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[期刊] 中国水产科学
[作者]
林能锋 苏永全 丁少雄 王军
本研究分析了8对大黄鱼(Pseudosciaena crocea)微卫星标记引物在石首鱼科5个亚科8属10个种中的通用性。结果表明,大黄鱼微卫星标记引物在黄鱼亚科鱼类中有较高的通用性,其中位点PC1C4,PC4H12,PC5E11,PC8F5,PC10F10,PC10G6的引物可在小黄鱼(P.polyactis)和棘头梅童鱼(Collichthys lucidus)中获得清晰扩增条带,位点PC7H4引物也可在小黄鱼中扩增,上述可扩增位点在两个种中均得到多个等位基因,表现出较高的多态性;大黄鱼微卫星标记引物在白姑鱼亚科、叫姑鱼亚科、牙亚科及石首鱼亚科鱼类中也有较高的通用性,其中在银牙(Otoli...
关键词：
大黄鱼 微卫星标记 石首鱼科 通用性
[期刊] 水产学报
[作者]
高红梅 马海涛 喻子牛 张跃环 肖述 黄飘逸 彭建军
采用磁珠富集和PCR筛选相结合的方法,得到番红砗磲的19个多态性微卫星标记。利用新开发微卫星标记对西沙群岛2个野生群体的遗传多样性进行比较分析,七连屿海域野生群体和永兴岛海域野生群体的平均观测等位基因数(Na)分别为11.105、11.895,平均有效等位基因数(Ne)分别为6.274、6.173,平均期望杂合度(He)分别为0.776、0.788,平均多态性信息含量分别为0.730、0.744,发现2个野生群体的遗传多样性都处于高度多态水平,说明其有效群体大小仍然保持在较高水平。Bonferroni校正后,在2个群体中各有4个位点偏离Hardy-Weinberg平衡。另外分析了这些引物在近缘种中的通用性情况,发现鳞砗磲中有7对微卫星引物具有通用性,6对具有多态性;无鳞砗磲中有3对微卫星引物具有通用性,1对具有多态性;诺瓦砗磲中有5对微卫星引物具有通用性,5对具有多态性;长砗磲中有9对微卫星引物具有通用性,8对具有多态性;砗蚝中有2对引物具有通用性,2对具有多态性。
[期刊] 华北农学报
[作者]
王黎明 李兴锋 刘树兵 王洪刚
利用分布于普通小麦整个基因组的525对微卫星引物,对其在普通小麦与中间偃麦草(Thinopyrumintermedi-um)之间的通用性及其亲缘关系进行了分析。结果表明:202对引物在小麦和中间偃麦草间多态性扩增,所占比率为38.4%,小麦的A,B,D3个基因组多态性引物所占比率分别为34.6%,36.9%和42.2%;说明普通小麦SSR引物在中间偃麦草之间具有通用性,小麦D基因组与中间偃麦草亲缘关系要远于A,B基因组与中间偃麦草关系,表明小麦的A,B,D基因组之间存在遗传差异性。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
郝君 孙效文 梁利群 鲁翠云
根据生物素与链霉亲和素的亲和原理,采用生物素-磁珠富集微卫星,与传统放射性同位素杂交法相结合,构建筛选大黄鱼的微卫星文库。用生物素-微卫星捕捉单链限制性酶切片段(含有接头和大黄鱼微卫星序列),经PCR扩增单链目的片段形成双链,然后连接至T载体上,转化感受态细胞。将移至硝酸纤维素膜的重组菌用32P标记的放射性同位素探针5′-[γ-32PATP(CA)15筛选出阳性克隆菌。测序结果发现,阳性克隆率为71.9%,105个微卫星位点。其中选取设计合成30对并筛选出22对可用引物。说明所建大黄鱼微卫星文库是一个高质量的文库,可为大黄鱼基因组结构分析、大黄鱼精密微卫星连锁图谱构建、分子进化和系统发育研究、...
关键词：
大黄鱼 微卫星 磁珠 生物素
[期刊] 水产学报
[作者]
刘贤德 韦信键 蔡明夷 刘洋 王志勇
研究了1个大黄鱼F1家系150个个体22个微卫星位点的基因型分布,并分析了标记位点与生长性状的相关性。结果显示,22个位点共检测到60个等位基因,平均等位基因数为2.73,平均有效等位基因数为2.37;平均观测杂合度与期望杂合度分别为0.75和0.73,部分位点基因型分布严重偏离孟德尔定律,暗示其可能与适应性基因相连锁,其中LYC0446位点附近可能存在隐性纯合致死基因。LYC0077位点与体质量、体长和体高均呈显著相关(P<0.05),与...
关键词：
大黄鱼 微卫星标记 生长性状 相关分析
[期刊] 水产学报
[作者]
齐晓艳 董迎辉 姚韩韩 周小龙 林志华
为开展文蛤多态性微卫星标记及其在斧文蛤和帘文蛤中的通用性研究,实验从磁珠富集法构建的基因组文库和EST文库中开发了30个文蛤多态性微卫星标记,包括8个G-SSR和22个EST-SSR多态性位点。共获得140个等位基因,平均等位基因数为4.67;多态性信息含量、观测杂合度、期望杂合度分别为0.172～0.744、0.040～0.720、0.187～0.793;G-SSRs的平均等位基因数、平均多态性信息含量、平均观测杂合度和平均期望杂合度都较EST-SSRs高;Hardy-Weinberg平衡检测发现,24个位点偏离了平衡状态;利用BLASTx对含多态性SSR位点的EST进行功能注释,11个位点...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
张炜 唐宗祥 符书兰 任正隆
利用竹通大麦染色体上的引物218条对小麦SSR引物对小麦及其近缘种共22个材料进行PCR扩增。从中筛选到39对多态性高、重复性好的引物,这些引物可在供试材料中检测出213个等位基因变异,平均每个位点可检测到5.4个等位基因。位点多态性信息量(PIC)变幅为0.38~0.89,平均为0.57。NTSYS软件分析表明22份材料的遗传相似系数范围为0.46~0.94,平均遗传相似系数为0.67,聚类分析结果显示小麦、偃麦草、大赖草、黑麦均各自聚类,与传统的形态分类结果有较高的吻合度。这表明:①SSR可以应用于小麦与其近缘种的遗传多样性研究。②SSR揭示的小麦与其近缘物种间的多态性高,可以用来鉴定小麦...
关键词：
遗传多样性 SSR分子标记 聚类分析
[期刊] 水产学报
[作者]
李佳凯 王志勇 韦信键 蔡明夷 刘洋 刘贤德
利用本实验室开发的微卫星标记,通过优化退火温度、引物浓度、循环次数等条件,建立了3组大黄鱼微卫星多重PCR体系,每组包含3个微卫星位点,用3组微卫星多重PCR分析了一个大黄鱼选育群体JD-01的遗传多样性。结果显示,该群体的平均等位基因为12.111,平均有效等位基因为7.408,平均多态信息含量为0.846,平均观测杂合度和期望杂合度分别为0.825、0.868,香农多样性指数为2.165。运用Cervus 3.0软件,对已知系谱关系的9个大黄鱼家系及对应亲本进行了亲子鉴定分析,以验证3组微卫星多重PCR在亲子鉴定中的准确性。结果显示,使用该3组微卫星多重PCR体系进行亲子鉴定准确率为100...
[期刊] 水产学报
[作者]
吴清明 蔡明夷 刘贤德 刘颖 陈庆凯 姚翠鸾 王志勇
为了解大黄鱼同质雌核发育的诱导条件及其效果,用紫外线照射灭活大黄鱼精子的遗传物质,静水压休克抑制第一次卵裂,培育出2个同质雌核发育家系(GF1和GF2),并借助微卫星标记进行鉴定,研究了10个母本中杂合的位点在2个家系中的传递和分离。结果显示,GF1和GF2孵出的仔鱼中分别有40.0%和17.1%形态正常个体,GF1检测8个位点30个个体均表现出雌核发育双单倍体(GDH)的特征,有20种基因型;GF2检测4个位点30个个体中,27个为GDH,2个含有父本基因,余下1个个体扩增条带既不同于母本也不同于父本,遗传本质不明。可见,所采用方法可以诱导出同质雌核发育大黄鱼。10个标记中除了LYC0026...
关键词：
大黄鱼 同质雌核发育 微卫星
[期刊] 水产学报
[作者]
蔡明夷 刘贤德 武祥伟 黄铭垚 王志勇
参照大黄鱼雌核发育诱导程序,应用冷休克抑制大黄鱼(♀)与黄姑鱼(♂)杂交受精卵的第二极体排出,培育了两个异源三倍体家系(PPN1和PPN2)。异源三倍体家系的受精率、孵化率略低于大黄鱼自繁二倍体对照家系(PP),而初孵仔鱼畸形率略高于PP家系。倍性分析显示,异源三倍体家系初孵仔鱼细胞DNA含量约为大黄鱼自繁对照家系的初孵仔鱼细胞DNA含量的1.46倍,且三倍体率达到100%。5个微卫星标记分析结果表明,父本杂合基因在异源三倍体中分离,后代分别得到父本两个等位基因中的一个,分离比符合孟德尔式遗传预期;由于基因的第二次分离被阻断,母本基因在异源三倍体中的传递表现出半四分子的特点,其中部分个体同时保...
[期刊] 水产学报
[作者]
赵广泰 刘贤德 王志勇 蔡明夷 姚翠鸾
利用13个多态性微卫星位点分析了大黄鱼"官井洋优快01"品系F1到F44个选育世代的遗传结构与遗传多样性变化情况。结果显示,随着选育的进行,4个世代群体遗传多样性指标值渐次下降,F1到F413个微卫星位点的平均多态信息含量从0.638下降到0.524,平均等位基因数从5.462下降到4.308,平均观测杂合度从0.779下降到0.532,平均Shannon多样性指数从1.356下降为1.092。F1与其后各代遗传相似系数逐渐减小(从0.7194到0.5813),遗传距离逐渐增加,而相邻世代间的遗传相似性逐步升高,遗传分化指数(FST)渐次变小(F1～F2为0.0619,F2～F3为0.0511...
[期刊] 海洋渔业
[作者]
祝斐 朱晓平 尹绍武 张丽娟 胡静 侯新远 胡亚丽
利用微卫星DNA-聚合酶链式反应(STR-PCR)技术对已开发的14对云斑尖塘鳢(Oxyeleotrismarmorata)微卫星标记在线纹尖塘鳢(Oxyeleotris lineolatus)和河川沙塘鳢(Odontobutis potamophila)群体间进行通用性分析。结果显示,14对云斑尖塘鳢微卫星标记在线纹尖塘鳢群体均能扩增出特异性条带,在河川沙塘鳢群体中也有10对引物可稳定扩增,其中9对在线纹尖塘鳢群体中具有高度多态性,6对在河川沙塘鳢群体中具有高度多态性。通过这10对通用微卫星标记检测3个种群的平均观测杂合度(Ho)为0.344 9,平均期望杂合度(He)为0.704 3,平均...
[期刊] 水产学报
[作者]
黄飘逸 马海涛 喻子牛 张跃环 高红梅 彭建军
利用高通量测序的方法,从熊本牡蛎基因组中开发了20对具有多态性的微卫星标记,通过微卫星标记位点比较了野生群体和养殖群体的遗传多样性。野生群体中,所有位点共扩增出330个等位基因,等位基因数(N_a)范围为6～39,平均等位基因数为16.500 0;有效等位基因数(N_e)范围为1.352 9～33.361 7,平均值9.517 2;观测杂合度(H_o)范围为0.200 0～1.000 0,平均值0.671 5;期望杂合度(H_e)范围为0.265 6～0.987 7,平均值0.832 1;ShannonWeiner指数(Ⅰ)范围为0.648 3～3.585 8,平均值2.276 9;多态信息含量(PIC)范围为0.254 5～0.969 2,平均值0.803 5,共有16个位点符合Hardy-Weinberg平衡。养殖群体中,N_a平均值为10.250 0,N_e平均值为5.843 4,H_o平均值为0.639 1,H_e平均值为0.763 6,I平均值为1.791 4,PIC平均值为0.720 7。结果显示,熊本牡蛎养殖群体的遗传多样性低于野生群体,但仍然维持在高度多态水平。研究表明,在熊本牡蛎人工繁育过程中,使用大数量的亲本进行繁育,可有效防止选育群体的遗传多样性降低,但人工选育对选育群体的遗传多样性也产生了一定的影响。另外,分析了这些引物在近缘种葡萄牙牡蛎、长牡蛎、香港牡蛎、有明牡蛎、僧帽牡蛎、咬齿牡蛎以及舌骨牡蛎中的通用性情况,发现XB1-6、XB1-39和XB1-45 3个位点在8个物种中均能扩增出目的条带,XB1-41仅能在熊本牡蛎中扩增出目的条带。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
佟广香 匡友谊 张超 尹家胜 孙效文
利用22个微卫星标记对野生哲罗鱼(Hucho taimen)F1代4个家系、176个个体的基因组进行分析。首先利用SPSS软件对体长、叉长、头长、吻长、口裂长、口裂宽和眼径等7个性状进行正态分布检验,7个性状都显示出连续变异的特点,属典型的数量性状或者多基因遗传,符合正态分布;其次用GLM程序对22个微卫星标记与性状进行相关性分析,并将与性状显著相关的标记进行基因型之间的多重比较,结果显示22个微卫星座位中,有10个标记至少与一种性状显著相关,其中与口裂长和眼径相关的标记最多的为7个;多重比较可知每个标记中同一性状均有部分基因型差异达到显著水平。这些标记为哲罗鱼进一步的分子标记辅助育种提供了基...
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