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[期刊] 水产学报
[作者]
李佳凯 王志勇 韦信键 蔡明夷 刘洋 刘贤德
利用本实验室开发的微卫星标记,通过优化退火温度、引物浓度、循环次数等条件,建立了3组大黄鱼微卫星多重PCR体系,每组包含3个微卫星位点,用3组微卫星多重PCR分析了一个大黄鱼选育群体JD-01的遗传多样性。结果显示,该群体的平均等位基因为12.111,平均有效等位基因为7.408,平均多态信息含量为0.846,平均观测杂合度和期望杂合度分别为0.825、0.868,香农多样性指数为2.165。运用Cervus 3.0软件,对已知系谱关系的9个大黄鱼家系及对应亲本进行了亲子鉴定分析,以验证3组微卫星多重PCR在亲子鉴定中的准确性。结果显示,使用该3组微卫星多重PCR体系进行亲子鉴定准确率为100...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
李东宇 孔杰 孟宪红 栾生 罗坤 卢霞 曹宝祥
为了在遗传分析研究中提高效率并节约成本，本研究从已报道的凡纳滨对虾（Ｌｉｔｏｐｅｎａｅｕｓ ｖａｎｎａｍｅｉ）微卫星位点中选取多态性较高的位点，基于各位点的扩增片段大小及退火温度等因素进行微卫星位点的组合。通过不断优化位点组合、反应体系及反应程序，成功建立了１个五重、２个四重和１个三重ｐＣＲ反应体系，并将其应用于１１个凡纳滨对虾家系的亲权鉴定。结果显示，四组多重ｐＣＲ体系中的１６个微卫星位点在１１个凡纳滨对虾家系中的平均等位基因数（ｎａ）为６，平均多态信息含量（ｐｉＣ）为０．５８１３，平均观测杂合度（Ｈｏ）为０．５１３，平均期望杂合度（Ｈｅ）为０．６３６。利用ＣｅＲｖｕｓ３．０软件，对已知系谱．．．
关键词：
凡纳滨对虾 微卫星多重PCR 亲权鉴定
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
刘文芬 冯艳微 王卫军 陈建强 杨建敏
本研究对实验室开发的12对短蛸(Amphioctopus fangsiao)高多态性微卫星标记进行优化组合,构建了4组三重PCR体系,对短蛸4个母本(♀1、♀2、♀3和♀4)、104个子代及19个候选父本进行亲权鉴定,分析其交配模式。结果显示,构建的4组三重PCR体系可有效鉴定短蛸的亲权关系,104个子代鉴定率为94.23%。♀1组样品鉴定出12个子代,父本数为3个;♀2组样品鉴定出40个子代,父本数为7个;♀3组样品鉴定出19个子代,父本数为2个;♀4组样品鉴定出27个子代,父本数为4个;并且♂2、♂3、♂7和♂10均与2个以上的母本发生了交配。由此分析得出,短蛸交配模式存在多雌多雄关系。研究结果为高效开展短蛸人工繁育、增养殖及放流工作提供了重要参考。
关键词：
短蛸 微卫星多重PCR 交配模式
[期刊] 水产学报
[作者]
聂鸿涛 李琪 孔令锋
为提高微卫星分型效率,从以往报道的皱纹盘鲍微卫星中筛选出易扩增、特异性好的微卫星位点进行组合扩增,并通过优化退火温度、反应体系、引物浓度等条件,开发了4组多重PCR扩增体系。运用CERVUS 3.0软件对12个皱纹盘鲍全同胞家系的372个子代进行家系鉴定,验证了这4组多重PCR在家系鉴定中的效率。结果发现,仅用1组微卫星多重PCR模拟和实际家系鉴定的成功率分别为86%和90%,两组则达到100%。结果表明,微卫星多重PCR技术能准确地把任意子代鉴定至其所属家系,可以进行大批量家系材料分析,具有较好的应用价值。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
郝君 孙效文 梁利群 鲁翠云
根据生物素与链霉亲和素的亲和原理,采用生物素-磁珠富集微卫星,与传统放射性同位素杂交法相结合,构建筛选大黄鱼的微卫星文库。用生物素-微卫星捕捉单链限制性酶切片段(含有接头和大黄鱼微卫星序列),经PCR扩增单链目的片段形成双链,然后连接至T载体上,转化感受态细胞。将移至硝酸纤维素膜的重组菌用32P标记的放射性同位素探针5′-[γ-32PATP(CA)15筛选出阳性克隆菌。测序结果发现,阳性克隆率为71.9%,105个微卫星位点。其中选取设计合成30对并筛选出22对可用引物。说明所建大黄鱼微卫星文库是一个高质量的文库,可为大黄鱼基因组结构分析、大黄鱼精密微卫星连锁图谱构建、分子进化和系统发育研究、...
关键词：
大黄鱼 微卫星 磁珠 生物素
[期刊] 水产学报
[作者]
刘贤德 韦信键 蔡明夷 刘洋 王志勇
研究了1个大黄鱼F1家系150个个体22个微卫星位点的基因型分布,并分析了标记位点与生长性状的相关性。结果显示,22个位点共检测到60个等位基因,平均等位基因数为2.73,平均有效等位基因数为2.37;平均观测杂合度与期望杂合度分别为0.75和0.73,部分位点基因型分布严重偏离孟德尔定律,暗示其可能与适应性基因相连锁,其中LYC0446位点附近可能存在隐性纯合致死基因。LYC0077位点与体质量、体长和体高均呈显著相关(P<0.05),与...
关键词：
大黄鱼 微卫星标记 生长性状 相关分析
[期刊] 水产学报
[作者]
赵广泰 刘贤德 王志勇 蔡明夷 姚翠鸾
利用13个多态性微卫星位点分析了大黄鱼"官井洋优快01"品系F1到F44个选育世代的遗传结构与遗传多样性变化情况。结果显示,随着选育的进行,4个世代群体遗传多样性指标值渐次下降,F1到F413个微卫星位点的平均多态信息含量从0.638下降到0.524,平均等位基因数从5.462下降到4.308,平均观测杂合度从0.779下降到0.532,平均Shannon多样性指数从1.356下降为1.092。F1与其后各代遗传相似系数逐渐减小(从0.7194到0.5813),遗传距离逐渐增加,而相邻世代间的遗传相似性逐步升高,遗传分化指数(FST)渐次变小(F1～F2为0.0619,F2～F3为0.0511...
[期刊] 水产学报
[作者]
蔡明夷 刘贤德 武祥伟 黄铭垚 王志勇
参照大黄鱼雌核发育诱导程序,应用冷休克抑制大黄鱼(♀)与黄姑鱼(♂)杂交受精卵的第二极体排出,培育了两个异源三倍体家系(PPN1和PPN2)。异源三倍体家系的受精率、孵化率略低于大黄鱼自繁二倍体对照家系(PP),而初孵仔鱼畸形率略高于PP家系。倍性分析显示,异源三倍体家系初孵仔鱼细胞DNA含量约为大黄鱼自繁对照家系的初孵仔鱼细胞DNA含量的1.46倍,且三倍体率达到100%。5个微卫星标记分析结果表明,父本杂合基因在异源三倍体中分离,后代分别得到父本两个等位基因中的一个,分离比符合孟德尔式遗传预期;由于基因的第二次分离被阻断,母本基因在异源三倍体中的传递表现出半四分子的特点,其中部分个体同时保...
[期刊] 水产学报
[作者]
吴清明 蔡明夷 刘贤德 刘颖 陈庆凯 姚翠鸾 王志勇
为了解大黄鱼同质雌核发育的诱导条件及其效果,用紫外线照射灭活大黄鱼精子的遗传物质,静水压休克抑制第一次卵裂,培育出2个同质雌核发育家系(GF1和GF2),并借助微卫星标记进行鉴定,研究了10个母本中杂合的位点在2个家系中的传递和分离。结果显示,GF1和GF2孵出的仔鱼中分别有40.0%和17.1%形态正常个体,GF1检测8个位点30个个体均表现出雌核发育双单倍体(GDH)的特征,有20种基因型;GF2检测4个位点30个个体中,27个为GDH,2个含有父本基因,余下1个个体扩增条带既不同于母本也不同于父本,遗传本质不明。可见,所采用方法可以诱导出同质雌核发育大黄鱼。10个标记中除了LYC0026...
关键词：
大黄鱼 同质雌核发育 微卫星
[期刊] 中国水产科学
[作者]
林能锋 苏永全 丁少雄 王军
本研究分析了8对大黄鱼(Pseudosciaena crocea)微卫星标记引物在石首鱼科5个亚科8属10个种中的通用性。结果表明,大黄鱼微卫星标记引物在黄鱼亚科鱼类中有较高的通用性,其中位点PC1C4,PC4H12,PC5E11,PC8F5,PC10F10,PC10G6的引物可在小黄鱼(P.polyactis)和棘头梅童鱼(Collichthys lucidus)中获得清晰扩增条带,位点PC7H4引物也可在小黄鱼中扩增,上述可扩增位点在两个种中均得到多个等位基因,表现出较高的多态性;大黄鱼微卫星标记引物在白姑鱼亚科、叫姑鱼亚科、牙亚科及石首鱼亚科鱼类中也有较高的通用性,其中在银牙(Otoli...
关键词：
大黄鱼 微卫星标记 石首鱼科 通用性
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
任宪云 刘萍 李健 李晓萍 韩智科 刘磊
选择三疣梭子蟹22个多态性高的微卫星标记,经过引物间的搭配、组合测试以及反应条件的优化(退火温度、Mg2+含量、dNTPs的浓度等参数),构建了多重PCR扩增技术体系。本研究最终建立了47个二重PCR组合,并在47个二重引物的组合基础上建立15个三重PCR组合,3个四重PCR组合。该多重PCR技术体系的建立为三疣梭子蟹品种选育、种系评估提供快速、有效分子检测技术。
关键词：
三疣梭子蟹 SSR 多重PCR体系
[期刊] 淡水渔业
[作者]
辛苗苗 张书环 汪登强 汪珂 张磊 霍来江 危起伟
应用荧光引物和自动测序技术,检测了10个自主研发的微卫星分子标记在68个中华鲟(Acipenser sinensis)个体中的遗传多态性。结果表明,10个微卫星标记共检测到124个等位基因,等位基因数为7~22,期望杂合度为0.730 26~0.873 95,Shannon-Wiener多样性指数为1.561 61~2.219 60。基于亲子鉴定排除率不低于0.99的标准,最终确定Asi-75067、Asi-67648、Asi-67123、Asi-73843、Asi-72040、Asi-70421和Asi-56700等7个微卫星标记为中华鲟亲子鉴定的核心体系,其单亲、父权和双亲的累积排除率分别...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
祝璟琳 王国良 金珊
溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)、副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)和哈维氏弧菌(Vibrio harveyi)是浙江省养殖大黄鱼(Pseudnosciaena crocea)弧菌病的主要致病菌。本研究选择针对溶藻弧菌和副溶血弧菌的胶原酶基因,哈维氏弧菌的部分ToxR基因的特异性,优化设计了3对特异性引物,通过进行多重PCR反应体系优化,多重PCR产物的测序鉴定与特异性和敏感性实验,建立了一种检测致病性弧菌的多重PCR检测方法。经过琼脂糖凝胶电泳后的条带分析判断,可以在一个PCR管中同时成功地检测这3种病原细菌,含溶藻弧菌、哈维氏弧菌和副溶血弧菌3...
[期刊] 林业科学研究
[作者]
缪迎春 苏建荣 张志钧
采用交互正交设计L64(421)对濒危植物云南红豆杉简并锚定微卫星-PCR反应体系分别进行了5因素(Taq酶;Mg2+;dNTP;DNA及引物)4水平的优化筛选,SAS软件统计分析表明:3个单因素(Taq酶;Mg2+;dNTP)和2个交互作用(Taq×Mg2+,Mg2+×dNTP)对此反应体系有显著影响作用。云南红豆杉简并锚定微卫星-PCR反应的优化体系是:在20μL反应体系中含有1×PCR buffer,Taq酶4 U,Mg2+(2.0 mmol.L-1),dNTP(0.4 mmol.L-1),DNA75 ng,引物(1.0μmol.L-1),退火温度(54℃)。交互正交设计既能快捷有效地筛...
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
刘杨 陈火英 魏毓棠
利用番茄材料研究了番茄SSR技术中PCR体系的主要成分对SSR扩增结果的影响,并比较了采用聚丙烯酰胺凝胶和琼脂糖电泳检测扩增产物多态性的差异。结果表明:番茄SSR的反应程序为94℃预变性2min;94℃变性30s,50℃复性30s,68℃延伸30s,35个循环;最后72℃延伸8min为佳。反应体系中,模板DNA的适宜浓度为20～40ng,适宜的引物浓度为0.4μmol·L-1,dNTP的适宜浓度为200μmol·L-1,Mg2+的最适浓度范围为2.0mmol·L-1,Taq聚合酶在15μL反应体系中宜加入0.65U。PCR产物检测时聚丙烯酰胺凝胶的分辨率显著高于琼脂糖电泳。
关键词：
番茄 微卫星标记 反应体系
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