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[期刊] 水产学报
[作者]
张波 姜丹 张东玲 王志勇 方铭
为了探究大黄鱼生长性状的分子调控机制，实验从同一个网箱内养殖的大黄鱼中选取生长速度较快的体质量均值为(527.1 ± 83.6) g的个体182尾、生长速度较慢的体质量均值为(238.4 ± 52.3) g的个体230尾，共412尾进行研究。对其肌肉组织进行总RNA提取和转录组测序，并对2组进行基因差异表达分析。以Padj < 0.05、abs(log_(2)FoldChange) > 1为标准，共筛选到227个差异表达基因，包括125个上调基因、102个下调基因。差异表达基因在NCBI-nr和Uniprot（Swiss-Prot）数据库的注释率分别为99.12%、81.94%。通过差异表达基因的功能注释结果，初步筛选出了可能与肌肉生长相关的候选功能基因，如gdf9、ckm、tnni2和des等。GO和KEGG分析预测出了一些与肌肉生长相关的信息，如GO term有肌动蛋白丝组织、肌动蛋白细胞骨架组织、肌动蛋白丝基过程、微管组织中心和发育生长等，KEGG通路有细胞和生长因子、脂肪酸生物合成、转化生长因子-β信号通路（TGF-β信号通路）、胰岛素信号通路和肌动蛋白细胞骨架的调控等。WGCNA分析发现，purple模块与体质量性状相关性较强，其核心基因myoz1、tpm1和tnni2可能与肌肉生长相关。这些研究结果可以为后续相关基因功能的深度挖掘验证以及大黄鱼生长性状的分子调控机制解析提供参考。
[期刊] 水产学报
[作者]
李明云 郑岳夫 管丹东 史雨红 陈炯 林恒潺 陈萍
实验对象山港海区网箱养殖的岱衢洋家系、官井洋家系以及它们的正交和反交家系大黄鱼背肌肉进行了一般营养成分、氨基酸和脂肪酸组分分析,从营养学的角度分析和评价不同家系大黄鱼的品质。结果表明,四个家系之间大黄鱼蛋白质含量和灰分含量没有显著差异;脂肪含量反交家系与正交家系、岱衢洋家系和官井洋家系有显著差异,官井洋家系含量最高(13.51%),反交家系家系含量最低(10.59%);水份含量的变化与脂肪含量的变化成反比,反交家系水份含量与正交家系、岱衢洋家系和官井洋家系同样都有显著差异。岱衢洋家系、官井洋家系、正交家系和反交家系氨基酸总量分别为57.83%±1.19%、54.45%±1.01%、54.80%...
[期刊] 水产学报
[作者]
赵文 高峰英 石振广
为发掘达氏鳇的功能基因,采用新一代高通量测序技术对达氏鳇肌肉组织转录组进行测序。结果获得原始数据14 447 211 200 bp,拼接获得了55 531条单基因序列(unigene),长度范围300~32 613 bp,平均长度941 bp。利用生物信息学方法对unigene进行了非冗余蛋白质数据库(Nr)相似搜索,此外还进行了GO的功能注释和KEGG代谢通路分析。结果一共有20 735条unigene(37.34%)与Nr数据库中的己知基因同源;根据GO功能可分为生物过程、细胞组分和分子功能3大类56分支;依据KEGG代谢通路分析可以分成290类。
关键词：
达氏鳇 肌肉组织 基因 转录组
[期刊] 水产学报
[作者]
邓素贞 韩兆方 陈小明 李庆昌 肖世俊 李佳凯 刘贤德
为了探究大黄鱼高温胁迫条件下基因表达水平的变化,实验利用Illumina Hiseq 2500的125 pair-ended测序模式分别对大黄鱼高温处理组和常温对照组进行了转录组测序。对照组(3个生物学重复)和高温处理组(3个生物学重复)分别获得15.28和13.92 Gb测序数据,GC含量平均值约为51%。过滤后的高质量测序reads使用Bowtie2软件比对到大黄鱼参考转录组序列上估计基因表达量,进而进行基因表达差异统计学检验。以常温对照组为参比,高温处理组中阈值设为|log2(FC)|>2和FDR
[期刊] 中国水产科学
[作者]
林利民 王秋荣 王志勇 张雅芝 刘家富 谢芳靖
对同等养殖条件下所养成的大黄鱼[Pseudosciaena crocea(Richardson)]3个不同家系:WW家系[野生F1(♀)×野生F1(♂)]、WC家系[野生F1(♀)×养殖F8(♂)]和CC家系[养殖F8(♀)×养殖F8(♂)]成鱼肌肉营养成分进行测定,并以野生大黄鱼作为对照,从营养成分的角度分析和评价不同家系大黄鱼的品质。结果显示,野生大黄鱼粗蛋白含量、必需氨基酸以及鲜味氨基酸总量都明显高于家系大黄鱼,而必需脂肪酸含量则低于家系大黄鱼。3个家系之间,粗蛋白质含量、必需氨基酸总量、鲜味氨基酸总量及必需氨基酸指数排列次序由大到小依次为:WW、WC、CC;饱和脂肪酸总量由大到小的排序...
关键词：
大黄鱼 氨基酸 脂肪酸
[期刊] 水产学报
[作者]
易新文 张文兵 麦康森 申屠基康
以初始体质量为(13.56±0.05)g的大黄鱼为对象,研究饲料中菜籽油替代鱼油对大黄鱼生长、肌肉脂肪酸组成和体色的影响。以鱼油组为对照组,用菜籽油分别替代25%、50%、75%、100%的鱼油,配制5种等氮等脂的实验饲料,在海水浮式网箱中进行为期8周的摄食生长实验。结果显示,饲料中不同水平菜籽油替代鱼油对大黄鱼的存活率(SR)和特定生长率(SGR)均无显著性影响;但饲料系数(FCR)随着替代水平的增加呈上升趋势,在100%替代组显著高于对照组。各处理组之间全鱼粗蛋白质、粗脂肪、灰分和水分含量均无显著性差异。肌肉中脂肪酸和饲料中脂肪酸线性关系分析表明,随着菜籽油替代鱼油水平的升高,大黄鱼肌肉中...
关键词：
大黄鱼 菜籽油 鱼油 脂肪酸 体色
[期刊] 海洋渔业
[作者]
王永红 曾霖 吉群 谢正丽 黄伟卿 宋炜
为探讨盐度变化对大黄鱼(Larimichthys crocea)肝脏基因转录表达的影响，将体质量为(59.68±1.32) g的大黄鱼分别在盐度25（对照组）、盐度36（高盐组）、盐度10（低盐组）的水体中暴露24 h，采用Illumina Hiseq 2500对肝脏样本进行转录组测序。结果显示，从高盐vs.对照组(H vs. C)、低盐vs.对照组(L vs. C)和高盐vs.低盐(H vs. L)中分别筛选出71个、180个和438个差异基因(DEGs)。GO (Gene Ontology)和KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)分析发现，H vs. C中的DEGs显著富集在三羧酸循环、MAPK信号通路、内质网蛋白加工和Toll样受体信号通路等；L vs. C中的DEGs显著富集在FoxO信号通路、戊糖磷酸途径、mTOR信号通路、RNA降解、P53信号通路和内质网蛋白加工等，表明大黄鱼对高盐和低盐胁迫的响应均涉及到糖类代谢、内质网应激、细胞凋亡和自噬等生理功能。H vs. L中的DEGs显著富集在内质网蛋白加工、FoxO信号通路、甘油脂代谢、糖酵解/糖异生、吞噬体和P53信号通路等，表明大黄鱼在高盐和低盐适应过程中，内质网应激、脂类代谢、糖类代谢、细胞凋亡和自噬等生理功能存在差异。研究结果可为深入研究鱼类对盐度胁迫的响应机制奠定基础。
关键词：
大黄鱼 肝脏 盐度胁迫 转录组 差异基因
[期刊] 海洋渔业
[作者]
曾霖 宋炜 谢正丽 熊逸飞 张惠 黄伟卿
为探讨盐度变化对大黄鱼(Larimichthys crocea)肝脏基因转录表达的影响，将体质量为(59.68±1.32) g的大黄鱼从盐度25转入盐度36或10的水体中暴露24 h，采用Illumina Hiseq 2500对肝脏样本进行转录组测序。结果显示，从高盐vs.对照组(H vs. C)、低盐vs.对照组(L vs. C)和高盐vs.低盐(H vs. L)中分别筛选出71个、180个和438个差异基因(DEGs)。GO (Gene Ontology)和KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)分析发现，H vs. C中的DEGs显著富集在三羧酸循环、MAPK信号通路、内质网蛋白加工和Toll样受体信号通路等；L vs. C中的DEGs显著富集在FoxO信号通路、戊糖磷酸途径、mTOR信号通路、RNA 降解、P53信号通路和内质网蛋白加工等，表明大黄鱼对高盐和低盐胁迫的响应均涉及到糖类代谢、内质网应激、细胞凋亡和自噬等生理功能。H vs. L中的DEGs显著富集在内质网蛋白加工、FoxO信号通路、甘油脂代谢、糖酵解/糖异生、吞噬体和P53信号通路等，表明大黄鱼在高盐和低盐适应过程中，内质网应激、脂类代谢、糖类代谢、细胞凋亡和自噬等生理功能存在差异。本结果可为深入研究鱼类对盐度胁迫的响应机制奠定基础。
关键词：
大黄鱼 肝脏 盐度胁迫 转录组 差异基因
[期刊] 海洋渔业
[作者]
罗旭 朱国平
生物肌体组织能量积累是反映生物能量状况的重要指标之一。为了解白令海海域狭鳕（Gadus chalcogrammus）生长发育过程中肌肉组织的能量变化状况，本研究利用2019年和2020年收集的112尾狭鳕样本，对狭鳕肌肉组织能量密度进行了测量，利用广义加性模型（GAM， Generalized Additive Model）分析了夏季狭鳕个体肌肉组织的能量积累及变化情况，并进一步探究了其影响因素。研究结果显示，体长范围为23.8～60.5cm的狭鳕肌肉组织的能量密度为21.10±0.89 kJ/g，2019和2020年间狭鳕肌肉组织能量密度不存在显著的年际差异。GAM结果对狭鳕肌肉组织能量密度的解释偏差为46.1%，仅性腺重量和月份是影响肌肉组织能量密度的两个显著因素，而体长、性成熟度等其他指标未对肌肉组织能量密度造成显著影响。相对于性成熟度，性腺重量更适于作为繁殖指标分析狭鳕肌肉能量密度的影响因素。本研究建议，应采用多元统计手段开展生物能量累积与能量密度影响分析，以更好地揭示影响能量密度的主要因素。
关键词：
狭鳕 能量累积 白令海 繁殖 生长
[期刊] 淡水渔业
[作者]
蒙涛 丁峰 褚武英 周瑞雪 宾石玉 胡松年 张建社
以鳜(Siniperca chutasi)肌肉为实验材料,采用非均一化引物定向克隆技术构建了鳜肌肉组织cDNA文库,并进行大规模EST测序和序列分析。结果显示,cDNA文库的库容量为2.3×105,重组率达96.5%,平均插入片段长度为1.2 kb。随机挑选5456个克隆,成功测序5191个,其中高质量序列5063个,达97.5%。利用PHRAP程序聚类拼接后,得到1625条非冗余序列,包括443个重叠群(Contigs),1182个单拷贝(Singlets)。使用BLAST软件将这些序列同GenBank等数据库进行比对、注释,发现1625个非冗余序列与鳜肌肉结构和发生相关,而其中991条序列...
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
石红 郝淑贤 李来好 戚勃 岑剑伟 杨贤庆
对珠江口外海水域2只中华白海豚肌肉组织的营养组成情况进行分析。结果表明2只海豚腹肌脂肪含量均高于其它部位,蛋白质和灰分的分布规律不明显。幼体雌性白海豚肌肉组织中的总氨基酸含量高于成年雄性海豚。氨基酸组成中含量最高的氨基酸为谷氨酸,最低的为胱氨酸。2只海豚肌肉组织均含有棕榈酸(16∶0)、棕榈油酸(16∶1)、硬脂酸(18∶0)、油酸(18∶1)、EPA(20∶5n3)及DHA(22∶6n3)等,这些脂肪酸是动物及鱼油中典型的脂肪酸。饱和脂肪酸(SFA)≈单不饱和脂肪酸(MUFA)>多不饱和脂肪酸(PUFA)。海豚肌肉组织中富含Ca、Fe、Zn、Cu、Mn、Se等金属元素,其中幼体雌性海豚的Cu...
[期刊] 水产学报
[作者]
张振宇 王秋荣 叶坤 王志勇
为了探讨禁食对大黄鱼体成分、肌肉脂肪酸组成和血清生化指标的影响，从海上网箱选择规格相近、健康的养殖大黄鱼１０５尾［平均体质量（２４９．０７±７．２８）ｇ］进行禁食实验，分别在实验开始时及禁食后第３、７、１４、２１、２８、３５、４２和４９天采集实验鱼肌肉和血液样品，进行肌肉营养成分和血清生化指标的测定。结果发现，随着禁食时间的延长，大黄鱼肌肉中水分和粗灰分含量呈现升高的趋势，粗脂肪含量呈现下降的趋势，粗蛋白含量在禁食后第２１天下降后基本保持稳定；肌肉中饱和脂肪酸（ＳＦＡ）和单不饱和脂肪酸（ＭＵＦＡ）含量均无显著变化，多不饱和脂肪酸（ＰＵＦＡ）和ｎ－３系列高度不饱和脂肪酸（ｎ－３ＨＵＦＡ）总量呈现．．．
[期刊] 中国水产科学
[作者]
曾爽 刘宣歌 王鹏飞 胥鹏 曾雷 周磊 唐琴冬 陈挚 李桂峰
翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)是中国重要的经济水产养殖品种,对翘嘴鳜基因表达模式进行研究有助于筛选优势个体,培育生长特性优良的品种。为了解体重明显差异翘嘴鳜个体的差异基因表达信息,为翘嘴鳜培育提供基因指导,本研究从同一家系中挑选体重明显差异的3月龄翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)个体进行肌肉转录组测序,研究不同体型个体间基因表达模式差异。结果显示,来自同一家系的翘嘴鳜个体在相同养殖条件下仍出现明显体重差异,养殖3个月后,极大个体(overweight)平均体重可达到极小个体(underweight)的4倍。分别对极大个体和极小个体的肌肉组织进行转录组测序,共获得73353个非重复序列基因(unigenes),通过基因表达量比较共获得8942个差异基因,对差异表达基因进行定义发现,GHR2、IGFR1、4ebp、Mhc、Mlc、Troponin等基因在极小个体中具有更高的表达水平。通过KEGG通路富集显示,蛋白质生成、蛋白质消化、RNA转运通路富集了大量差异表达基因。本研究发现体重差异明显的翘嘴鳜个体具有不同基因表达模式,转录组测序获得了大量差异表达基因信息,为翘嘴鳜生长研究提供了丰富的基因资源。
关键词：
翘嘴鳜 转录组 体重差异 差异表达基因
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
单艳菊 顾华兵 宋卫涛 束婧婷 朱文奇 胡艳 李慧芳
【目的】研究不同品种鸭胚胎期和出雏早期胸肌、腿肌中IGF-Ⅰ基因mRNA表达水平的发育性变化。【方法】采用实时荧光定量PCR方法,研究生长速度不同的"高邮鸭"和"金定鸭"13,17,21,25,27胚龄和出雏后7日龄胸肌、腿肌中IGF-Ⅰ基因mRNA的表达规律。【结果】IGF-ⅠmRNA的表达规律在2个品种鸭的早期肌肉发育过程中较为一致,胸肌和腿肌IGF-ⅠmRNA表达量都是在13胚龄时最高,公鸭和母鸭同一肌肉组织IGF-ⅠmR-NA表达没有显著差异(P>0.05);不同品种间,IGF-ⅠmRNA在"高邮鸭"胸肌中的表达量除27胚龄外,其他发育时期均高于"金定鸭",且在13和21胚龄及7日龄时...
关键词：
鸭 IGF-Ⅰ基因 胚胎期 差异表达
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
杨琳琳 蒋燕 杨桂梅 许柳雄 陈新军 徐善良 鲍宝龙
采用目前国际上最为通用的cDNA文库构建方法,构建了银鲳皮肤和肌肉组织的cDNA文库,通过一定规模的序列测定,并借助生物信息学技术,分析了164个序列,得到了105个不同的基因(或表达序列标签),在105个不同的基因中,68.6%基因没有冗余,1倍、2倍、3倍和4倍冗余的分别占23.8%,3.8%,2.8%和1%。皮肤和肌肉组织表达基因的组成中,除了21个没有同源序列的未知基因外,可初步归为代谢相关的酶(38个)、DNA有关的酶(7个)、结构蛋白(4个)、膜蛋白(13个)、线粒体蛋白(1个)、转录因子(9个)、信号传导相关的蛋白(10个)和未知蛋白(2个)等8大类,其中,转录因子、膜蛋白,和D...
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