２．７ ｋＢ和２．４ ｋＢ；在预测的ａｃｔｉｖｉｎβＢ转录起始位点（＋１位）的上游３１ Ｂｐ处有１个典型的ｔａｔａ Ｂｏｘ，而在ａｃｔｉｖｉｎβａ中未发现ｔａｔａ Ｂｏｘ的存在。两个基因的启动子上发现了多个转录因子Ｓｐ１、ｏｃｔ－１、ｃ／ｅＢｐ、ｃＲｅＢ、Ｇａｔａ－１、ＨｎＦ－３、ＨｎＦ－１、ＵＳＦ等结合位点，还发现了与内分泌相关的ｐｉｔ－１、ｅＲ、ｐＲ、ＧＲ、Ｒ．．．
关键词：
牙鲆 激活素 启动子 生物信息学分析
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
刘蒙蒙 王晶 高金宁 马丽曼 张全启
以牙鲆为研究对象,利用染色体步移(Genome walking)获得了Activin两个β亚基基因的上游部分启动子序列,并对其进行了转录调控元件的生物信息学预测分析。获得了ActivinβA和βB两个亚基的启动子部分序列,长度分别约为2.7 kb和2.4 kb;在预测的ActivinβB转录起始位点(+1位)的上游31 bp处有1个典型的TATA box,而在ActivinβA中未发现TATA box的存在。两个基因的启动子上发现了多个转录因子Sp1、Oct-1、C/EBP、CREB、GATA-1、HNF-3、HNF-1、USF等结合位点,还发现了与内分泌相关的Pit-1、ER、PR、GR、R...
关键词：
牙鲆 激活素 启动子 生物信息学分析
[期刊] 华中师范大学学报(自然科学版)
[作者]
鲍思元 金科华 陈红霞 陈娇娥 胡旺平
对人IDE基因启动子进行生物信息学分析以获得人IDE基因启动子、CpG岛及转录因子结合位点特征.从UCSC基因组数据库成功获得人IDE基因5’调控区2 000bp序列.Promoter2.0、FPROM、NNPP预测人IDE基因分别有3个、2个、6个启动子.Relative profile score threshold选择80%、85%、90%、95%、100%时,JASPAR预测该序列存在5170、1771、454、87和5个可能的转录因子结合位点.Relative profile score threshold选择80%,搜索到6个潜在的TCF7L2转录因子结合位点.采用进化足迹法,LAGAN预测方法获得位于人和小鼠同源IDE基因启动子保守区域相同位置的转录因子结合位点为14个,包含转录因子SPI-1、cap、c-FOS、FREAC-3、c-ETS、Cdxa、HSF2等.发现一个CpG岛,位于1 303~1 705bp之间,大小为403bp.人IDE基因启动子、CpG岛及转录因子结合位点的生物学信息学分析,为下一步基因表达调控实验奠定了基础.
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
唐秀华 陈志丹 陈祖枝 林子琪 曹士先 孙威江 谢凤
以紫化茶树武夷奇种C18的叶片为材料,采用染色体步移技术获得该材料的UDP-糖基转移酶(UDPG)基因5′端上游启动子序列大小为902 bp,利用软件进行生物信息学分析.结果表明,该调控序列含有启动子核心元件TATA-box、CAAT-motif以及多个光响应元件(GT1-motif、GATA-motif等)、胚乳特异性表达元件(GCN4-motif、Skn-1-motif)、水杨酸响应元件(TCA-element)等特殊顺式作用元件.
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
张伟 方梅霞 聂庆华 张细权
利用生物信息学和比较基因组学方法,对猪TDRP1基因的结构、表达及功能进行分析,结果表明:(1)电子克隆获得猪TDRP1基因cDNA部分序列共776bp,包括119bp的5′UTR、561bp的编码区和96bp的3′UTR,共编码合成187个氨基酸多肽;(2)猪TDRP1基因CDS序列与人、小鼠和大鼠的同源性分别为85%、76.1%、77.1%.编码合成的猪TDRP1蛋白与人、小鼠、大鼠之间的同源性分别为82.5%、71.1%和70.1%;(3)猪TDRP1蛋白的相对分子质量为20489.8,不含信号肽,为1个可溶性蛋白,同时也是1个非分泌性蛋白,存在4个二级结构区段;(4)基于cDNA及ES...
关键词：
猪 TDRP1基因 电子克隆 生物信息学
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
吴小波 李梅 李萌 董旭杰 彭继庆 胥雯 曹福祥
种子休眠期长是导致珙桐自然繁殖力低下的重要原因之一。珙桐内果皮在发育后期快速木质化形成坚硬而致密的结构,可能是决定种子休眠时间的重要因素,而这一过程的调控机制尚不明确。本研究小组前期通过对珙桐内果皮发育的4个时期进行转录组测序,发现CCo AOMT基因家族与内果皮快速木质化关系密切。本研究从转录组中筛选到11个珙桐CCo AOMT基因家族基因,并利用生物信息学方法对筛选到的基因进行表达模式、序列特征、细胞定位和系统进化分析。分析显示,11个珙桐CCo AOMT基因根据表达模式可分为2种类型,筛选其中6个表达差异显著的CCo AOMT基因进一步分析其表达规律,最后确定其中差异表达最显著的Cluster-149.63013序列进行克隆及生物信息学分析。结果表明,该基因开放阅读框全长为744 bp,编码247个氨基酸,其氨基酸序列含有植物甲基化酶所共有的A、B、C基序及CCo AOMT蛋白特有的标志性序列D、E、F、G和H,其氨基酸序列与辣椒的CCo AOMT蛋白同源性最高,将其命名为Di CCo AOMT1。本研究克隆得到的Di CCo AOMT1基因可能是珙桐内果皮木质素快速积累的关键调控基因。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
吴乾锋 刘贺贺 张涛 罗俊 胡博 王继文
采用RT–PCR技术扩增和克隆鸭Myo G基因启动子,并对其启动子序列进行生物信息学分析,采用Sequenom Mass Array技术检测Cp G岛在鸭肌肉组织中的甲基化水平,用q RT–PCR检测Myo G基因的表达量。结果表明,扩增得到鸭Myo G基因启动子序列2 730 bp,对启动子序列预测后,发现存在2个Cp G岛,其中Cp G岛(–2 536–1 997 bp)存在5个转录因子结合位点和多个真核生物结构元件。甲基化检测结果表明:在鸭的个体和组织水平上,启动子甲基化率均未聚类在一起;Cp G位
关键词：
鸭 肌细胞生成素 启动子 DNA甲基化
[期刊] 林业科学研究
[作者]
蒋瑶 戚晓利 赵树堂 卢孟柱
为了分析AP1的表达调控模式,本研究克隆了拟南芥花异常株系AFDL的AP1启动子,启动子元件预测结果表明:AP1启动子中含有3个结合MADS调控因子的CArG box(从5'依次编号为CArG1、CArG2、CArG3),通过删减AP1启动子长度以及改变CArG box数量构建了5个GUS表达载体并转化野生型拟南芥。测序结果显示:AFDL的AP1启动子在核苷酸序列上与野生型拟南芥完全一致,这表明AP1在AFDL中的表达显著降低并不是启动子序列突变引起的;转基因植株的GUS表达模式说明了CArG1在花发育早期及后期激活基因的表达,CArG2在整个后期都对基因的表达有抑制作用,而CArG3在花发育...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
王弋 董晨 魏永赞 郑雪文 李伟才
【目的】克隆荔枝种子大小调控基因DA1,对其进行生物信息学分析。为深入研究荔枝LcDA1基因的功能提供理论参考。【方法】利用生物信息学软件对荔枝DA1同源基因及其编码蛋白进行预测和分析。以荔枝种子cDNA为材料,采用RT-PCR扩增3个LcDA1基因全长。【结果】根据转录组数据获得3个DA1同源基因,分别命名为LcDA1-1、LcDA1-2和LcDA1-3。开放阅读框(ORF)分别为1479,1419和1104 bp,分别编码492,472和367个氨基酸。氨基酸序列分析结果显示3个蛋白均含有典型的UIM和LIM结构域。【结论】荔枝LcDA1蛋白具有典型的DA1保守结构域,可能在荔枝种子发育中具有重要作用。
关键词：
荔枝 DA1基因 结构域 开放阅读框
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
陈亚冰 兰道亮 黄偲 林宝山 黄勇 李键
【目的】克隆并分析高原牦牛Toll样受体1基因(TLR1)的特点。【方法】提取麦洼牦牛脾脏RNA,反转录合成cDNA,以其为模板分段扩增后拼接获得麦洼牦牛TLR1基因编码区序列,采用相关分析软件对基因进行序列分析,并对其编码的蛋白质进行基本理化性质分析及预测。【结果】分段扩增获得了TLR1基因1 484bp的上游序列和823bp的下游序列,拼接后获得2 287bp的cDNA序列。TLR1基因系统进化树及同源性比对结果表明,TLR1基因极其保守,牦牛TLR1基因与黄牛、绵羊等哺乳动物遗传距离很近。预测TLR1基因含有1个2 184bp的开放阅读框,编码727个氨基酸,其编码蛋白的分子质量为83....
[期刊] 中国农业科学
[作者]
孙伟 李达 苏锐 马月辉 关伟军 张有法 陈玲 吴文忠 周洪
【目的】克隆绵羊YAP1基因cDNA并分析其序列及其蛋白的遗传特性及其在不同组织中不同程度的表达情况。【方法】以湖羊为研究对象,利用RT-PCR和RACE技术获得绵羊YAP1序列,并结合生物信息学方法对绵羊YAP1的序列进行深入分析。【结果】从湖羊背最长肌中克隆YAP1基因的全长cDNA序列;利用生物信息学技术,对绵羊YAP1基因与其它物种的同源性,蛋白质序列的跨膜区,亚细胞定位,亲水性,潜在信号肽剪切位点,糖基化位点,磷酸化位点,编码产物进行功能预测分析,及其编码蛋白的二级结构,三级结构等进行分析。【结论】克隆获得绵羊YAP1基因序列全长为1 712 bp,包括1 212 bp的编码区序列,...
关键词：
绵羊 YAP1 克隆 生物信息学 表达
[期刊] 华北农学报
[作者]
李亚兰 张全伟 王雪莹 马友记 张勇 赵兴绪
克隆天祝白牦牛脱嘌呤嘧啶核酸内切酶基因(APEX-1)全长cDNA序列,为研究天祝牦牛高原抗逆性机制提供理论基础。根据已知哺乳动物APEX-1基因cDNA序列同源性,设计引物以及5'和3'特异性引物,运用cDNA末端快速扩增(RACE)技术获得天祝白牦牛APEX-1基因全长cDNA序列。扩增获得天祝白牦牛APEX-1基因全长cDNA序列为1 391 bp(GenBank登录号:KF611690),ORF长957 bp,编码318个氨基酸。氨基酸序列分析显示天祝白牦牛APEX-1基因编码氨基酸序列与大多数哺乳动物相似,但有7个氨基酸突变。同源建模预测,显示天祝白牦牛APEX-1蛋白由8个α-螺旋...
[期刊] 华北农学报
[作者]
王连荣 薛拥志 王宝地
CBF转录因子在多种植物的非生物逆境环境中起着重要的作用,可提高植物的抗逆性。为研究CBF基因在杏扁非生物逆境中的作用与功能,以杏扁品种围选1号为试验材料,利用RT-PCR技术克隆了1个CBF/DREB1转录因子基因CBF,命名为PaCBF1,Gen Bank登录号为MF491392。对其进行生物信息学分析,结果显示:该基因开放阅读框长度为723 bp,编码240个氨基酸,分子量为26.928 ku,等电点为6.35,亲水性平均值为-0.555;PaCBF1蛋白含有一个高度保守的AP2结构域,以及植物CBF蛋白的保守结构域PKKRAGRRVFKETRHP和DSAWR;二级结构预测显示该蛋白主要由38.75%的无规则卷曲、29.58%的α-螺旋、22.92%的延伸链和8.75%的β-转角组成;三级结构的预测结果显示含有α-螺旋、β-折叠和β-转角;该蛋白定位在细胞核,不存在信号肽序列,为非分泌性亲水蛋白,共含有13个磷酸化位点。结果为今后进一步深入研究杏扁CBF转录因子的功能以及对逆境环境的抵抗机制提供了理论基础。
关键词：
杏扁 PaCBF1 基因克隆 生物信息学
[期刊] 中国农业科学
[作者]
王洪梅 张利博 侯明海 王长法 王玲玲 孙涛 何洪彬 仲跻峰
【目的】牛Nramp1基因是主要的抗病候选基因,但其转录调控的分子机制尚不清楚。本研究欲确定牛Nramp1基因的启动子区域,找到启动子核心序列和主要的调控区,探索Nramp1基因表达机制。【方法】采用基因克隆、DNA测序、半定量RT-PCR和荧光素酶报告基因系统等技术手段,构建牛Nramp1基因5′侧翼区长片段及固定3′端的不同节段的pEGFP-N1和/或pGL3重组质粒,分别转染293T和RAW264.7细胞,并进行脂多糖(LPS)诱导,对不同片段的启动子活性进行定性和定量测定。【结果】牛Nramp1基因5′侧翼区长片段具有较强的启动子活性,+58—-89区域具有基本的启动子功能,+58—-...
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