为探究长链非编码RNA在大黄鱼性腺发育与分化中的作用,从雌雄各3尾大黄鱼(Larimichthys crocea)的性腺中提取总RNA,进行去除rRNA的链特异性转录组建库和二代测序。将测序数据比对到大黄鱼参考基因组,经比对、组装共得到来自31675个基因的66088个转录本,严格筛选得到来自3984个基因位点的5162条lncRNA。进一步分析获得了在大黄鱼雌雄性腺中差异表达的mRNA9341个,lncRNA2782个,高度相关的lncRNA-mRNA对1227个;有多个lncRNA靶向已知的性别分化和发育相关基因,其中lncRNA MSTRG.24346与大黄鱼的性别决定候选基因dmrt1距离相近,且相关性极显著。该研究表明lncRNA可能在大黄鱼性别分化中起到重要作用,值得深入研究阐明机制。

长吻鮠(Leiocassis longirostris)是淡水特色经济鱼类， 其雄性生长速度快于雌性， 培育全雄苗种可显著提高养殖效益。为加快长吻鮠全雄苗种培育进程， 需深入了解长吻鮠性别分化及性腺发育的调控机制。本研究通过Illumina高通量测序平台对长吻鮠卵巢和精巢进行转录组测序分析。结果显示， 共有10872个雌雄差异表达基因， 其中上调基因9375个， 下调基因1497个。通过功能注释， 筛选出71个与性别相关的重要候选基因， 包括50个精巢高表达基因(dmrt1、cyp17a1、samd7、wnt6、wt1等)和21个卵巢高表达基因(foxl2、gdf9、zp3、zp1、figla、bmp15等)。KEGG通路富集分析发现， 差异表达基因显著富集到16条与性别决定与分化及性腺发育相关的信号通路， 包括Wnt信号通路、TGF-β信号通路、MAPK信号通路、卵巢类固醇通路、GnRH信号通路等。本研究筛选出与长吻鮠性别决定和分化相关差异表达基因， 揭示参与其雌雄个体性腺发育的信号通路， 为今后长吻鮠性别决定和分化机制的研究积累重要数据， 从而为其全雄苗种的培育提供理论支撑。

为探明绿鳍马面鲀(Thamnaconus septentrionalis)性腺发育相关基因表达特征，优化亲本生殖调控技术，本研究对绿鳍马面鲀雌雄亲体的精巢和卵巢进行了转录组测序分析，经de novo拼装，最终获得119 219个单基因(unigene),N50长度为1 255 bp。在NR、NT、KO、Swiss Prot、PFAM、GO及KOG数据库分别注释到24 009、35 057、18 453、26 971、30 294、11 420和21 613个unigene。绿鳍马面鲀精巢和卵巢转录组中存在18 954个差异表达基因(DEG)，相对于精巢，在卵巢中上调表达的基因有11 265个，下调表达的有7 689个。选取bmp2、sox3、figla、hsd17b1、cyp19a、cyp17、foxl2、star和amh 9个DEGs进行实时荧光定量PCR (qRT-PCR)验证，结果显示，qRT-PCR结果与RNA-Seq分析相一致。GO和KEGG富集结果分析发现，amh、cyp17和star可能在绿鳍马面鲀雄性精子发生过程中起关键作用；bmp2、foxl2、cyp19a、figla和hsd17b1在雌性卵子发生和卵巢类固醇生成过程中发挥重要作用。本研究通过比较绿鳍马面鲀精巢和卵巢的转录组表达差异，初步阐明了精巢和卵巢的基因表达特征，为进一步研究绿鳍马面鲀的性腺发育机制奠定了基础。

为了阐明小黄鱼、大黄鱼及其杂交子代(小黄鱼♀×大黄鱼♂)的生长和形态差异,比较分析了3、4、6、8、11、15月龄的3种鱼的体质量,并对8月龄的3种鱼表型性状(全长、体长、头长、躯干长、尾部长、尾柄长、尾柄高、体高和体质量)进行了统计分析。结果显示,4月龄之前,小黄鱼体质量高于大黄鱼和杂交子代,之后杂交子代体质量大于小黄鱼和大黄鱼,但是从11月龄开始,大黄鱼生长速度明显加快,其体质量高于杂交子代,因此,最终杂交子代体质量介于双亲之间,表现为中亲优势。对8月龄鱼形态性状的分析可知,小黄鱼、大黄鱼及杂交子代之间的表型性状差异显著(P<0.05),其中,杂交子代的体质量和肥满度均显著高于双亲群体,表现出生长优势。对3种鱼形态性状进行聚类分析得知,杂交子代的形态性状总体上偏向于小黄鱼,表现出母本效应。聚类过程中,杂交子代首先与小黄鱼聚在一起,同样表现为母本偏向性。通过判别分析构建了3种鱼的判别函数公式,据此获得3种鱼的综合判别准确率为80.6%,其中大黄鱼判别准确率高达94.6%,而小黄鱼和杂交子代的判别准确率较为相近,分别为73.5%和74.6%,两者均低于大黄鱼,再次说明了杂交子代在形态性状方面具有母本倾向性。为小黄鱼、大黄鱼及杂交鱼的形态判别和亲缘关系鉴定以及杂交选育提供理论依据。

利用组织学方法研究了大黄鱼的性腺分化和发育规律。大黄鱼受精卵于2009年9月22日开始孵化,孵化水温26℃,育苗水温22.0~25.8℃,养殖水温11.5~25.6℃。20日龄稚鱼(体长17.6~19.2 mm)腹腔中一对原始性腺已经形成。55日龄幼鱼(体长27.5~37.0 mm)半数个体性腺中形成成簇发育的卵原细胞群,标志着卵巢解剖学分化开始。减数分裂和卵巢腔的形成同时开始于60日龄(体长28.0~37.2 mm)。120日龄幼鱼(体长39.2~51.0 mm)性腺中,初级卵母细胞出现,标志着卵巢细胞学分化的开始。精巢分化开始于第95日龄(体长38.0~48.0 mm),其解剖学标志为生精...

本研究以日照海域同一家系的2龄长牡蛎性腺为研究对象,通过small RNA-seq和RNA-seq技术筛选和鉴定出大量的非编码微小RNA(mi RNA)、长链非编码RNA(lnc RNA)和环状RNA(circRNA),并对其进行了生物学特征分析。结果显示,以斑马鱼为参考序列,获得25～30个已知miRNA成熟体和51～63个已知miRNA前体,预测到53～71个新miRNA成熟体和53～77个新miRNA前体;长牡蛎miRNA长度分布为18～26个核苷酸(nt),其中分布在20～22 nt长度的miRNA数量最多,且miRNA首位碱基多为U。测序分析获得2 302～2 349个注释lncRNA转录本,预测到20 083～24 114个新lncRNA转录本,其中基因间型lncRNA(lincRNA)、内含子lncRNA(intronic lncRNA)、反义lncRNA(anti-sense lncRNA)分别占29.0%、62.1%和8.9%;长牡蛎lncRNA的基因组特征与其他真核生物的lncRNA基因组特征相似,与mRNA相比,外显子(exon)个数少,转录本长度较短,表达水平低。测序分析共获得383个circRNA,其中平均88.54%来源于exon,平均4.51%来源于intronic,平均6.95%来源于intergenic,且鉴定出内源性circRNA潜在大量的miRNA结合位点。研究结果为后续研究长牡蛎调控型ncRNA的表达规律和生物学功能奠定了基础。

应用脑垂体组织生理学和免疫组织化学方法 ,对GnRH A和紫萁抑制大黄鱼性早熟的作用机制进行了研究。结果表明 ,性早熟大黄鱼脑垂体许多促性腺激素分泌细胞的胞质出现空泡 ,提示性早熟的原因可能是由于GtH细胞提早进入分泌活动所致。长期服用促性腺激素释放激素类似物的养殖大黄鱼 (没有性早熟 ) ,它的脑垂体GtH细胞对GnRH抗独特型抗体发生弱的免疫阳性反应 ,而对照组性早熟鱼仍出现强的反应 ,表明实验组大黄鱼脑垂体GtH细胞对GnRH A的应答能力下降 ,出现脱敏效应 ,这可能与GnRH A抑制大黄鱼性早熟有关。养殖大黄鱼长期服用紫萁 ,它的脑垂体GtH细胞膜上GnRH受体则没有出现脱敏现象 ,...

Triploid was induced by hydrostatic pressure in Pseudosciaena crocea. Pressure shock of 500kg?cm~(-2) was administered to eggs for 2 min at 3 min after fertilization. The triploid rate was 92.1%. The nucleus diameters (major axes) and volumes of erythrocytes in triploid were measured respectively 1....

为了探究大黄鱼高温胁迫条件下基因表达水平的变化,实验利用Illumina Hiseq 2500的125 pair-ended测序模式分别对大黄鱼高温处理组和常温对照组进行了转录组测序。对照组(3个生物学重复)和高温处理组(3个生物学重复)分别获得15.28和13.92 Gb测序数据,GC含量平均值约为51%。过滤后的高质量测序reads使用Bowtie2软件比对到大黄鱼参考转录组序列上估计基因表达量,进而进行基因表达差异统计学检验。以常温对照组为参比,高温处理组中阈值设为|log2(FC)|>2和FDR

以抗病家系与易感家系半滑舌鳎为材料,进行哈维弧菌感染实验,并对易感家系感染前(CsSU)、易感家系感染后(CsSC)、抗病家系感染前(CsRU)、抗病家系感染后(CsRC)4组进行转录组测序,根据RNA-seq数据挖掘半滑舌鳎长链非编码RNA信息;通过生物信息学分析,筛选出与抗哈维弧菌病相关的差异长链非编码RNA(long non-coding RNA, lncRNA)。结果显示,共识别出4 584个lncRNA座位,包含5 714个转录本;其基本特征与编码基因的比较分析,lncRNA的GC含量低于编码基因,单外显子基因数多于编码基因,转录本的平均长度长于编码基因,基因表达量低于编码基因。对4组样品进行两两比较(CsRU vs CsSU、CsRC vs CsSC、CsRC vs CsRU、CsSC vs CsSU)分别筛选出818、813、261、140个差异表达lncRNA,其中CsRU与CsSU之间、CsRC与CsSC之间lncRNA数目差异最多,通过聚类分析确定了各实验组的表达模式之间的联系,CsRU与CsSU之间的表达模式最为相近。通过共表达分析,预测出lncRNA和274个编码基因可能存在14 539种相互关系,并进行了功能注释,进而筛选出7个关键lncRNA。qRT-PCR结果显示,差异表达lncRNAs的表达模式和转录组数据得到的基本一致。研究结果为揭示lncRNA在半滑舌鳎抗哈维弧菌免疫调控反应中的作用提供重要的参考数据。

[目的]本研究旨在全基因组范围内识别木霉(Trichoderma guizhouense) NJAU 4742(NJAU 4742)的长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA),探究lncRNA在重寄生过程中可能参与的调控作用。[方法]用链特异性RNA-seq技术,对重寄生过程中与病原菌互作接触前、后以及独立培养的木霉菌进行转录组测序;构建生物信息学流程,识别lncRNA并用RSEM和DESeq2软件分析lncRNA在重寄生过程中的表达情况;对lncRNA的靶标预测和表达情况进行分析,探索lncRNA在重寄生过程中可能参与的调控作用。[结果]在木霉NJAU 4742中识别了1 676个lncRNA,其中包含1 049个基因间型lncRNA,590个反义型lncRNA,32个正义型lncRNA以及5个内含子型lncRNA。与编码基因相比,lncRNA的外显子数量偏少,序列长度偏短,表达量偏低,在基因组上的跨度偏短。靶标预测结果显示:1 496个lncRNA能够靶向2 269个蛋白编码基因,其中1 492个lncRNA以顺式作用形式靶向2 262个编码基因,4个lncRNA以反式作用形式靶向7个编码基因。GO功能分类结果显示:代谢过程(metabolic process)、催化活性(catalytic activity)和细胞过程(cellular process)是lncRNA靶标分布数量较多的3个类别。KEGG通路分析结果显示:信号转导(signal transduction)、转运与分解代谢(transport and catabolism)和碳水化合物代谢(carbohydrate metabolism)是lncRNA靶标分布数量较多的3类通路。进一步分析发现:147个lncRNA靶向编码碳水化合物活性酶和蛋白酶的基因以及次生代谢物合成相关的基因,其中30个lncRNA在重寄生过程中表达水平发生显著变化,有10个lncRNA的表达和靶标基因显著相关。[结论]木霉在NJAU 4742中存在长链非编码RNA,部分成员参与对病原菌重寄生过程的调控。

实验对象山港海区网箱养殖的岱衢洋家系、官井洋家系以及它们的正交和反交家系大黄鱼背肌肉进行了一般营养成分、氨基酸和脂肪酸组分分析,从营养学的角度分析和评价不同家系大黄鱼的品质。结果表明,四个家系之间大黄鱼蛋白质含量和灰分含量没有显著差异;脂肪含量反交家系与正交家系、岱衢洋家系和官井洋家系有显著差异,官井洋家系含量最高(13.51%),反交家系家系含量最低(10.59%);水份含量的变化与脂肪含量的变化成反比,反交家系水份含量与正交家系、岱衢洋家系和官井洋家系同样都有显著差异。岱衢洋家系、官井洋家系、正交家系和反交家系氨基酸总量分别为57.83%±1.19%、54.45%±1.01%、54.80%...

为了探究大黄鱼生长性状的分子调控机制，实验从同一个网箱内养殖的大黄鱼中选取生长速度较快的体质量均值为(527.1 ± 83.6) g的个体182尾、生长速度较慢的体质量均值为(238.4 ± 52.3) g的个体230尾，共412尾进行研究。对其肌肉组织进行总RNA提取和转录组测序，并对2组进行基因差异表达分析。以Padj < 0.05、abs(log_(2)FoldChange) > 1为标准，共筛选到227个差异表达基因，包括125个上调基因、102个下调基因。差异表达基因在NCBI-nr和Uniprot（Swiss-Prot）数据库的注释率分别为99.12%、81.94%。通过差异表达基因的功能注释结果，初步筛选出了可能与肌肉生长相关的候选功能基因，如gdf9、ckm、tnni2和des等。GO和KEGG分析预测出了一些与肌肉生长相关的信息，如GO term有肌动蛋白丝组织、肌动蛋白细胞骨架组织、肌动蛋白丝基过程、微管组织中心和发育生长等，KEGG通路有细胞和生长因子、脂肪酸生物合成、转化生长因子-β信号通路（TGF-β信号通路）、胰岛素信号通路和肌动蛋白细胞骨架的调控等。WGCNA分析发现，purple模块与体质量性状相关性较强，其核心基因myoz1、tpm1和tnni2可能与肌肉生长相关。这些研究结果可以为后续相关基因功能的深度挖掘验证以及大黄鱼生长性状的分子调控机制解析提供参考。

为了解大黄鱼同质雌核发育的诱导条件及其效果,用紫外线照射灭活大黄鱼精子的遗传物质,静水压休克抑制第一次卵裂,培育出2个同质雌核发育家系(GF1和GF2),并借助微卫星标记进行鉴定,研究了10个母本中杂合的位点在2个家系中的传递和分离。结果显示,GF1和GF2孵出的仔鱼中分别有40.0%和17.1%形态正常个体,GF1检测8个位点30个个体均表现出雌核发育双单倍体(GDH)的特征,有20种基因型;GF2检测4个位点30个个体中,27个为GDH,2个含有父本基因,余下1个个体扩增条带既不同于母本也不同于父本,遗传本质不明。可见,所采用方法可以诱导出同质雌核发育大黄鱼。10个标记中除了LYC0026...

【目的】长链非编码RNA(lncRNA)在真核生物的基因表达、表观遗传和细胞周期调控等方面发挥重要功能。本研究旨在探究意大利蜜蜂(Apis mellifera ligustica,简称意蜂)工蜂中肠发育过程中lncRNA的表达谱及其作用。【方法】利用RNA-seq技术和链特异性建库方法对意蜂7和10日龄工蜂中肠(Am7、Am10)进行深度测序,下机的原始数据经过Perl脚本过滤得到高质量有效读段。利用bowtie工具将有效读段比对核糖体数据库,进一步利用Top Hat2软件将未比对到核糖体数据库上的数据比对到参考基因组。利用CPC和CNCI软件对转录本的编码能力进行预测。通过RT-PCR对部分lncRNA进行鉴定。利用edgeR软件进行差异表达lncRNA(DElncRNA)分析,进而预测lncRNA的上下游基因,并对上下游基因进行GO及KEGG代谢通路富集分析。联用RNAhybrid、Miranda和Target Scan软件预测DElncRNA靶向结合的mi RNA及mi RNA靶向结合的靶基因,并通过Cytoscape软件构建DElncRNAs-mi RNAs-m RNAs的调控网络。最后,通过RT-qPCR验证测序数据的可靠性。【结果】Am7和Am10的深度测序分别获得134 802 058和147 051 470条原始读段,经严格过滤分别得到134 166 157和146 293 288条有效读段;共得到3 890个DElncRNA,包括2 005个上调lncRNA与1 885个下调lncRNA。RT-PCR验证结果显示共有8个lncRNA能扩增出符合预期的目的片段,表明预测出的lncRNA真实存在。DElncRNA的上下游基因数为1 793个,它们涉及42个GO条目,包括代谢进程、发育进程、细胞进程、应激反应和免疫系统进程等;这些上下游基因还涉及251条代谢通路,包括碳代谢、嘌呤代谢和脂肪酸的生物合成等物质代谢通路,硫代谢、甲烷代谢和氧化磷酸化等能量代谢通路,Hippo信号通路、Wnt信号通路和Notch信号通路等信号通路,溶酶体、内吞作用和泛素介导的蛋白水解等细胞免疫通路,以及MAPK信号通路、Jak-STAT信号通路和NF-kappa B信号通路等体液免疫通路,上述结果表明DElncRNA在意蜂中肠发育过程中参与物质和能量代谢、细胞生命活动和免疫调控。进一步分析发现TCONS_00020918可通过调控西方蜜蜂王浆主蛋白1编码基因在意蜂工蜂中肠的营养吸收、级型分化中发挥功能。DElncRNA的调控网络分析结果显示DElncRNA与mi RNA、m RNA间存在复杂的调控关系,部分DElncRNA处于调控网络的中心位置且能靶向结合较多的mi RNA,也有部分mi RNA可被多个DElncRNA共同靶向,表明这些DElncRNA可能在中肠发育中发挥重要作用。随机挑取5个DElncRNA进行RT-qPCR验证,结果显示它们的表达量变化趋势与测序结果一致,证实了本研究测序数据的可靠性。【结论】差异表达长链非编码RNA(DElncRNA)广泛参与意蜂工蜂中肠的新陈代谢、细胞活动和免疫调控并作为竞争性内源RNA(ce RNA)发挥作用,研究结果为关键lncRNA的筛选和功能研究提供了必要的数据支持。